BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106C23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 50,361,174 - 50,494,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamts2
Upstream geneOlfr1381, Olfr1380, Flt4, LOC100040032, Scgb3a1, Cnot6, LOC666899, LOC100040073, Gfpt2, Mapk9, Rasgef1c, Rnf130, LOC380696, Tbc1d9b, 3010026O09Rik, Sqstm1, Mgat4b, Ltc4s, Maml1, Canx, 1700121K02Rik, Hnrph1, Rufy1
Downstream geneZfp354c, 9630041N07Rik, Grm6, Zfp454, Zfp2, Zfp354b, Prop1, Olfr1379-ps1, Olfr1378, Olfr1377, Olfr226-ps1, Olfr51, Olfr54, Olfr1375-ps1, Zfp354a, LOC100040275, LOC382518, Olfr1374-ps1, 5133400J02Rik, LOC622699, BC049762, Clk4, Col23a1, Agxt2l2, Hnrpab, Nola2, Rmnd5b, C330016O10Rik, D930048N14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106C23.bB6Ng01-106C23.g
ACCDH913998DH913999
length1,1331,182
definitionDH913998|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106C23, 5' end.DH913999|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,493,698 - 50,494,846)(50,361,174 - 50,362,373)
sequence
gaattccattctttaaatccaactggaagcacatgctcagctctctgacc
tcctaactccaccacttgccaagttcacttgtcctacccagcatggccac
tccatccctggctctagccgtgccacatgaactgtcaaaaagcttacata
tcaaaagattggatgcaggtcctgatggcacagcctacagagtccctcta
gtcgagccaaagaaaggctccacaccctgggcagcatttctgccagctgg
ggatctgcagatagactcaaacatgtgtccagagagactcctacagaagc
cttgagaaaatatccagctactcgaaggcctgctcagggttgcatcccag
cagagaagaagggattcctgcaagcaccaccttggctggtctgcagagcc
tgagattggggagaaagctgagctaattctctttcctaaccttgggtgat
tctgaaggggaatgggaggctgcctggaggccagcgttgtctctgaacaa
cacaggagtgacctgccaggaccagccctggtctgcttaccttgctccat
gttgctaacacacaccttctatagctaccgtggtccaggccacagcttgc
tccctggaaccgccttcttctgtccactgcttctttcctctcccttctcc
atggaaaccagattgcgccaatcatagccaaggcacagaagccctagccc
aagactgagcccacaaggaccaccaagatctgccctccgggccctctacc
cctcactctgcccctcaccctggattcccaagcaggtaaagttcagccct
actcaaaacctcctttttttgagacagagtttctctgtgtagccctggct
gtcctagaacttactctgtagatcaggctggcctcaaactcagagatcca
cctacctctgcttccagagtgctgggattagaggtgtgcaccaccaccac
ttggcaaaccctctcatctgatgctcccagctcctcccctctagtgatca
gccacctacatgatctcacacagcatggccctactgtcatattttaatcc
tctagacaatgggtctcaactttctaacgctgcaatcctaatacagttta
ttcttcggttgtgctgactcccaacaataaaat
gaattccctttcacctgccaccaggattccctagggagaccccccccccc
caggctctctgcctgcaatgtcatacttgggaggtggaggcgaagggtca
ggagttcaaggtcatctgtgcaatgccagtctggattacatgagatcctg
tctcaacacaaaaaccaaaccgaaacaaattcaactagctgaatctatcg
tatatgtgaattccctactattaacccacagtgggtgtgtgcttatagca
actcattaggggtgaagcatctctctgtaaggaaacaccagctcattatg
gaggccaggctgattctggtggctctaatgagctgtgaaaaccacccagg
agctaaactagcagagggagtgtctttgcatgcctggaggagcatttgct
gtctaagtttggagcagaagggagctaaccaatggggttagggtctccag
agaacacccaaagggatgagcacacacatgttggagagtttaagtcagct
gatgttaaaatatcgaaaagagccaaatgacatccatgaggctgagagcc
aggtggctggatgcctcagcattccctatctggcttgaaaacctagcagg
ttcctggcgagccactggtccttagtccatggtggaagcatggagacgtg
tttctttctgatgctggtgaggaaatcgtcatcgtcatcgtcattgtctt
ctccatcagcgacaacgacaggataaatcaacttggaggtaagagaccag
gctggcaaaaggcaagtgatctttggtttactctactctttttttttaat
ctgggcagctaccagaaccttgcacgggttcctgggctcacagaccacag
actccttctcttttatgccctagactcagctctctgctgttttccatgga
tttctaccttctcagccttctcttctgcctcttcctgccagcagtgttga
gcgcagcctggtccttagctctcacggctctctcctctggcatctgcagc
tggtgaccaggactccacatctctgcctcagaattggactttcccctcca
catctaactgacccaaagcctgttgttccccttgctcctgtagaacttcc
ctggaggagcacccttcccgcctctcggtcatggacctgaccggtaacaa
aggaacagggtaaccatcacgctagatcctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_50493698_50494846
seq2: B6Ng01-106C23.b_45_1177 (reverse)

seq1  ATTTTATGGTTGGGGAGGTCAGCACAACACGAAGGATTAAACTGTATTAA  50
      ||||||| ||||||   ||||||||||| |||| || |||||||||||  
seq2  ATTTTATTGTTGGG--AGTCAGCACAAC-CGAA-GAATAAACTGTATT--  44

seq1  AGAATTGCAGCGTTAAGAAAGTTGAGAACCATTGGTCTAGAGGA-TAAAA  99
      || ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  AGGATTGCAGCGTT-AGAAAGTTGAGACCCATT-GTCTAGAGGATTAAAA  92

seq1  TATGACAGGTAGGGCCATGCTGGTGTTGAGATCCATTGTAGGTGGCTGAT  149
      ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||||||||
seq2  TATGACA-GTAGGGCCATGCT-GTG-TGAGATC--ATGTAGGTGGCTGAT  137

seq1  CACTAAGAGGGGGAAGGAGCTGGGAGCATCAGATGAGAGGGTTTTGCCAA  199
      |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACT-AGAGGGG--AGGAGCTGGGAGCATCAGATGAGAGGG-TTTGCCAA  183

seq1  GTGGTGGTGGTGCACACCTCTAATCCCAGCACTCTGGAAGCAGAGGTAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTGGTGCACACCTCTAATCCCAGCACTCTGGAAGCAGAGGTAGG  233

seq1  TGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTACAGAGTAAGTTCTAGGAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTACAGAGTAAGTTCTAGGAC  283

seq1  AGCCAGGGCTACACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAAAGGAGGTTTTGAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTACACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAAAGGAGGTTTTGAGT  333

seq1  AGGGCTGAACTTTACCTGCTTGGGAATCCAGGGTGAGGGGCAGAGTGAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGAACTTTACCTGCTTGGGAATCCAGGGTGAGGGGCAGAGTGAGG  383

seq1  GGTAGAGGGCCCGGAGGGCAGATCTTGGTGGTCCTTGTGGGCTCAGTCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGGCCCGGAGGGCAGATCTTGGTGGTCCTTGTGGGCTCAGTCTT  433

seq1  GGGCTAGGGCTTCTGTGCCTTGGCTATGATTGGCGCAATCTGGTTTCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGGGCTTCTGTGCCTTGGCTATGATTGGCGCAATCTGGTTTCCAT  483

seq1  GGAGAAGGGAGAGGAAAGAAGCAGTGGACAGAAGAAGGCGGTTCCAGGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGGAGAGGAAAGAAGCAGTGGACAGAAGAAGGCGGTTCCAGGGA  533

seq1  GCAAGCTGTGGCCTGGACCACGGTAGCTATAGAAGGTGTGTGTTAGCAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGTGGCCTGGACCACGGTAGCTATAGAAGGTGTGTGTTAGCAAC  583

seq1  ATGGAGCAAGGTAAGCAGACCAGGGCTGGTCCTGGCAGGTCACTCCTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAAGGTAAGCAGACCAGGGCTGGTCCTGGCAGGTCACTCCTGTG  633

seq1  TTGTTCAGAGACAACGCTGGCCTCCAGGCAGCCTCCCATTCCCCTTCAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGAGACAACGCTGGCCTCCAGGCAGCCTCCCATTCCCCTTCAGA  683

seq1  ATCACCCAAGGTTAGGAAAGAGAATTAGCTCAGCTTTCTCCCCAATCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCAAGGTTAGGAAAGAGAATTAGCTCAGCTTTCTCCCCAATCTCA  733

seq1  GGCTCTGCAGACCAGCCAAGGTGGTGCTTGCAGGAATCCCTTCTTCTCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGCAGACCAGCCAAGGTGGTGCTTGCAGGAATCCCTTCTTCTCTG  783

seq1  CTGGGATGCAACCCTGAGCAGGCCTTCGAGTAGCTGGATATTTTCTCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATGCAACCCTGAGCAGGCCTTCGAGTAGCTGGATATTTTCTCAAG  833

seq1  GCTTCTGTAGGAGTCTCTCTGGACACATGTTTGAGTCTATCTGCAGATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTAGGAGTCTCTCTGGACACATGTTTGAGTCTATCTGCAGATCC  883

seq1  CCAGCTGGCAGAAATGCTGCCCAGGGTGTGGAGCCTTTCTTTGGCTCGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGCAGAAATGCTGCCCAGGGTGTGGAGCCTTTCTTTGGCTCGAC  933

seq1  TAGAGGGACTCTGTAGGCTGTGCCATCAGGACCTGCATCCAATCTTTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGACTCTGTAGGCTGTGCCATCAGGACCTGCATCCAATCTTTTGA  983

seq1  TATGTAAGCTTTTTGACAGTTCATGTGGCACGGCTAGAGCCAGGGATGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAGCTTTTTGACAGTTCATGTGGCACGGCTAGAGCCAGGGATGGA  1033

seq1  GTGGCCATGCTGGGTAGGACAAGTGAACTTGGCAAGTGGTGGAGTTAGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCATGCTGGGTAGGACAAGTGAACTTGGCAAGTGGTGGAGTTAGGA  1083

seq1  GGTCAGAGAGCTGAGCATGTGCTTCCAGTTGGATTTAAAGAATGGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGAGCTGAGCATGTGCTTCCAGTTGGATTTAAAGAATGGAATTC  1133

seq1: chr11_50361174_50362373
seq2: B6Ng01-106C23.g_62_1243

seq1  GAATTCCCTTTCACCTGCCACCAGGATTCCCTAGGGAGACCCCCCCCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTCACCTGCCACCAGGATTCCCTAGGGAGACCCCCCCCCCC  50

seq1  CAGGCTCTCTGCCTGCAATGTCATACTTGGGAGGTGGAGGCGAAGGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTCTGCCTGCAATGTCATACTTGGGAGGTGGAGGCGAAGGGTCA  100

seq1  GGAGTTCAAGGTCATCTGTGCAATGCCAGTCTGGATTACATGAGATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCAAGGTCATCTGTGCAATGCCAGTCTGGATTACATGAGATCCTG  150

seq1  TCTCAACACAAAAACCAAACCGAAACAAATTCAACTAGCTGAATCTATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACACAAAAACCAAACCGAAACAAATTCAACTAGCTGAATCTATCG  200

seq1  TATATGTGAATTCCCTACTATTAACCCACAGTGGGTGTGTGCTTATAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGAATTCCCTACTATTAACCCACAGTGGGTGTGTGCTTATAGCA  250

seq1  ACTCATTAGGGGTGAAGCATCTCTCTGTAAGGAAACACCAGCTCATTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTAGGGGTGAAGCATCTCTCTGTAAGGAAACACCAGCTCATTATG  300

seq1  GAGGCCAGGCTGATTCTGGTGGCTCTAATGAGCTGTGAAAACCACCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGGCTGATTCTGGTGGCTCTAATGAGCTGTGAAAACCACCCAGG  350

seq1  AGCTAAACTAGCAGAGGGAGTGTCTTTGCATGCCTGGAGGAGCATTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACTAGCAGAGGGAGTGTCTTTGCATGCCTGGAGGAGCATTTGCT  400

seq1  GTCTAAGTTTGGAGCAGAAGGGAGCTAACCAATGGGGTTAGGGTCTCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGTTTGGAGCAGAAGGGAGCTAACCAATGGGGTTAGGGTCTCCAG  450

seq1  AGAACACCCAAAGGGATGAGCACACACATGTTGGAGAGTTTAAGTCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACCCAAAGGGATGAGCACACACATGTTGGAGAGTTTAAGTCAGCT  500

seq1  GATGTTAAAATATCGAAAAGAGCCAAATGACATCCATGAGGCTGAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAAAATATCGAAAAGAGCCAAATGACATCCATGAGGCTGAGAGCC  550

seq1  AGGTGGCTGGATGCCTCAGCATTCCCTATCTGGCTTGAAAACCTAGCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTGGATGCCTCAGCATTCCCTATCTGGCTTGAAAACCTAGCAGG  600

seq1  TTCCTGGCGAGCCACTGGTCCTTAGTCCATGGTGGAAGCATGGAGACGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCGAGCCACTGGTCCTTAGTCCATGGTGGAAGCATGGAGACGTG  650

seq1  TTTCTTTCTGATGCTGGTGAGGAAATCGTCATCGTCATCGTCATTGTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCTGATGCTGGTGAGGAAATCGTCATCGTCATCGTCATTGTCTT  700

seq1  CTCCATCAGCGACAACGACAGGATAAATCAACTTGGAGGTAAGAGACCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCAGCGACAACGACAGGATAAATCAACTTGGAGGTAAGAGACCAG  750

seq1  GCTGGCAAAAGGCAAGTGATCTTTGGTTTACTCTACTCTTTTTTTTTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAAAAGGCAAGTGATCTTTGGTTTACTCTACTCTTTTTTTTTAAT  800

seq1  CTGGGCAGCTACCAGAACCTTGCACGGGTTCCTGGGCTCACAGACCACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGCTACCAGAACCTTGCACGGGTTCCTGGGCTCACAGACCACAG  850

seq1  ACTCCTTCTCTTTTATGCCCTAGACTCAGCTCTCTGCTGTTTTCCATGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTCTCTTTTATGCCCTAGACTCAGCTCTCTGCTGTTTTCCATGGA  900

seq1  TTTCTACCTTCTCAGCCTTCTCTTCTGCCTCTTCCTGCCAGCAGTTGTTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCTACCTTCTCAGCCTTCTCTTCTGCCTCTTCCTGCCAGCAG-TGTTG  949

seq1  AGCGCAGCCTGGTCCTTAGCTCTCACGGCTCCTTCTCCCTCTGGCCATCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||
seq2  AGCGCAGCCTGGTCCTTAGCTCTCACGGCTC--TCT-CCTCTGG-CATCT  995

seq1  GCAGGCTGGTGACCAGGACTCCACATCTCTTGCCTCAAGATTTGGACTTT  1050
      ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||
seq2  GCA-GCTGGTGACCAGGACTCCACATCTC-TGCCTC-AGAATTGGAC-TT  1041

seq1  TCCACTCAACATCTTAACTGACCCAAAGGCTGTTTGGTTCCCCCTTGCTC  1100
      ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||
seq2  TCCCCTCCACATC-TAACTGACCCAAAGCCTGTT--GTT-CCCCTTGCTC  1087

seq1  CTGTAG-ACTTCCTTGAGGGAGCACCC-TCCCGCCTCCCTGTCAATGAAC  1148
      |||||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||| | ||| ||| ||
seq2  CTGTAGAACTTCCCTGGAGGAGCACCCTTCCCGCCTCTCGGTC-ATGGAC  1136

seq1  CTAGCACCCAGGACACAAGGACACAAGGTGAACCATCACCGCTAGATCCT  1198
      ||   |||  ||  |||| |  ||| ||| |||||||| |||||||||||
seq2  CT--GACC--GGTAACAAAGGAACAGGGT-AACCATCA-CGCTAGATCCT  1180

seq1  GC  1200
      ||
seq2  GC  1182