BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104A03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 80,011,914 - 80,146,001
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf135, Rhot1, Rhbdl3
Upstream geneLOC100042697, Wsb1, Nf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185, LOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2
Downstream gene5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3, Accn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104A03.bB6Ng01-104A03.g
ACCDH912430DH912431
length1,1311,046
definitionDH912430|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104A03, 5' end.DH912431|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,144,859 - 80,146,001)(80,011,914 - 80,012,968)
sequence
gaattcactcacaccccacccccaggtcagacacacagacttcttcagac
aggggtatccactacctcctaggccagactgtcttatcctcggagggtca
atcgagggatccatggcaggtctgggtagaagaaaaagcttcctatgggt
ttagatgtgccttggccagaaagctgcctggcttcattcacaccactgat
gccctgggtgttgtgcacactgcacagtgagaggagcctctcgttacgtg
gggagtctcccaacaacagcaggcagctctcattagctctgcctacaagc
ttgatgggaccaaaagggaccaaggaatttccccaggcttacacagctgg
aacatgggagtctggtggcaggaactctgtcagtaggcctgttccaatca
tatgctctgccctctttccagaacatacctccctgtctgggtagctgtgg
gaaatatgcctagcagacaattctgagtcagggaccctggagatgaggat
ctgtgtgtgcccaggaagcctgggcttgtaccacccatgggatctcctct
gacattccctggggaggagcaccgcagggcccacctgcctacctgccaca
acaccggccacgtagacaagcccaattcgggtggctccatgcaccatctc
caggggtacccctaccagcagctgcagtgccacattgagtcccagctgtt
ccaccctgtgacagaccacggtcattaattcacctggcaaatgctctgtg
ccgagatactgggagccagcaggttggtgcgaggccccattctttgcctt
tgagcagctcatgggctgtggaggggacttgactctcatggggaaaaaaa
ttcttctctgctgggacagaatacacgtaagggacctggtagtgacaggc
agtagtctgtatatgcggctgtgacagggactagccatgcccaggaccta
gctgctccaggggttaacttgcagaagccagactcagagagtgacagtga
gtggcttagtcacagccagttctggtcagtttgactgcctcatccctagc
tctgggctcctctggcttttttttttttttttttaccgatctacaaggca
ctactgagcccagaaccaaagatggttcaaa
gaattccagttctgggggacctaaccccctcttaattctgtgggtactgc
gtgtgtgtggtgcacagaaatacacacaggtaaagcatacagacataaaa
attaaagaagtaaaaaacgtaactgaccatggtgtttactcctccccagg
ggccatcagtccaacctttgacctgaggaccctctcctataacctggagg
tttccaacaatagccggagagtgactgtgtctcgtggtgatctgcacacc
tatcactggagtccccagagattttcaattagccaggtcttttgttctca
ggccctctcttctggacagaagtactgggaagtggacactaggaactgta
gccactgggccatcggggtagcttcttggggcatgaagcgggacgggatg
ctgggaaggactatggactcctggtgtatagagtggagagggcctggcca
gttctctgcttgggccaagatgaagaaaacagacttgcagtcggacctcc
ctgaggttgtgggcgtgtggctggacctggagtcgggggagcttgccttc
tacgcagtggccgatcacgagaggctcctgtatgagtgtgaggtctctag
ctcctctcctctgcatcccgccttctggctgtatggcttaagtcctggaa
actacctggaaataaagcagctaaacacatgagcttccctcggggttagg
acagtggcttcttagcctctttgtttaggggccactggagaattccactt
agggagactggatatagtagtgcatacctataactccagcacttgggacg
tggaggtaggtggatcactgcaagtttgaggctagcatggtcaataaaga
tagttcaaggccagcttggactatatgatatgactgcccaatttaaagtt
attctttttgggagtgagacaggattaactaaacaagtttgtgtttttta
aacctgggcattcagagaaagagctggtctggagtgtctcctctcatgac
ttctgaggcctcagatagctgcctaatagaaggacttcaacattcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_80144859_80146001
seq2: B6Ng01-104A03.b_43_1173 (reverse)

seq1  TTTGAGACCATCTCTGTTCTTGGGCTCAGTAGTG-CTTGTAGATACGGTT  49
      ||||| ||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |||| 
seq2  TTTGA-ACCATCTTTGGTTCTGGGCTCAGTAGTGCCTTGTAGAT-CGGT-  47

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGAGTGAGCCCAGAGCTAGGGAATGAGG  99
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  -AAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGAG-GAGCCCAGAGCTAGGG-ATGAGG  94

seq1  CAGGTCAAACTGACCAGACACCTGGGCTGTGACTAAGCCACTCACTGTCA  149
      || ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GTCAAACTGACCAGA-AC--TGGCTGTGACTAAGCCACTCACTGTCA  140

seq1  CTCTCTGAGTCTTGGCTTCTTGCAAGTTAACCCCTGGAGCAGCTAGGTCC  199
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGAGTC-TGGCTTC-TGCAAGTTAACCCCTGGAGCAGCTAGGTCC  188

seq1  TGGGCATGGCTAGTCCCTGTCACAGCCGCATATACAGACTACCTGCCTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGGCATGGCTAGTCCCTGTCACAGCCGCATATACAGACTA-CTGCCTGT  237

seq1  CACTACCAGGTCCCTTACGTGTATTCTGTCCCAGCAGAGAAGAATTTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCAGGTCCCTTACGTGTATTCTGTCCCAGCAGAGAAGAATTTTTT  287

seq1  TCCCCATGAGAGTCAAGTCCCCTCCACAGCCCATGAGCTGCTCAAAGGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATGAGAGTCAAGTCCCCTCCACAGCCCATGAGCTGCTCAAAGGCA  337

seq1  AAGAATGGGGCCTCGCACCAACCTGCTGGCTCCCAGTATCTCGGCACAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGGGGCCTCGCACCAACCTGCTGGCTCCCAGTATCTCGGCACAGA  387

seq1  GCATTTGCCAGGTGAATTAATGACCGTGGTCTGTCACAGGGTGGAACAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCCAGGTGAATTAATGACCGTGGTCTGTCACAGGGTGGAACAGC  437

seq1  TGGGACTCAATGTGGCACTGCAGCTGCTGGTAGGGGTACCCCTGGAGATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTCAATGTGGCACTGCAGCTGCTGGTAGGGGTACCCCTGGAGATG  487

seq1  GTGCATGGAGCCACCCGAATTGGGCTTGTCTACGTGGCCGGTGTTGTGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGAGCCACCCGAATTGGGCTTGTCTACGTGGCCGGTGTTGTGGC  537

seq1  AGGTAGGCAGGTGGGCCCTGCGGTGCTCCTCCCCAGGGAATGTCAGAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGGCAGGTGGGCCCTGCGGTGCTCCTCCCCAGGGAATGTCAGAGGA  587

seq1  GATCCCATGGGTGGTACAAGCCCAGGCTTCCTGGGCACACACAGATCCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCATGGGTGGTACAAGCCCAGGCTTCCTGGGCACACACAGATCCTC  637

seq1  ATCTCCAGGGTCCCTGACTCAGAATTGTCTGCTAGGCATATTTCCCACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAGGGTCCCTGACTCAGAATTGTCTGCTAGGCATATTTCCCACAG  687

seq1  CTACCCAGACAGGGAGGTATGTTCTGGAAAGAGGGCAGAGCATATGATTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCAGACAGGGAGGTATGTTCTGGAAAGAGGGCAGAGCATATGATTG  737

seq1  GAACAGGCCTACTGACAGAGTTCCTGCCACCAGACTCCCATGTTCCAGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGCCTACTGACAGAGTTCCTGCCACCAGACTCCCATGTTCCAGCT  787

seq1  GTGTAAGCCTGGGGAAATTCCTTGGTCCCTTTTGGTCCCATCAAGCTTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGCCTGGGGAAATTCCTTGGTCCCTTTTGGTCCCATCAAGCTTGT  837

seq1  AGGCAGAGCTAATGAGAGCTGCCTGCTGTTGTTGGGAGACTCCCCACGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGCTAATGAGAGCTGCCTGCTGTTGTTGGGAGACTCCCCACGTA  887

seq1  ACGAGAGGCTCCTCTCACTGTGCAGTGTGCACAACACCCAGGGCATCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAGGCTCCTCTCACTGTGCAGTGTGCACAACACCCAGGGCATCAGT  937

seq1  GGTGTGAATGAAGCCAGGCAGCTTTCTGGCCAAGGCACATCTAAACCCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAATGAAGCCAGGCAGCTTTCTGGCCAAGGCACATCTAAACCCAT  987

seq1  AGGAAGCTTTTTCTTCTACCCAGACCTGCCATGGATCCCTCGATTGACCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTTTTTCTTCTACCCAGACCTGCCATGGATCCCTCGATTGACCC  1037

seq1  TCCGAGGATAAGACAGTCTGGCCTAGGAGGTAGTGGATACCCCTGTCTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGGATAAGACAGTCTGGCCTAGGAGGTAGTGGATACCCCTGTCTGA  1087

seq1  AGAAGTCTGTGTGTCTGACCTGGGGGTGGGGTGTGAGTGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTGTGTGTCTGACCTGGGGGTGGGGTGTGAGTGAATTC  1131

seq1: chr11_80011914_80012968
seq2: B6Ng01-104A03.g_65_1110

seq1  GAATTCCAGTTCTGGGGGACCTAACCCCCTCTTAATTCTGTGGGTACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTCTGGGGGACCTAACCCCCTCTTAATTCTGTGGGTACTGC  50

seq1  GTGTGTGTGGTGCACAGAAATACACACAGGTAAAGCATACAGACATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGGTGCACAGAAATACACACAGGTAAAGCATACAGACATAAAA  100

seq1  ATTAAAGAAGTAAAAAACGTAACTGACCATGGTGTTTACTCCTCCCCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAGTAAAAAACGTAACTGACCATGGTGTTTACTCCTCCCCAGG  150

seq1  GGCCATCAGTCCAACCTTTGACCTGAGGACCCTCTCCTATAACCTGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCAGTCCAACCTTTGACCTGAGGACCCTCTCCTATAACCTGGAGG  200

seq1  TTTCCAACAATAGCCGGAGAGTGACTGTGTCTCGTGGTGATCTGCACACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACAATAGCCGGAGAGTGACTGTGTCTCGTGGTGATCTGCACACC  250

seq1  TATCACTGGAGTCCCCAGAGATTTTCAATTAGCCAGGTCTTTTGTTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTGGAGTCCCCAGAGATTTTCAATTAGCCAGGTCTTTTGTTCTCA  300

seq1  GGCCCTCTCTTCTGGACAGAAGTACTGGGAAGTGGACACTAGGAACTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCTCTTCTGGACAGAAGTACTGGGAAGTGGACACTAGGAACTGTA  350

seq1  GCCACTGGGCCATCGGGGTAGCTTCTTGGGGCATGAAGCGGGACGGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGGGCCATCGGGGTAGCTTCTTGGGGCATGAAGCGGGACGGGATG  400

seq1  CTGGGAAGGACTATGGACTCCTGGTGTATAGAGTGGAGAGGGCCTGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGGACTATGGACTCCTGGTGTATAGAGTGGAGAGGGCCTGGCCA  450

seq1  GTTCTCTGCTTGGGCCAAGATGAAGAAAACAGACTTGCAGTCGGACCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGCTTGGGCCAAGATGAAGAAAACAGACTTGCAGTCGGACCTCC  500

seq1  CTGAGGTTGTGGGCGTGTGGCTGGACCTGGAGTCGGGGGAGCTTGCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTTGTGGGCGTGTGGCTGGACCTGGAGTCGGGGGAGCTTGCCTTC  550

seq1  TACGCAGTGGCCGATCACGAGAGGCTCCTGTATGAGTGTGAGGTCTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCAGTGGCCGATCACGAGAGGCTCCTGTATGAGTGTGAGGTCTCTAG  600

seq1  CTCCTCTCCTCTGCATCCCGCCTTCTGGCTGTATGGCTTAAGTCCTGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTCCTCTGCATCCCGCCTTCTGGCTGTATGGCTTAAGTCCTGGAA  650

seq1  ACTACCTGGAAATAAAGCAGCTAAACACATGAGCTTCCCTCGGGGTTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTGGAAATAAAGCAGCTAAACACATGAGCTTCCCTCGGGGTTAGG  700

seq1  ACAGTGGCTTCTTAGCCTCTTTGTTTAGGGGCCACTGGAGAATTCCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGCTTCTTAGCCTCTTTGTTTAGGGGCCACTGGAGAATTCCACTT  750

seq1  AGGGAGACTGGATATAGTAGTGCATACCTATAACTCCAGCACTTGGGACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACTGGATATAGTAGTGCATACCTATAACTCCAGCACTTGGGACG  800

seq1  TGGAGGTAGGTGGATCACTGCAAGTTTGAGGCTAGCATGGTCAATAAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTAGGTGGATCACTGCAAGTTTGAGGCTAGCATGGTCAATAAAGA  850

seq1  TAGTTCAAGGCCAGCTTGGACTATATGATATGACTGCCCAATTTTAAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGTTCAAGGCCAGCTTGGACTATATGATATGACTGCCCAA-TTTAAAGT  899

seq1  TATTCTTTTTGGGAGTGAGACAGGATTAACTAAACAAGTTTGTGTTTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTTTTGGGAGTGAGACAGGATTAACTAAACAAGTTTGTGTTTTTT  949

seq1  AAACCTTGGGCATTTCAGAGAAAGAGCTGGTCTGGAGTGTCTCCTCACAG  1000
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  AAACC-TGGGCA-TTCAGAGAAAGAGCTGGTCTGGAGTGTCTCCTCTCA-  996

seq1  TGACCTCTGAGGCCTCAGAATAGCCTGCCTAATAAGAAGGACTTCGAACC  1050
      |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||  | |
seq2  TGACTTCTGAGGCCTCAG-ATAG-CTGCCTAAT-AGAAGGACTTC--AAC  1041

seq1  ATTCC  1055
      |||||
seq2  ATTCC  1046