BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092B16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 109,374,513 - 109,399,557
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArsg
Upstream geneCcdc46, Olfr1397-ps1, LOC629945, Axin2, E030025P04Rik, LOC194985, Rgs9, 1700096J18Rik, Gna13, 9930022D16Rik, X83328, Slc16a6
Downstream geneWipi1, Prkar1a, BC029169, 1700012B07Rik, 1700023C21Rik, LOC100041492, Abca8b, Abca8a, Abca9, Abca6, Abca5, Map2k6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092B16.bB6Ng01-092B16.g
ACCDH903956DH903957
length1,1291,152
definitionDH903956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092B16, 5' end.DH903957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,374,513 - 109,375,647)(109,398,402 - 109,399,557)
sequence
gaattcagtcatggaccgcagcccatgggaccgcgccagccatattaagg
ctgggtcttccttgctcatttaagcattcctggaaatacggtcacagaca
tacccaggggttgtctcctaagtggttctaaatgctaccaaatcgacaat
caaactgtttctccatgcaatgcctgcccttgtgatttttcagagtgtcc
cttacagcgtcatctttcagattctagtctgggtccctccactccgtgga
tcccgcccactctgtgaatcccacccactccgtgggtcccgcccactctg
tgaatcccacccactccatggatcccgcccactctgtgaatcccacccac
tccgtgggtcccgcccactctgtggatccccttgctaagcttggatcctt
agtgagtcctttcttcctgtcagttctaaaagtctcttgtcaccctcccc
ttatctctgtcatgagtttggggtcttacacactctcatccattgttgct
ctctaagctactccacgcttggctttctttaaattacttttctttttatg
tttacttcttttatgtgtagatttgcctgcgtacatgcctgtacaccttg
tgtgtgcttggtaccttcagggtccagaagaggggctcggatcttctggg
actggaattacagatggttgtgaaccaccatgtgggtgctggaaacaggt
tgtatgttccttaagggtggggccatgcctagtattttaaagaacatgtt
tatattacatttttatttattttgtggacatgttgggggtagtgtcatat
gcctgctgtaccccatgtagaggtcagaggataacctgtaggaactggtt
ctcttttctaccatgtgcatcccagaaattgaatccaagttaccagcctt
ggtggcatgcacctagagcattcatggagctctagaattctttcatactt
ccccatggtatctaaagtaggcatgggagctcaatcatacataatagagc
caggcagtcttgtgttagcagtgttacattctgcatgcccaaagatagat
actgcacttattctgactgaaacccgaagctacattctgtggagcctggg
atgccacattttatcaagtcagtccattc
gaattcaatgtatctgtggcttcatagcagacacacagacacacacacga
gcatatacacataggcacatacccagatacacacacacaatcacaacaca
cacacacaggagctttacattcatgagcacatacccagacacgcacacac
ataaacaaacagacatgagcacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacaagcatatacacatgagcacatacccagacacacacacac
atgagcacacatacacacacacacacacacacaagcatatacacatgagc
acatacccagacacacacacacatgagcacacatacacacacacacacac
acaagcatatacacatgagcacatacccagacacacacacacatgagcac
acatacacacacacacacaagcatatacacatgagcacatacccagacat
acacacacacatgaacatacacacatgagcacacatacacacacaatgag
cacacacacacacacacacacacacacacacagaggatttattttcctgt
gtagaattcacataggtaacaaccagggaaccatgttttcttttgttttt
taacattgtggttattgttatactgttatttgtttggctttttgagacag
cctccttgcatatctcagactggctttgaactcactatgaagccaaggct
gctctccaactggtagcaaaccttctgtctcagtgtcctgagtgctaaaa
ttacaagcactgtaccactgtgcccatctcggggagccatgggtccagag
atacaaatatataggttcaggtatcacagaccaccttgttctaagatggt
ggttctcaagtggccagtgatatcagcactgtcctggagtgcaacagaat
gcaaactgccatcagcaattgatgaccgatagggttgaaacttcatttta
gcaagatcccccacaggatcttgtgtctactcagccaggctgaagaagtg
tagtacaggcccggttcccttcaggtcagaaggtttggtagtctttgtat
ccctggggggtaaaactggtttctgaacatcagcagatgcctattagata
ggtaggaacagaaactcagggtctgagcaatggttcaggccaggaaagaa
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_109374513_109375647
seq2: B6Ng01-092B16.b_45_1173

seq1  GAATTCAGTCATGGACCGCAGCCCATGGGACCGCGCCAGCCATATTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCATGGACCGCAGCCCATGGGACCGCGCCAGCCATATTAAGG  50

seq1  CTGGGTCTTCCTTGCTCATTTAAGCATTCCTGGAAATACGGTCACAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTTCCTTGCTCATTTAAGCATTCCTGGAAATACGGTCACAGACA  100

seq1  TACCCAGGGGTTGTCTCCTAAGTGGTTCTAAATGCTACCAAATCGACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGGGGTTGTCTCCTAAGTGGTTCTAAATGCTACCAAATCGACAAT  150

seq1  CAAACTGTTTCTCCATGCAATGCCTGCCCTTGTGATTTTTCAGAGTGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGTTTCTCCATGCAATGCCTGCCCTTGTGATTTTTCAGAGTGTCC  200

seq1  CTTACAGCGTCATCTTTCAGATTCTAGTCTGGGTCCCTCCACTCCGTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGCGTCATCTTTCAGATTCTAGTCTGGGTCCCTCCACTCCGTGGA  250

seq1  TCCCGCCCACTCTGTGAATCCCACCCACTCCGTGGGTCCCGCCCACTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCCCACTCTGTGAATCCCACCCACTCCGTGGGTCCCGCCCACTCTG  300

seq1  TGAATCCCACCCACTCCATGGATCCCGCCCACTCTGTGAATCCCACCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCCACCCACTCCATGGATCCCGCCCACTCTGTGAATCCCACCCAC  350

seq1  TCCGTGGGTCCCGCCCACTCTGTGGATCCCCTTGCTAAGCTTGGATCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGGGTCCCGCCCACTCTGTGGATCCCCTTGCTAAGCTTGGATCCTT  400

seq1  AGTGAGTCCTTTCTTCCTGTCAGTTCTAAAAGTCTCTTGTCACCCTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTCCTTTCTTCCTGTCAGTTCTAAAAGTCTCTTGTCACCCTCCCC  450

seq1  TTATCTCTGTCATGAGTTTGGGGTCTTACACACTCTCATCCATTGTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTGTCATGAGTTTGGGGTCTTACACACTCTCATCCATTGTTGCT  500

seq1  CTCTAAGCTACTCCACGCTTGGCTTTCTTTAAATTACTTTTCTTTTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGCTACTCCACGCTTGGCTTTCTTTAAATTACTTTTCTTTTTATG  550

seq1  TTTACTTCTTTTATGTGTAGATTTGCCTGCGTACATGCCTGTACACCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCTTTTATGTGTAGATTTGCCTGCGTACATGCCTGTACACCTTG  600

seq1  TGTGTGCTTGGTACCTTCAGGGTCCAGAAGAGGGGCTCGGATCTTCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTTGGTACCTTCAGGGTCCAGAAGAGGGGCTCGGATCTTCTGGG  650

seq1  ACTGGAATTACAGATGGTTGTGAACCACCATGTGGGTGCTGGAAACAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAATTACAGATGGTTGTGAACCACCATGTGGGTGCTGGAAACAGGT  700

seq1  TGTATGTTCCTTAAGGGTGGGGCCATGCCTAGTATTTTAAAGAACATGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTCCTTAAGGGTGGGGCCATGCCTAGTATTTTAAAGAACATGTT  750

seq1  TATATTACA-TTTTATTTATTTTGTGGACATGTTGGGGGTAGTGTCATAT  799
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTACATTTTTATTTATTTTGTGGACATGTTGGGGGTAGTGTCATAT  800

seq1  GCCTGCTGTACCCCATGTAGAGGTCAGAGGATAACCTGTAGGAACTGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGTACCCCATGTAGAGGTCAGAGGATAACCTGTAGGAACTGGTT  850

seq1  CTCTTTTCTACCATGTGCATCCCAGAAATTGAATCCAAGTTACCAGCCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCTACCATGTGCATCCCAGAAATTGAATCCAAGTTACCAGCCTT  900

seq1  GGTGGCATGCACCTAGAGCATTCATGGAGCTCTAGAATTCTTTCATACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCATGCACCTAGAGCATTCATGGAGCTCTAGAATTCTTTCATACTT  950

seq1  CCCCATGGTATCTAAAGTAGGCATGGGAGCTCAATCATACATAATAGAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGGTATCTAAAGTAGGCATGGGAGCTCAATCATACATAATAGAGC  1000

seq1  CAGGCAGTTCTTGTTGTTAGCAGTGGTTACATTCTGCATGCCCACAGATA  1049
      ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGGCAG-TCTTG-TGTTAGCAGT-GTTACATTCTGCATGCCCAAAGATA  1047

seq1  GATACTGCAACCTTATTCTGACTGGAAACACAGAGCTACATTCCTGTGAG  1099
      |||||||||  |||||||||||| ||||| |  ||||||||| |||||  
seq2  GATACTGCA--CTTATTCTGACT-GAAACCCGAAGCTACATT-CTGTGGA  1093

seq1  CCCTGGGATGCAACATTTTTATC-AGTCAGTTCATTC  1135
       |||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||
seq2  GCCTGGGATGCCACA-TTTTATCAAGTCAGTCCATTC  1129

seq1: chr11_109398402_109399557
seq2: B6Ng01-092B16.g_70_1221 (reverse)

seq1  CCTTCTTTCCTGGCCTGAACATTTGCTCAGCACCTGCTGTTTTCTG-TCC  49
      ||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||    |||||| |||
seq2  CCTTCTTTCCTGGCCTGAACCATTGCTCAGACCCTG--AGTTTCTGTTCC  48

seq1  TACCTACTTATTGAGCATCTGCTGTATG-TCAGAAA-CAGTATTTTCCCC  97
      ||||||  || |  |||||||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||
seq2  TACCTATCTAATAGGCATCTGCTG-ATGTTCAGAAACCAGT-TTTACCCC  96

seq1  CCAGGGATACAAAGACTAACAAAACCTCTGACCTGAAGGAAACCGGGCCT  147
      |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAGGGATACAAAGACTACCAAACCTTCTGACCTGAAGGGAACCGGGCCT  146

seq1  GTACTAACACTTC-TCAGGCTGGCTTGAGTAGACACAAGATCCTGTGGGG  196
      ||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACT-ACACTTCTTCAGCCTGGC-TGAGTAGACACAAGATCCTGTGGGG  194

seq1  GATCTTGCTAAAATGAAGTTTCAACCTAATCGGTCATCAATTGCTGATGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCTAAAATGAAGTTTCAACCCTATCGGTCATCAATTGCTGATGG  244

seq1  CAGTTTTGCATTTCTGTGGCACTCCAGGACAGTGCTGATATCACTGGCCA  296
      ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAG-TTTGCA-TTCTGTTGCACTCCAGGACAGTGCTGATATCACTGGCCA  292

seq1  CTTTGAGAACCACCATCTTAGAACAAGGTGGTCTGTGATACCTGAACCTA  346
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTGAGAACCACCATCTTAGAACAAGGTGGTCTGTGATACCTGAACCTA  341

seq1  TA-ATTTGTATCTCCGGACCCATGGCTCCCCGAGATGGGCACAGTGGTAC  395
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGTATCTCTGGACCCATGGCTCCCCGAGATGGGCACAGTGGTAC  391

seq1  AGTGCTTGTAATTTTAGCACTCAGGACACTGAGACAGAAGGTTTGCTACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGTAATTTTAGCACTCAGGACACTGAGACAGAAGGTTTGCTACC  441

seq1  AGTTGGAGAGCAGCCTTGGCTTCATAGTGAGTTCAAAGCCAGTCTGAGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAGAGCAGCCTTGGCTTCATAGTGAGTTCAAAGCCAGTCTGAGAT  491

seq1  ATGCAAGGAGGCTGTCTCAAAAAGCCAAACAAATAACAGTATAACAATAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGGAGGCTGTCTCAAAAAGCCAAACAAATAACAGTATAACAATAA  541

seq1  CCACAATGTTAAAAAACAAAAGAAAACATGGTTCCCTGGTTGTTACCTAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGTTAAAAAACAAAAGAAAACATGGTTCCCTGGTTGTTACCTAT  591

seq1  GTGAATTCTACACAGGAAAATAAATCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTCTACACAGGAAAATAAATCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  641

seq1  GTGTGTGTGTGCTCATTGTGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTATGTTCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGCTCATTGTGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTATGTTCA  691

seq1  TGTGTGTGTGTATGTCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCTTGTGTGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCTTGTGTGTG  741

seq1  TGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTGTGTGTCTGGGTATGTGCTCATGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTGTGTGTCTGGGTATGTGCTCATGTG  791

seq1  TATATGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTGTGTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGCTCATGTGTGTGTGTG  841

seq1  TCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  891

seq1  TGTGTGCTCATGTGTGTGTGTGTCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTCATGTGTGTGTGTGTCTGGGTATGTGCTCATGTGTATATGCT  941

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCATGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCATGTC  991

seq1  TGTTTGTTTATGTGTGTGCGTGTCTGGGTATGTGCTCATGAATGTAAAGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTATGTGTGTGCGTGTCTGGGTATGTGCTCATGAATGTAAAGC  1041

seq1  TCCTGTGTGTGTGTGTTGTGATTGTGTGTGTGTATCTGGGTATGTGCCTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGTGTGTGTTGTGATTGTGTGTGTGTATCTGGGTATGTGCCTA  1091

seq1  TGTGTATATGCTCGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGCTATGAAGCCACAGAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATATGCTCGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGCTATGAAGCCACAGAT  1141

seq1  ACATTGAATTC  1156
      |||||||||||
seq2  ACATTGAATTC  1152