BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127N20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 39,759,359 - 39,922,497
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039241, LOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127N20.bB6Ng01-127N20.g
ACCDH929866DH929867
length1,113908
definitionDH929866|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N20, 5' end.DH929867|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,921,366 - 39,922,497)(39,759,359 - 39,760,274)
sequence
gaattcaacagcagcagtatgtatagtgaatcctatgcaatgccattctc
agttttattttcataaacagatttctgtattgatatttttaaagactaat
ttttaattttttatccatacctatttgcatataatacacagtagcaatgt
aggtttaccaccatgttcctaactagatggattatcattcggactagagt
tttaactatgtcatctattgacgatcaaggtgacatggcagggatacttt
ccctgagtagacatatacatattttttgttgtgtcatctataggaaaata
tatactaatatctttgattgactcatgtcccatttcttttcattcacata
gttcgtagtagaaaagtatgtgtgtagctgcaggttgtatttcactactc
agaacatgaataaacatgatgacagataaagcaataaatagaataataaa
actctcacacagattacatacaatgaacacacatatacacaggcagttac
acggacagtgaatgttaagatgcaagaagtgaggttggtgaaagggcagc
ctgcaggtgaagcctggtgttaagtggagaaactcatgtctgtccttcta
ctcttccttatgcacaattgtcaattttccacatcacaaataccctgtgg
ctgataggacagactggtttttgttttgaaactacttttctttcagaatt
tcatgtgcttagacaatacattgaccttatgtctacctcgatttgattca
tcctatattatttctaccaacacattcccctcacaacctcatgccttttt
ctcccaattctaacccagtgagttcaactagtgtggcctatacagtcaca
ggccatccactagaacatgggtaacctatcacaggtcataatcttgaagg
aaaataactcttctccccaccaatcatcagctggcacagctactcagcta
gcagtttggcatatgacatatgtgtgccgctgacattttgactgcttgac
attatacgacaaccaaagctgctatgagttcatgagcagtgcttatcata
tctaaagtacatatttagaaagtcctttcaacccaggatctgatagctgc
ttccactgtaggt
gaattccagagtcactgagtatttgatgactaaaggatggcgtcaagatg
gcttagaactacttatcttgtgcttttgattgactatttggagatttgaa
ctttgacacagagttcaacagaccccctttgtacaataattctaagagaa
gttttccatagtggtgtggattgatggaagactgaattcagagcacgtgt
ggaatggagagtccaatgagtcttggttttggaatcgatctatcttcctg
ttaaacaagtgtggagacaaagaaccagtgtgaaacttgtggaaattact
tgccgatctagtgagtttcagtgaacatttctgaactgacgataggaaaa
gtgtgtctgtgaaagtgctggtgtaacacgatgatcgaagtgttatgttg
gcacagaatttggctggagatgtagtgacagaatctctggttcctagaca
ctcttctgttaaataagacataggacttgagattactgcgattcacccaa
atagaatatgagccattgatgcgtttgtcctatctgtgcaaaagtcacca
ggagaagggaaaaggtgttggtgagaaacactcaaacatttacacagtga
ttttgttgtattttgctttcttttgtcttaaaactttttttaaaaaatct
agaaagtcattgagtaaaaagcaaagcaagaggccctatctctcagcagc
agcagcagtagggagagtagagtaggccctgcacgctttttccagacagc
ccagttgagctggccctggtggcagagcatgagtgagcagcctgaggctt
gggtctaggagaacagattcagcccctcatctgcagtggtggtggcatgg
gagtagaggtaaaggccgcccctccgcacactccttgccacttcagcaac
ttgaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_39921366_39922497
seq2: B6Ng01-127N20.b_49_1161 (reverse)

seq1  ACCTAACAGTGGAAGCAGCTTATCAGATCCTGGGTTTGAAAAGGACTTTC  50
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  ACCT-ACAGTGGAAGCAGC-TATCAGATCCTGGGTT--GAAAGGACTTTC  46

seq1  TTAAATAATGTACTTTAGATATGATAAAGCCACTGCCTTCATGAACTCAT  100
       ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||||||||
seq2  -TAAAT-ATGTACTTTAGATATGATAA--GCACTGC--TCATGAACTCAT  90

seq1  AGCAGCTTTGGTTGTCCGTATAATGTCAAGCCAGTCAAAATGTCAGCCGG  150
      ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  AGCAGCTTTGGTTGT-CGTATAATGTCAAG-CAGTCAAAATGTCAG-CGG  137

seq1  CACACATATTGTTCATATGGCCAAAACTGCTAGCTGAGTAGCTGTTGCCA  200
      |||||||||   |||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACACATAT--GTCATATG--CCAAACTGCTAGCTGAGTAGCTG-TGCCA  182

seq1  GCTGATGATTGGTGGGGGAGAAGAGTTATTTTCCTTCAAGATTATGACCT  250
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGATTGGT-GGGGAGAAGAGTTATTTTCCTTCAAGATTATGACCT  231

seq1  GTGATAGGTTACCCATGTTCTAGTGGATGGCCTGTGACTGTATAGGCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGGTTACCCATGTTCTAGTGGATGGCCTGTGACTGTATAGGCCAC  281

seq1  ACTAGTTGAACTCACTGGGTTAGAATTGGGAGAAAAAGGCATGAGGTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTGAACTCACTGGGTTAGAATTGGGAGAAAAAGGCATGAGGTTGT  331

seq1  GAGGGGAATGTGTTGGTAGAAATAATATAGGATGAATCAAATCGAGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAATGTGTTGGTAGAAATAATATAGGATGAATCAAATCGAGGTAG  381

seq1  ACATAAGGTCAATGTATTGTCTAAGCACATGAAATTCTGAAAGAAAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGTCAATGTATTGTCTAAGCACATGAAATTCTGAAAGAAAAGTA  431

seq1  GTTTCAAAACAAAAACCAGTCTGTCCTATCAGCCACAGGGTATTTGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAAACAAAAACCAGTCTGTCCTATCAGCCACAGGGTATTTGTGAT  481

seq1  GTGGAAAATTGACAATTGTGCATAAGGAAGAGTAGAAGGACAGACATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAATTGACAATTGTGCATAAGGAAGAGTAGAAGGACAGACATGAG  531

seq1  TTTCTCCACTTAACACCAGGCTTCACCTGCAGGCTGCCCTTTCACCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCACTTAACACCAGGCTTCACCTGCAGGCTGCCCTTTCACCAACC  581

seq1  TCACTTCTTGCATCTTAACATTCACTGTCCGTGTAACTGCCTGTGTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCTTGCATCTTAACATTCACTGTCCGTGTAACTGCCTGTGTATAT  631

seq1  GTGTGTTCATTGTATGTAATCTGTGTGAGAGTTTTATTATTCTATTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCATTGTATGTAATCTGTGTGAGAGTTTTATTATTCTATTTATT  681

seq1  GCTTTATCTGTCATCATGTTTATTCATGTTCTGAGTAGTGAAATACAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATCTGTCATCATGTTTATTCATGTTCTGAGTAGTGAAATACAACC  731

seq1  TGCAGCTACACACATACTTTTCTACTACGAACTATGTGAATGAAAAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTACACACATACTTTTCTACTACGAACTATGTGAATGAAAAGAAA  781

seq1  TGGGACATGAGTCAATCAAAGATATTAGTATATATTTTCCTATAGATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACATGAGTCAATCAAAGATATTAGTATATATTTTCCTATAGATGAC  831

seq1  ACAACAAAAAATATGTATATGTCTACTCAGGGAAAGTATCCCTGCCATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAAAAATATGTATATGTCTACTCAGGGAAAGTATCCCTGCCATGT  881

seq1  CACCTTGATCGTCAATAGATGACATAGTTAAAACTCTAGTCCGAATGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGATCGTCAATAGATGACATAGTTAAAACTCTAGTCCGAATGATA  931

seq1  ATCCATCTAGTTAGGAACATGGTGGTAAACCTACATTGCTACTGTGTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTAGTTAGGAACATGGTGGTAAACCTACATTGCTACTGTGTATT  981

seq1  ATATGCAAATAGGTATGGATAAAAAATTAAAAATTAGTCTTTAAAAATAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAAATAGGTATGGATAAAAAATTAAAAATTAGTCTTTAAAAATAT  1031

seq1  CAATACAGAAATCTGTTTATGAAAATAAAACTGAGAATGGCATTGCATAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAGAAATCTGTTTATGAAAATAAAACTGAGAATGGCATTGCATAG  1081

seq1  GATTCACTATACATACTGCTGCTGTTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCACTATACATACTGCTGCTGTTGAATTC  1113

seq1: chr11_39759359_39760274
seq2: B6Ng01-127N20.g_69_976

seq1  GAATTCCAGAGTCACTGAGTATTTGATGACTAAAGGATGGCGTCAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTCACTGAGTATTTGATGACTAAAGGATGGCGTCAAGATG  50

seq1  GCTTAGAACTACTTATCTTGTGCTTTTGATTGACTATTTGGAGATTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAACTACTTATCTTGTGCTTTTGATTGACTATTTGGAGATTTGAA  100

seq1  CTTTGACACAGAGTTCAACAGACCCCCTTTGTACAATAATTCTAAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACACAGAGTTCAACAGACCCCCTTTGTACAATAATTCTAAGAGAA  150

seq1  GTTTTCCATAGTGGTGTGGATTGATGGAAGACTGAATTCAGAGCACGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCATAGTGGTGTGGATTGATGGAAGACTGAATTCAGAGCACGTGT  200

seq1  GGAATGGAGAGTCCAATGAGTCTTGGTTTTGGAATCGATCTATCTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAGAGTCCAATGAGTCTTGGTTTTGGAATCGATCTATCTTCCTG  250

seq1  TTAAACAAGTGTGGAGACAAAGAACCAGTGTGAAACTTGTGGAAATTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAGTGTGGAGACAAAGAACCAGTGTGAAACTTGTGGAAATTACT  300

seq1  TGCCGATCTAGTGAGTTTCAGTGAACATTTCTGAACTGACGATAGGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGATCTAGTGAGTTTCAGTGAACATTTCTGAACTGACGATAGGAAAA  350

seq1  GTGTGTCTGTGAAAGTGCTGGTGTAACACGATGATCGAAGTGTTATGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTGTGAAAGTGCTGGTGTAACACGATGATCGAAGTGTTATGTTG  400

seq1  GCACAGAATTTGGCTGGAGATGTAGTGACAGAATCTCTGGTTCCTAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAATTTGGCTGGAGATGTAGTGACAGAATCTCTGGTTCCTAGACA  450

seq1  CTCTTCTGTTAAATAAGACATAGGACTTGAGATTACTGCGATTCACCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGTTAAATAAGACATAGGACTTGAGATTACTGCGATTCACCCAA  500

seq1  ATAGAATATGAGCCATTGATGCGTTTGTCCTATCTGTGCAAAAGTCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATATGAGCCATTGATGCGTTTGTCCTATCTGTGCAAAAGTCACCA  550

seq1  GGAGAAGGGAAAAGGTGTTGGTGAGAAACACTCAAACATTTACACAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGGAAAAGGTGTTGGTGAGAAACACTCAAACATTTACACAGTGA  600

seq1  TTTTGTTGTATTTTGCTTTCTTTTGTCTTAAAACTTTTTTTAAAAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGTATTTTGCTTTCTTTTGTCTTAAAACTTTTTTTAAAAAATCT  650

seq1  AGAAAGTCATTGAGTAAAAAGCAAAGCAAGAGGCCCTATCTCTCAGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTCATTGAGTAAAAAGCAAAGCAAGAGGCCCTATCTCTCAGCAGC  700

seq1  AGCAGCAGTAGGGAGAGTAGAGTAGGCCCTGCACGCTTTGTCCAGACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAGCAGTAGGGAGAGTAGAGTAGGCCCTGCACGCTTTTTCCAGACAGC  750

seq1  ACAGTGGAGCTGGCCCTGGTGGCAGGAGCATGAGTGAGCAGGCCTGAGGC  800
       |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAGTTGAGCTGGCCCTGGTGGCA-GAGCATGAGTGAGCA-GCCTGAGGC  798

seq1  TTGAGTCTAGGAGAACAGATTCCAGCACTCATCTGCAGT-GAGGTGGCAT  849
      ||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||| | ||||||||
seq2  TTGGGTCTAGGAGAACAGATTCAGCCCCTCATCTGCAGTGGTGGTGGCAT  848

seq1  GGGAGTAGAGGTAAAGGCACGCCCCCTCCAGCACCACTCCCTTGCCACCT  899
      |||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| |||||||| ||
seq2  GGGAGTAGAGGTAAAGGC-CG-CCCCTCC-GCA-CACT-CCTTGCCA-CT  892

seq1  CCAGCAACCTGGAAATC  916
       |||||| || ||||||
seq2  TCAGCAA-CTTGAAATC  908