BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117C18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 29,419,055 - 29,571,166
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830, LOC666403
Upstream geneCcdc85a, Efemp1, LOC382504, Pnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104, LOC672637, LOC100042985, A430106J12Rik, 2010316F05Rik, LOC100042990
Downstream geneRtn4, C230094A16Rik, 4931440F15Rik, Spnb2, EG666427, LOC666432, 4930505A04Rik, Acyp2, LOC654445, LOC666452
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117C18.bB6Ng01-117C18.g
ACCDH921980DH921981
length1,1151,114
definitionDH921980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C18, 5' end.DH921981|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,419,055 - 29,420,169)(29,570,044 - 29,571,166)
sequence
gaattccaggctagccatgacaacagcgtgagagcctgtctcaaaactta
aaaaacaattaaggatatttgtgttagttagggtttcactgctgtgaaga
gatgccatgactaaggcaactctcatcatcaaggtgggagcatggcagca
tctaggcaggcatggtgctggagaagctgagagttctacaacttgttctg
aagataaacagaagactggcttccagacagttaggaaaaaggtctctcaa
agcatccttacaatgacacacttcctccaacaaggccatacctcctaata
gtgcaattccctgggccaagcatcttcaaaccaccacaatgtttaattca
gaactggaatgatggctcattggttaagagagtacttgctgtacttgcag
aggacctgcattcctaacccatatatggcagcaaagtgatagtcttagta
ttgataatcacaaaataaaccaaaatattgatcaactctgaaaaacactg
aagattctccaactcctgcaggatcaattattcctacaaattcaatccca
tatgtaaacataaagtacatctattgtattgatacataacttttcattct
tcattaataaaatatgtgcatatcaaagtattaaaatttattatcagtaa
gtattgatttgtatacctgttttatgttgatttgtatacctgtcatattg
aaatctcttgggtgaaaaggagtcacaaatgcaaaatgcttaaactgtgg
tcaatctggccatccatcagctatgtaatctcagagtgcctccctcaaca
catctatccatcagtttagtttctgaaatcctttaccctgcctgaactac
tactttaatcatttagtctataataatgacttcttaactttattctatct
gtaattggatgccaagtattttgtatcagagttttaccaccaaaggttta
tattatgaaatagaactaacttaaactgtgtgtgttgaaataactacatc
atcatccaaacattatcattatacctcaacaccacatttgttgtgagact
gcacttagtacaaagaaacacctgtacttaagctctttgttttcagtcca
attcaatatgaactt
gaattctctgtactttattcattaaggcagggtctcccaaaggaacccag
agctcaccagtatggctggtctagctggccagtgtgctctagggtctgct
ttctgagagctggaattacaggtcagacaccatgcccacccagcatttac
agtgcttttaactccagtccttgcaattgcttccagcacattagccactg
agccacacactacctaaagatccctcttagctttttagccctcattgtta
catggccacaatgtgccaggtacacttgcttctaggtatatagagatctc
atgaattaacacttgctgaattctcaatgaatgtaatttttgcattcctt
ttgcatcttcagtcctttaaaaaatgtactggagtccctcctccatacta
ggttctgccttacaatgggctgcagggtggggcagaatactcacagtcct
tgctttcatgctgggaagccagcatgcagtgtgctaatggtttctggtgg
gcccccaaatctgccaccttcttcagaagcacattccctaggtcatgcta
gaaatgttcaattgaataagtcactaacatttttctcctaaatcttaata
tgtatatttaaaaactaagacctagccaaaagagaattaaagttgataat
aactccacaatcatgtgctctgtataccccgacacactaaaattcctctc
actgctatgacgtgagcccttttacagcagctttgttgagactaggatcc
aactgagggccctgtgctacatcttgttgtgcttggggaggtgtggaaat
aatgatgcagattcaggactcatctatgaaattctcagaaaataaaaagt
aaacttaaaaagacaaacttagaatatgtaacaaaatagttctttattgc
tgttactaaatattagagaaagaaatacaggcactccagtgtagaatgtc
ccagcatttcagtttgtcgtgtcttctaggcgcatgtgtttatatatttt
gtagttaacaaaaagctggacatactgaaagggctattaagactcaaatc
aacattttgggcagattacagcattagataatgggaacagaaaaactgaa
caatgggtaaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_29419055_29420169
seq2: B6Ng01-117C18.b_46_1160

seq1  GAATTCCAGGCTAGCCATGACAACAGCGTGAGAGCCTGTCTCAAAACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGCCATGACAACAGCGTGAGAGCCTGTCTCAAAACTTA  50

seq1  AAAAACAATTAAGGATATTTGTGTTAGTTAGGGTTTCACTGCTGTGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAATTAAGGATATTTGTGTTAGTTAGGGTTTCACTGCTGTGAAGA  100

seq1  GATGCCATGACTAAGGCAACTCTCATCATCAAGGTGGGAGCATGGCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCATGACTAAGGCAACTCTCATCATCAAGGTGGGAGCATGGCAGCA  150

seq1  TCTAGGCAGGCATGGTGCTGGAGAAGCTGAGAGTTCTACAACTTGTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCAGGCATGGTGCTGGAGAAGCTGAGAGTTCTACAACTTGTTCTG  200

seq1  AAGATAAACAGAAGACTGGCTTCCAGACAGTTAGGAAAAAGGTCTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAACAGAAGACTGGCTTCCAGACAGTTAGGAAAAAGGTCTCTCAA  250

seq1  AGCATCCTTACAATGACACACTTCCTCCAACAAGGCCATACCTCCTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTTACAATGACACACTTCCTCCAACAAGGCCATACCTCCTAATA  300

seq1  GTGCAATTCCCTGGGCCAAGCATCTTCAAACCACCACAATGTTTAATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAATTCCCTGGGCCAAGCATCTTCAAACCACCACAATGTTTAATTCA  350

seq1  GAACTGGAATGATGGCTCATTGGTTAAGAGAGTACTTGCTGTACTTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAATGATGGCTCATTGGTTAAGAGAGTACTTGCTGTACTTGCAG  400

seq1  AGGACCTGCATTCCTAACCCATATATGGCAGCAAAGTGATAGTCTTAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGCATTCCTAACCCATATATGGCAGCAAAGTGATAGTCTTAGTA  450

seq1  TTGATAATCACAAAATAAACCAAAATATTGATCAACTCTGAAAAACACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAATCACAAAATAAACCAAAATATTGATCAACTCTGAAAAACACTG  500

seq1  AAGATTCTCCAACTCCTGCAGGATCAATTATTCCTACAAATTCAATCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTCCAACTCCTGCAGGATCAATTATTCCTACAAATTCAATCCCA  550

seq1  TATGTAAACATAAAGTACATCTATTGTATTGATACATAACTTTTCATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAACATAAAGTACATCTATTGTATTGATACATAACTTTTCATTCT  600

seq1  TCATTAATAAAATATGTGCATATCAAAGTATTAAAATTTATTATCAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAATAAAATATGTGCATATCAAAGTATTAAAATTTATTATCAGTAA  650

seq1  GTATTGATTTGTATACCTGTTTTATGTTGATTTGTATACCTGTCATATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGATTTGTATACCTGTTTTATGTTGATTTGTATACCTGTCATATTG  700

seq1  AAATCTCTTGGGTGAAAAGGAGTCACAAATGCAAAATGCTTAAACTGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTTGGGTGAAAAGGAGTCACAAATGCAAAATGCTTAAACTGTGG  750

seq1  TCAATCTGGCCATCCATCAGCTATGTAATCTCAGAGTGCCTCCCTCAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGGCCATCCATCAGCTATGTAATCTCAGAGTGCCTCCCTCAACA  800

seq1  CATCTATCCATCAGTTTAGTTTCTGAAATCCTTTACCCTGCCTGAACTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATCCATCAGTTTAGTTTCTGAAATCCTTTACCCTGCCTGAACTAC  850

seq1  TACTTTAATCATTTAGTCTATAATAATGACTTCTTAACTTTATTCTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAATCATTTAGTCTATAATAATGACTTCTTAACTTTATTCTATCT  900

seq1  GTAATTGGATGCCAAGTATTTTGTATCAGAGTTTTACCACCAAAGGTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGGATGCCAAGTATTTTGTATCAGAGTTTTACCACCAAAGGTTTA  950

seq1  TATTATGAAATAGAACTAACTTAAACTGTGTGTGTTGAAATAACTACATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAAATAGAACTAACTTAAACTGTGTGTGTTGAAATAACTACATC  1000

seq1  ATCATCCAAACATTATCATTATACCTCAACA-CACATTTG-TGTGAGAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||
seq2  ATCATCCAAACATTATCATTATACCTCAACACCACATTTGTTGTGAG-AC  1049

seq1  TGCACTTAGTACAAAGAAACA-CTGTACTTAAGGCTCTTTGTCTTCAAGT  1097
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||
seq2  TGCACTTAGTACAAAGAAACACCTGTACTTAA-GCTCTTTGTTTTC-AGT  1097

seq1  CAAATTCAATATGAACTT  1115
      | ||||||||||||||||
seq2  CCAATTCAATATGAACTT  1115

seq1: chr11_29570044_29571166
seq2: B6Ng01-117C18.g_67_1180 (reverse)

seq1  TATTTTACCCATTGCTCAAGTATTCTG-TCCCATTATACTAATGCTGTAA  49
      |||||||||||||| |||  | ||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TATTTTACCCATTGTTCAGTTTTTCTGTTCCCATTAT-CTAATGCTGTAA  49

seq1  TCTTGCCCAAAATGTTTGATTTGAGTC-TAATAAGGCCCTTTCAGTAATG  98
      || ||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||| |||
seq2  TC-TGCCCAAAATG-TTGATTTGAGTCTTAATA--GCCCTTTCAGT-ATG  94

seq1  TCCAGCTTTTTGTTAACTACAAAATAATATAAACACATGGCGCCTAGAAG  148
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCAGCTTTTTGTTAACTACAAAAT-ATATAAACACAT-GCGCCTAGAAG  142

seq1  ACACGGACAAACTGAAAATGCTGGGACATTCTACACTGGAGTGCCTGTAT  198
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAC-GACAAACTG-AAATGCTGGGACATTCTACACTGGAGTGCCTGTAT  190

seq1  TTCTTTCTCTAATATTTAGTAACAGCAATAAAAGAACTATTTTGTTACAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTAATATTTAGTAACAGCAAT-AAAGAACTATTTTGTTACAT  239

seq1  ATTCTAAGTTTGTCTTTTTAAGTTTACTTTTTATTTTCTGAGAATTTCAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAGTTTGTCTTTTTAAGTTTACTTTTTATTTTCTGAGAATTTCAT  289

seq1  AGATGAGTCCTGAATCTGCATCATTATTTCCACACCTCCCCAAGCACAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTCCTGAATCTGCATCATTATTTCCACACCTCCCCAAGCACAAC  339

seq1  AAGATGTAGCACAGGGCCCTCAGTTGGATCCTAGTCTCAACAAAGCTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTAGCACAGGGCCCTCAGTTGGATCCTAGTCTCAACAAAGCTGCT  389

seq1  GTAAAAGGGCTCACGTCATAGCAGTGAGAGGAATTTTAGTGTGTCGGGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGGGCTCACGTCATAGCAGTGAGAGGAATTTTAGTGTGTCGGGGT  439

seq1  ATACAGAGCACATGATTGTGGAGTTATTATCAACTTTAATTCTCTTTTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGCACATGATTGTGGAGTTATTATCAACTTTAATTCTCTTTTGG  489

seq1  CTAGGTCTTAGTTTTTAAATATACATATTAAGATTTAGGAGAAAAATGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCTTAGTTTTTAAATATACATATTAAGATTTAGGAGAAAAATGTT  539

seq1  AGTGACTTATTCAATTGAACATTTCTAGCATGACCTAGGGAATGTGCTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTATTCAATTGAACATTTCTAGCATGACCTAGGGAATGTGCTTC  589

seq1  TGAAGAAGGTGGCAGATTTGGGGGCCCACCAGAAACCATTAGCACACTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGGTGGCAGATTTGGGGGCCCACCAGAAACCATTAGCACACTGC  639

seq1  ATGCTGGCTTCCCAGCATGAAAGCAAGGACTGTGAGTATTCTGCCCCACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGCTTCCCAGCATGAAAGCAAGGACTGTGAGTATTCTGCCCCACC  689

seq1  CTGCAGCCCATTGTAAGGCAGAACCTAGTATGGAGGAGGGACTCCAGTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCCATTGTAAGGCAGAACCTAGTATGGAGGAGGGACTCCAGTAC  739

seq1  ATTTTTTAAAGGACTGAAGATGCAAAAGGAATGCAAAAATTACATTCATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTAAAGGACTGAAGATGCAAAAGGAATGCAAAAATTACATTCATT  789

seq1  GAGAATTCAGCAAGTGTTAATTCATGAGATCTCTATATACCTAGAAGCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTCAGCAAGTGTTAATTCATGAGATCTCTATATACCTAGAAGCAA  839

seq1  GTGTACCTGGCACATTGTGGCCATGTAACAATGAGGGCTAAAAAGCTAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTGGCACATTGTGGCCATGTAACAATGAGGGCTAAAAAGCTAAG  889

seq1  AGGGATCTTTAGGTAGTGTGTGGCTCAGTGGCTAATGTGCTGGAAGCAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCTTTAGGTAGTGTGTGGCTCAGTGGCTAATGTGCTGGAAGCAAT  939

seq1  TGCAAGGACTGGAGTTAAAAGCACTGTAAATGCTGGGTGGGCATGGTGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGACTGGAGTTAAAAGCACTGTAAATGCTGGGTGGGCATGGTGTC  989

seq1  TGACCTGTAATTCCAGCTCTCAGAAAGCAGACCCTAGAGCACACTGGCCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGTAATTCCAGCTCTCAGAAAGCAGACCCTAGAGCACACTGGCCA  1039

seq1  GCTAGACCAGCCATACTGGTGAGCTCTGGGTTCCTTTGGGAGACCCTGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACCAGCCATACTGGTGAGCTCTGGGTTCCTTTGGGAGACCCTGCC  1089

seq1  TTAATGAATAAAGTACAGAGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAATAAAGTACAGAGAATTC  1114