BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099J04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 21,071,642 - 21,251,967
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVps54, Ugp2
Upstream geneRab1, Cep68, LOC216544, Slc1a4, LOC100042746, LOC382492, Sertad2, LOC665953, Aftph, 1110067D22Rik, LOC100042035, Peli1
Downstream geneLOC100042081, 4932414J04Rik, Mdh1, AV249152, Pgam1-ps1, LOC382494, LOC666047, Otx1, Ehbp1, LOC100042146
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099J04.bB6Ng01-099J04.g
ACCDH909332DH909333
length1,146940
definitionDH909332|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099J04, 5' end.DH909333|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,250,809 - 21,251,967)(21,071,642 - 21,072,578)
sequence
gaattcttctagataggtatgctctttaaaaaagaactacatgtagattc
atccagttttttaaaatgtttgagaacagacctaacacaatgatagattt
agtcactctaagtacttggaatttttgtcttggatttatttataattgaa
taacctcagttgattattgtgtggtgggctccagcagcagacctgggagc
cctgctgctttctggacagttactacagagcctgatatcagctaagtgca
aggcattggcccctttgtgcagcagctgcccacgtgcagatcctggtcct
tgcaggtgggttccattgatgtgctgtgctttaaagtgtcagttggtagg
ttaatgctgaggacgagccagccctagaagcacccctttactaactaaac
ctaactaaacagagaagcaaaggtcagtctgaagtctgctcagtgactag
gattagctgggagtgtacagtgtgtcctgtagtctccgctgctgtgcaca
gagccggagtgtcacttgatgccgagttataacgtactgggcagcatact
gagagctcatctttgcctcctctccttgtgccaaaaagtagaaaacattt
acttttatttatttcgttttacaggtactacctttatcaaaaagattcta
atacattttttaaaaagaccctcaactgtctaatcggtagcagatttagt
tctaaagatgtgattttctcatttttttaacagagcatttttaaaaagat
ttatttattttatttatacgagtacactaatctacagacacaccagaaga
gggcatcagatcccattaagatggttgtgagccctggggatccaacccat
aaacaaccaccaaaacccagacacgattgtagatgccaaaagagcttgct
gacaggagcctgaatagctgtctcctaagaggctctgccagtgcctgaca
aatacagaagtggagactcacagccatccattggacagagcatagggtcc
caatgaaggagccagagaagtacccaaagaagctgaaggggtttgcagcc
cataggaggaacacatatggactaaccagtacccttaggctccctggact
aggcaccaacaagaaacacttgttaggaccatgttcctgtgaggtt
gaattcactgccccaaggaccaaagccagggaagtcaccatggggagaaa
gaaggagagagcagggagaccaaaatgtctggattatatatagggaagag
actctgtctggtggaagagcagcccaggcactgggctagaagttcagggc
tgggggcagggtatgccaggtagggactgagggatgctgggagaacctgg
agaccaggtctgctttgatgtgtaaactatgcctatcctgaggtctgaaa
ccaaacagctagtagagaaacatgtgcgtgtatatgggactttgaggtgg
gaactttgttaacagtattcaaaaagtacaagctacagattaatagcttg
acaggtttggctgcagcaataataagattgccggtgtatgaatactgtca
caaacttgggcagaggacagctgggaagggatacttgtaatgcctcaacc
caacaaggagctaaaacccagcttgcaaaggagctctggtaagtcagaca
aggcacacgacagaaatgctgtcgaaggtctaagtggctagttctcagaa
gcattaacctaaatgcttaagagtcaagagaagttcagagtcaccgtaat
caagaaaagcagttaaagaatcctagatactacttaatgccctttgattt
gtaaaaacggggaagctggaaaagcatgatagtcttagaaaacatgtaaa
aaccaaagagcccatgctcactgctgttaggagtgtacacgcgcacctat
tctaaagagtttttctggctgcatgtgtgtgtgggtgtacctgtgactca
gaaatcccctctgcacagggccatgaggaggtgggcaggagtatgagtat
cacagggctgctgtctgtggtacagggtggttagaggcagtctgtgtcag
ttggaaaataaggattttgtacataattgtattggtaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_21250809_21251967
seq2: B6Ng01-099J04.b_43_1188 (reverse)

seq1  AACCTTCACAGGACCATGGGTCCTAACAAGTGTTTTCTTTGGTTGGTGCT  50
      |||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  |||||||| 
seq2  AACC-TCACAGGAACAT-GGTCCTAACAAGTG-TTTCTT--GTTGGTGC-  44

seq1  TTAGTCCCAGGGAGCTCTAGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCT  100
       |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||   |||||||
seq2  CTAGT-CCAGGGAGC-CTAAGGGTACTGGTTAGTCCATAT--GTGTTCCT  90

seq1  CCTATTGGGCTGCAAACCCCTTCAGC-TCCTTGGGTACTTTCTCTGGCTC  149
      |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
seq2  CCTA-TGGGCTGCAAACCCCTTCAGCTTCTTTGGGTAC-TTCTCTGGCTC  138

seq1  CTTCATTGGGGACCCTATGCTCTGTCCAATGGATGGCTGTGAGTCTCCAC  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATT-GGGACCCTATGCTCTGTCCAATGGATGGCTGTGAGTCTCCAC  187

seq1  TTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCTCTTAGGAGACAGCTATATCA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCTCTTAGGAGACAGCTAT-TCA  236

seq1  GGCTCCTGTCAGCAAGCTCTTGTTGGCATCTACAATCGTGTCT-GGTTTT  298
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCTCCTGTCAGCAAGCTCTT-TTGGCATCTACAATCGTGTCTGGGTTTT  285

seq1  GGTGGTTGTTTATGGGTTGGATCCCCAGGGCTCACAACCATCTTAATGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTGTTTATGGGTTGGATCCCCAGGGCTCACAACCATCTTAATGGG  335

seq1  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGTAGATTAGTGTACTCGTATAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGTAGATTAGTGTACTCGTATAAAT  385

seq1  AAAATAAATAAATCTTTTTAAAAATGCTCTGTTAAAAAAATGAGAAAATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAAATCTTTTTAAAAATGCTCTGTTAAAAAAATGAGAAAATC  435

seq1  ACATCTTTAGAACTAAATCTGCTACCGATTAGACAGTTGAGGGTCTTTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTTAGAACTAAATCTGCTACCGATTAGACAGTTGAGGGTCTTTTT  485

seq1  AAAAAATGTATTAGAATCTTTTTGATAAAGGTAGTACCTGTAAAACGAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTATTAGAATCTTTTTGATAAAGGTAGTACCTGTAAAACGAAA  535

seq1  TAAATAAAAGTAAATGTTTTCTACTTTTTGGCACAAGGAGAGGAGGCAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAGTAAATGTTTTCTACTTTTTGGCACAAGGAGAGGAGGCAAA  585

seq1  GATGAGCTCTCAGTATGCTGCCCAGTACGTTATAACTCGGCATCAAGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTCTCAGTATGCTGCCCAGTACGTTATAACTCGGCATCAAGTGA  635

seq1  CACTCCGGCTCTGTGCACAGCAGCGGAGACTACAGGACACACTGTACACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCGGCTCTGTGCACAGCAGCGGAGACTACAGGACACACTGTACACT  685

seq1  CCCAGCTAATCCTAGTCACTGAGCAGACTTCAGACTGACCTTTGCTTCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTAATCCTAGTCACTGAGCAGACTTCAGACTGACCTTTGCTTCTC  735

seq1  TGTTTAGTTAGGTTTAGTTAGTAAAGGGGTGCTTCTAGGGCTGGCTCGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGTTAGGTTTAGTTAGTAAAGGGGTGCTTCTAGGGCTGGCTCGTC  785

seq1  CTCAGCATTAACCTACCAACTGACACTTTAAAGCACAGCACATCAATGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATTAACCTACCAACTGACACTTTAAAGCACAGCACATCAATGGA  835

seq1  ACCCACCTGCAAGGACCAGGATCTGCACGTGGGCAGCTGCTGCACAAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCTGCAAGGACCAGGATCTGCACGTGGGCAGCTGCTGCACAAAGG  885

seq1  GGCCAATGCCTTGCACTTAGCTGATATCAGGCTCTGTAGTAACTGTCCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATGCCTTGCACTTAGCTGATATCAGGCTCTGTAGTAACTGTCCAG  935

seq1  AAAGCAGCAGGGCTCCCAGGTCTGCTGCTGGAGCCCACCACACAATAATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCAGGGCTCCCAGGTCTGCTGCTGGAGCCCACCACACAATAATC  985

seq1  AACTGAGGTTATTCAATTATAAATAAATCCAAGACAAAAATTCCAAGTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGGTTATTCAATTATAAATAAATCCAAGACAAAAATTCCAAGTAC  1035

seq1  TTAGAGTGACTAAATCTATCATTGTGTTAGGTCTGTTCTCAAACATTTTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTGACTAAATCTATCATTGTGTTAGGTCTGTTCTCAAACATTTTA  1085

seq1  AAAAACTGGATGAATCTACATGTAGTTCTTTTTTAAAGAGCATACCTATC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGGATGAATCTACATGTAGTTCTTTTTTAAAGAGCATACCTATC  1135

seq1  TAGAAGAATTC  1159
      |||||||||||
seq2  TAGAAGAATTC  1146

seq1: chr11_21071642_21072578
seq2: B6Ng01-099J04.g_68_1007

seq1  GAATTCACTGCCCCAAGGACCAAAGCCAGGGAAGTCACCATGGGGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCCCAAGGACCAAAGCCAGGGAAGTCACCATGGGGAGAAA  50

seq1  GAAGGAGAGAGCAGGGAGACCAAAATGTCTGGATTATATATAGGGAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAGAGCAGGGAGACCAAAATGTCTGGATTATATATAGGGAAGAG  100

seq1  ACTCTGTCTGGTGGAAGAGCAGCCCAGGCACTGGGCTAGAAGTTCAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCTGGTGGAAGAGCAGCCCAGGCACTGGGCTAGAAGTTCAGGGC  150

seq1  TGGGGGCAGGGTATGCCAGGTAGGGACTGAGGGATGCTGGGAGAACCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCAGGGTATGCCAGGTAGGGACTGAGGGATGCTGGGAGAACCTGG  200

seq1  AGACCAGGTCTGCTTTGATGTGTAAACTATGCCTATCCTGAGGTCTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGTCTGCTTTGATGTGTAAACTATGCCTATCCTGAGGTCTGAAA  250

seq1  CCAAACAGCTAGTAGAGAAACATGTGCGTGTATATGGGACTTTGAGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGCTAGTAGAGAAACATGTGCGTGTATATGGGACTTTGAGGTGG  300

seq1  GAACTTTGTTAACAGTATTCAAAAAGTACAAGCTACAGATTAATAGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTGTTAACAGTATTCAAAAAGTACAAGCTACAGATTAATAGCTTG  350

seq1  ACAGGTTTGGCTGCAGCAATAATAAGATTGCCGGTGTATGAATACTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTGGCTGCAGCAATAATAAGATTGCCGGTGTATGAATACTGTCA  400

seq1  CAAACTTGGGCAGAGGACAGCTGGGAAGGGATACTTGTAATGCCTCAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTGGGCAGAGGACAGCTGGGAAGGGATACTTGTAATGCCTCAACC  450

seq1  CAACAAGGAGCTAAAACCCAGCTTGCAAAGGAGCTCTGGTAAGTCAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGGAGCTAAAACCCAGCTTGCAAAGGAGCTCTGGTAAGTCAGACA  500

seq1  AGGCACACGACAGAAATGCTGTCGAAGGTCTAAGTGGCTAGTTCTCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACGACAGAAATGCTGTCGAAGGTCTAAGTGGCTAGTTCTCAGAA  550

seq1  GCATTAACCTAAATGCTTAAGAGTCAAGAGAAGTTCAGAGTCACCGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAACCTAAATGCTTAAGAGTCAAGAGAAGTTCAGAGTCACCGTAAT  600

seq1  CAAGAAAAGCAGTTAAAGAATCCTAGATACTACTTAATGCCCTTTGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAAGCAGTTAAAGAATCCTAGATACTACTTAATGCCCTTTGATTT  650

seq1  GTAAAAACGGGGAAGCTGGAAAAGCATGATAGTCTTAGAAAACATGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAACGGGGAAGCTGGAAAAGCATGATAGTCTTAGAAAACATGTAAA  700

seq1  AACC-AAGAGCCCATGCTCACTGCTGTTAGGAGTGTACACGCGCACCTAT  749
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGAGCCCATGCTCACTGCTGTTAGGAGTGTACACGCGCACCTAT  750

seq1  TCTAAAGAG-TTTTCTGGCTGCATGTGTGTGTGGGTGTACCTGTGACTCA  798
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGTTTTTCTGGCTGCATGTGTGTGTGGGTGTACCTGTGACTCA  800

seq1  GAAATCCCCTCTGCACAGGGCCATGAGGAGGTGGGCAGGAGTATGAGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCCTCTGCACAGGGCCATGAGGAGGTGGGCAGGAGTATGAGTAT  850

seq1  CACAGGGCTGCTGTCTGTGGTACAGGGTGGTTAGAGGCAGTCTGTGTCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCTGCTGTCTGTGGTACAGGGTGGTTAGAGGCAGTCTGTGTCAG  900

seq1  TTGG-AGATAAGGTAATTGTACATAGATGTCATGGTAAAC  937
      |||| | ||||||   |||||||||  |||  ||||||||
seq2  TTGGAAAATAAGGATTTTGTACATAATTGTATTGGTAAAC  940