BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102N02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 70,927,280 - 71,058,035
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c
Upstream geneMgl2, Mgl1, Slc16a11, Slc16a13, Bcl6b, 0610010K14Rik, D11Bwg0434e, Alox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536
Downstream geneLOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102N02.bB6Ng01-102N02.g
ACCDH911599DH911600
length1,237955
definitionDH911599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102N02, 5' end.DH911600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,056,797 - 71,058,035)(70,927,280 - 70,928,237)
sequence
ggaattctctacaccatatgtctaagaagtgtggtgtattcaacaataat
gccttatctactagctcatatgggaaactaatcagaatgacatgagcctg
tattgccgtagggatctgcaagacttccctgcccacaaactcctaaggag
acatcccacatttggaaccaggtttttgttttgaaattcattgcttccag
gatctccatctcaagccttgtatgctgttatgctttttaaagttaccaaa
taataggatccaagtctacctacattttaccaatctgctactgttcttta
ttccatcactaaggccaagtcccatttctagttttctgatttcaagaggt
ttagaagcttcatataacagatgtggtgttcacttctcagtgtgagtgga
tagttccagacagtgtttctctatgtatcaagcccaggccgtgaactcac
aaagatatgcttgcctcaacctccgaagtgctaggattgaagatgtttgc
caccatacccagtgtccaaatatttcttcttaattctgtcctttgatact
cagtaagatctattcctttccatatgtgagagtgttcaggtattggagta
ttataatcattgcccatttgtatccccagacttacatcttgactttaaaa
ttcatgatcaccctattactttcttcattagatgctcctgtttatctata
gctcaggatgcagcaagatggtccacatagcatatcatctttgcttcaca
ttactggaaccagggcttcccattactacagactgtgtccttgagctgac
ttccctaaactgttagagcacagtggatatagggacctctcaaaccattg
aggcttattcatgagctgcagtttattaatctccttcacttgtagatgaa
attcattcgctattcccctgtgcacagtcttgcttcactttaattctacc
atcaaatctaaaacacacgtttgtcattattgtgagtgtacaaaatcaaa
caagtacaaaagacctctctttttttttaaaccaaattatttaggcatct
agcagggacttgattgttgtctacaagattcagtgagttataaactggag
ggatgaatcatgtggagaggtatctaatgttcatttttctggtatattct
gcttgagtgatagggctagctcagaagtcttgaaaccgaggaactgtgtt
gaacctttccgaacttcataagaaagtctctcttagt
gaattccaagctctccacagctgagctgcaggagcaatggatatagggtt
aggaccaatgttctgctgccattggccatggtagagctccataggcctag
aacctctcactgctctatttcaagagtcatgtgacatgaaattcaaaaga
tacagaatagggcatgatctcattcattaagtaaagtcttaatcaagata
aagtccatagaaacctagtagaagtttgattataagggcagtgggcagga
ggaaatgggaagatgtcatttcttggacctggagctttctcccccaggct
tccctttgcctctgtattcttcacttctgctttattcatgtcctcaggaa
gtgtgctccactgaagtcctcatgagtccagtgttatcattagctagtgg
gatttcttgatgaatgaagtctctcatgatccccaagaacagaatcccat
ttgtttatcttaacaagtctggcatgtgttataggtgtaaagggagttca
gtgaatatttgataaatattaagcctccctctagagttatccttctcctt
tagtctccttccatctacacctgcttcagggttcttgagaacccactcca
gactcaccacagagtctttagttggcagccacgctttctcagggtcgtac
aaagactgtgtactgcatagtagctcagtggatttccacttaggtccaac
tcctccaggtttctggctaacttaagattggagaagaaaatcttccagct
ggcatcagtgattggggtccatctgtacctgagggtagagagaggtagga
gaggggtgtgacatgcatgtgcaggtctgtacatagccccacattgcaga
taggtttctatctgtctgagcccaggcactggtatgccatcccagaattc
actagactttctacatgttctttgctcatattctgggatcccctcctttg
tgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71056797_71058035
seq2: B6Ng01-102N02.b_47_1282 (reverse)

seq1  ACTAA---AGACATTCTTAT-ATGATCTGAAAGG-TCA--ACAGTTCCTT  43
      |||||   |||| ||||||| | | || |||||| |||  ||||||||| 
seq2  ACTAAGAGAGACTTTCTTATGAAGTTCGGAAAGGTTCAACACAGTTCCTC  50

seq1  GGTTATCCAGGGCATCTTGAGCCTAG-CCTATCA-TCATAGCAAGAATAT  91
      |||  | || | | || |||| |||| ||||||| ||| ||| |||||||
seq2  GGT--TTCAAGACTTC-TGAG-CTAGCCCTATCACTCA-AGC-AGAATAT  94

seq1  ACCAG-AAAATGAACAATAGATACTTCTCCAACATGA-TCATACACTCAG  139
      ||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| |   |||
seq2  ACCAGAAAAATGAACATTAGATACCTCTCC-ACATGATTCATCCCTCCAG  143

seq1  TTTTATACTCAACTGAATTCCTTGTAGACAACAATCAAGTCCCTTGCTAG  189
      |||   |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTATAACTC-ACTGAAT--CTTGTAGACAACAATCAAGTCCC-TGCTAG  189

seq1  ATGGCTTAAATAATTTTGGTTTAAAAAAAAGAGAGGTCTTTTTGTACTTG  239
      || || |||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AT-GCCTAAATAATTTGGTTTAAAAAAAAAGAGAGGTC-TTTTGTACTTG  237

seq1  TTTGATTTTGTACACTCACAATAATTGACAAACGTGTGTTTTAGATTTGA  289
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTTGTACACTCACAATAA-TGACAAACGTGTGTTTTAGATTTGA  286

seq1  TGGTAGAATTAAAGTGAAGCAAGACTGTGCACAGGGGAATAGCGAATGAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAATTAAAGTGAAGCAAGACTGTGCACAGGGGAATAGCGAATGAA  336

seq1  TTTCATCTACAAGTGAAGGAGATTAATAAACTGCAGCTCATGAATAAGCC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTACAAGTGAAGGAGATTAATAAACTGCAGCTCATGAATAAGCC  386

seq1  TCAATGGTTTGAGAGGTCCCTATATCCACTGTGCTCTAACAGTTTAGGGA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGTTTGAGAGGTCCCTATATCCACTGTGCTCTAACAGTTTAGGGA  436

seq1  AGTCAGCTCAAGGACACAGTCTGTAGTAATGGGAAGCCCTGGTTCCAGTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCTCAAGGACACAGTCTGTAGTAATGGGAAGCCCTGGTTCCAGTA  486

seq1  ATGTGAAGCAAAGATGATATGCTATGTGGACCATCTTGCTGCATCCTGAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGCAAAGATGATATGCTATGTGGACCATCTTGCTGCATCCTGAG  536

seq1  CTATAGATAAACAGGAGCATCTAATGAAGAAAGTAATAGGGTGATCATGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGATAAACAGGAGCATCTAATGAAGAAAGTAATAGGGTGATCATGA  586

seq1  ATTTTAAAGTCAAGATGTAAGTCTGGGGATACAAATGGGCAATGATTATA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAGTCAAGATGTAAGTCTGGGGATACAAATGGGCAATGATTATA  636

seq1  ATACTCCAATACCTGAACACTCTCACATATGGAAAGGAATAGATCTTACT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCAATACCTGAACACTCTCACATATGGAAAGGAATAGATCTTACT  686

seq1  GAGTATCAAAGGACAGAATTAAGAAGAAATATTTGGACACTGGGTATGGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCAAAGGACAGAATTAAGAAGAAATATTTGGACACTGGGTATGGT  736

seq1  GGCAAACATCTTCAATCCTAGCACTTCGGAGGTTGAGGCAAGCATATCTT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACATCTTCAATCCTAGCACTTCGGAGGTTGAGGCAAGCATATCTT  786

seq1  TGTGAGTTCACGGCCTGGGCTTGATACATAGAGAAACACTGTCTGGAACT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTCACGGCCTGGGCTTGATACATAGAGAAACACTGTCTGGAACT  836

seq1  ATCCACTCACACTGAGAAGTGAACACCACATCTGTTATATGAAGCTTCTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTCACACTGAGAAGTGAACACCACATCTGTTATATGAAGCTTCTA  886

seq1  AACCTCTTGAAATCAGAAAACTAGAAATGGGACTTGGCCTTAGTGATGGA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTTGAAATCAGAAAACTAGAAATGGGACTTGGCCTTAGTGATGGA  936

seq1  ATAAAGAACAGTAGCAGATTGGTAAAATGTAGGTAGACTTGGATCCTATT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAACAGTAGCAGATTGGTAAAATGTAGGTAGACTTGGATCCTATT  986

seq1  ATTTGGTAACTTTAAAAAGCATAACAGCATACAAGGCTTGAGATGGAGAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTAACTTTAAAAAGCATAACAGCATACAAGGCTTGAGATGGAGAT  1036

seq1  CCTGGAAGCAATGAATTTCAAAACAAAAACCTGGTTCCAAATGTGGGATG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAGCAATGAATTTCAAAACAAAAACCTGGTTCCAAATGTGGGATG  1086

seq1  TCTCCTTAGGAGTTTGTGGGCAGGGAAGTCTTGCAGATCCCTACGGCAAT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTAGGAGTTTGTGGGCAGGGAAGTCTTGCAGATCCCTACGGCAAT  1136

seq1  ACAGGCTCATGTCATTCTGATTAGTTTCCCATATGAGCTAGTAGATAAGG  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCATGTCATTCTGATTAGTTTCCCATATGAGCTAGTAGATAAGG  1186

seq1  CATTATTGTTGAATACACCACACTTCTTAGACATATGGTGTAGAGAATTC  1239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTGTTGAATACACCACACTTCTTAGACATATGGTGTAGAGAATTC  1236

seq1: chr11_70927280_70928237
seq2: B6Ng01-102N02.g_69_1023

seq1  GAATTCCAAGCTCTCCACAGCTGAGCTGCAGGAGCAATGGATATAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCTCTCCACAGCTGAGCTGCAGGAGCAATGGATATAGGGTT  50

seq1  AGGACCAATGTTCTGCTGCCATTGGCCATGGTAGAGCTCCATAGGCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAATGTTCTGCTGCCATTGGCCATGGTAGAGCTCCATAGGCCTAG  100

seq1  AACCTCTCACTGCTCTATTTCAAGAGTCATGTGACATGAAATTCAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTCACTGCTCTATTTCAAGAGTCATGTGACATGAAATTCAAAAGA  150

seq1  TACAGAATAGGGCATGATCTCATTCATTAAGTAAAGTCTTAATCAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATAGGGCATGATCTCATTCATTAAGTAAAGTCTTAATCAAGATA  200

seq1  AAGTCCATAGAAACCTAGTAGAAGTTTGATTATAAGGGCAGTGGGCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCATAGAAACCTAGTAGAAGTTTGATTATAAGGGCAGTGGGCAGGA  250

seq1  GGAAATGGGAAGATGTCATTTCTTGGACCTGGAGCTTTCTCCCCCAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGGAAGATGTCATTTCTTGGACCTGGAGCTTTCTCCCCCAGGCT  300

seq1  TCCCTTTGCCTCTGTATTCTTCACTTCTGCTTTATTCATGTCCTCAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGCCTCTGTATTCTTCACTTCTGCTTTATTCATGTCCTCAGGAA  350

seq1  GTGTGCTCCACTGAAGTCCTCATGAGTCCAGTGTTATCATTAGCTAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCCACTGAAGTCCTCATGAGTCCAGTGTTATCATTAGCTAGTGG  400

seq1  GATTTCTTGATGAATGAAGTCTCTCATGATCCCCAAGAACAGAATCCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTGATGAATGAAGTCTCTCATGATCCCCAAGAACAGAATCCCAT  450

seq1  TTGTTTATCTTAACAAGTCTGGCATGTGTTATAGGTGTAAAGGGAGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATCTTAACAAGTCTGGCATGTGTTATAGGTGTAAAGGGAGTTCA  500

seq1  GTGAATATTTGATAAATATTAAGCCTCCCTCTAGAGTTATCCTTCTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATTTGATAAATATTAAGCCTCCCTCTAGAGTTATCCTTCTCCTT  550

seq1  TAGTCTCCTTCCATCTACACCTGCTTCAGGGTTCTTGAGAACCCACTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCCTTCCATCTACACCTGCTTCAGGGTTCTTGAGAACCCACTCCA  600

seq1  GACTCACCACAGAGTCTTTAGTTGGCAGCCACGCTTTCTCAGGGTCGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACCACAGAGTCTTTAGTTGGCAGCCACGCTTTCTCAGGGTCGTAC  650

seq1  AAAGACTGTGTACTGCATAGTAGCTCAGTGGATTTCCACTTAGGTCCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTGTGTACTGCATAGTAGCTCAGTGGATTTCCACTTAGGTCCAAC  700

seq1  TCCTCCAGGTTTCTGGCTAACTTAAGATTGGAGAAGAAAATCTTCCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAGGTTTCTGGCTAACTTAAGATTGGAGAAGAAAATCTTCCAGCT  750

seq1  GGCATCAGTGATTGGGGTCCATCTGTACCTGAGGGTAGAGAGAGGTAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAGTGATTGGGGTCCATCTGTACCTGAGGGTAGAGAGAGGTAGGA  800

seq1  GAGGGGTGTGACATGCATGTGCAAGGTCTGTACATAGCCCCACATAGCAG  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGGGGTGTGACATGCATGTGC-AGGTCTGTACATAGCCCCACATTGCAG  849

seq1  ATAGGTTTCTATCTGCCTGAGCCCCAGGCACTGGTATGCCATCCCCAGAA  900
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATAGGTTTCTATCTGTCTGAG-CCCAGGCACTGGTATGCCAT-CCCAGAA  897

seq1  TTCACTAGAC-TTCTACATGTTCCTTTGCTTCATATTCT-GGATCCCCTC  948
      |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TTCACTAGACTTTCTACATGTT-CTTTGC-TCATATTCTGGGATCCCCTC  945

seq1  CTTTGTGTGG  958
      ||||||||||
seq2  CTTTGTGTGG  955