BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087G09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 78,415,854 - 78,606,862
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlk, LOC100042674, 1810009O10Rik
Upstream geneTaok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97, LOC100043570
Downstream gene1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087G09.bB6Ng01-087G09.g
ACCDH900534DH900535
length1,228734
definitionDH900534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087G09, 5' end.DH900535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,415,854 - 78,417,094)(78,606,130 - 78,606,862)
sequence
gaattcactctatagtaggtactcttagccactgagatggcccatctctc
tagcttgtgtgatttgtgtattaatgcagcctcacgtgagctcttctggt
gctggaaaacattatgtttaccataggtacattcctctagattcagtcac
atatgtacaaaaagatcttgtgccagaaagagttttctataggaatgagt
cactttaagaagtaggtgggctagagagatggctcagcagttaagagcac
tggttgttcttctagaagtcctgggttcaattcccagcactcacatggta
gttagttcacgactatctataatggatctgatgccctcttctgtcatgaa
gacaaatagtacaaatagaacacttatataaataaaaagatcttaaaaaa
ataagtaggtctatatagttggtttcctacaaactgaaaactaaaaaaga
gaacaactctaacagctaatctctgtgagagctcagggaacttcctaagt
gaattcctggcattgacaaaggttttgtagtcatgggcgcagtgctaaca
accagctacaggttagcatcttgcaattgagcactgtacacatccaaaac
caaagcctgagctggcaaagtggtgcagtgggcaaaggcacctgatgcca
gggcaacggaccaactcctgcaagttgttctttagcttctgtgtgagcac
ccctcccctacgagtagaaaaacacaataaaaatagctggccttgaactt
actttgtagtccatgtaggccttgaagtttctacctctgcctcctaagta
gctttcactcccaggcccagtacaacctaatcctattttctaccatctgg
ttttcttgccacctctaagtaagtatcagtaagaggaaaaagagttccaa
ttagatatgtaacattaaacctatggccaattatgtgatccagggggtat
taatatttaacaacatgcatagagcaaagcattagaaccagtagcataga
aataaagagcacgctgataaaatacagacttgtgctagtgtaggtctatt
aagtttcctgagtactgcttctcaatcgagttgctagcaggaaacacagc
tgggtcttgtggagtagctaacgccccactgattcccatatcctcaatta
agtggagtctgatgtattttagtgcttctgaaccttcaggtcccgtagca
tgcatcctgatctagcaaccttaaaaaa
gaattctttaaagaagaacaggatgccgggcaggcgcgggaggggtgtgt
gtgtgtgtgagcaactgtgaacaagcaaggaacaaagttagcatcctgtt
atttcagctaccatgcgggagcctccactgttcgggagcctctgccacgc
gggaacctccaaagtgaccataggtggaaccagcctggccacgtctgaat
tctgcacataccaagatttgataagctgtgtgactttataaactcgttta
acctctctgtgctatggtgctcttgtttgttggtacggcaagtgttgcca
tcaagccaggcacaagctttcagtccaggtgttccatctttcagggttgg
tcctctcttgagtctgttgttttatgggtatttttcctgggtatttttcc
aggaagctggtgcccaattcctccaaagccggagggatcgtaagagcagt
attctttcctgtaaatgctcagccgagggtcgtggggtcagtgagtggat
tcattaactgcaggtgccaccgtggtctgtgctgatttaggacggcacta
tccaagccggtgacttttcacgcttctccaactgtataaaaatgaaccgt
cactggcgatctatacatagaaagttcccgtttccgtgcttgtgcaaaga
gggtgggcgtgctgggacatttgcataaagctggtggatgcggaaggctg
tgggctctggagggggggggggagcttgtatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_78415854_78417094
seq2: B6Ng01-087G09.b_44_1271

seq1  GAATTCACTCTATAGTAGGTACTCTTAGCCACTGAGATGGCCCATCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTATAGTAGGTACTCTTAGCCACTGAGATGGCCCATCTCTC  50

seq1  TAGCTTGTGTGATTTGTGTATTAATGCAGCCTCACGTGAGCTCTTCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGTGTGATTTGTGTATTAATGCAGCCTCACGTGAGCTCTTCTGGT  100

seq1  GCTGGAAAACATTATGTTTACCATAGGTACATTCCTCTAGATTCAGTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAAACATTATGTTTACCATAGGTACATTCCTCTAGATTCAGTCAC  150

seq1  ATATGTACAAAAAGATCTTGTGCCAGAAAGAGTTTTCTATAGGAATGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACAAAAAGATCTTGTGCCAGAAAGAGTTTTCTATAGGAATGAGT  200

seq1  CACTTTAAGAAGTAGGTGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAAGAAGTAGGTGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCAC  250

seq1  TGGTTGTTCTTCTAGAAGTCCTGGGTTCAATTCCCAGCACTCACATGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTCTTCTAGAAGTCCTGGGTTCAATTCCCAGCACTCACATGGTA  300

seq1  GTTAGTTCACGACTATCTATAATGGATCTGATGCCCTCTTCTGTCATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCACGACTATCTATAATGGATCTGATGCCCTCTTCTGTCATGAA  350

seq1  GACAAATAGTACAAATAGAACACTTATATAAATAAAAAGATCTTAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATAGTACAAATAGAACACTTATATAAATAAAAAGATCTTAAAAAA  400

seq1  ATAAGTAGGTCTATATAGTTGGTTTCCTACAAACTGAAAACTAAAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAGGTCTATATAGTTGGTTTCCTACAAACTGAAAACTAAAAAAGA  450

seq1  GAACAACTCTAACAGCTAATCTCTGTGAGAGCTCAGGGAACTTCCTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACTCTAACAGCTAATCTCTGTGAGAGCTCAGGGAACTTCCTAAGT  500

seq1  GAATTCCTGGCATTGACAAAGGTTTTGTAGTCATGGGCGCAGTGCTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGCATTGACAAAGGTTTTGTAGTCATGGGCGCAGTGCTAACA  550

seq1  ACCAGCTACAGGTTAGCATCTTGCAATTGAGCACTGTACACATCCAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTACAGGTTAGCATCTTGCAATTGAGCACTGTACACATCCAAAAC  600

seq1  CAAAGCCTGAGCTGGCAAAGTGGTGCAGTGGGCAAAGGCACCTGATGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTGAGCTGGCAAAGTGGTGCAGTGGGCAAAGGCACCTGATGCCA  650

seq1  GGGCAACGGACCAACTCCTGCAAGTTGTTCTTTAGCTTCTGTGTGAGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACGGACCAACTCCTGCAAGTTGTTCTTTAGCTTCTGTGTGAGCAC  700

seq1  CCCTCCCCTACGAGTAGAAAAACACAATAAAAATAGCTGGCCTTGAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCTACGAGTAGAAAAACACAATAAAAATAGCTGGCCTTGAACTT  750

seq1  ACTTTGTAGTCCATGTAGGCCTTGAAGTTTCTACCTCTGCCTCCTAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAGTCCATGTAGGCCTTGAAGTTTCTACCTCTGCCTCCTAAGTA  800

seq1  GCTTTCACTCCCAGGCCCAGTACAACCTAATCCTATTTTCTACCATCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCACTCCCAGGCCCAGTACAACCTAATCCTATTTTCTACCATCTGG  850

seq1  TTTTCTTGCCACCTCTAAGTAAGTATCAGTAAGAGGAAAAAGAGTTCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGCCACCTCTAAGTAAGTATCAGTAAGAGGAAAAAGAGTTCCAA  900

seq1  TTAGATATGTAACATTAAACCTATGGCCAATTATGTGATCCAGGGGGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATGTAACATTAAACCTATGGCCAATTATGTGATCCAGGGGGTAT  950

seq1  TAATATTTAACAACATGCATAGAGCAAAGCATTAGAACCAGTAGCATAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTAACAACATGCATAGAGCAAAGCATTAGAACCAGTAGCATAGA  1000

seq1  AATAAAGAGCACGCTGATAAAATACAGACTTGTGCTAGTGTTAGGTCTAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATAAAGAGCACGCTGATAAAATACAGACTTGTGCTAGTG-TAGGTCTAT  1049

seq1  TAAGTTTCCTGAGGTACTGC-TCTCAAATCGAGTTGCTAGCAGGAGACAC  1099
      |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAGTTTCCTGA-GTACTGCTTCTC-AATCGAGTTGCTAGCAGGAAACAC  1097

seq1  AGCT-GGTC-TGTGAAGTAGCTAAGCGCCCCACTGATTCCCCATATCCTC  1147
      |||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| 
seq2  AGCTGGGTCTTGTGGAGTAGCTAA-CGCCCCACTGATT-CCCATATCCT-  1144

seq1  CAATTAAGGTGAGTCTGATGTATTTATAGTGGCTTCTGAAACCTCCAGGT  1197
      ||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||
seq2  CAATTAAGTGGAGTCTGATGTATTT-TAGT-GCTTCTG-AACCTTCAGGT  1191

seq1  CTCCACGTAGCATATGCATCCTGGTATCTAGCAACCTTAAAAAA  1241
         | ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  ---CCCGTAGC--ATGCATCCTG--ATCTAGCAACCTTAAAAAA  1228

seq1: chr11_78606130_78606862
seq2: B6Ng01-087G09.g_69_802 (reverse)

seq1  AGCAAACAAGCT-CCCCCCCCCCTCCAGAGCCCACAGCCTTCCGCATCCA  49
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACAAGCTCCCCCCCCCCCTCCAGAGCCCACAGCCTTCCGCATCCA  50

seq1  CCAGCTTTATGCAAATGTCCCAGCACGCCCACCCTCTTTGCACAAGCACG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTATGCAAATGTCCCAGCACGCCCACCCTCTTTGCACAAGCACG  100

seq1  GAAACGGGAACTTTCTATGTATAGATCGCCAGTGACGGTTCATTTTTATA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGGGAACTTTCTATGTATAGATCGCCAGTGACGGTTCATTTTTATA  150

seq1  CAGTTGGAGAAGCGTGAAAAGTCACCGGCTTGGATAGTGCCGTCCTAAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGGAGAAGCGTGAAAAGTCACCGGCTTGGATAGTGCCGTCCTAAAT  200

seq1  CAGCACAGACCACGGTGGCACCTGCAGTTAATGAATCCACTCACTGACCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAGACCACGGTGGCACCTGCAGTTAATGAATCCACTCACTGACCC  250

seq1  CACGACCCTCGGCTGAGCATTTACAGGAAAGAATACTGCTCTTACGATCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACCCTCGGCTGAGCATTTACAGGAAAGAATACTGCTCTTACGATCC  300

seq1  CTCCGGCTTTGGAGGAATTGGGCACCAGCTTCCTGGAAAAATACCCAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGCTTTGGAGGAATTGGGCACCAGCTTCCTGGAAAAATACCCAGGA  350

seq1  AAAATACCCATAAAACAACAGACTCAAGAGAGGACCAACCCTGAAAGATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACCCATAAAACAACAGACTCAAGAGAGGACCAACCCTGAAAGATG  400

seq1  GAACACCTGGACTGAAAGCTTGTGCCTGGCTTGATGGCAACACTTGCCGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCTGGACTGAAAGCTTGTGCCTGGCTTGATGGCAACACTTGCCGT  450

seq1  ACCAACAAACAAGAGCACCATAGCACAGAGAGGTTAAACGAGTTTATAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAAACAAGAGCACCATAGCACAGAGAGGTTAAACGAGTTTATAAA  500

seq1  GTCACACAGCTTATCAAATCTTGGTATGTGCAGAATTCAGACGTGGCCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACAGCTTATCAAATCTTGGTATGTGCAGAATTCAGACGTGGCCAG  550

seq1  GCTGGTTCCACCTATGGTCACTTTGGAGGTTCCCGCGTGGCAGAGGCTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTCCACCTATGGTCACTTTGGAGGTTCCCGCGTGGCAGAGGCTCC  600

seq1  CGAACAGTGGAGGCTCCCGCATGGTAGCTGAAATAACAGGATGCTAACTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACAGTGGAGGCTCCCGCATGGTAGCTGAAATAACAGGATGCTAACTT  650

seq1  TGTTCCTTGCTTGTTCACAGTTGCTCACACACACACACACCCCTCCCGCG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTGCTTGTTCACAGTTGCTCACACACACACACACCCCTCCCGCG  700

seq1  CCTGCCCGGCATCCTGTTCTTCTTTAAAGAATTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCGGCATCCTGTTCTTCTTTAAAGAATTC  734