BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128J18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 18,960,959 - 19,054,625
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627696, LOC627716, LOC665796, Meis1
Downstream geneLOC635455, LOC100042708, Glns-ps1, LOC665868, LOC100041937, Spred2, Actr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128J18.bB6Ng01-128J18.g
ACCDH930415DH930416
length1,1381,133
definitionDH930415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128J18, 5' end.DH930416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,960,959 - 18,962,122)(19,053,470 - 19,054,625)
sequence
gaattcttgcttaggacctgtagggtatttattgctgtgccctgtgcagg
atttacagtactggggacctcatattcgttcatagcacctacatggtggc
tcaaaactgatctgcatcacaatctatttataactctagttccaggggat
ctgacactctcttctaactataggggcaccaggcacacatgtgctacatg
catatatgcagtcaaaacatgcatacacataaaataaataattaaatttt
ctattccattagttttcccatattttgattttttttctctcttaagatgg
cttttgggttcagggaacctgattatctgaatgaggatgtgtttttcaca
tcactaaaacctccaacttttcttctcattctagttcttaactaactgtg
cagctgattagggttttcctatcaataacatagggaaaccacagatatgt
caacatcaggagctagcaactgatcatccacttattatatgtatatccca
tagatgccagaaccttcaaaaagcctataattcctagagagcagagagtc
cattcacaatggtgcatgtctctctgtcaatgttccctgtgaagggttct
gtagattagcaagcagattttgaaagtttatggtgaagagacctggctta
atctgagaggatagagcaatctgggaattctataagaagcaacattacag
atgaaaacagacgaataaacaacagcttaacaaatataaagtcactggtg
tgggtatgtatgtatagacatgtatgtatgcatgcatgtatgtgtgtgtg
tatatatctatgaatgtctgtgcttgcacgtgtgtgtgtatgcatgtgtg
tgtaggcatctgtgaatgtgtgtacacaagtgtactggctagttttgtgt
caacttgacacagctggagttttacagagaaaggagcttcagttgaggaa
atgcttcatgagatccactgtaagcattttctcattagtgatcaggagga
agggcccttgtggtggacatctctgggctggtagtcttgggttctataga
gcagctgagcaagtcagggagcaacagtagggacctcctcatggcctctg
cataacgttctctttctgactgcttagtcagtcctgac
gaattcagcttccaagcgataactctgtaagtgttacatcaactttcatc
catgagataagtcttccttttggtctccctgtttcttgaaaacgggacaa
cactaccagctatcttctgtctgtctgtctcacagcagctgcagtggctt
cccaattatattaaccctccctccccttcattctctcatctgtcttttac
taacctgggacccagtgctcagtttgtcttcctctcctacttatccatct
ctgcttttggcatggcacttagcaaacacttgtttaattgaatgaaatga
acttggacaaagaaatccaataataggcacagtaagcgggataccaagta
acaacattgcagtcagtggttctctggggtattgcaagaactatttatta
tgcttactatccagtttcatattttaagagatgcattgatccagttggag
tgaccgatttcattctcttcctctccttttttttctccttttccctctct
ccctttctttctgctcatagagatcgaaggtcagagatttatgtgtgttg
ctttttccgtcatttaagagcatgtttcaaacatttgacttaagttgtta
aatattcttttaaaacatgattttaataatctcaggaagttctaggtcag
atgtcgtattggttttatttatgttgctgtgataaaaataccctgataag
gaacaacttaaggaaaggtttatttgactcatagtccatcactttgtgca
gttaaagcaggaacttcaagtggcagatcaaattacgtatacagtcagga
gcagagagagttaaatgtgtgtgagcataatgcttagctgggttttctca
acttttatacagtgcaaggcacataccaggtaatgatgctgtccactttc
aggcagagttcttctcatattaaccaaggaaatcaaggcaaaccatcaca
gaagcgccataaacaacctggtctagatatccctcactgagactctctgc
ccaggtatataggttttatctatgacattaactatctatcaacagctatg
ccaaatatgcttacgatggacacttgaaaaccatgccatattacgtattt
taaatgaactaccaatacatattgcttaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_18960959_18962122
seq2: B6Ng01-128J18.b_49_1186

seq1  GAATTCTTGCTTAGGACCTGTAGGGTATTTATTGCTGTGCCCTGTGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTTAGGACCTGTAGGGTATTTATTGCTGTGCCCTGTGCAGG  50

seq1  ATTTACAGTACTGGGGACCTCATATTCGTTCATAGCACCTACATGGTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAGTACTGGGGACCTCATATTCGTTCATAGCACCTACATGGTGGC  100

seq1  TCAAAACTGATCTGCATCACAATCTATTTATAACTCTAGTTCCAGGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTGATCTGCATCACAATCTATTTATAACTCTAGTTCCAGGGGAT  150

seq1  CTGACACTCTCTTCTAACTATAGGGGCACCAGGCACACATGTGCTACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTCTCTTCTAACTATAGGGGCACCAGGCACACATGTGCTACATG  200

seq1  CATATATGCAGTCAAAACATGCATACACATAAAATAAATAATTAAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGCAGTCAAAACATGCATACACATAAAATAAATAATTAAATTTT  250

seq1  CTATTCCATTAGTTTTCCCATATTTTGATTTTTTTTCTCTCTTAAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCATTAGTTTTCCCATATTTTGATTTTTTTTCTCTCTTAAGATGG  300

seq1  CTTTTGGGTTCAGGGAACCTGATTATCTGAATGAGGATGTGTTTTTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGTTCAGGGAACCTGATTATCTGAATGAGGATGTGTTTTTCACA  350

seq1  TCACTAAAACCTCCAACTTTTCTTCTCATTCTAGTTCTTAACTAACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAAACCTCCAACTTTTCTTCTCATTCTAGTTCTTAACTAACTGTG  400

seq1  CAGCTGATTAGGGTTTTCCTATCAATAACATAGGGAAACCACAGATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGATTAGGGTTTTCCTATCAATAACATAGGGAAACCACAGATATGT  450

seq1  CAACATCAGGAGCTAGCAACTGATCATCCACTTATTATATGTATATCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCAGGAGCTAGCAACTGATCATCCACTTATTATATGTATATCCCA  500

seq1  TAGATGCCAGAACCTTCAAAAAGCCTATAATTCCTAGAGAGCAGAGAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCCAGAACCTTCAAAAAGCCTATAATTCCTAGAGAGCAGAGAGTC  550

seq1  CATTCACAATGGTGCATGTCTCTCTGTCAATGTTCCCTGTGAAGGGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACAATGGTGCATGTCTCTCTGTCAATGTTCCCTGTGAAGGGTTCT  600

seq1  GTAGATTAGCAAGCAGATTTTGAAAGTTTATGGTGAAGAGACCTGGCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAGCAAGCAGATTTTGAAAGTTTATGGTGAAGAGACCTGGCTTA  650

seq1  ATCTGAGAGGATAGAGCAATCTGGGAATTCTATAAGAAGCAACATTACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGAGGATAGAGCAATCTGGGAATTCTATAAGAAGCAACATTACAG  700

seq1  ATGAAAACAGACGAATAAACAACAGCTTAACAAATATAAAGTCACTGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACAGACGAATAAACAACAGCTTAACAAATATAAAGTCACTGGTG  750

seq1  TGGGTATGTATGTATAGACATGTATGTATGCATGCATGTATGTGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGTATGTATAGACATGTATGTATGCATGCATGTATGTGTGTGTG  800

seq1  TATATATCTATGAATGTCTGTGCTTGCACGTGTGTGTGTATGCATGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCTATGAATGTCTGTGCTTGCACGTGTGTGTGTATGCATGTGTG  850

seq1  TGTAGGCATCTGTGAATGTGTGTACACAAGTGTACTGGCTAGTTTTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCATCTGTGAATGTGTGTACACAAGTGTACTGGCTAGTTTTGTGT  900

seq1  CAACTTGACACAGCTGGAGTTATTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGA  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGACACAGCTGGAGTT-TTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGA  949

seq1  AATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAA  1000
      |||| || |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |
seq2  AATG-CTTCATGAGATCC-ACTGTAA-GCATTTTCTC-ATTAGTGATC-A  994

seq1  GGAGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGG  1050
      ||||| |||| ||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGG-AAGGGCCCTTGT-GGTGG--ACATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGG  1040

seq1  GTTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAACCAGTAAGG  1100
      |||||||   | |||| |||||||||| |||||  |||||  |||| |||
seq2  GTTCTAT---AGAGCA-GCTGAGCAAGTCAGGG--AGCAA--CAGT-AGG  1081

seq1  AACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTAA  1150
       || |||   |||||||||||||| |  | || |||||||| |||||| |
seq2  GACCTCC--TCATGGCCTCTGCATAACGTTCT-CTTTCTGA-CTGCTT-A  1126

seq1  GTTCCAGTCCTGAC  1164
      ||  ||||||||||
seq2  GT--CAGTCCTGAC  1138

seq1: chr11_19053470_19054625
seq2: B6Ng01-128J18.g_68_1200 (reverse)

seq1  CCCCTTAAGCAAATTATGTATTGGTGTGTTCATTTTTAAAATACGGTAAT  50
      |||| |||||||  |||||||||||  |||||  |||||||||| |||||
seq2  CCCCCTAAGCAA--TATGTATTGGT-AGTTCA--TTTAAAATAC-GTAAT  44

seq1  AATTGGCATGGTTTTTCAAGTGTCCATCGGTTAAGCATATTTTTGCATAG  100
      |  |||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||
seq2  A--TGGCATGG-TTTTCAAGTGTCCATCG--TAAGCATA-TTTGGCATAG  88

seq1  CTGTGTGATAGATAGTTTTAATTGTCAATTAGATAAAACCTATAATTACC  150
      |||| ||||||||||||   | |||||  |||||||||||||||  ||||
seq2  CTGT-TGATAGATAGTT---AATGTCA--TAGATAAAACCTATA--TACC  130

seq1  TGGGCAGAGAGTCTCAGTGAGGGATATTCTAGACCAGGTTGGTTTATGGG  200
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||
seq2  TGGGCAGAGAGTCTCAGTGAGGGATA-TCTAGACCAGGTT-GTTTAT-GG  177

seq1  CGCTTCTGTGATGGTTTGCCTTGATTTCCTTGGTTAATATGAGAAGGACT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CGCTTCTGTGATGGTTTGCCTTGATTTCCTTGGTTAATATGAGAAGAACT  227

seq1  CTGCCTGAAAGTGGACAGCATCATTACCTGGTATTGTGCCTTGCACTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGAAAGTGGACAGCATCATTACCTGGTA-TGTGCCTTGCACTGTA  276

seq1  TAAAAGTTGAGAAAA-CCAGCTAAGCATTATGCTCACACACATTTAACTC  349
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTGAGAAAACCCAGCTAAGCATTATGCTCACACACATTTAACTC  326

seq1  TCTCTGCTCCTGACTGTATACGTAATTTGATCTGCCACTTGAAGTTCCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTCCTGACTGTATACGTAATTTGATCTGCCACTTGAAGTTCCTG  376

seq1  CTTTAACTGCACAAAGTGATGGACTATGAGTCAAATAAACCTTTCCTTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTGCACAAAGTGATGGACTATGAGTCAAATAAACCTTTCCTTAA  426

seq1  GTTGTTCCTTATCAGGGTATTTTTATCACAGCAACATAAATAAAACCAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCCTTATCAGGGTATTTTTATCACAGCAACATAAATAAAACCAAT  476

seq1  ACGACATCTGACCTAGAACTTCCTGAGATTATTAAAATCATGTTTTAAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACATCTGACCTAGAACTTCCTGAGATTATTAAAATCATGTTTTAAAA  526

seq1  GAATATTTAACAACTTAAGTCAAATGTTTGAAACATGCTCTTAAATGACG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTAACAACTTAAGTCAAATGTTTGAAACATGCTCTTAAATGACG  576

seq1  GAAAAAGCAACACACATAAATCTCTGACCTTCGATCTCTATGAGCAGAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCAACACACATAAATCTCTGACCTTCGATCTCTATGAGCAGAAA  626

seq1  GAAAGGGAGAGAGGGAAAAGGAGAAAAAAAAGGAGAGGAAGAGAATGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAGAGAGGGAAAAGGAGAAAAAAAAGGAGAGGAAGAGAATGAAA  676

seq1  TCGGTCACTCCAACTGGATCAATGCATCTCTTAAAATATGAAACTGGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCACTCCAACTGGATCAATGCATCTCTTAAAATATGAAACTGGATA  726

seq1  GTAAGCATAATAAATAGTTCTTGCAATACCCCAGAGAACCACTGACTGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCATAATAAATAGTTCTTGCAATACCCCAGAGAACCACTGACTGCA  776

seq1  ATGTTGTTACTTGGTATCCCGCTTACTGTGCCTATTATTGGATTTCTTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTACTTGGTATCCCGCTTACTGTGCCTATTATTGGATTTCTTTG  826

seq1  TCCAAGTTCATTTCATTCAATTAAACAAGTGTTTGCTAAGTGCCATGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTCATTTCATTCAATTAAACAAGTGTTTGCTAAGTGCCATGCCA  876

seq1  AAAGCAGAGATGGATAAGTAGGAGAGGAAGACAAACTGAGCACTGGGTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGATGGATAAGTAGGAGAGGAAGACAAACTGAGCACTGGGTCC  926

seq1  CAGGTTAGTAAAAGACAGATGAGAGAATGAAGGGGAGGGAGGGTTAATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAGTAAAAGACAGATGAGAGAATGAAGGGGAGGGAGGGTTAATAT  976

seq1  AATTGGGAAGCCACTGCAGCTGCTGTGAGACAGACAGACAGAAGATAGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGAAGCCACTGCAGCTGCTGTGAGACAGACAGACAGAAGATAGCT  1026

seq1  GGTAGTGTTGTCCCGTTTTCAAGAAACAGGGAGACCAAAAGGAAGACTTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGTTGTCCCGTTTTCAAGAAACAGGGAGACCAAAAGGAAGACTTA  1076

seq1  TCTCATGGATGAAAGTTGATGTAACACTTACAGAGTTATCGCTTGGAAGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGGATGAAAGTTGATGTAACACTTACAGAGTTATCGCTTGGAAGC  1126

seq1  TGAATTC  1156
      |||||||
seq2  TGAATTC  1133