BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100B02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 118,375,739 - 118,530,740
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD11Bwg0517e
Upstream geneTnrc6c, Tmc6, Tmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1, Socs3, Pgs1, Dnahc17, Pscd1, Usp36, Timp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik
Downstream geneEnpp7, Cbx2, Cbx8, Cbx4, Tbc1d16, Ccdc40, Gaa, Eif4a3, Card14, Sgsh, Slc26a11, LOC672511, Rnf213, A730011L01Rik, Nptx1, 4932417H02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100B02.bB6Ng01-100B02.g
ACCDH909679DH909680
length8771,178
definitionDH909679|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B02, 5' end.DH909680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,375,739 - 118,376,615)(118,529,551 - 118,530,740)
sequence
tgtcctcgttaaatgactctggtaagatgaggaagtgggaaggacagggc
cagcctcgtcccacctgtgcccctccaatatggccgcccctgtggcctgc
ggtaccagacacttcatttagtaagaccctacttcgatgcagccacgagg
aggcagggatggctgcccaacctttttgccagttgcattacagagctctc
agcctggttgtgcccacctcagtcttggggtagcaggaaagggtcagtca
gtggagtcctctcaagcatgctttctttgccatagttgaccctgtgtgcc
tcaatgtcccaccctcagtgacaagagagcctctttcctcagactatgca
ctgggccttgtggagtttcgtctgctctccctgtagccgcctttctggca
tctggagtacaccaagtccaaactgtggctgggttaccttggggagtaag
aataggcctgcttcaccaggcttgtggaaggccgcagcagtccagatgca
aggtctactgggacagtgctcaaagagcctggctacctcatggccgctgc
agcaaatgtgaagaatctacttggtctgctaccaaccttgtttccctgat
cagtagccgtgagtgtcagccttgccccgctccctagagcacccagtgcc
agacaccctggaacagacttacagagccaatagtgtctggtatccaagtc
ttcgtctctcttccctccctttcttctccatcctcttccccccccccccc
aacttctcctcccgcttagcaaagtttcctgggcccttcctgtctataca
cgagctcaaaactgggacagtgtgtaagcgctggacttggtgtgcctcac
gttgtctcctcctcttcctcctcctcc
gaattcaggcatgcccaaggctgcgctgttcgcaatatttctcgtgacca
gctgagcatcaagagctgagaatgcgtccctgtcaaaggtgctgtgcata
gagcacaggctgccccagcgaggtatcatctcttcatgcttatgctccag
tcaagggaatgccttgcatctgtgtcttgcaagctgatgctcatgttgtt
gttgtgtgcatagatgctctccctggggtcagcaaggtcatggtcaccca
gctcatgactgacagagcagagctcacacctgagttacctggtcccagag
tccctctcctgaaggcaccatgtcagagaggacctggcagagcatgaagc
tgtatcacccgaaccttcctagattttgctcctggaaatgaagtcaggct
gtggatatggtctctttgaagaaatggggcccagactgggctcttggtgg
gtaattcttgatggtaagatccacgtgtcttccagttgctggcctatgaa
acccctactcgggcctggagcccagcttctgcggcagataggcactgcat
gcctaactggcccatgtactctctgctgattggtcttgcctccttggagg
aacgctgtttgccccaggcagagggaatgcaatctgagcaaacggaaagg
ccctttaagatccactcggtagaattaaagtctgaaaaatgactcactag
agggtccctgccctttgaagagtttgtttagctcagagctttgcgatctg
ctctgggccttgcctggcccatgcaaactgagcgagaggaagcagggcca
aagaggaggaagaggtcacgggaggcatttggaacacctcttcctgtgtt
aagaaatcatgccgcctgggcaccatgcccaccttagctggggactatct
ggatcacacctcttagggagagccacccagccattctctagagagcagct
acagagctcagctttctgaaaccaaaccaagctcccccggcaagcaccga
aggaatcgactttttctcttctgtcagaatagtcttctgttttctatctg
tcctctgttcgggggtcatggggcaacaagggaacaaaagaccaataatc
aaaggcagactcagcctgatcctgagttcactctctcagacgcctgaatg
gcagccttggactgaagcttgggctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_118375739_118376615
seq2: B6Ng01-100B02.b_56_932

seq1  TGTCCTCGTTAAATGACTCTGGTAAGATGAGGAAGTGGGAAGGACAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCGTTAAATGACTCTGGTAAGATGAGGAAGTGGGAAGGACAGGGC  50

seq1  CAGCCTCGTCCCACCTGTGCCCCTCCAATATGGCCGCCCCTGTGGCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCGTCCCACCTGTGCCCCTCCAATATGGCCGCCCCTGTGGCCTGC  100

seq1  GGTACCAGACACTTCATTTAGTAAGACCCTACTTCGATGCAGCCACGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCAGACACTTCATTTAGTAAGACCCTACTTCGATGCAGCCACGAGG  150

seq1  AGGCAGGGATGGCTGCCCAACCTTTTTGCCAGTTGCATTACAGAGCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGATGGCTGCCCAACCTTTTTGCCAGTTGCATTACAGAGCTCTC  200

seq1  AGCCTGGTTGTGCCCACCTCAGTCTTGGGGTAGCAGGAAAGGGTCAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGTTGTGCCCACCTCAGTCTTGGGGTAGCAGGAAAGGGTCAGTCA  250

seq1  GTGGAGTCCTCTCAAGCATGCTTTCTTTGCCATAGTTGACCCTGTGTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTCCTCTCAAGCATGCTTTCTTTGCCATAGTTGACCCTGTGTGCC  300

seq1  TCAATGTCCCACCCTCAGTGACAAGAGAGCCTCTTTCCTCAGACTATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCCCACCCTCAGTGACAAGAGAGCCTCTTTCCTCAGACTATGCA  350

seq1  CTGGGCCTTGTGGAGTTTCGTCTGCTCTCCCTGTAGCCGCCTTTCTGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTTGTGGAGTTTCGTCTGCTCTCCCTGTAGCCGCCTTTCTGGCA  400

seq1  TCTGGAGTACACCAAGTCCAAACTGTGGCTGGGTTACCTTGGGGAGTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTACACCAAGTCCAAACTGTGGCTGGGTTACCTTGGGGAGTAAG  450

seq1  AATAGGCCTGCTTCACCAGGCTTGTGGAAGGCCGCAGCAGTCCAGATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCCTGCTTCACCAGGCTTGTGGAAGGCCGCAGCAGTCCAGATGCA  500

seq1  AGGTCTACTGGGACAGTGCTCAAAGAGCCTGGCTACCTCATGGCCGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTACTGGGACAGTGCTCAAAGAGCCTGGCTACCTCATGGCCGCTGC  550

seq1  AGCAAATGTGAAGAATCTACTTGGTCTGCTACCAACCTTGTTTCCCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGTGAAGAATCTACTTGGTCTGCTACCAACCTTGTTTCCCTGAT  600

seq1  CAGTAGCCGTGAGTGTCAGCCTTGCCCCGCTCCCTAGAGCACCCAGTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCCGTGAGTGTCAGCCTTGCCCCGCTCCCTAGAGCACCCAGTGCC  650

seq1  AGACACCCTGGAACAGACTTACAGAGCCAATAGTGTCTGGTATCCAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCCTGGAACAGACTTACAGAGCCAATAGTGTCTGGTATCCAAGTC  700

seq1  TTCGTCTCTCTTCCCTCCCTTTCTTCTCCATCCTCTT-CCCCCCCCCCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCGTCTCTCTTCCCTCCCTTTCTTCTCCATCCTCTTCCCCCCCCCCCCC  750

seq1  AACTTCTCCTCCCGCTTAGCAAAGTTTCCTGGGCCCTTCCCTGTCTATAC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACTTCTCCTCCCGCTTAGCAAAGTTTCCTGGGCCCTT-CCTGTCTATAC  799

seq1  ACGAGCTCAAAACTGGGACAGTGTGTAAGCGCTGGACTTGGTGTGCCTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGCTCAAAACTGGGACAGTGTGTAAGCGCTGGACTTGGTGTGCCTCA  849

seq1  CGTTGTCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCC  877
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCC  877

seq1: chr11_118529551_118530740
seq2: B6Ng01-100B02.g_69_1246 (reverse)

seq1  ACCAGCCCAAGCCATTCCAGCCCAAGCCCTGCCATTCCAGCTGTCATGAG  50
      ||||||||||||   | ||| |||||  |||||||| |||  ||| ||||
seq2  ACCAGCCCAAGC---TTCAGTCCAAG-GCTGCCATT-CAGGCGTC-TGAG  44

seq1  -GAGTGGAACTCAGGGACCAGGCTGAGCCTGCCTTTGATTTATTGTTCTT  99
       |||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||| || |
seq2  AGAGT-GAACTCA-GGATCAGGCTGAGTCTGCCTTTGA-TTATTGGTC-T  90

seq1  TTTGTTCCCTTGTTGCCCACTGAACTCCACGGAACAGA-GACAGATAGGA  148
      ||||||||||||||||||  |||   || | ||||||| ||||||||| |
seq2  TTTGTTCCCTTGTTGCCCCATGA---CCCCCGAACAGAGGACAGATAGAA  137

seq1  AACATGAAGACTATTCTGACAGAAGGAGAAAAGTCGATTCC-TCGGTGC-  196
      |||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||| 
seq2  AACA-GAAGACTATTCTGACAGAAGAGAAAAAGTCGATTCCTTCGGTGCT  186

seq1  TGCCGGGGGAGCTTGGTTTGGGTTTCAGAAAGCTGAGCTCTGTAGCTGCT  246
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGGGGAGCTTGGTTT-GGTTTCAGAAAGCTGAGCTCTGTAGCTGCT  235

seq1  CTCTAGAGAATGGCTGGGGTGGCTCTCCCTAAGAGGTGTGATCCAGATAG  296
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGAATGGCT-GGGTGGCTCTCCCTAAGAGGTGTGATCCAGATAG  284

seq1  TCCCCAGCTAAGGTGGGCATGGTGCCCAGGCGGCATGA-TTCTTAACACA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCCCAGCTAAGGTGGGCATGGTGCCCAGGCGGCATGATTTCTTAACACA  334

seq1  GGAAGAGGTGTTCCAAATGCCTCCCGTGACCTCTTCCTCCTCTTTGGCCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGTGTTCCAAATGCCTCCCGTGACCTCTTCCTCCTCTTTGGCCC  384

seq1  TGCTTCCTTCTCGCTCAGTTTGCATGGGCCAGGCAAGGCCCAGAGCAGAT  445
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCC-TCTCGCTCAGTTTGCATGGGCCAGGCAAGGCCCAGAGCAGAT  433

seq1  CGCAAAGCTCTGAGCTAAACAAACTCTTCAAAGGGCAGGGACCCTCTAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAAGCTCTGAGCTAAACAAACTCTTCAAAGGGCAGGGACCCTCTAGT  483

seq1  GAGTCATTTTTCAGACTTTAATTCTACCGAGTGGATCTTAAAGGGCCTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATTTTTCAGACTTTAATTCTACCGAGTGGATCTTAAAGGGCCTTT  533

seq1  CCGTTTGCTCAGATTGCATTCCCTCTGCCTGGGGCAAACAGCGTTCCTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTGCTCAGATTGCATTCCCTCTGCCTGGGGCAAACAGCGTTCCTCC  583

seq1  AAGGAGGCAAGACCAATCAGCAGAGAGTACATGGGCCAGTTAGGCATGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCAAGACCAATCAGCAGAGAGTACATGGGCCAGTTAGGCATGCA  633

seq1  GTGCCTATCTGCCGCAGAAGCTGGGCTCCAGGCCCGAGTAGGGGTTTCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTATCTGCCGCAGAAGCTGGGCTCCAGGCCCGAGTAGGGGTTTCAT  683

seq1  AGGCCAGCAACTGGAAGACACGTGGATCTTACCATCAAGAATTACCCACC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCAACTGGAAGACACGTGGATCTTACCATCAAGAATTACCCACC  733

seq1  AAGAGCCCAGTCTGGGCCCCATTTCTTCAAAGAGACCATATCCACAGCCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCCAGTCTGGGCCCCATTTCTTCAAAGAGACCATATCCACAGCCT  783

seq1  GACTTCATTTCCAGGAGCAAAATCTAGGAAGGTTCGGGTGATACAGCTTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATTTCCAGGAGCAAAATCTAGGAAGGTTCGGGTGATACAGCTTC  833

seq1  ATGCTCTGCCAGGTCCTCTCTGACATGGTGCCTTCAGGAGAGGGACTCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGCCAGGTCCTCTCTGACATGGTGCCTTCAGGAGAGGGACTCTG  883

seq1  GGACCAGGTAACTCAGGTGTGAGCTCTGCTCTGTCAGTCATGAGCTGGGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGGTAACTCAGGTGTGAGCTCTGCTCTGTCAGTCATGAGCTGGGT  933

seq1  GACCATGACCTTGCTGACCCCAGGGAGAGCATCTATGCACACAACAACAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGACCTTGCTGACCCCAGGGAGAGCATCTATGCACACAACAACAA  983

seq1  CATGAGCATCAGCTTGCAAGACACAGATGCAAGGCATTCCCTTGACTGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCATCAGCTTGCAAGACACAGATGCAAGGCATTCCCTTGACTGGA  1033

seq1  GCATAAGCATGAAGAGATGATACCTCGCTGGGGCAGCCTGTGCTCTATGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCATGAAGAGATGATACCTCGCTGGGGCAGCCTGTGCTCTATGC  1083

seq1  ACAGCACCTTTGACAGGGACGCATTCTCAGCTCTTGATGCTCAGCTGGTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCTTTGACAGGGACGCATTCTCAGCTCTTGATGCTCAGCTGGTC  1133

seq1  ACGAGAAATATTGCGAACAGCGCAGCCTTGGGCATGCCTGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAAATATTGCGAACAGCGCAGCCTTGGGCATGCCTGAATTC  1178