BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109J03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 79,849,118 - 80,075,181
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1
Upstream geneKsr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185, LOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12
Downstream geneRhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3, Accn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109J03.bB6Ng01-109J03.g
ACCDH916445DH916446
length1,1021,174
definitionDH916445|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109J03, 5' end.DH916446|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,074,074 - 80,075,181)(79,849,118 - 79,850,299)
sequence
gaattcttggctaatagggagtggtatactataaggtatggccttgttgg
aggaagtgtgtcactgtggaagtgagcttcaaggtttcatatacgctcaa
gtttggccaatgtgataagtctctgtctgctgcctttgggtcaatatgta
gacctctcagcttctccagcaccatgtctgcctgcaaactgctgtgcttc
cctccatgataagagactaaacctctgaaactgtaagcccgccccaatta
aaggttctttatcagagttgctatgttcatgatgtctcttcccagcaata
aaaccctaagacaaaattatgaaactattcagatatgaaataagggttct
aggtggcccttgctgtccgggaactcacacagttcctgctgtctctgcct
ctggggtgctgctgggttgaagcatgcttgctttcttgcatgtgtgcatg
ccctcctcaggtaatgaggctcagctaacagtccatcaacgacttttaat
taagtaccagttctttattaacagtattaattaagatatgcttagcacgg
caaccagtagtgaccaaccaccaactactgtcaaaaccggagaaaacaga
agtctccattctcctcaatacccaaatacgtttccttgggtgactagtca
actgtggggtgaggaacggagacactgtcatcccctggggtcctcctttt
ctctgctgtgcttgttttgggacaggctcttgaacatgtggtaatctaag
cactgcaccaggctctgtctgcctccatttttcaagggactaccttaaaa
ctaagactgcaaaatggtggcttgtacacacatactttgttctggtaatt
tctaaagtcttttatttaaatatgattttattattatatgtaagtatact
gtagctgtcttcagacactatttctcctctctctagcccgctcactcagg
cccaaagatttatttatttattatatgtttaatcatcttcgacaccccag
aagggggcatcagatcagatctcattacggtggttgtgaggcaacattgt
ttgtgggaattgaacttagatctccgagatgtactagtgctcttaacgtt
ga
gaattcagttcctagcacctatgtaaagcagctcacagccaactctttaa
ttccaacaaagtgtctgacacctacatggcctgagaggtgcacataaatt
ctcttagtgagctggagagatggcttagtgattgagagcaatggcttact
tctagaaatctggtgttagtacctagcacctacttggtgactaaaaacca
tcagttctatagcccaacactcctgtggcctccttgggcacttgacatgc
acataatgcacagccctgtaagcaaaactcggatacatggagaacactgt
taatacaaccttgaaggaaagctatttgggatatttgctaaaaccagtct
aatttctcttgctactaatgaactctgcagaggaagcttggtgacattca
aaattctgtttacccattaataatacacctccccgcttgactttcatggc
aattggaggtgtgatattcattaatatgaaaggtaggttgattaccaccc
tccatgacaacctagcacatggagttcaagtagctgccaaagtctttgac
gagactacaacaagtgcaagcagtaaacaaaatatttgtgtattgtcgct
aagttagtagagtatagagtacttggctggcctaccatgcatggtgcttt
gtttagttccaagtatgacatacctaagctggtggtaaaagcctgttaac
ctagcttggtggaggtggagacaggaggatcagaaattaaaaccatcatt
ggctgcatagtgaattcaaggtcagtctaggctatgtgacaaggtgagac
tcaacaaaaaaacaaaaaaggtagtcttggaaatacttaaccaacttacc
tgataatttcgtacaccaagattggtgttgtctcattcttttgaattttg
tcaccagcaaaaatgtataatgtaaatagtcatattccatttatgtccca
tggtgcatatatgaaggtcaaaagacaacttttagaagtctcctaatatg
agatcttgggaatcaaatggaactcaccccataaggattgcagcaagtct
acctgctagatgactgaatggtataatctttaatacataaatgtgtagtc
cttggtttatgaaaattaaataacagcttaccatctcagattcttaaaga
atctcacaagataagatgcgcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_80074074_80075181
seq2: B6Ng01-109J03.b_46_1147 (reverse)

seq1  TCAACGGTTAAGAGCACTGACTAC-TCTTCCGAAGATCTTGAGTTCAAAT  49
      ||||| |||||||||||| | ||| |||  || ||||| | ||||||| |
seq2  TCAAC-GTTAAGAGCACT-AGTACATCT--CGGAGATC-TAAGTTCAATT  45

seq1  CCCAACAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGATCTG  99
      ||| |||| || ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCC-ACAAACA-ATGTTGCCTCACAACCA-CCGTAATGAGATCTGATCTG  92

seq1  ATGCCCCCTTCTGGGGTGTCTGAAGATGACT-AACATATAATAAATAAAT  148
      |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCTTCTGGGGTGTC-GAAGATGATTAAACATATAATAAATAAAT  141

seq1  AAATCTTTGGGCCTGAGTGAGCGGGGCTAGAGAGAGGAGAAATAGTGTCT  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTGGGCCTGAGTGAGC-GGGCTAGAGAGAGGAGAAATAGTGTCT  190

seq1  GAAGACAGCTACAGTATACTTACATATAATAAATAAAATCATATTTTAAA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || 
seq2  GAAGACAGCTACAGTATACTTACATATAAT-AATAAAATCATATTTAAAT  239

seq1  TAAAGACTTTAGAAATTACCAGAACAAAGTATGTGTGTACAAGCCACCAT  298
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTTTAGAAATTACCAGAACAAAGTATGTGTGTACAAGCCACCAT  289

seq1  TTTGCAGTCTTAGTTTTAAGGTAGTCCCTTG-AAAATGGAGGCAGACAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTCTTAGTTTTAAGGTAGTCCCTTGAAAAATGGAGGCAGACAGA  339

seq1  GCCTGGTGCAGTGCTTAGATTACCACATGTTCAAGAGCCTGTCCC-AAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCCTGGTGCAGTGCTTAGATTACCACATGTTCAAGAGCCTGTCCCAAAAC  389

seq1  AAGCACAGCAGAG-AAAGGAGGACCCCAGGGGATGACAGTGTCTCCGTTC  445
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGCAGAGAAAAGGAGGACCCCAGGGGATGACAGTGTCTCCGTTC  439

seq1  CTCACCCCACAGTTGACTAGTCACCCAAGGAAACGTATTTGGGTATTGAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCACAGTTGACTAGTCACCCAAGGAAACGTATTTGGGTATTGAG  489

seq1  GAGAATGGAGACTTCTGTTTTCTCCGGTTTTGACAGTAGTTGGTGGTTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGAGACTTCTGTTTTCTCCGGTTTTGACAGTAGTTGGTGGTTGG  539

seq1  TCACTACTGGTTGCCGTGCTAAGCATATCTTAATTAATACTGTTAATAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACTGGTTGCCGTGCTAAGCATATCTTAATTAATACTGTTAATAAA  589

seq1  GAACTGGTACTTAATTAAAAGTCGTTGATGGACTGTTAGCTGAGCCTCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTACTTAATTAAAAGTCGTTGATGGACTGTTAGCTGAGCCTCAT  639

seq1  TACCTGAGGAGGGCATGCACACATGCAAGAAAGCAAGCATGCTTCAACCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAGGAGGGCATGCACACATGCAAGAAAGCAAGCATGCTTCAACCC  689

seq1  AGCAGCACCCCAGAGGCAGAGACAGCAGGAACTGTGTGAGTTCCCGGACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACCCCAGAGGCAGAGACAGCAGGAACTGTGTGAGTTCCCGGACA  739

seq1  GCAAGGGCCACCTAGAACCCTTATTTCATATCTGAATAGTTTCATAATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGCCACCTAGAACCCTTATTTCATATCTGAATAGTTTCATAATTT  789

seq1  TGTCTTAGGGTTTTATTGCTGGGAAGAGACATCATGAACATAGCAACTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGGGTTTTATTGCTGGGAAGAGACATCATGAACATAGCAACTCT  839

seq1  GATAAAGAACCTTTAATTGGGGCGGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGAACCTTTAATTGGGGCGGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCT  889

seq1  CTTATCATGGAGGGAAGCACAGCAGTTTGCAGGCAGACATGGTGCTGGAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCATGGAGGGAAGCACAGCAGTTTGCAGGCAGACATGGTGCTGGAG  939

seq1  AAGCTGAGAGGTCTACATATTGACCCAAAGGCAGCAGACAGAGACTTATC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAGAGGTCTACATATTGACCCAAAGGCAGCAGACAGAGACTTATC  989

seq1  ACATTGGCCAAACTTGAGCGTATATGAAACCTTGAAGCTCACTTCCACAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGCCAAACTTGAGCGTATATGAAACCTTGAAGCTCACTTCCACAG  1039

seq1  TGACACACTTCCTCCAACAAGGCCATACCTTATAGTATACCACTCCCTAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACTTCCTCCAACAAGGCCATACCTTATAGTATACCACTCCCTAT  1089

seq1  TAGCCAAGAATTC  1108
      |||||||||||||
seq2  TAGCCAAGAATTC  1102

seq1: chr11_79849118_79850299
seq2: B6Ng01-109J03.g_67_1240

seq1  GAATTCAGTTCCTAGCACCTATGTAAAGCAGCTCACAGCCAACTCTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCCTAGCACCTATGTAAAGCAGCTCACAGCCAACTCTTTAA  50

seq1  TTCCAACAAAGTGTCTGACACCTACATGGCCTGAGAGGTGCACATAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACAAAGTGTCTGACACCTACATGGCCTGAGAGGTGCACATAAATT  100

seq1  CTCTTAGTGAGCTGGAGAGATGGCTTAGTGATTGAGAGCAATGGCTTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGTGAGCTGGAGAGATGGCTTAGTGATTGAGAGCAATGGCTTACT  150

seq1  TCTAGAAATCTGGTGTTAGTACCTAGCACCTACTTGGTGACTAAAAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAATCTGGTGTTAGTACCTAGCACCTACTTGGTGACTAAAAACCA  200

seq1  TCAGTTCTATAGCCCAACACTCCTGTGGCCTCCTTGGGCACTTGACATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTATAGCCCAACACTCCTGTGGCCTCCTTGGGCACTTGACATGC  250

seq1  ACATAATGCACAGCCCTGTAAGCAAAACTCGGATACATGGAGAACACTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATGCACAGCCCTGTAAGCAAAACTCGGATACATGGAGAACACTGT  300

seq1  TAATACAACCTTGAAGGAAAGCTATTTGGGATATTTGCTAAAACCAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAACCTTGAAGGAAAGCTATTTGGGATATTTGCTAAAACCAGTCT  350

seq1  AATTTCTCTTGCTACTAATGAACTCTGCAGAGGAAGCTTGGTGACATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCTTGCTACTAATGAACTCTGCAGAGGAAGCTTGGTGACATTCA  400

seq1  AAATTCTGTTTACCCATTAATAATACACCTCCCCGCTTGACTTTCATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTGTTTACCCATTAATAATACACCTCCCCGCTTGACTTTCATGGC  450

seq1  AATTGGAGGTGTGATATTCATTAATATGAAAGGTAGGTTGATTACCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAGGTGTGATATTCATTAATATGAAAGGTAGGTTGATTACCACCC  500

seq1  TCCATGACAACCTAGCACATGGAGTTCAAGTAGCTGCCAAAGTCTTTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGACAACCTAGCACATGGAGTTCAAGTAGCTGCCAAAGTCTTTGAC  550

seq1  GAGACTACAACAAGTGCAAGCAGTAAACAAAATATTTGTGTATTGTCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTACAACAAGTGCAAGCAGTAAACAAAATATTTGTGTATTGTCGCT  600

seq1  AAGTTAGTAGAGTATAGAGTACTTGGCTGGCCTACCATGCATGGTGCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGTAGAGTATAGAGTACTTGGCTGGCCTACCATGCATGGTGCTTT  650

seq1  GTTTAGTTCCAAGTATGACATACCTAAGCTGGTGGTAAAAGCCTGTTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTTCCAAGTATGACATACCTAAGCTGGTGGTAAAAGCCTGTTAAC  700

seq1  CTAGCTTGGTGGAGGTGGAGACAGGAGGATCAGAAATTAAAACCATCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGGTGGAGGTGGAGACAGGAGGATCAGAAATTAAAACCATCATT  750

seq1  GGCTGCATAGTGAATTCAAGGTCAGTCTAGGCTATGTGACAAGGTGAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATAGTGAATTCAAGGTCAGTCTAGGCTATGTGACAAGGTGAGAC  800

seq1  TCAACAAAAAAACAAAAAAGGTAGTCTTGGAAATACTTAACCAACTTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAAAAAACAAAAAAGGTAGTCTTGGAAATACTTAACCAACTTACC  850

seq1  TGATAA-TTCGTACACCAAGATTGGTGTTTGTCTCATTCTTTTGAATTTT  899
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATTTCGTACACCAAGATTGGTG-TTGTCTCATTCTTTTGAATTTT  899

seq1  GTCAACCAGCAAAAATGTATAATGTAAAATAGTCATATTCCATTTATGTC  949
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTC-ACCAGCAAAAATGTATAATGT-AAATAGTCATATTCCATTTATGTC  947

seq1  CCATGGTGCATATATGAAGGTCAAAAGACAACTTTTAAGAGTCTCCTAAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CCATGGTGCATATATGAAGGTCAAAAGACAACTTTTAGAAGTCTCCTAAT  997

seq1  ATGAGATCTT-GGAATCAAATGGAACTCACCCCATTAGGATTTGCAGCAA  1048
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  ATGAGATCTTGGGAATCAAATGGAACTCACCCCATAAGGA-TTGCAGCAA  1046

seq1  GTCTACCTGCTAGATGACTGAATGTATATAATCTTAAATACATAAATGT-  1097
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| 
seq2  GTCTACCTGCTAGATGACTGAATG-GTATAATCTTTAATACATAAATGTG  1095

seq1  TAGTCTTTGTTATATGAAAA-TAAATAACAAGCTTACCATCTACAGATTC  1146
      ||||| ||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TAGTCCTTGGTTTATGAAAATTAAATAAC-AGCTTACCATCT-CAGATTC  1143

seq1  TATAAAAGAATACTACAAAAAGATAAGATGGGCACT  1182
        | |||||||   ||   ||||||||||| |||||
seq2  --TTAAAGAATCTCAC---AAGATAAGATGCGCACT  1174