BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120J07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 47,711,305 - 47,868,652
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSgcd, LOC628753, LOC100039647
Downstream geneLOC192895, Hn1l-ps2, LOC667163, LOC432554, Gnb2l1, Trim41, LOC100039945, Trim7, Irgm, EG432555, OTTMUSG00000005523, Psme2b-ps, LOC667214, Tgtp, LOC667219, 9930111J21Rik, Olfr56
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120J07.bB6Ng01-120J07.g
ACCDH924489DH924490
length1,168685
definitionDH924489|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120J07, 5' end.DH924490|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,711,305 - 47,712,482)(47,867,968 - 47,868,652)
sequence
gaattcattacatgacaactcacatgcctgcgtaaataaaccaaattcta
agagctgtactgtcatgggtcttggagagattgataattgtgacgatatt
aggcattctaaatgtcatcacatgtcaattcaaatttgtaaataaaagaa
gaaaaattaaacaattatattatggtccatataataatatttaaatttat
ttttcttggaagaaatctgactttacgaacaactagttccttgaatatct
cataacatagactttaataatgggaattttgataatgaatatagcccaca
acacctgccaacttttatcaatcaccacaaatataacagtgtcaacaata
ctttgcaatgaacgaataacctttgccaggtcatgcttaggcattaattc
attcattttaaaaaaagaaatctctaggcaacagacatttctcgtggtcc
ccattttacaagtgaggaaacagaagtgcagggtcaaagtaattaatcaa
gttgaaatgctaagatgtgaatctgagtatctctatttcctggtttccac
tgaatgactatgcataactatagttaaagcatccctattctaatttcatt
attcttctggtaagtatggtttcttgcccatgggatgcctttctcgattg
aatattaacatttttctgggtcctataagtggaatggaattagtcaagat
gaatgcttgaggggcctttgttggctttccccaacagcttaagcccttcc
taatcagactttgcatcaggtcctggtgactcttgacaggctaatgattt
cctccctgtaagagtttctctctcttgctctgctcctgctgcccatgtgt
ggtaatctgggattagaacaggaacattacaaacgaatttgcagctgagc
agttctaatctccttgaagggagagtgagaatttggcaaactgagacata
ggagagggcagaaacagcaatcattgcagaacggagtcactgatgttttg
actgatgatgagatgctgatatctagatcactgctccttttagaggcaca
gccaaaactgcacatgcagctacttatgagaaaataatctgctttctttg
gagtactttatgttttttctggaaccccttaccacattgagccaattcag
tcactggttcagccagga
gaattcctggtcctcctgtttctacttcttaactcccaggactacacgca
catgcccacacactggcttttaggtcttatgttcttatgactgacatcaa
tagcccagaacagcttctatgtaagtgcctatagtcactaaagatctata
agtgacagagcttggtccctgattgagcatgtctgatcccttaaggtagt
agaggagctttgtctgaatcttctaatctttgtcaactgccttggaggcc
tgccgtcccagtctttctcagctggcaaattcccctgcacctgtaagcta
cctgctatagcattgctccaggaaacagcagagtgggtcaattcctgagc
tcttctatctcctaatcaactctaatagccctgtctacttgccacttgag
gatggtgttaaatagaacttcctggtgagtatgctggcaattgtttagaa
acacatctgtgatgggcaggctaggaagaggaaactaactgcaaaggaag
aagaagcacaagatgtggccttgccactctctgttgactctctgacctct
gattccacaactataaaaacatatctattaaagaagctttaatagatatt
agctttttaaaaaaaagacatgctgcattatttagtggagtgcgtgcgtg
cgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_47711305_47712482
seq2: B6Ng01-120J07.b_46_1213

seq1  GAATTCATTACATGACAACTCACATGCCTGCGTAAATAAACCAAATTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACATGACAACTCACATGCCTGCGTAAATAAACCAAATTCTA  50

seq1  AGAGCTGTACTGTCATGGGTCTTGGAGAGATTGATAATTGTGACGATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTACTGTCATGGGTCTTGGAGAGATTGATAATTGTGACGATATT  100

seq1  AGGCATTCTAAATGTCATCACATGTCAATTCAAATTTGTAAATAAAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTCTAAATGTCATCACATGTCAATTCAAATTTGTAAATAAAAGAA  150

seq1  GAAAAATTAAACAATTATATTATGGTCCATATAATAATATTTAAATTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTAAACAATTATATTATGGTCCATATAATAATATTTAAATTTAT  200

seq1  TTTTCTTGGAAGAAATCTGACTTTACGAACAACTAGTTCCTTGAATATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGGAAGAAATCTGACTTTACGAACAACTAGTTCCTTGAATATCT  250

seq1  CATAACATAGACTTTAATAATGGGAATTTTGATAATGAATATAGCCCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATAGACTTTAATAATGGGAATTTTGATAATGAATATAGCCCACA  300

seq1  ACACCTGCCAACTTTTATCAATCACCACAAATATAACAGTGTCAACAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGCCAACTTTTATCAATCACCACAAATATAACAGTGTCAACAATA  350

seq1  CTTTGCAATGAACGAATAACCTTTGCCAGGTCATGCTTAGGCATTAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAATGAACGAATAACCTTTGCCAGGTCATGCTTAGGCATTAATTC  400

seq1  ATTCATTTTAAAAAAAGAAATCTCTAGGCAACAGACATTTCTCGTGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTTAAAAAAAGAAATCTCTAGGCAACAGACATTTCTCGTGGTCC  450

seq1  CCATTTTACAAGTGAGGAAACAGAAGTGCAGGGTCAAAGTAATTAATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTACAAGTGAGGAAACAGAAGTGCAGGGTCAAAGTAATTAATCAA  500

seq1  GTTGAAATGCTAAGATGTGAATCTGAGTATCTCTATTTCCTGGTTTCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATGCTAAGATGTGAATCTGAGTATCTCTATTTCCTGGTTTCCAC  550

seq1  TGAATGACTATGCATAACTATAGTTAAAGCATCCCTATTCTAATTTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGACTATGCATAACTATAGTTAAAGCATCCCTATTCTAATTTCATT  600

seq1  ATTCTTCTGGTAAGTATGGTTTCTTGCCCATGGGATGCCTTTCTCGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTGGTAAGTATGGTTTCTTGCCCATGGGATGCCTTTCTCGATTG  650

seq1  AATATTAACATTTTTCTGGGTCCTATAAGTGGAATGGAATTAGTCAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAACATTTTTCTGGGTCCTATAAGTGGAATGGAATTAGTCAAGAT  700

seq1  GAATGCTTGAGGGGCCTTTGTTGGCTTTCCCCAACAGCTTAAGCCCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTTGAGGGGCCTTTGTTGGCTTTCCCCAACAGCTTAAGCCCTTCC  750

seq1  TAATCAGACTTTGCATCAGGTCCTGGTGACTCTTGACAGGCTAATGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGACTTTGCATCAGGTCCTGGTGACTCTTGACAGGCTAATGATTT  800

seq1  CCTCCCTGTAAGAGTTTCTCTCTCTTGCTCTGCTCCTGCTGCCCATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTGTAAGAGTTTCTCTCTCTTGCTCTGCTCCTGCTGCCCATGTGT  850

seq1  GGTAATCTGGGATTAGAACAGGAACATTACAAACGAATTTGCAGCTGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCTGGGATTAGAACAGGAACATTACAAACGAATTTGCAGCTGAGC  900

seq1  AGTTCTAATCTCCCTGAAGGGAGAGTGAGAAATTGGCAAACTGAGACATA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAATCTCCTTGAAGGGAGAGTGAGAATTTGGCAAACTGAGACATA  950

seq1  GGAGAGGGCAAGAAACAGGCAATCATTGCAAGAACGGAGTCAACTGATGT  1000
      ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  GGAGAGGGC-AGAAACA-GCAATCATTGC-AGAACGGAGTC-ACTGATGT  996

seq1  TTTGACTGATGATGAAGATGCTGATATCTAGATCCACTGCTTCCTTTTTA  1050
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  
seq2  TTTGACTGATGATG-AGATGCTGATATCTAGAT-CACTGC-TCCTTTTAG  1043

seq1  AGAGCACAGCCAAAAACTGCACATGCAGCTACTTATGAGAAAATATTCTG  1100
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AG-GCACAGCC-AAAACTGCACATGCAGCTACTTATGAGAAAATAATCTG  1091

seq1  CTTTTCTTTGGAGTACCTTATGTTTTTCCTGGACCCCTTAACCACATGGA  1150
      | |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||| ||
seq2  C-TTTCTTTGGAGTACTTTATGTTTTTTCTGGAACCCCTTACCACATTGA  1140

seq1  GCCACATCAGTCACT-GTTCAGCCCAGGA  1178
      ||||  ||||||||| |||||| ||||||
seq2  GCCAATTCAGTCACTGGTTCAG-CCAGGA  1168

seq1: chr11_47867968_47868652
seq2: B6Ng01-120J07.g_67_751 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGCACGCACGCACTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGCACGCACGCACTCCA  50

seq1  CTAAATAATGCAGCATGTCTTTTTTTTAAAAAGCTAATATCTATTAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATGCAGCATGTCTTTTTTTTAAAAAGCTAATATCTATTAAAGC  100

seq1  TTCTTTAATAGATATGTTTTTATAGTTGTGGAATCAGAGGTCAGAGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAATAGATATGTTTTTATAGTTGTGGAATCAGAGGTCAGAGAGTC  150

seq1  AACAGAGAGTGGCAAGGCCACATCTTGTGCTTCTTCTTCCTTTGCAGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAGTGGCAAGGCCACATCTTGTGCTTCTTCTTCCTTTGCAGTTA  200

seq1  GTTTCCTCTTCCTAGCCTGCCCATCACAGATGTGTTTCTAAACAATTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCTTCCTAGCCTGCCCATCACAGATGTGTTTCTAAACAATTGCC  250

seq1  AGCATACTCACCAGGAAGTTCTATTTAACACCATCCTCAAGTGGCAAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACTCACCAGGAAGTTCTATTTAACACCATCCTCAAGTGGCAAGTA  300

seq1  GACAGGGCTATTAGAGTTGATTAGGAGATAGAAGAGCTCAGGAATTGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGCTATTAGAGTTGATTAGGAGATAGAAGAGCTCAGGAATTGACC  350

seq1  CACTCTGCTGTTTCCTGGAGCAATGCTATAGCAGGTAGCTTACAGGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGCTGTTTCCTGGAGCAATGCTATAGCAGGTAGCTTACAGGTGCA  400

seq1  GGGGAATTTGCCAGCTGAGAAAGACTGGGACGGCAGGCCTCCAAGGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATTTGCCAGCTGAGAAAGACTGGGACGGCAGGCCTCCAAGGCAGT  450

seq1  TGACAAAGATTAGAAGATTCAGACAAAGCTCCTCTACTACCTTAAGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGATTAGAAGATTCAGACAAAGCTCCTCTACTACCTTAAGGGAT  500

seq1  CAGACATGCTCAATCAGGGACCAAGCTCTGTCACTTATAGATCTTTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGCTCAATCAGGGACCAAGCTCTGTCACTTATAGATCTTTAGTG  550

seq1  ACTATAGGCACTTACATAGAAGCTGTTCTGGGCTATTGATGTCAGTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGGCACTTACATAGAAGCTGTTCTGGGCTATTGATGTCAGTCATA  600

seq1  AGAACATAAGACCTAAAAGCCAGTGTGTGGGCATGTGCGTGTAGTCCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAGACCTAAAAGCCAGTGTGTGGGCATGTGCGTGTAGTCCTGG  650

seq1  GAGTTAAGAAGTAGAAACAGGAGGACCAGGAATTC  685
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAGAAGTAGAAACAGGAGGACCAGGAATTC  685