BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125M01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 21,008,089 - 21,150,167
singlet/doubletdoublet
Overlap genePeli1, Vps54
Upstream geneActr2, Rab1, Cep68, LOC216544, Slc1a4, LOC100042746, LOC382492, Sertad2, LOC665953, Aftph, 1110067D22Rik, LOC100042035
Downstream geneUgp2, LOC100042081, 4932414J04Rik, Mdh1, AV249152, Pgam1-ps1, LOC382494, LOC666047, Otx1, Ehbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125M01.bB6Ng01-125M01.g
ACCDH928299DH928300
length933898
definitionDH928299|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125M01, 5' end.DH928300|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,149,227 - 21,150,167)(21,008,089 - 21,008,985)
sequence
gaattccgactttctgattaaagtccatgcttctgcttctacaccacagt
ctctccaattaaaaagtaaatttactctcacaactattatttatgtcttt
ttttttaagttggtttttctagacagtcttactaagtagcccaagttagc
catgaacacttttaacctaagcttacataaacttgcaatctgcctgtctt
aaactccctagcacctggaacacaagcatggaccaccattcctggttata
tgcatgttctgttaagtgacaggaataattcctatgaaagaattaagact
agactagactcttccttaagagtaatgtagtgcacatttgcatcagtgtg
atgtatgtattttttatttttcaagacagagtctctctgtgtagtgttag
ctgttctagaactcactctgtggaccaggatgtcctctaattcacaaaga
tctgcctgcctctgcctcccaactcctgggataaaaggtgtacaccacca
ccacctggatattgtattcttcttagcaaagaagaaatcactccactcca
aaaagcttcgataagcaaacattctactactttcaacaagaaatgtgttc
tgaacctgctcttaaaagtgctgcaggtgtgggtactgtgttccatgtga
gtcagtgggtggcagagaggagagaaaggcgatgtctaatctcagtgttc
tgacttacgaacatctggatgatgttcatcatttcctaacattccctgaa
aacagcgagcctgagagaaccaccagtccagcatcaggagattcagtcag
gagtagtctgaaagaccaccagcacagcatcacgaagcccaacagctcca
acactgggagcaagccagagataagaagaacctcactgggactaggacct
aaagggagagccttgaagtaagattctagcatg
gaattccccttagcaaccattcattgccagtatctcttcagacaggcgca
agaatttatgagcccgtctcaatctgtgtgggattttggctggctggatc
ttgtagaggtcttctgcgtgagtcataggcattataagttcatgtttaca
atggtcctatcatgtctggcaaatactgttccatacagatgtggctctta
caatctttccactccctcttctgtgaaccttggcagaaggtgtgatatag
atgtcctatatagagctgagccctccacagttccttatcctttacatagt
aactggttgtgggtttctgtattaattgctatctactcaaaaaagaagat
gtccctgcaggcattataggctaccaaaaaacccagtgagctattacagt
ggacatgacaggctgttactgttgctctgatactctttagaagttgatgg
taagaccctattgctgaagacaggacatgcagaaaacaagctagtattaa
cttggaagctttatccccactggctagctttcgaatggtgctgttaggtt
tctgtgcatgctaccaggggagaaaagtcttgtgtgagctacagctgacc
tggagggtcagtcactaagaactaatctggcaagatagacacactgatag
aatagtggaatggtgttatgggagcaaccaacaactttctgcttggattt
aaaaacctgatctttagggatcagcagtgcatccttttagtgtttgtata
ggtcttgtgttttctacaaatttgttttgaagtgggcttaagtgcttagg
gttagaaattttatagatattttgatgaagaacacttactaccctagaga
aaatatattttcataaagtcttaaaaaccaagtctcaagctgacgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_21149227_21150167
seq2: B6Ng01-125M01.b_49_981 (reverse)

seq1  CATGCTAGTATCCTTACCTC-AGGCTCTCTCCTTTGGGGTCCTTAGTCCC  49
      |||||||| || ||||| || |||||||| |||||  ||||| |||||||
seq2  CATGCTAGAAT-CTTACTTCAAGGCTCTC-CCTTT-AGGTCC-TAGTCCC  46

seq1  AGGTGAGGTTCTTCTAATCTCTGGCTTGCTCCCAGTGTTGGGAGCTGTTG  99
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  A-GTGAGGTTCTTCTTATCTCTGGCTTGCTCCCAGTGTT-GGAGCTGTTG  94

seq1  GGCCTTCGTGGTGCTGTGCTGGTGGTCCTTTCAGACTACTCCCTGACTGA  149
      || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  GG-CTTCGTGATGCTGTGCTGGTGGT-CTTTCAGACTACT-CCTGACTGA  141

seq1  ATCTTCTGATGCTGGACTGGTGGTTCTCTCAGGCTCGCTGTTTTCAGGGA  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTGATGCTGGACTGGTGGTTCTCTCAGGCTCGCTGTTTTCAGGGA  191

seq1  ATGTTAGGAAATGATGAACATCATCCAGATGTTCCTAAGTCAGAACACTG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTTAGGAAATGATGAACATCATCCAGATGTTCGTAAGTCAGAACACTG  241

seq1  AGATTAGACATCGCCTTTCTCTCCTCTCTGCCACCCACTGACTCACATGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGACATCGCCTTTCTCTCCTCTCTGCCACCCACTGACTCACATGG  291

seq1  AACACAGTACCCACACCTGCAGCACTTTTAAGAGCAGGTTCAGAACACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGTACCCACACCTGCAGCACTTTTAAGAGCAGGTTCAGAACACAT  341

seq1  TTCTTGTTGAAAGTAGTAGAATGTTTGCTTATCGAAGCTTTTTGGAGTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTGAAAGTAGTAGAATGTTTGCTTATCGAAGCTTTTTGGAGTGG  391

seq1  AGTGATTTCTTCTTTGCTAAGAAGAATACAATATCCAGGTGGTGGTGGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTCTTCTTTGCTAAGAAGAATACAATATCCAGGTGGTGGTGGTG  441

seq1  TACACCTTTTATCCCAGGAGTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTTTGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTTTATCCCAGGAGTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTTTGTG  491

seq1  AATTAGAGGACATCCTGGTCCACAGAGTGAGTTCTAGAACAGCTAACACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAGGACATCCTGGTCCACAGAGTGAGTTCTAGAACAGCTAACACT  541

seq1  ACACAGAGAGACTCTGTCTTGAAAAATAAAAAATACATACATCACACTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAGACTCTGTCTTGAAAAATAAAAAATACATACATCACACTGA  591

seq1  TGCAAATGTGCACTACATTACTCTTAAGGAAGAGTCTAGTCTAGTCTTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATGTGCACTACATTACTCTTAAGGAAGAGTCTAGTCTAGTCTTAA  641

seq1  TTCTTTCATAGGAATTATTCCTGTCACTTAACAGAACATGCATATAACCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCATAGGAATTATTCCTGTCACTTAACAGAACATGCATATAACCA  691

seq1  GGAATGGTGGTCCATGCTTGTGTTCCAGGTGCTAGGGAGTTTAAGACAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTGGTCCATGCTTGTGTTCCAGGTGCTAGGGAGTTTAAGACAGG  741

seq1  CAGATTGCAAGTTTATGTAAGCTTAGGTTAAAAGTGTTCATGGCTAACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGCAAGTTTATGTAAGCTTAGGTTAAAAGTGTTCATGGCTAACTT  791

seq1  GGGCTACTTAGTAAGACTGTCTAGAAAAACCAACTTAAAAAAAAAGACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTACTTAGTAAGACTGTCTAGAAAAACCAACTTAAAAAAAAAGACAT  841

seq1  AAATAATAGTTGTGAGAGTAAATTTACTTTTTAATTGGAGAGACTGTGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAGTTGTGAGAGTAAATTTACTTTTTAATTGGAGAGACTGTGGT  891

seq1  GTAGAAGCAGAAGCATGGACTTTAATCAGAAAGTCGGAATTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGCAGAAGCATGGACTTTAATCAGAAAGTCGGAATTC  933

seq1: chr11_21008089_21008985
seq2: B6Ng01-125M01.g_68_965

seq1  GAATTCCCCTTAGCAACCATTCATTGCCAGTATCTCTTCAGACAGGCGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTTAGCAACCATTCATTGCCAGTATCTCTTCAGACAGGCGCA  50

seq1  AGAATTTATGAGCCCGTCTCAATCTGTGTGGGATTTTGGCTGGCTGGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTATGAGCCCGTCTCAATCTGTGTGGGATTTTGGCTGGCTGGATC  100

seq1  TTGTAGAGGTCTTCTGCGTGAGTCATAGGCATTATAAGTTCATGTTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGGTCTTCTGCGTGAGTCATAGGCATTATAAGTTCATGTTTACA  150

seq1  ATGGTCCTATCATGTCTGGCAAATACTGTTCCATACAGATGTGGCTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCTATCATGTCTGGCAAATACTGTTCCATACAGATGTGGCTCTTA  200

seq1  CAATCTTTCCACTCCCTCTTCTGTGAACCTTGGCAGAAGGTGTGATATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTTCCACTCCCTCTTCTGTGAACCTTGGCAGAAGGTGTGATATAG  250

seq1  ATGTCCTATATAGAGCTGAGCCCTCCACAGTTCCTTATCCTTTACATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTATATAGAGCTGAGCCCTCCACAGTTCCTTATCCTTTACATAGT  300

seq1  AACTGGTTGTGGGTTTCTGTATTAATTGCTATCTACTCAAAAAAGAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGTTGTGGGTTTCTGTATTAATTGCTATCTACTCAAAAAAGAAGAT  350

seq1  GTCCCTGCAGGCATTATAGGCTACCAAAAAACCCAGTGAGCTATTACAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCAGGCATTATAGGCTACCAAAAAACCCAGTGAGCTATTACAGT  400

seq1  GGACATGACAGGCTGTTACTGTTGCTCTGATACTCTTTAGAAGTTGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGACAGGCTGTTACTGTTGCTCTGATACTCTTTAGAAGTTGATGG  450

seq1  TAAGACCCTATTGCTGAAGACAGGACATGCAGAAAACAAGCTAGTATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCCTATTGCTGAAGACAGGACATGCAGAAAACAAGCTAGTATTAA  500

seq1  CTTGGAAGCTTTATCCCCACTGGCTAGCTTTCGAATGGTGCTGTTAGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGCTTTATCCCCACTGGCTAGCTTTCGAATGGTGCTGTTAGGTT  550

seq1  TCTGTGCATGCTACCAGGGGAGAAAAGTCTTGTGTGAGCTACAGCTGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATGCTACCAGGGGAGAAAAGTCTTGTGTGAGCTACAGCTGACC  600

seq1  TGGAGGGTCAGTCACTAAGAACTAATCTGGCAAGATAGACACACTGATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGTCAGTCACTAAGAACTAATCTGGCAAGATAGACACACTGATAG  650

seq1  AATAGTGGAATGGTGTTATGGGAGCAACCAACAACTTTCTGCTTGGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGAATGGTGTTATGGGAGCAACCAACAACTTTCTGCTTGGATTT  700

seq1  -AAAACCTGATCTTTAGGGATCAGCAGTGCATCCTTTTAGTGTTTGTATA  749
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTGATCTTTAGGGATCAGCAGTGCATCCTTTTAGTGTTTGTATA  750

seq1  GGTCTTGTGTTTTCTACAAAATTTGTTTGAAGTGGGCTTAAGTGCTTAGG  799
      |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTGTTTTCTACAAATTTGTTTTGAAGTGGGCTTAAGTGCTTAGG  800

seq1  GTTAGAAATTTTATAGATA-TTTGATGAAGAACACTTACTACCCTAAGAG  848
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTAGAAATTTTATAGATATTTTGATGAAGAACACTTACTACCCT-AGAG  849

seq1  AAAATATA-TTTCATAAAGTCTTAAAAATCCAAGTCTCAGGCTGACGAGA  897
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  AAAATATATTTTCATAAAGTCTTAAAAA-CCAAGTCTCAAGCTGACGAGA  898