BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091E02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 48,369,268 - 48,508,762
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC192895, Hn1l-ps2
Upstream geneLOC100039647
Downstream geneLOC667163, LOC432554, Gnb2l1, Trim41, LOC100039945, Trim7, Irgm, EG432555, OTTMUSG00000005523, Psme2b-ps, LOC667214, Tgtp, LOC667219, 9930111J21Rik, Olfr56, LOC100039796, Ifi47, Olfr1396, Olfr1395, Olfr1394, Btnl9, Zfp62, Mgat1, Olfr1393, Olfr1392, Olfr10, Olfr1391, Olfr1390, LOC667286, Olfr1389, Olfr1388, Olfr1387, Olfr1386, Olfr1385, Olfr1549-ps1, Olfr1384, Olfr1383, Olfr1382, GA_x5J8B7TT7LR-4113-3651, Olfr1381, Olfr1380, Flt4, LOC100040032, Scgb3a1, Cnot6, LOC666899
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091E02.bB6Ng01-091E02.g
ACCDH903333DH903334
length1,134809
definitionDH903333|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091E02, 5' end.DH903334|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091E02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,507,613 - 48,508,762)(48,369,268 - 48,370,076)
sequence
gaattctctgatcctgtccatatggcttacactgaagttgtattttaggg
ggtaggattttgaaaaactcttccccttccaagaccaaaagcttcctaaa
taacatctaatggaaataatgaatgttcacaaatataagagcttagttct
tgaataaagtatgtccaaagtcaatgcatgtgttcctgtgagatatctgt
aaacctgaggtgactgaattaaatatgcaaattcttagattcagtttgga
gttcgttctgggacttcacattagggagctgtatgtttccctaatccagt
gccactcagagtggtcacccaccagtaccccaacatcggttgaaatgcaa
atctgtgggcccttcccttgtccttgatgactaggtccagcaggctcttc
agcaagcctcacctttttgagaattcagaagcatgtgaaagctgggaaca
cccttgtttcagatgcaggacaggcctgttccatggttcaaggtaccatt
gagtatatagcaaagactgatgagaaaggcatttagagtaaacccccagg
agactgagcagatgtgatcacatccaaacacagctttggaaagagttata
attcccaaaggggtgttggtctggaaatcccttatggtgactgaattgta
gaaggtacaattgctttctcattcatccttaagaaggcaatgtcagcatg
tgattcatgctcatatgactgtcatattctacctcaggcaggaggtatgg
gtaaggcagtccacatcaaattgcaatggaccaatgccaattttcaatct
ttagttgttaagtggagtgggcaggtgggtttaatatctgctatcctctg
agtggtagaatttcccacagtgggtcccctgaggtagatactattattct
gaaaaataaatgaagtagtttgcccactactaggtattgatagttcaggt
ctcaagccaggcaccacaagtagaactcaaatcactagccactatgatac
acatctcttgtagctcttctttctctttctctccagctgtgtatatctgc
taactgttttctcacctcagggagttggagcaagttttcagacttatctt
ttcacaactgatgttgaagggtggggaataaagg
gaattcatagactgtaggattagattcaaacctgggaagactgaattgag
acatcattatgtcaagaaaagttcttctctgatccctaaatgcaaagtga
tggtaacatttgaatcctctgtataagaaaatgagccaaagtcaaattat
gacatatctgacaagttgtgttggttggctgccatgtcctcactgcccct
tggtgtcctcctccactctaagacttcaaccaccgttcgagaggaagaat
acttaaaactctgtctttatggtttcagatgcatctaacccccagctatg
ttggcattcattagcccagaagcttggaatacccaagatacaattcacag
accacatgaagctcaagaagaaggaagaccaaagtgttgatacttcagtc
cttcttagaaggggggccaaaatacccatgagaggagattcagagacaaa
gtgtggagcagagactgaagggaaggccatccagagactgccctacctgg
aaatccatcccatatacagttaccaaacccagacactattatggatacca
acaagtgattgctgtcaggatcatgatatagctgtctcctgagaggctct
gctagtgcctgacaaatacagaggtggatgctctcagtcaaccattggac
tgagcacaggatccccagtagaggacctagagaaaggaccaaaggagctg
aaggggtttgcagctccataagaggaacaacaatatgaaccaaccagtac
ccccagagctcccagagactaaaccaccaaccaaagagtacagatggagg
gacccatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_48507613_48508762
seq2: B6Ng01-091E02.b_47_1180 (reverse)

seq1  CCTTCTATTCCCCAACCCTTCCAACATCAGTTGTTGAAAAGATAAAGTCC  50
      |||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |
seq2  CCTT-TATTCCCC-ACCCTT-CAACATCAGTTG-TGAAAAGAT-AAGT-C  44

seq1  TGAAAACTTTGCTCCAACCTCCCTGAGGTGAGAAAACAGTTTAAGGCAGA  100
      ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||| 
seq2  TGAAAAC-TTGCTCCAA-CTCCCTGAGGTGAGAAAACAGTT---AGCAG-  88

seq1  ATATAACACAAGGCTGGAGAG-AAGAGAAAGAAGAGCTACAGGAGATGTT  149
      |||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  ATAT-ACACA--GCTGGAGAGAAAGAGAAAGAAGAGCTACAAGAGATG-T  134

seq1  GTATCATAGTGGCTAGTGATTTGAGTTCTACCTTGTGGTTGCCTGGCTTG  199
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GTATCATAGTGGCTAGTGATTTGAGTTCTA-CTTGTGG-TGCCTGGCTTG  182

seq1  AGACCCTGAACTATCAATACCTAGTAGTGGGCAAACTACTTCATTTATTT  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGA-CCTGAACTATCAATACCTAGTAGTGGGCAAACTACTTCATTTATTT  231

seq1  TTCAGAATAATAGTATCTACCTCAGGGGA-CCACTGTGGG-AATTCTACC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TTCAGAATAATAGTATCTACCTCAGGGGACCCACTGTGGGAAATTCTACC  281

seq1  ACTCAGAGGATAGCAGATATTAAACCCACCTGCCCACTCCACTTAACAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGGATAGCAGATATTAAACCCACCTGCCCACTCCACTTAACAAC  331

seq1  TAAAGATTGAAAATTGGCATTGGTCCATTGCAATTTGATGTGGACTGCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTGAAAATTGGCATTGGTCCATTGCAATTTGATGTGGACTGCCT  381

seq1  TACCCATACCTCCTGCCTGAGGTAGAATATGACAGTCATATGAGCATGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATACCTCCTGCCTGAGGTAGAATATGACAGTCATATGAGCATGAA  431

seq1  TCACATGCTGACATTGCCTTCTTAAGGATGAATGAGAAAGCAATTGTACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCTGACATTGCCTTCTTAAGGATGAATGAGAAAGCAATTGTACC  481

seq1  TTCTACAATTCAGTCACCATAAGGGATTTCCAGACCAACACCCCTTTGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAATTCAGTCACCATAAGGGATTTCCAGACCAACACCCCTTTGGG  531

seq1  AATTATAACTCTTTCCAAAGCTGTGTTTGGATGTGATCACATCTGCTCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAACTCTTTCCAAAGCTGTGTTTGGATGTGATCACATCTGCTCAG  581

seq1  TCTCCTGGGGGTTTACTCTAAATGCCTTTCTCATCAGTCTTTGCTATATA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGGGGTTTACTCTAAATGCCTTTCTCATCAGTCTTTGCTATATA  631

seq1  CTCAATGGTACCTTGAACCATGGAACAGGCCTGTCCTGCATCTGAAACAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGGTACCTTGAACCATGGAACAGGCCTGTCCTGCATCTGAAACAA  681

seq1  GGGTGTTCCCAGCTTTCACATGCTTCTGAATTCTCAAAAAGGTGAGGCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTCCCAGCTTTCACATGCTTCTGAATTCTCAAAAAGGTGAGGCTT  731

seq1  GCTGAAGAGCCTGCTGGACCTAGTCATCAAGGACAAGGGAAGGGCCCACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGAGCCTGCTGGACCTAGTCATCAAGGACAAGGGAAGGGCCCACA  781

seq1  GATTTGCATTTCAACCGATGTTGGGGTACTGGTGGGTGACCACTCTGAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCATTTCAACCGATGTTGGGGTACTGGTGGGTGACCACTCTGAGT  831

seq1  GGCACTGGATTAGGGAAACATACAGCTCCCTAATGTGAAGTCCCAGAACG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGGATTAGGGAAACATACAGCTCCCTAATGTGAAGTCCCAGAACG  881

seq1  AACTCCAAACTGAATCTAAGAATTTGCATATTTAATTCAGTCACCTCAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAAACTGAATCTAAGAATTTGCATATTTAATTCAGTCACCTCAGG  931

seq1  TTTACAGATATCTCACAGGAACACATGCATTGACTTTGGACATACTTTAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGATATCTCACAGGAACACATGCATTGACTTTGGACATACTTTAT  981

seq1  TCAAGAACTAAGCTCTTATATTTGTGAACATTCATTATTTCCATTAGATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACTAAGCTCTTATATTTGTGAACATTCATTATTTCCATTAGATG  1031

seq1  TTATTTAGGAAGCTTTTGGTCTTGGAAGGGGAAGAGTTTTTCAAAATCCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAGGAAGCTTTTGGTCTTGGAAGGGGAAGAGTTTTTCAAAATCCT  1081

seq1  ACCCCCTAAAATACAACTTCAGTGTAAGCCATATGGACAGGATCAGAGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTAAAATACAACTTCAGTGTAAGCCATATGGACAGGATCAGAGAA  1131

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1134

seq1: chr11_48369268_48370076
seq2: B6Ng01-091E02.g_69_877

seq1  GAATTCATAGACTGTAGGATTAGATTCAAACCTGGGAAGACTGAATTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGACTGTAGGATTAGATTCAAACCTGGGAAGACTGAATTGAG  50

seq1  ACATCATTATGTCAAGAAAAGTTCTTCTCTGATCCCTAAATGCAAAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATTATGTCAAGAAAAGTTCTTCTCTGATCCCTAAATGCAAAGTGA  100

seq1  TGGTAACATTTGAATCCTCTGTATAAGAAAATGAGCCAAAGTCAAATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACATTTGAATCCTCTGTATAAGAAAATGAGCCAAAGTCAAATTAT  150

seq1  GACATATCTGACAAGTTGTGTTGGTTGGCTGCCATGTCCTCACTGCCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCTGACAAGTTGTGTTGGTTGGCTGCCATGTCCTCACTGCCCCT  200

seq1  TGGTGTCCTCCTCCACTCTAAGACTTCAACCACCGTTCGAGAGGAAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCCTCCTCCACTCTAAGACTTCAACCACCGTTCGAGAGGAAGAAT  250

seq1  ACTTAAAACTCTGTCTTTATGGTTTCAGATGCATCTAACCCCCAGCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAACTCTGTCTTTATGGTTTCAGATGCATCTAACCCCCAGCTATG  300

seq1  TTGGCATTCATTAGCCCAGAAGCTTGGAATACCCAAGATACAATTCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCATTCATTAGCCCAGAAGCTTGGAATACCCAAGATACAATTCACAG  350

seq1  ACCACATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTGTTGATACTTCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTGTTGATACTTCAGTC  400

seq1  CTTCTTAGAAGGGGGGCCAAAATACCCATGAGAGGAGATTCAGAGACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGAAGGGGGGCCAAAATACCCATGAGAGGAGATTCAGAGACAAA  450

seq1  GTGTGGAGCAGAGACTGAAGGGAAGGCCATCCAGAGACTGCCCTACCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAGCAGAGACTGAAGGGAAGGCCATCCAGAGACTGCCCTACCTGG  500

seq1  AAATCCATCCCATATACAGTTACCAAACCCAGACACTATTATGGATACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATCCCATATACAGTTACCAAACCCAGACACTATTATGGATACCA  550

seq1  ACAAGTGATTGCTGTCAGGATCATGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGATTGCTGTCAGGATCATGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCT  600

seq1  GCTAGTGCCTGACAAATACAGAGGTGGATGCTCTCAGTCAACCATTGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGCCTGACAAATACAGAGGTGGATGCTCTCAGTCAACCATTGGAC  650

seq1  TGAGCACAGGATCCCCAGTAGAGGACCTAGAGAAAGGACCAAAGGAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACAGGATCCCCAGTAGAGGACCTAGAGAAAGGACCAAAGGAGCTG  700

seq1  AAGGGGTTTGCAGCTCCATAAGAGGAACAACAATATGAACCAACCAGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTTTGCAGCTCCATAAGAGGAACAACAATATGAACCAACCAGTAC  750

seq1  CCCCAGAGCTCCCAGAGACTAAACCACCAACCAAAGAGTACAGATGGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGCTCCCAGAGACTAAACCACCAACCAAAGAGTACAGATGGAGG  800

seq1  GACCCATGG  809
      |||||||||
seq2  GACCCATGG  809