BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104I17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,911,941 - 5,048,803
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAp1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1
Upstream geneSec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh
Downstream geneKremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104I17.bB6Ng01-104I17.g
ACCDH912810DH912811
length8941,109
definitionDH912810|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104I17, 5' end.DH912811|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104I17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,047,911 - 5,048,803)(4,911,941 - 4,913,069)
sequence
gaattccatggccagcgtgaccacacatgatgaatgctttgcaaaaaaag
ctgtttgcacggaccattgagatggctcagcaggtaaaggtgcttgctac
caatcctgatgacctgagttcaattcccaggacccaccttagaaggaaca
aactgacttccacaacttggcttctgacttcatacacatttaggcctgtg
cacatgtgtgcgcacacacatgcatgtaacatgcacacacacagatacat
atacacacatgcatacaaatatatatatatatacatagcaaacacacaaa
tgcacatgcaaatacatatacatatatgcacacacatgtgcacatacata
aatgtaaaaaaaaaaaaaaacaagaaaactctcctgatattcctgaaata
tcagcaagagggggccttacgcttatgctgtggcctgtgagcttgaccac
caggtgctaaccttgaactccaccaggtctaagtgtcccttcctctataa
aatgtctggccagctactggctccaaatgtccttcctaggggttagagtt
caccatgtagcaaataccaaagaacagcctttaattaagacctttaatta
aggaaggggaaaatgtctccctccctctagggaaaaggacacactgtccc
tcgcctggtccacagccgggggaggggatgttcacatgcatgcgacgcat
ggatgaatgtgcacagactctaatgcatgcgagccctgctgcacctgcct
ctgccagtttgtgtatgagcacacgtgtgtgcctggcgagattatacggc
actgtgcgcttgtgtggaaacatgcacaggacatgacctctgtctatcca
cattgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgg
gaattcttcatgtggctaattaatatcagcagctgtccttgatgcagaac
agagtgccaggctctgagatggacactttacagctgagagtaagtgagag
aattcattgcccagtccagagagaacaggcaagaaaatggggtcagagag
gcaaacgggtgtctatggcagagccagccaagcaaaggatttgtttagaa
cctaggatttgcaaggaacaaacctggttttcaacttagcctgtctcatc
tgctatggaacagcctccactgctcacttatacaatggggaaaggcaggt
tgttttgaatatgaaataagaaagaatacggaaaaaattagtgtggtgct
gggctcagtgaaaggctcaggagctgtctgctgcctaacatgttagcagg
tcctgaccgtgtccagggcatggggccggggggcaaccacacgtctacat
ttcctttttccacatcatcaagttcttgagaacagaatttgttacatgct
gcagctcttgtagaatagctgaattcctgtctccaggctgaggaagtgaa
acccttagcaagctgtttgagctcaggcttctgggaaaacaggaaaagcc
tgcatgtgagatcaaccaactcccccacctcaccctcacccagtacccca
attccattcagcctttaggaatcagggcaagggagaagactgaggagagc
ttgcagtgcatttttaggagtctagctgagcagcccttcaagatcctcgt
tcctgtttcttcactccaacatggcctccaggctcctatcagcttccttt
ctcttcaccattcctgtctcttgtccttcctaaagccaagggcctaaagc
tgctctctgcctccacctagttctctgggaaattggtgcagagtcatctt
acacatggggataactgctcatggctgtcttcttttcttagggagatctt
ttgagctgaggcagagtttacagtgacagaggagagaagaagagcagtga
agaaagtgattgctcattgactgtgggcaaagatgtcagtatcaggagca
gctggtgtacggcatgtgtgaccacagaaggtgcctaactagtccggttg
actctttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_5047911_5048803
seq2: B6Ng01-104I17.b_44_936 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTGGATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACTCACACACACACACAATGTGGATAG  50

seq1  ACAGAGGTCATGTCCTGTGCATGTTTCCACACAAGCGCACAGTGCCGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTCATGTCCTGTGCATGTTTCCACACAAGCGCACAGTGCCGTAT  100

seq1  AATCTCGCCAGGCACACACGTGTGCTCATACACAAACTGGCAGAGGCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCGCCAGGCACACACGTGTGCTCATACACAAACTGGCAGAGGCAGG  150

seq1  TGCAGCAGGGCTCGCATGCATTAGAGTCTGTGCACATTCATCCATGCGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGGGCTCGCATGCATTAGAGTCTGTGCACATTCATCCATGCGTC  200

seq1  GCATGCATGTGAACATCCCCTCCCCCGGCTGTGGACCAGGCGAGGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGTGAACATCCCCTCCCCCGGCTGTGGACCAGGCGAGGGACAG  250

seq1  TGTGTCCTTTTCCCTAGAGGGAGGGAGACATTTTCCCCTTCCTTAATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTTTTCCCTAGAGGGAGGGAGACATTTTCCCCTTCCTTAATTAA  300

seq1  AGGTCTTAATTAAAGGCTGTTCTTTGGTATTTGCTACATGGTGAACTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTAATTAAAGGCTGTTCTTTGGTATTTGCTACATGGTGAACTCTA  350

seq1  ACCCCTAGGAAGGACATTTGGAGCCAGTAGCTGGCCAGACATTTTATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTAGGAAGGACATTTGGAGCCAGTAGCTGGCCAGACATTTTATAGA  400

seq1  GGAAGGGACACTTAGACCTGGTGGAGTTCAAGGTTAGCACCTGGTGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGACACTTAGACCTGGTGGAGTTCAAGGTTAGCACCTGGTGGTCA  450

seq1  AGCTCACAGGCCACAGCATAAGCGTAAGGCCCCCTCTTGCTGATATTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGGCCACAGCATAAGCGTAAGGCCCCCTCTTGCTGATATTTCA  500

seq1  GGAATATCAGGAGAGTTTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTACATTTATGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATCAGGAGAGTTTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTACATTTATGTAT  550

seq1  GTGCACATGTGTGTGCATATATGTATATGTATTTGCATGTGCATTTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATGTGTGTGCATATATGTATATGTATTTGCATGTGCATTTGTGT  600

seq1  GTTTGCTATGTATATATATATATATTTGTATGCATGTGTGTATATGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTATGTATATATATATATATTTGTATGCATGTGTGTATATGTATC  650

seq1  TGTGTGTGTGCATGTTACATGCATGTGTGTGCGCACACATGTGCACAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCATGTTACATGCATGTGTGTGCGCACACATGTGCACAGGC  700

seq1  CTAAATGTGTATGAAGTCAGAAGCCAAGTTGTGGAAGTCAGTTTGTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGTGTATGAAGTCAGAAGCCAAGTTGTGGAAGTCAGTTTGTTCCT  750

seq1  TCTAAGGTGGGTCCTGGGAATTGAACTCAGGTCATCAGGATTGGTAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTGGGTCCTGGGAATTGAACTCAGGTCATCAGGATTGGTAGCAA  800

seq1  GCACCTTTACCTGCTGAGCCATCTCAATGGTCCGTGCAAACAGCTTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTTACCTGCTGAGCCATCTCAATGGTCCGTGCAAACAGCTTTTTT  850

seq1  TGCAAAGCATTCATCATGTGTGGTCACGCTGGCCATGGAATTC  893
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGCATTCATCATGTGTGGTCACGCTGGCCATGGAATTC  893

seq1: chr11_4911941_4913069
seq2: B6Ng01-104I17.g_67_1175

seq1  GAATTCTTCATGTGGCTAATTAATATCAGCAGCTGTCCTTGATGCAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATGTGGCTAATTAATATCAGCAGCTGTCCTTGATGCAGAAC  50

seq1  AGAGTGCCAGGCTCTGAGATGGACACTTTACAGCTGAGAGTAAGTGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCCAGGCTCTGAGATGGACACTTTACAGCTGAGAGTAAGTGAGAG  100

seq1  AATTCATTGCCCAGTCCAGAGAGAACAGGCAAGAAAATGGGGTCAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTGCCCAGTCCAGAGAGAACAGGCAAGAAAATGGGGTCAGAGAG  150

seq1  GCAAACGGGTGTCTATGGCAGAGCCAGCCAAGCAAAGGATTTGTTTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACGGGTGTCTATGGCAGAGCCAGCCAAGCAAAGGATTTGTTTAGAA  200

seq1  CCTAGGATTTGCAAGGAACAAACCTGGTTTTCAACTTAGCCTGTCTCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGATTTGCAAGGAACAAACCTGGTTTTCAACTTAGCCTGTCTCATC  250

seq1  TGCTATGGAACAGCCTCCACTGCTCACTTATACAATGGGGAAAGGCAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGAACAGCCTCCACTGCTCACTTATACAATGGGGAAAGGCAGGT  300

seq1  TGTTTTGAATATGAAATAAGAAAGAATACGGAAAAAATTAGTGTGGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAATATGAAATAAGAAAGAATACGGAAAAAATTAGTGTGGTGCT  350

seq1  GGGCTCAGTGAAAGGCTCAGGAGCTGTCTGCTGCCTAACATGTTAGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGTGAAAGGCTCAGGAGCTGTCTGCTGCCTAACATGTTAGCAGG  400

seq1  TCCTGACCGTGTCCAGGGCATGGGGCCGGGGGGCAACCACACGTCTACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACCGTGTCCAGGGCATGGGGCCGGGGGGCAACCACACGTCTACAT  450

seq1  TTCCTTTTTCCACATCATCAAGTTCTTGAGAACAGAATTTGTTACATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTCCACATCATCAAGTTCTTGAGAACAGAATTTGTTACATGCT  500

seq1  GCAGCTCTTGTAGAATAGCTGAATTCCTGTCTCCAGGCTGAGGAAGTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTTGTAGAATAGCTGAATTCCTGTCTCCAGGCTGAGGAAGTGAA  550

seq1  ACCCTTAGCAAGCTGTTTGAGCTCAGGCTTCTGGGAAAACAGGAAAAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAGCAAGCTGTTTGAGCTCAGGCTTCTGGGAAAACAGGAAAAGCC  600

seq1  TGCATGTGAGATCAACCAACTCCCCCACCTCACCCTCACCCAGTACCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGAGATCAACCAACTCCCCCACCTCACCCTCACCCAGTACCCCA  650

seq1  ATTCCATTCAGCCTTTAGGAATCAGGGCAAGGGAGAAGACTGAGGAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATTCAGCCTTTAGGAATCAGGGCAAGGGAGAAGACTGAGGAGAGC  700

seq1  TTGCAGTGCATTTTTAGGAGTCTAGCTGAGCAGCCCTTCAAGATCCTCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTGCATTTTTAGGAGTCTAGCTGAGCAGCCCTTCAAGATCCTCGT  750

seq1  TCCTGTTTCTTCACTCCAACATGGCCTCCAGGCTCCTATCAGCTTCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTCTTCACTCCAACATGGCCTCCAGGCTCCTATCAGCTTCCTTT  800

seq1  CTCTTCACCATTCCTGTCTCTTGTCCTTCCTAAAGCCAAGGGCCTAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACCATTCCTGTCTCTTGTCCTTCCTAAAGCCAAGGGCCTAAAGC  850

seq1  TGCTCTCTGCCTCCACCTAGTTCTCTGGGAAATTGGTGCAAGAAGTCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TGCTCTCTGCCTCCACCTAGTTCTCTGGGAAATTGGTGCA--GAGTCATC  898

seq1  TTACACATGGGGATAAACTGCTCATGGCTGTCTTCTTTCCTTAGGGGAGA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TTACACATGGGGAT-AACTGCTCATGGCTGTCTTCTTTTCTTA-GGGAGA  946

seq1  TC-TTTGAGCTGAAGGCAGAGCTTAACAGTGACAAGAAGGAGAAGAAGAA  999
      || ||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| |||||||
seq2  TCTTTTGAGCTG-AGGCAGAG-TTTACAGTGACA--GAGGAG-AGAAGAA  991

seq1  GGAGGCAGTGAAGAAAGTGATTGCATCAATGACTGTGGGCAAAGATGTCA  1049
      |   |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  G--AGCAGTGAAGAAAGTGATTGC-TCATTGACTGTGGGCAAAGATGTCA  1038

seq1  GGTATGCAGGAGCAAGCTGGTG-ACGGCGAGGTGCTGACCAACACGAGGT  1098
       |||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||| |||  ||||
seq2  -GTAT-CAGGAGC-AGCTGGTGTACGGC-ATGTG-TGACC-ACAGAAGGT  1082

seq1  GCCATAGCTTAGGTCCAGTTTGACTCTTTGG  1129
      ||| || ||   |||| | ||||||||||||
seq2  GCC-TAACT--AGTCC-GGTTGACTCTTTGG  1109