BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129E21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 12,204,736 - 12,352,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCobl
Upstream geneZpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1, Ddc, Grb10
Downstream geneLOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129E21.bB6Ng01-129E21.g
ACCDH930924DH930925
length949861
definitionDH930924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E21, 5' end.DH930925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,351,307 - 12,352,260)(12,204,736 - 12,205,592)
sequence
gaattccttatcagattcaagtactaggataggtgcttttgctttattcg
tgcccttccaaacttattatgctgagagtaaagtcaggtctttacccctg
ttagctaggtaaacagtagataatcccttcataagggcccttttagccca
aggccaagcacctgtcctcagagaggacataggaatggagtggaatatat
gagaggggaggctgagatagttaagatcaggcagagccaaccaaaggcaa
ggcctagctgttgcagctaagaaatgatgtctttgtgaagctaggagggt
gatagggtctgtgagagtttgagctgtaggttgaaaattggataaagtct
agcaaggtggattgtggaagggtaccaactggcatgaatagaagccaaag
gacagatgaaagcttggacttatagtcaccagcatacatgactaaatcag
taggatgctatagaggacatgaggtaggtaacaggtcatgtagatgccag
gatgaggaatttgtggagggtcagcaggtgggtcttgcttagcatggctt
tgtctggatgaactgtgaatcaggccagtgttttttagtacaatatgaca
ctagtggacaaaggttgttctcagaatgtttcatgatttcagagagcaaa
cagggaaggaaggatggagattagctgggtcagttgtgacaacggcttgg
tcttgctctcccatcaagaatgaggttggccagggagctgaaggggtctg
aagccccataggaggaacatcaatatgaactaatcagtacccccagagct
ccttgggactataccaccaatcatagaaaacacatggtggaacttgtgcc
tctaactatatatgtagaagagatggcctagtcagtcatcaatgggagga
gaggcccttggttctgtgaagctcatgcctatatagaggattgccagga
gaattctgattaggagagtaggtgaggagcgtataatactttatatgccc
accacttttgcctttcacaagacaaggttagaggagtaactagatggctg
ctttatggaacaacatttcctttttttcttttttcctattttttaaatcc
tgaattaaaaaaggcaagttgtagtctgcctgattgggtgggtgatccat
tttcaatgttgtaagcaactgacaggccagttctgctaattaggcaacat
gacagcttttcattgaatacttaagattctggtgcacacacaggagaaag
gaatggactcaggcatgtccgaggggctggactggattgcaggggccaag
gaagactgaacagaatggcatttgttgactcatctaatggcttctggggc
ctctaagtctactctattacatgtgtccttgtgggtaggggaggacggaa
gaaaggtgattgatgatgtgtagggctaagaaatgccgtatctggagaag
taaactcaaagacagaaggcagttaccataggatgagaaactgagccaca
gggcaagaggacatcaagttttctaactgtctgctgctttattccatacc
cttcagaccactgaggaattctcagggcaggatgggatctgtctacagcc
ctagcctgcctgctgggtgtcataagtatgagggtctgcagaaaggcaag
ttgaggatatggtttcaggccttttacctggctcttccaccctttgtaga
ccactatactgcagatcttgtaggtgtcttctcttcatgaagtgagctta
ctgggctcactcagcaaatcctattcactttgtccccactagggagggtg
acactgtgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_12351307_12352260
seq2: B6Ng01-129E21.b_49_997 (reverse)

seq1  TCCTGGCATTCCTCTATACTAGGGCATAGATGCTTCACAGAACCAAGGGC  50
      |||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCAATCCTCTATA-TA-GGCAT-GA-GCTTCACAGAACCAAGGGC  46

seq1  CTCTCCTCCCATTGATGACTGACTAGGCCATCCTCTTCTACATATATAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCCCATTGATGACTGACTAGGCCAT-CTCTTCTACATATATAGT  95

seq1  TAGAGGCACAAGTTCCACCATGTGTTTTCTATGATTGGTGGTATAGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGAGGCACAAGTTCCACCATGTGTTTTCTATGATTGGTGGTATAGTCCC  145

seq1  AAGGAGCTCTGGGGGTACTGATTAGTTCATATTGATGTTCCTCCTATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTCTGGGGGTACTGATTAGTTCATATTGATGTTCCTCCTATGGG  195

seq1  GCTTCAGACCCCTTCAGCTCCCTGGCCAACCTCATTCTTGATGGGAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGACCCCTTCAGCTCCCTGGCCAACCTCATTCTTGATGGGAGAGC  245

seq1  AAGACCAAGCCGTTGTCACAACTGACCCAGCTAATCTCCATCCTTCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAGCCGTTGTCACAACTGACCCAGCTAATCTCCATCCTTCCTTC  295

seq1  CCTGTTTGCTCTCTGAAATCATGAAACATTCTGAGAACAACCTTTGTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGCTCTCTGAAATCATGAAACATTCTGAGAACAACCTTTGTCCA  345

seq1  CTAGTGTCATATTGTACTAAAAAACACTGGCCTGATTCACAGTTCATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTCATATTGTACTAAAAAACACTGGCCTGATTCACAGTTCATCCA  395

seq1  GACAAAGCCATGCTAAGCAAGACCCACCTGCTGACCCTCCACAAATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGCCATGCTAAGCAAGACCCACCTGCTGACCCTCCACAAATTCCT  445

seq1  CATCCTGGCATCTACATGACCTGTTACCTACCTCATGTCCTCTATAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGGCATCTACATGACCTGTTACCTACCTCATGTCCTCTATAGCAT  495

seq1  CCTACTGATTTAGTCATGTATGCTGGTGACTATAAGTCCAAGCTTTCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGATTTAGTCATGTATGCTGGTGACTATAAGTCCAAGCTTTCATC  545

seq1  TGTCCTTTGGCTTCTATTCATGCCAGTTGGTACCCTTCCACAATCCACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTGGCTTCTATTCATGCCAGTTGGTACCCTTCCACAATCCACCT  595

seq1  TGCTAGACTTTATCCAATTTTCAACCTACAGCTCAAACTCTCACAGACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGACTTTATCCAATTTTCAACCTACAGCTCAAACTCTCACAGACCC  645

seq1  TATCACCCTCCTAGCTTCACAAAGACATCATTTCTTAGCTGCAACAGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCCTCCTAGCTTCACAAAGACATCATTTCTTAGCTGCAACAGCTA  695

seq1  GGCCTTGCCTTTGGTTGGCTCTGCCTGATCTTAACTATCTCAGCCTCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGCCTTTGGTTGGCTCTGCCTGATCTTAACTATCTCAGCCTCCCC  745

seq1  TCTCATATATTCCACTCCATTCCTATGTCCTCTCTGAGGACAGGTGCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATATATTCCACTCCATTCCTATGTCCTCTCTGAGGACAGGTGCTTG  795

seq1  GCCTTGGGCTAAAAGGGCCCTTATGAAGGGATTATCTACTGTTTACCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGCTAAAAGGGCCCTTATGAAGGGATTATCTACTGTTTACCTAG  845

seq1  CTAACAGGGGTAAAGACCTGACTTTACTCTCAGCATAATAAGTTTGGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGGGGTAAAGACCTGACTTTACTCTCAGCATAATAAGTTTGGAAG  895

seq1  GGCACGAATAAAGCAAAAGCACCTATCCTAGTACTTGAATCTGATAAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGAATAAAGCAAAAGCACCTATCCTAGTACTTGAATCTGATAAGGA  945

seq1  ATTC  954
      ||||
seq2  ATTC  949

seq1: chr11_12204736_12205592
seq2: B6Ng01-129E21.g_67_927

seq1  GAATTCTGATTAGGAGAGTAGGTGAGGAGCGTATAATACTTTATATGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATTAGGAGAGTAGGTGAGGAGCGTATAATACTTTATATGCCC  50

seq1  ACCACTTTTGCCTTTCACAAGACAAGGTTAGAGGAGTAACTAGATGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTTTGCCTTTCACAAGACAAGGTTAGAGGAGTAACTAGATGGCTG  100

seq1  CTTTATGGAACAACATTTCCTTTTTTTCTTTTTTCCTATTTTTTAAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGAACAACATTTCCTTTTTTTCTTTTTTCCTATTTTTTAAATCC  150

seq1  TGAATTAAAAAAGGCAAGTTGTAGTCTGCCTGATTGGGTGGGTGATCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTAAAAAAGGCAAGTTGTAGTCTGCCTGATTGGGTGGGTGATCCAT  200

seq1  TTTCAATGTTGTAAGCAACTGACAGGCCAGTTCTGCTAATTAGGCAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGTTGTAAGCAACTGACAGGCCAGTTCTGCTAATTAGGCAACAT  250

seq1  GACAGCTTTTCATTGAATACTTAAGATTCTGGTGCACACACAGGAGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTTTTCATTGAATACTTAAGATTCTGGTGCACACACAGGAGAAAG  300

seq1  GAATGGACTCAGGCATGTCCGAGGGGCTGGACTGGATTGCAGGGGCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGACTCAGGCATGTCCGAGGGGCTGGACTGGATTGCAGGGGCCAAG  350

seq1  GAAGACTGAACAGAATGGCATTTGTTGACTCATCTAATGGCTTCTGGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGAACAGAATGGCATTTGTTGACTCATCTAATGGCTTCTGGGGC  400

seq1  CTCTAAGTCTACTCTATTACATGTGTCCTTGTGGGTAGGGGAGGACGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTCTACTCTATTACATGTGTCCTTGTGGGTAGGGGAGGACGGAA  450

seq1  GAAAGGTGATTGATGATGTGTAGGGCTAAGAAATGCCGTATCTGGAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTGATTGATGATGTGTAGGGCTAAGAAATGCCGTATCTGGAGAAG  500

seq1  TAAACTCAAAGACAGAAGGCAGTTACCATAGGATGAGAAACTGAGCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCAAAGACAGAAGGCAGTTACCATAGGATGAGAAACTGAGCCACA  550

seq1  GGGCAAGAGGACATCAAGTTTTCTAACTGTCTGCTGCTTTATTCCATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGAGGACATCAAGTTTTCTAACTGTCTGCTGCTTTATTCCATACC  600

seq1  CTTCAGACCACTGAGGAATTCTCAGGGCAGGATGGGATCTGTCTACAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACCACTGAGGAATTCTCAGGGCAGGATGGGATCTGTCTACAGCC  650

seq1  CTAGCCTGCCTGCTGGGTGTCATAAGTATGAGGGTCTGCAGAAAGGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTGCCTGCTGGGTGTCATAAGTATGAGGGTCTGCAGAAAGGCAAG  700

seq1  TTGAGGATATGG-TTCAGGCC-TTTACCTGGCTCTTCCACCCTTTGTAGA  748
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGATATGGTTTCAGGCCTTTTACCTGGCTCTTCCACCCTTTGTAGA  750

seq1  CCACTATACTGCAGATCTTGTAGGTGTCTTCTCTTCATGAAGTGAGCTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATACTGCAGATCTTGTAGGTGTCTTCTCTTCATGAAGTGAGCTTA  800

seq1  CTGGGCTCACTCAGCAAATCCTATTCAC-TTGTCCCCACTAGGGA-GGTG  846
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  CTGGGCTCACTCAGCAAATCCTATTCACTTTGTCCCCACTAGGGAGGGTG  850

seq1  ACACTGTGAGT  857
      |||||||||||
seq2  ACACTGTGAGT  861