BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108I03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 110,064,294 - 110,180,831
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbca6, Abca5
Upstream geneRgs9, 1700096J18Rik, Gna13, 9930022D16Rik, X83328, Slc16a6, Arsg, Wipi1, Prkar1a, BC029169, 1700012B07Rik, 1700023C21Rik, LOC100041492, Abca8b, Abca8a, Abca9
Downstream geneMap2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108I03.bB6Ng01-108I03.g
ACCDH915676DH915677
length1,0111,107
definitionDH915676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108I03, 5' end.DH915677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,064,294 - 110,065,310)(110,179,728 - 110,180,831)
sequence
gaattctgaattctgagcaaactataagtaagataaattttaaaaatcaa
ggggaagattgctagagagatgtctcaaccgtaaagagtgcctgttactc
ttgcagagaagccgggttcagttctcagcacctacacagagctcacatct
gactcttccatggggtcccataccatgttctagattcttggacatcacat
gcacataacatacaggaatgcagacatacatgcagagaaaacaccaccta
tacacgtaaaataaatacatctgttttttaaatgaaatcaggaagctgtt
aaccatctcttctgaccacttctcctttgttcccttgagatcctaggaat
ccaactcatcagagctttccacatgctgggtaagttttatacctccaagc
tacgttctccaacccctggacttacttttcaaagagttcccttaaattct
tacttcttgaatcattccatgtcctctctgatcacatggccatgtataca
gcactttagctcataggtatgaacacacatgtatataaacacacataaat
ataatgtatatataaatgtattatatatgcatatattatatacatatgtg
ttattatatacatttatgttatatgtgtatataaatatataatgcatata
catatgctatataatgtatgtattatgtatacatatagtgtatataatgt
atatatgtatatctattatacaggtatatatgtgtatgtatgtccatata
taagtatatgttcattattgacccactaggtatattccatcactatttcc
attatctgcagaaaatctgcactagcatgtactcctagcactgctgattc
agtggaagccattttgacacattttcattaacaagattccctggggctcc
ttcatttctatcttgctttctgaatagaaacatctggggtctgtttaata
tttctcttctcatcagaaagtgataccaccacaaacacttgaaagaagga
gaaatgatcac
gaattcatataagttaaagaaggtagctacttttattatcataattgtag
tgctagattttattttctatttcataaacatttatctcttatttattaaa
caatgtttttaaagttatgttctaatataattcatttaatgtttaacaac
cctctgagacagaacctgaaataaagtaacatcaagagacttcaggactc
tgaatcactggcagaggaccaaattatggcctttggactccacattcaga
gtatgtgcgaatggccgtacaagtgagatagaaacctaagcaagagtcct
ggctctcctagttggtaaactgctaggagcatattgactgtaacagtgat
gccttcctttgtgacagaacccttataaaaacaaaataaattatgtatat
aaaattgtcttataaattcttgcagcttgcatggtgtgaaggtattaggg
gtttgcagtactgtgctaagtcagttgtattgtgcttaagataaagactg
aaacagtagatgatactacaaaacttaattgtgttttagttagacattag
caattataatcctagaccactatgggtagtacacatttgtagtttaggca
ttcatttagatattagaagttattaattggaaaacattattattacacaa
atatgtaactatgttctttctacatgtatcagttttaaagcagtaagaaa
acatgctcttttttttttttaaatcttatttgcctttttaaaaaatgtgc
attggtgttttgcctgcacatatgtctatgtgagagggttaggccttgga
gttccagatagttgtgagttgccatgtgggtgctgggatttgaactggtc
agtgcctttaactgctgagccatcttttccagcctcagaaaacatgctct
ttaagagagcatttttaaatatagccaaaagaatgggtggctattaatca
ttcctttgaccctcagcttggagagacatagcttttctttctaaaatgtt
ttcttttttattatatgtacattgggtgtttttctgatgatggtgtgagg
gtgtcagatggcctggattggagttagagaggtccattgtggaggctact
tcgtggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_110064294_110065310
seq2: B6Ng01-108I03.b_48_1058

seq1  GAATTCTGAATTCTGAGCAAACTATAAGTAAGATAAATTTTAAAAATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATTCTGAGCAAACTATAAGTAAGATAAATTTTAAAAATCAA  50

seq1  GGGGAAGATTGCTAGAGAGATGTCTCAACCGTAAAGAGTGCCTGTTACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGATTGCTAGAGAGATGTCTCAACCGTAAAGAGTGCCTGTTACTC  100

seq1  TTGCAGAGAAGCCGGGTTCAGTTCTCAGCACCTACACAGAGCTCACATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGAAGCCGGGTTCAGTTCTCAGCACCTACACAGAGCTCACATCT  150

seq1  GACTCTTCCATGGGGTCCCATACCATGTTCTAGATTCTTGGACATCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCCATGGGGTCCCATACCATGTTCTAGATTCTTGGACATCACAT  200

seq1  GCACATAACATACAGGAATGCAGACATACATGCAGAGAAAACACCACCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAACATACAGGAATGCAGACATACATGCAGAGAAAACACCACCTA  250

seq1  TACACGTAAAATAAATACATCTGTTTTTTAAATGAAATCAGGAAGCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTAAAATAAATACATCTGTTTTTTAAATGAAATCAGGAAGCTGTT  300

seq1  AACCATCTCTTCTGACCACTTCTCCTTTGTTCCCTTGAGATCCTAGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCTTCTGACCACTTCTCCTTTGTTCCCTTGAGATCCTAGGAAT  350

seq1  CCAACTCATCAGAGCTTTCCACATGCTGGGTAAGTTTTATACCTCCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCATCAGAGCTTTCCACATGCTGGGTAAGTTTTATACCTCCAAGC  400

seq1  TACGTTCTCCAACCCCTGGACTTACTTTTCAAAGAGTTCCCTTAAATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTCTCCAACCCCTGGACTTACTTTTCAAAGAGTTCCCTTAAATTCT  450

seq1  TACTTCTTGAATCATTCCATGTCCTCTCTGATCACATGGCCATGTATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTTGAATCATTCCATGTCCTCTCTGATCACATGGCCATGTATACA  500

seq1  GCACTTTAGCTCATAGGTATGAACACACATGTATATAAACACACATAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTAGCTCATAGGTATGAACACACATGTATATAAACACACATAAAT  550

seq1  ATAATGTATATATAAATGTATTATATATGCATATATTATATACATATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTATATATAAATGTATTATATATGCATATATTATATACATATGTG  600

seq1  TTATTATATACATTTATGTTATATGTGTATATAAATATATAATGCATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATACATTTATGTTATATGTGTATATAAATATATAATGCATATA  650

seq1  CATATGCTATATAATGTATGTATTATGTATACATATAGTGTATATAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTATATAATGTATGTATTATGTATACATATAGTGTATATAATGT  700

seq1  ATATATGTATATCTATTATACAGGTATATATGTGTATGTATGTCCATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATATCTATTATACAGGTATATATGTGTATGTATGTCCATATA  750

seq1  TAAGTATATGTTCATTATTGACCCACTAGGTATATTCCATCACTATTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATATGTTCATTATTGACCCACTAGGTATATTCCATCACTATTTCC  800

seq1  ATTATCTGCAGAAAATCTGCACTAGCATGTACTCCTAGCACTGCTGATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGCAGAAAATCTGCACTAGCATGTACTCCTAGCACTGCTGATTC  850

seq1  AGTGGAAGCCATTTTGACACATTTTCATTAACCAAGATTCCCTGGGGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGCCATTTTGACACATTTTCATTAA-CAAGATTCCCTGGGGCTC  899

seq1  CTTCATTTCTAATCTTGC-TTCTGATAAGAAACATCTGGGGTCTGTTTTA  949
      |||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||  
seq2  CTTCATTTCT-ATCTTGCTTTCTGAATAGAAACATCTGGGGTCTGTTT--  946

seq1  AATATTTCTCTTCTCCATCAGAAAGTGATAACCACCACAAACACTTGAAA  999
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTCTTCT-CATCAGAAAGTGAT-ACCACCACAAACACTTGAAA  994

seq1  GAAGGAGGAAATGATCAC  1017
      |||||| |||||||||||
seq2  GAAGGA-GAAATGATCAC  1011

seq1: chr11_110179728_110180831
seq2: B6Ng01-108I03.g_67_1173 (reverse)

seq1  ACCACGTAGTAGC--TCACAATGGA-CTCTCTAACTCCATTCCAGGCCAT  47
      |||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACCACGAAGTAGCCTCCACAATGGACCTCTCTAACTCCAATCCAGGCCAT  50

seq1  CTGACACCCTCACACATACATTCAGGAAAAACA-CCAATGTACATATAAT  96
      |||||||||||||||   || ||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGACACCCTCACACCATCA-TCA-GAAAAACACCCAATGTACATATAAT  98

seq1  -AAAAAGAAAACATTTTAAGAAAAGAAAAGCTATGTCTCTTCCAAGCTGA  145
       |||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAAAAGAAAACATTTTA--GAAAGAAAAGCTATGTCTC-TCCAAGCTGA  145

seq1  GGGTCAAAGGAATGATTAATAGCCA-CCATTCTTTTGGCTATATTTTAAA  194
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGTCAAAGGAATGATTAATAGCCACCCATTCTTTTGGCTATATTTAAAA  195

seq1  ATGCTCTCTTAAAGAGCATGTTTTCTGAGGCTGG-AGAGATGGCTCAGCA  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  ATGCTCTCTTAAAGAGCATGTTTTCTGAGGCTGGAAAAGATGGCTCAGCA  245

seq1  GTTAAAGGCACTGACCAGTTCAAATCCCAGCACCCACATGGCAACTCACA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGCACTGACCAGTTCAAATCCCAGCACCCACATGGCAACTCACA  295

seq1  ACTATCTGGAACTCCAAGGCCTAACCCTCTCACATAGACATATGTGCAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGGAACTCCAAGGCCTAACCCTCTCACATAGACATATGTGCAGG  345

seq1  CAAAACACCAATGCACATTTTTTAAAAAGGCAAATAAGATTT-AAAAAAA  392
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAACACCAATGCACATTTTTTAAAAAGGCAAATAAGATTTAAAAAAAA  395

seq1  AAAAGAGCATGTTTTCTTACTGCTTTAAAACTGATACATGTAGAAAGAAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGCATGTTTTCTTACTGCTTTAAAACTGATACATGTAGAAAGAAC  445

seq1  ATAGTTACATATTTGTGTAATAATAATGTTTTCCAATTAATAACTTCTAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACATATTTGTGTAATAATAATGTTTTCCAATTAATAACTTCTAA  495

seq1  TATCTAAATGAATGCCTAAACTACAAATGTGTACTACCCATAGTGGTCTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAATGAATGCCTAAACTACAAATGTGTACTACCCATAGTGGTCTA  545

seq1  GGATTATAATTGCTAATGTCTAACTAAAACACAATTAAGTTTTGTAGTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATAATTGCTAATGTCTAACTAAAACACAATTAAGTTTTGTAGTAT  595

seq1  CATCTACTGTTTCAGTCTTTATCTTAAGCACAATACAACTGACTTAGCAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACTGTTTCAGTCTTTATCTTAAGCACAATACAACTGACTTAGCAC  645

seq1  AGTACTGCAAACCCCTAATACCTTCACACCATGCAAGCTGCAAGAATTTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGCAAACCCCTAATACCTTCACACCATGCAAGCTGCAAGAATTTA  695

seq1  TAAGACAATTTTATATACATAATTTATTTTGTTTTTATAAGGGTTCTGTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAATTTTATATACATAATTTATTTTGTTTTTATAAGGGTTCTGTC  745

seq1  ACAAAGGAAGGCATCACTGTTACAGTCAATATGCTCCTAGCAGTTTACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGAAGGCATCACTGTTACAGTCAATATGCTCCTAGCAGTTTACCA  795

seq1  ACTAGGAGAGCCAGGACTCTTGCTTAGGTTTCTATCTCACTTGTACGGCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGAGAGCCAGGACTCTTGCTTAGGTTTCTATCTCACTTGTACGGCC  845

seq1  ATTCGCACATACTCTGAATGTGGAGTCCAAAGGCCATAATTTGGTCCTCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCACATACTCTGAATGTGGAGTCCAAAGGCCATAATTTGGTCCTCT  895

seq1  GCCAGTGATTCAGAGTCCTGAAGTCTCTTGATGTTACTTTATTTCAGGTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGATTCAGAGTCCTGAAGTCTCTTGATGTTACTTTATTTCAGGTT  945

seq1  CTGTCTCAGAGGGTTGTTAAACATTAAATGAATTATATTAGAACATAACT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAGAGGGTTGTTAAACATTAAATGAATTATATTAGAACATAACT  995

seq1  TTAAAAACATTGTTTAATAAATAAGAGATAAATGTTTATGAAATAGAAAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACATTGTTTAATAAATAAGAGATAAATGTTTATGAAATAGAAAA  1045

seq1  TAAAATCTAGCACTACAATTATGATAATAAAAGTAGCTACCTTCTTTAAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTAGCACTACAATTATGATAATAAAAGTAGCTACCTTCTTTAAC  1095

seq1  TTATATGAATTC  1104
      ||||||||||||
seq2  TTATATGAATTC  1107