BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089N19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 13,601,480 - 13,726,066
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627244
Downstream geneLOC432535, 1700046C09Rik, 1700054H16Rik, LOC100042542, LOC100041673
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089N19.bB6Ng01-089N19.g
ACCDH902327DH902328
length1,1621,160
definitionDH902327|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089N19, 5' end.DH902328|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,724,893 - 13,726,066)(13,601,480 - 13,602,646)
sequence
gaattctccaaacccttggcaccatattggaactgcaaggaatctagctt
tgtgaattgagcaaataccagattttcagcctctctagtgtgagatacat
tattgaactacacagactgtctcacttaagctatctaataaatcttcttt
tgtgataactgcatactatcagatctgttcctcttaaccagaggttctaa
aactgtgggtggcaaccactttggctgtcacataccagataatcacatga
tgattcctagcattatcagggctacagtcaaggagtagtaatgaaacaat
tctttggttggaggtcaccacaacatgaggagctgtattaaagtttggga
actcctgcttcagtgaaatccaagtagcatgctaagtcaataagcatcgg
ttccacattgtccatcaaagtgggactgtctattatgtttattacggaag
acaaatgttttatagtcatgaaagaaacataatgtataagaagcaaagct
tatgagcatgcgcactactcttcattcagtacctcttccgtccatttggc
actggtaaacatcatcagtagtattacactcaaaaaagctagattcgatt
tacctctccactttcctgtacattattattctatactattatcatctcac
tctgatgcaaaccattgtatttcctccacatagaacagcaaaacatgctt
aagataaaattgaacacctatggttgtccatttgcattctttccagacag
cacttgaagtgcctgtttcctctgtaaaataggcaaaatggctgaaacat
tctatgtttagagtcctcgacagctaccctgaagtctgattaagatgtct
gcatccagcattgaatggattatgacctttgctacctgaattcatctcag
atcttatgatttcttgctaccctttaccagtaataattctcatcagccac
agctcaacacagtttcacctttggaaaagtttccaactcaagatttacaa
tctatgaagcattccctgtcatgtgatctcatggtacttgtgtgtgatcc
acatgtttccttaagaaattattagttagattgaagattccattggaatg
ccatattcaacgctatgtttcccacacctctccagcaaggatatttatat
attattaacatg
gaattcagctactcaagaccatcagatttcaaagactgcattgagacctt
tgaataagcaaaggtttagcaggtgacagaaattaaaggaattaactgaa
agttttagaaagttggagaggtcaaaacaaggggagatttacagaatgtt
cccctttgccaggaatgttaattggcaactatattatatgagaaaaacat
tctcacattgtaagtatgaaattatttaaattatccaaaggaaagaatgt
gattttccccccaacccctcaggaacaaatgtcaaaaatatcttagtaaa
aacaaatttgtcttgtaaaaatatgaagcaattaattcaaatatttggcc
agttacactttaaaatttaaaataatgaactttggaactgttgaatattt
aattcgagctaaatttgtaagtttctcgagtaatgaaattataggcaaaa
agaagcaaagagttcagcacaatagatgaggtgcataaacaatagcttac
agaaattataaatgtcctgttaaatacgaaaataacagctctcacattca
taataagagaaatgcaaattaaggctttaatgagatactaattttcaagt
atctcttggcaagcaaccgcatgttaattggaagataagctaaaggacct
tgggatgagggcagtttcacaggttcataaaattccaaaacaaccctttt
aaagctgaaatatcctctatcaacaggaattcacacctgcaaaacttcta
tttctaaaatagtgatttttaaagtgaagaacgaaaaagaagataaagcc
tattaatatggaactacagaatattaacatttaaaaatgagttaattctt
aaagataaataaaaggatatatcactctatcccgtggaaaaatatgcagt
tattactaccggtttatatattcataatctaccaaatttaagctaggcag
tagttccgataatttcacatgaaaaaaattagttcttaccttttgcatat
caatgtctctctacaagaccactatgtagtcaggaacatcttcgggaaaa
atctaaatttgggaggtaatccaaggaactagaggcctttgcctatgaca
acgtgaacataagtgaactgctgtggataagaaatgaatctcttttgtct
aggattggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_13724893_13726066
seq2: B6Ng01-089N19.b_49_1210 (reverse)

seq1  CATGTTAAGACTCTACCTCAATGTAAATAAATATATAAATA-CTTTGCT-  48
                          |||| ||| |||||||||||| | ||||| 
seq2  -------------------CATGTTAAT-AATATATAAATATCCTTGCTG  30

seq1  GAGA-GTGTGGG--ACATAGCGT--GATAT-GCATTTCAATGGAATCTTC  92
      |||| |||||||  |||||||||   |||| ||||| |||||||||||||
seq2  GAGAGGTGTGGGAAACATAGCGTTGAATATGGCATTCCAATGGAATCTTC  80

seq1  ATACTAACTAAATAATTTCCTTAAGG-AACATGT-GATCAACACACAAGT  140
      |  |||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||
seq2  AATCTAACT-AATAATTT-CTTAAGGAAACATGTGGATC-ACACACAAGT  127

seq1  ACCATGAGATCACATGACAGGGAATGCTTCATAGATTGTAAATCTTGAG-  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCATGAGATCACATGACAGGGAATGCTTCATAGATTGTAAATCTTGAGT  177

seq1  TGGATACTTTTCCAAAGGTGAAACTGTGTTGAGCTGTGGCTGATGAGAAT  239
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTTTTCCAAAGGTGAAACTGTGTTGAGCTGTGGCTGATGAGAAT  227

seq1  TATTACTGGTAAAGGGTAGCAAGAAATCATAAGATCTGAGATGAATTCAG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTGGTAAAGGGTAGCAAGAAATCATAAGATCTGAGATGAATTCAG  277

seq1  GTAGCAAAGGTCATAATCCATTCAATGCTGGATGCAGACATCTTAATCAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAAGGTCATAATCCATTCAATGCTGGATGCAGACATCTTAATCAG  327

seq1  ACTTCAGGGTAGCTGTCGAGGACTCTAAACATAGAATGTTTCAGCCATTT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGGTAGCTGTCGAGGACTCTAAACATAGAATGTTTCAGCCATTT  377

seq1  TGCCTATTTTACAGAGGAAACAGGCACTTCAAGTGCTGTCTGGAAAGAAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATTTTACAGAGGAAACAGGCACTTCAAGTGCTGTCTGGAAAGAAT  427

seq1  GCAAATGGACAACCATAGGTGTTCAATTTTATCTTAAGCATGTTTTGCTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGACAACCATAGGTGTTCAATTTTATCTTAAGCATGTTTTGCTG  477

seq1  TTCTATGTGGAGGAAATACAATGGTTTGCATCAGAGTGAGATGATAATAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTGGAGGAAATACAATGGTTTGCATCAGAGTGAGATGATAATAG  527

seq1  TATAGAATAATAATGTACAGGAAAGTGGAGAGGTAAATCGAATCTAGCTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATAATAATGTACAGGAAAGTGGAGAGGTAAATCGAATCTAGCTT  577

seq1  TTTTGAGTGTAATACTACTGATGATGTTTACCAGTGCCAAATGGACGGAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTGTAATACTACTGATGATGTTTACCAGTGCCAAATGGACGGAA  627

seq1  GAGGTACTGAATGAAGAGTAGTGCGCATGCTCATAAGCTTTGCTTCTTAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACTGAATGAAGAGTAGTGCGCATGCTCATAAGCTTTGCTTCTTAT  677

seq1  ACATTATGTTTCTTTCATGACTATAAAACATTTGTCTTCCGTAATAAACA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATGTTTCTTTCATGACTATAAAACATTTGTCTTCCGTAATAAACA  727

seq1  TAATAGACAGTCCCACTTTGATGGACAATGTGGAACCGATGCTTATTGAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGACAGTCCCACTTTGATGGACAATGTGGAACCGATGCTTATTGAC  777

seq1  TTAGCATGCTACTTGGATTTCACTGAAGCAGGAGTTCCCAAACTTTAATA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATGCTACTTGGATTTCACTGAAGCAGGAGTTCCCAAACTTTAATA  827

seq1  CAGCTCCTCATGTTGTGGTGACCTCCAACCAAAGAATTGTTTCATTACTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTCATGTTGTGGTGACCTCCAACCAAAGAATTGTTTCATTACTA  877

seq1  CTCCTTGACTGTAGCCCTGATAATGCTAGGAATCATCATGTGATTATCTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGACTGTAGCCCTGATAATGCTAGGAATCATCATGTGATTATCTG  927

seq1  GTATGTGACAGCCAAAGTGGTTGCCACCCACAGTTTTAGAACCTCTGGTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGACAGCCAAAGTGGTTGCCACCCACAGTTTTAGAACCTCTGGTT  977

seq1  AAGAGGAACAGATCTGATAGTATGCAGTTATCACAAAAGAAGATTTATTA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAACAGATCTGATAGTATGCAGTTATCACAAAAGAAGATTTATTA  1027

seq1  GATAGCTTAAGTGAGACAGTCTGTGTAGTTCAATAATGTATCTCACACTA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTTAAGTGAGACAGTCTGTGTAGTTCAATAATGTATCTCACACTA  1077

seq1  GAGAGGCTGAAAATCTGGTATTTGCTCAATTCACAAAGCTAGATTCCTTG  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTGAAAATCTGGTATTTGCTCAATTCACAAAGCTAGATTCCTTG  1127

seq1  CAGTTCCAATATGGTGCCAAGGGTTTGGAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCAATATGGTGCCAAGGGTTTGGAGAATTC  1162

seq1: chr11_13601480_13602646
seq2: B6Ng01-089N19.g_67_1226

seq1  GAATTCAGCTACTCAAGACCATCAGATTTCAAAGACTGCATTGAGACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTACTCAAGACCATCAGATTTCAAAGACTGCATTGAGACCTT  50

seq1  TGAATAAGCAAAGGTTTAGCAGGTGACAGAAATTAAAGGAATTAACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAGCAAAGGTTTAGCAGGTGACAGAAATTAAAGGAATTAACTGAA  100

seq1  AGTTTTAGAAAGTTGGAGAGGTCAAAACAAGGGGAGATTTACAGAATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAGAAAGTTGGAGAGGTCAAAACAAGGGGAGATTTACAGAATGTT  150

seq1  CCCCTTTGCCAGGAATGTTAATTGGCAACTATATTATATGAGAAAAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGCCAGGAATGTTAATTGGCAACTATATTATATGAGAAAAACAT  200

seq1  TCTCACATTGTAAGTATGAAATTATTTAAATTATCCAAAGGAAAGAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATTGTAAGTATGAAATTATTTAAATTATCCAAAGGAAAGAATGT  250

seq1  GATTTTCCCCCCAACCCCTCAGGAACAAATGTCAAAAATATCTTAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCCCCCCAACCCCTCAGGAACAAATGTCAAAAATATCTTAGTAAA  300

seq1  AACAAATTTGTCTTGTAAAAATATGAAGCAATTAATTCAAATATTTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTTGTCTTGTAAAAATATGAAGCAATTAATTCAAATATTTGGCC  350

seq1  AGTTACACTTTAAAATTTAAAATAATGAACTTTGGAACTGTTGAATATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACACTTTAAAATTTAAAATAATGAACTTTGGAACTGTTGAATATTT  400

seq1  AATTCGAGCTAAATTTGTAAGTTTCTCGAGTAATGAAATTATAGGCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGAGCTAAATTTGTAAGTTTCTCGAGTAATGAAATTATAGGCAAAA  450

seq1  AGAAGCAAAGAGTTCAGCACAATAGATGAGGTGCATAAACAATAGCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAAGAGTTCAGCACAATAGATGAGGTGCATAAACAATAGCTTAC  500

seq1  AGAAATTATAAATGTCCTGTTAAATACGAAAATAACAGCTCTCACATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATAAATGTCCTGTTAAATACGAAAATAACAGCTCTCACATTCA  550

seq1  TAATAAGAGAAATGCAAATTAAGGCTTTAATGAGATACTAATTTTCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGAGAAATGCAAATTAAGGCTTTAATGAGATACTAATTTTCAAGT  600

seq1  ATCTCTTGGCAAGCAACCGCATGTTAATTGGAAGATAAGCTAAAGGACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGGCAAGCAACCGCATGTTAATTGGAAGATAAGCTAAAGGACCT  650

seq1  TGGGATGAGGGCAGTTTCACAGGTTCATAAAATTCCAAAACAACCCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGAGGGCAGTTTCACAGGTTCATAAAATTCCAAAACAACCCTTTT  700

seq1  AAAGCTGAAATATCCTCTATCAACAGGAATTCACACCTGCAAAACTTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAAATATCCTCTATCAACAGGAATTCACACCTGCAAAACTTCTA  750

seq1  TTTCTAAAATAGTGATTTTTAAAGTGAAGAACGAAAAAGAAGATAAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAAATAGTGATTTTTAAAGTGAAGAACGAAAAAGAAGATAAAGCC  800

seq1  TATTAATATGGAACTACAGAATATTAACATTTAAAAATGAGTTAATTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATGGAACTACAGAATATTAACATTTAAAAATGAGTTAATTCTT  850

seq1  AAAGATAAATAAAAGGATATATCACTCTATCCCGTGGAAAAATATGCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAATAAAAGGATATATCACTCTATCCCGTGGAAAAATATGCAGT  900

seq1  TATTACTACCGGTTTTATATATTCATAATCTACCAAATTTAAGCTAGGCA  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTACCGG-TTTATATATTCATAATCTACCAAATTTAAGCTAGGCA  949

seq1  GTAGTTCCGATAATTTCACATGAAAAAAAATTAGTTCTTACCTTTTGCAT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCCGATAATTTCACATG-AAAAAAATTAGTTCTTACCTTTTGCAT  998

seq1  ATCAATGTCTCTCTACACAGACCACTATGTAGTCAGGAACATCTTCGGGA  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGTCTCTCTACA-AGACCACTATGTAGTCAGGAACATCTTCGGGA  1047

seq1  AAAATCTAAATTTGGGGAGGTTAATCCAAGGAACTAGAGGCCTTTGCCTA  1100
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTAAATTT-GGGAGG-TAATCCAAGGAACTAGAGGCCTTTGCCTA  1095

seq1  TGACCAACGTTGAACATAAAGTGAGCTGCTGT-GATAAGATATGATTCTC  1149
      ||| ||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  TGA-CAACG-TGAACAT-AAGTGAACTGCTGTGGATAAGAAATGAATCTC  1142

seq1  TTTATGCTAGGATTGGAC  1167
      |||   ||||||||||||
seq2  TTTTGTCTAGGATTGGAC  1160