BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114L12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 90,189,311 - 90,318,089
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHlf
Upstream gene4932411E22Rik, Ankfn1, Pctp, Tmem100, LOC100039104, Mmd
Downstream geneStxbp4, LOC100039267, Cox11, Tom1l1, LOC638903, EG664976
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114L12.bB6Ng01-114L12.g
ACCDH920169DH920170
length1,095898
definitionDH920169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L12, 5' end.DH920170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,317,005 - 90,318,089)(90,189,311 - 90,190,202)
sequence
gaattcattagggatttgggtggaactcagaacatgtgagttaaccacca
aatacgttcaccaccttggcatgttgaaagacagcagtgcaggaagtctc
cctggctttcacccctcccttcttggaatcagtcttaaaacatagaaagg
atgtggacaaccttccccagtgaagggaagtacccttcttcactcatgag
ggaagtacccttcttcactcagagggaagcatcatcattgttttatgaaa
ccaaaggaatgaaaggatacagaggagaactggaataaactggtctgacg
acgttttccccaatttgtcaccattagatcacatctttcttcttttatat
ttcaccccaaatgatccgctcttcaccaaatctattgtgaaagacactca
gatgcatcttcctggggtcttcgtttccttatgaaggctcctggcgcaca
taaagcttattaagcatatttatttatatagataaatccttcatttacct
agtcatgccttgtattgcaagcacccacctacacatcccgtactccaggc
tactccagattaaattcagtttacagagcgtgccattgagaattctcata
gcattgtaactatcataactgtgcttaaaagccccttttttctctgtgtg
tgtctgcctctgtctctgtctctgtctatgtctctgtctctctctctctc
tctctctcactctgtctcttcccatgtctgtctctgtctatctctctgtg
tgtctgtctttctgtgtctctctttgtgtgtgtgcatggactttgctcgt
gaatgacatgaacataccacacgagtggaagtcagaagaaaactttggag
ttggttctccctgactgccgtgtgggtcccaaggtttggattcagatcat
ttgggtttggggagcaagaaactcatgttacatgcttgccagccctcata
gatagaatttttatgatatgtcaggactatttgtgtagctatccttccac
actagactggtagcttcttaaaatgcatacctttcttagcatctgtcacc
agttctagcacataggaaggacctcagtacttgggtgattgaatg
gaattcccaattcaacagggaaaagggtgggagtggtgcttgtcattctg
aggaggtttggaacaacttagatcgtttcagtaccacatagataaggtaa
tagaatcacttatacctgagctaaagagagtccttggtcccccaggatag
ctcaaggcagcaggctaagagctggaaggtgtccagataagttggcttga
agccctacatactaatacgtacagattccagttgatgtaggggaacacaa
aagctggaagaaaagaaggacaagaacaggctaggtgatcaatatgatga
cttcaggatgcagagatcctactcacagaggcaggaagacacatgaagct
ccaaggaacagatgaacactaggaacccagcctcaaatatcccagaaatt
agcacagacctgaggccaacaagtgtcttgaaactccagctcttgctatt
ataggactgataaatttcatctgaccccaacgcacaaccttgagaaagaa
gctgaggagagagagagagagagagagagagggagagagagagagagaga
gagagagagagagaatgaacgtgtgtcctctgagttgatcttcaaaggga
ttgtgttgataggaaaagcctatttttaatttacaaaagaagaaattacc
ttttaattggacaattaagttttgagagactgaaataaaggggaaaccaa
gcataaatagcttaagggggattcatttacccccacatttgaggttgtta
catacaattttggacctagatagagtctgtcatactaaccaatgcagctg
caaacttcatttcctcgtgtgttatcttttgtgaactatcaaatctaaaa
atatgttattattttctagtttttgtggggggctctggaggaaaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_90317005_90318089
seq2: B6Ng01-114L12.b_48_1142 (reverse)

seq1  CATTCA-----CCAAGTACTGA-GTCCTTCCTATGTGCTAGAACTGGTGA  44
      ||||||     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAATCACCCAAGTACTGAGGTCCTTCCTATGTGCTAGAACTGGTGA  50

seq1  CAGATGCTAAG-AAGGTATGCATTTTTAAGGAGCTTACAGTCTAGTTGTG  93
      ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  |||||||| ||||
seq2  CAGATGCTAAGAAAGGTATGCA-TTTTAAGAAGCTACCAGTCTAG-TGTG  98

seq1  GGAAGATAGCTACACAAATAGTCCTGACATATCATAAAAATTCTATCTAT  143
      | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATAGCTACACAAATAGTCCTGACATATCATAAAAATTCTATCTAT  148

seq1  GAGGGCTGGC-AGCATGTCACATGAGTTTCTTGCTCCC--AAGCCAAATG  190
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||
seq2  GAGGGCTGGCAAGCATGTAACATGAGTTTCTTGCTCCCCAAACCCAAATG  198

seq1  ATCTGAATTCAAACCTTGGGACCCACACGGCAGTCAGGGAGAACCAACTC  240
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAATCCAAACCTTGGGACCCACACGGCAGTCAGGGAGAACCAACTC  248

seq1  C-AAGTTGTCTTCTGACTTCCACTCGTGTGGTATGTTCATGTCATTCACG  289
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTTCTTCTGACTTCCACTCGTGTGGTATGTTCATGTCATTCACG  298

seq1  AGC-AAGTCCATGCACACACACAAAGAGAGACACAGAAAGACAGACACAC  338
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTCCATGCACACACACAAAGAGAGACACAGAAAGACAGACACAC  348

seq1  AGAGAGATAGACAGAGACAGACATGGGAAGAGACAGAGTGAGAGAGAGAG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATAGACAGAGACAGACATGGGAAGAGACAGAGTGAGAGAGAGAG  398

seq1  AGAGAGAGAGACAGAGACATAGACAGAGACAGAGACAGAGGCAGACACAC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGACAGAGACATAGACAGAGACAGAGACAGAGGCAGACACAC  448

seq1  ACAGAGAAAAAAGGGGCTTTTAAGCACAGTTATGATAGTTACAATGCTAT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAAAAAGGGGCTTTTAAGCACAGTTATGATAGTTACAATGCTAT  498

seq1  GAGAATTCTCAATGGCACGCTCTGTAAACTGAATTTAATCTGGAGTAGCC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTCTCAATGGCACGCTCTGTAAACTGAATTTAATCTGGAGTAGCC  548

seq1  TGGAGTACGGGATGTGTAGGTGGGTGCTTGCAATACAAGGCATGACTAGG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTACGGGATGTGTAGGTGGGTGCTTGCAATACAAGGCATGACTAGG  598

seq1  TAAATGAAGGATTTATCTATATAAATAAATATGCTTAATAAGCTTTATGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAGGATTTATCTATATAAATAAATATGCTTAATAAGCTTTATGT  648

seq1  GCGCCAGGAGCCTTCATAAGGAAACGAAGACCCCAGGAAGATGCATCTGA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCAGGAGCCTTCATAAGGAAACGAAGACCCCAGGAAGATGCATCTGA  698

seq1  GTGTCTTTCACAATAGATTTGGTGAAGAGCGGATCATTTGGGGTGAAATA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTTCACAATAGATTTGGTGAAGAGCGGATCATTTGGGGTGAAATA  748

seq1  TAAAAGAAGAAAGATGTGATCTAATGGTGACAAATTGGGGAAAACGTCGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAGAAAGATGTGATCTAATGGTGACAAATTGGGGAAAACGTCGT  798

seq1  CAGACCAGTTTATTCCAGTTCTCCTCTGTATCCTTTCATTCCTTTGGTTT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGTTTATTCCAGTTCTCCTCTGTATCCTTTCATTCCTTTGGTTT  848

seq1  CATAAAACAATGATGATGCTTCCCTCTGAGTGAAGAAGGGTACTTCCCTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACAATGATGATGCTTCCCTCTGAGTGAAGAAGGGTACTTCCCTC  898

seq1  ATGAGTGAAGAAGGGTACTTCCCTTCACTGGGGAAGGTTGTCCACATCCT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGAAGAAGGGTACTTCCCTTCACTGGGGAAGGTTGTCCACATCCT  948

seq1  TTCTATGTTTTAAGACTGATTCCAAGAAGGGAGGGGTGAAAGCCAGGGAG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTTTTAAGACTGATTCCAAGAAGGGAGGGGTGAAAGCCAGGGAG  998

seq1  ACTTCCTGCACTGCTGTCTTTCAACATGCCAAGGTGGTGAACGTATTTGG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGCACTGCTGTCTTTCAACATGCCAAGGTGGTGAACGTATTTGG  1048

seq1  TGGTTAACTCACATGTTCTGAGTTCCACCCAAATCCCTAATGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAACTCACATGTTCTGAGTTCCACCCAAATCCCTAATGAATTC  1095

seq1: chr11_90189311_90190202
seq2: B6Ng01-114L12.g_68_965

seq1  GAATTCCCAATTCAACAGGGAAAAGGGTGGGAGTGGTGCTTGTCATTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATTCAACAGGGAAAAGGGTGGGAGTGGTGCTTGTCATTCTG  50

seq1  AGGAGGTTTGGAACAACTTAGATCGTTTCAGTACCACATAGATAAGGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTTTGGAACAACTTAGATCGTTTCAGTACCACATAGATAAGGTAA  100

seq1  TAGAATCACTTATACCTGAGCTAAAGAGAGTCCTTGGTCCCCCAGGATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCACTTATACCTGAGCTAAAGAGAGTCCTTGGTCCCCCAGGATAG  150

seq1  CTCAAGGCAGCAGGCTAAGAGCTGGAAGGTGTCCAGATAAGTTGGCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGCAGCAGGCTAAGAGCTGGAAGGTGTCCAGATAAGTTGGCTTGA  200

seq1  AGCCCTACATACTAATACGTACAGATTCCAGTTGATGTAGGGGAACACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTACATACTAATACGTACAGATTCCAGTTGATGTAGGGGAACACAA  250

seq1  AAGCTGGAAGAAAAGAAGGACAAGAACAGGCTAGGTGATCAATATGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGAAGAAAAGAAGGACAAGAACAGGCTAGGTGATCAATATGATGA  300

seq1  CTTCAGGATGCAGAGATCCTACTCACAGAGGCAGGAAGACACATGAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGATGCAGAGATCCTACTCACAGAGGCAGGAAGACACATGAAGCT  350

seq1  CCAAGGAACAGATGAACACTAGGAACCCAGCCTCAAATATCCCAGAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAACAGATGAACACTAGGAACCCAGCCTCAAATATCCCAGAAATT  400

seq1  AGCACAGACCTGAGGCCAACAAGTGTCTTGAAACTCCAGCTCTTGCTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGACCTGAGGCCAACAAGTGTCTTGAAACTCCAGCTCTTGCTATT  450

seq1  ATAGGACTGATAAATTTCATCTGACCCCAACGCACAACCTTGAGAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACTGATAAATTTCATCTGACCCCAACGCACAACCTTGAGAAAGAA  500

seq1  GCTGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGA  550

seq1  GAGAGAGAGAGAGAATGAACGTGTGTCCTCTGAGTTGATCTTCAAAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAATGAACGTGTGTCCTCTGAGTTGATCTTCAAAGGGA  600

seq1  TTGTGTTGATAGGAAAAGCCTA-TTTTAATTTACAAAAGAAGAAATTACC  649
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGATAGGAAAAGCCTATTTTTAATTTACAAAAGAAGAAATTACC  650

seq1  -TTTAATTGGACAATTAAGTTTTGAGAGACTGAAATAAAGGGGAAACCAA  698
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTGGACAATTAAGTTTTGAGAGACTGAAATAAAGGGGAAACCAA  700

seq1  GCATAGATAGCTTAA-GGAGATTCATTTACCCCCACATTTGA-GTTGTTA  746
      ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCATAAATAGCTTAAGGGGGATTCATTTACCCCCACATTTGAGGTTGTTA  750

seq1  CATACAATTTTTGACCTAGATAGAGTCTGTCATACTAACCAGATGCAGCT  796
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATACAATTTTGGACCTAGATAGAGTCTGTCATACTAACCA-ATGCAGCT  799

seq1  GCAAACTTCATTTCCACGTGTGTTATCTTTTGTGAACTATCAAATCAGAA  846
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GCAAACTTCATTTCCTCGTGTGTTATCTTTTGTGAACTATCAAATCTAAA  849

seq1  TAGATGTTATTA-TTTCTAG-TTTTGT-GGGGGCTCTGGAGGAGAAGGA  892
       | ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AATATGTTATTATTTTCTAGTTTTTGTGGGGGGCTCTGGAGGAAAAGGA  898