BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131H06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,065,747 - 9,193,837
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041469, Abca13
Upstream geneLOC665380, Tns3, LOC638720, Pkd1l1, LOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887
Downstream geneLOC665435, LOC382483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131H06.bB6Ng01-131H06.g
ACCDH932506DH932507
length1,0931,108
definitionDH932506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131H06, 5' end.DH932507|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,192,736 - 9,193,837)(9,065,747 - 9,066,865)
sequence
gaattccagtctgctaggtcatggactgcacaggccaatctcctggttat
ttccactgcatacttttcacctatgcactgtgagtcgcttgggggtggca
ggtgaagaagatccagtagactggtcaccatgtgaaagaaggatgaaggc
atgtgcctctggatattacagtcttcgaccttagggtttttctcaagcct
gaaagttgtgtagtttgcgcaccaaaccctggtaaggcacatcaaagctt
ctggaacaatagctggctcatctgataccaactcaactgcatccagaaga
gtcttaacgacatcagcaaagtcttccttggtgattttgaacatggttat
gccatgaagaagggtaaagttatagacatccctgaggctttctgtgatgt
ttttatctacgattctccgaaggagtcccacaatgtggggaagagcataa
tatacatccaacacagtatccaccacatccttgggaagcagacgggagag
acgcaacaggtggctaacactccatgaatgtgaactgtctacaaattttt
ccactaagcccacaagcatattgacccccaagttgtcaatacctgatctg
ctgagattcttaaagaaactcattaggatttcactgttttctcccagctg
acctactaaaagctctatgtctgccttcttgagagattgcatgagagatg
tcactttctttaaagtttgagcatgatctgaattttgtggaatattgaag
tggacagcagcattaaaaaattgaacacatcccgtgtcaattgtatacta
agatctacagctttcaatatttcatgtgggaatacttctgatgaattctg
aagattatgagttaggttaagagcaaagtagttagctaagttgtaaattg
atttgcctaaatggcttatatctccttcctttggactggtagagatacac
taaacattgtttcagtgttagaagagaaattatttccgaggacactttgg
gaaaatacctttaaagcttctgcatttcttccccaatgctatgatgtgct
gcaatatctgaaactggtcagaatatcatctgacattctgtgg

gaattcagttcagctagttcctggatcacaaaggggttcctaccctgact
caggattgctgcccctcactgttgatgggtgctgccctgggaatataatt
tactattgccaaattcatgctgaggctctcttcaaagtgagaagggcttg
ggtggtggtatttctaatgagtgcattctcagaggaatgactggctactg
taaaagtgggttattatattgtgagctggattctctctgccctgccaccc
agtgttcctttgtatgtactggcttcccttgctgcttcaccccagtggta
cagcaggagacggtcctcatcatgagctgagaaaatactagtaaaaagca
agcaaccaactaaccaaacaaagccctctgtttttataattttcccagct
tcagatgttttgttataagaaaatggaccaggacatttggcttcataatg
agcaagtttatatctcacattacaaggaattcaggtggagggtgtgtcta
gtagcagcgtgtaattggataaggattcaatttcactcctctgtggttct
ttccactttgcctttctttgtgggttgttctcatctttgtattggtaaat
tgctatggctggttgaggagttgcatccaaaggcttattagaggccttaa
gagccagagaaagctttaatgaagccagagtgggatactccatcttgtgt
ctattggtaaatacaagccacataagatccctaagctagttctatgggag
agagtccaggtaacatatacagaatagctgagtcttgctttttaaggtag
gggattgggttcttcttgatttcccatatgcaatgttcagacaccagaac
agaatagccctgatactcagccagcaagtcttatattgtgagttttatat
ggtgcaattcatagttttgatgtacatgcacatgttctttctggatttat
ttcttttagtaataccacaccactcacacacacaccacgagttgcatgga
gcattcctatgaatcctccatgtagggtttctaggtagccattccaatgc
aacattcccccaaaatcacgctgagtcccttcccatggtggcagttgatg
cttgtcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_9192736_9193837
seq2: B6Ng01-131H06.b_47_1139 (reverse)

seq1  CCACAGAAATGTCAGATGATATTCCTGACCAGTTTCAGAATATTTGGCAG  50
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||
seq2  CCACAG-AATGTCAGATGATATT-CTGACCAGTTTCAG-ATATT--GCAG  45

seq1  CACATCATAGCATTGGGGAAGGAAATGCAGAAGCTTTTAAAAGGTATTTT  100
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CACATCATAGCATTGGGGAA-GAAATGCAGAAGCTTT--AAAGGTATTTT  92

seq1  -CCATAGTGTCCTCGGAAATAATTTCTCTTCTAACACTGAAACAATGTTT  149
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGTGTCCTCGGAAATAATTTCTCTTCTAACACTGAAACAATGTTT  142

seq1  AGTGTATTCTCTACCAGTCCAAAGGAAGGAGATATAAGCCATTTAGGCAA  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTA-TCTCTACCAGTCCAAAGGAAGGAGATATAAGCCATTTAGGCAA  191

seq1  ATCAATTTACAACTTAGCTAACTACTTTGCTCTTAACCTAACTCATAATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTACAACTTAGCTAACTACTTTGCTCTTAACCTAACTCATAATC  241

seq1  TTCAGAATTCATCAGAAGTATTCCCACATGAAATATTGAAAGCTGTAGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATTCATCAGAAGTATTCCCACATGAAATATTGAAAGCTGTAGAT  291

seq1  CTTAGTATACAATTGACACGGGATGTGTTCAATTTTTTAATGCCTGCTGT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTAGTATACAATTGACACGGGATGTGTTCAATTTTTTAATG-CTGCTGT  340

seq1  CCACTTCAATATTCCACAAAATTCAGATCATGCTCAAACTTTAAAGAAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCAATATTCCACAAAATTCAGATCATGCTCAAACTTTAAAGAAAG  390

seq1  TGACATCTCTCATGCAATCTCTCAAGAAGGCAGACATAGAGCTTTTAGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTCTCATGCAATCTCTCAAGAAGGCAGACATAGAGCTTTTAGTA  440

seq1  GGTCAGCTGGGAGAAAACAGTGAAATCCTAATGAGTTTCTTTAAGAATCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCTGGGAGAAAACAGTGAAATCCTAATGAGTTTCTTTAAGAATCT  490

seq1  CAGCAGATCAGGTATTGACAACTTGGGGGTCAATATGCTTGTGGGCTTAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATCAGGTATTGACAACTTGGGGGTCAATATGCTTGTGGGCTTAG  540

seq1  TGGAAAAATTTGTAGACAGTTCACATTCATGGAGTGTTAGCCACCTGTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAATTTGTAGACAGTTCACATTCATGGAGTGTTAGCCACCTGTTG  590

seq1  CGTCTCTCCCGTCTGCTTCCCAAGGATGTGGTGGATACTGTGTTGGATGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCTCCCGTCTGCTTCCCAAGGATGTGGTGGATACTGTGTTGGATGT  640

seq1  ATATTATGCTCTTCCCCACATTGTGGGACTCCTTCGGAGAATCGTAGATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATGCTCTTCCCCACATTGTGGGACTCCTTCGGAGAATCGTAGATA  690

seq1  AAAACATCACAGAAAGCCTCAGGGATGTCTATAACTTTACCCTTCTTCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATCACAGAAAGCCTCAGGGATGTCTATAACTTTACCCTTCTTCAT  740

seq1  GGCATAACCATGTTCAAAATCACCAAGGAAGACTTTGCTGATGTCGTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAACCATGTTCAAAATCACCAAGGAAGACTTTGCTGATGTCGTTAA  790

seq1  GACTCTTCTGGATGCAGTTGAGTTGGTATCAGATGAGCCAGCTATTGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCTGGATGCAGTTGAGTTGGTATCAGATGAGCCAGCTATTGTTC  840

seq1  CAGAAGCTTTGATGTGCCTTACCAGGGTTTGGTGCGCAAACTACACAACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTTTGATGTGCCTTACCAGGGTTTGGTGCGCAAACTACACAACT  890

seq1  TTCAGGCTTGAGAAAAACCCTAAGGTCGAAGACTGTAATATCCAGAGGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTTGAGAAAAACCCTAAGGTCGAAGACTGTAATATCCAGAGGCA  940

seq1  CATGCCTTCATCCTTCTTTCACATGGTGACCAGTCTACTGGATCTTCTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTCATCCTTCTTTCACATGGTGACCAGTCTACTGGATCTTCTTC  990

seq1  ACCTGCCACCCCCAAGCGACTCACAGTGCATAGGTGAAAAGTATGCAGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCACCCCCAAGCGACTCACAGTGCATAGGTGAAAAGTATGCAGTG  1040

seq1  GAAATAACCAGGAGATTGGCCTGTGCAGTCCATGACCTAGCAGACTGGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAACCAGGAGATTGGCCTGTGCAGTCCATGACCTAGCAGACTGGAA  1090

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1093


seq1: chr11_9065747_9066865
seq2: B6Ng01-131H06.g_67_1174

seq1  GAATTCAGTTCAGCTAGTTCCTGGATCACAAAGGGGTTCCTACCCTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCAGCTAGTTCCTGGATCACAAAGGGGTTCCTACCCTGACT  50

seq1  CAGGATTGCTGCCCCTCACTGTTGATGGGTGCTGCCCTGGGAATATAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTGCTGCCCCTCACTGTTGATGGGTGCTGCCCTGGGAATATAATT  100

seq1  TACTATTGCCAAATTCATGCTGAGGCTCTCTTCAAAGTGAGAAGGGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTGCCAAATTCATGCTGAGGCTCTCTTCAAAGTGAGAAGGGCTTG  150

seq1  GGTGGTGGTATTTCTAATGAGTGCATTCTCAGAGGAATGACTGGCTACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGTATTTCTAATGAGTGCATTCTCAGAGGAATGACTGGCTACTG  200

seq1  TAAAAGTGGGTTATTATATTGTGAGCTGGATTCTCTCTGCCCTGCCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGGGTTATTATATTGTGAGCTGGATTCTCTCTGCCCTGCCACCC  250

seq1  AGTGTTCCTTTGTATGTACTGGCTTCCCTTGCTGCTTCACCCCAGTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCCTTTGTATGTACTGGCTTCCCTTGCTGCTTCACCCCAGTGGTA  300

seq1  CAGCAGGAGACGGTCCTCATCATGAGCTGAGAAAATACTAGTAAAAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAGACGGTCCTCATCATGAGCTGAGAAAATACTAGTAAAAAGCA  350

seq1  AGCAACCAACTAACCAAACAAAGCCCTCTGTTTTTATAATTTTCCCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCAACTAACCAAACAAAGCCCTCTGTTTTTATAATTTTCCCAGCT  400

seq1  TCAGATGTTTTGTTATAAGAAAATGGACCAGGACATTTGGCTTCATAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGTTTTGTTATAAGAAAATGGACCAGGACATTTGGCTTCATAATG  450

seq1  AGCAAGTTTATATCTCACATTACAAGGAATTCAGGTGGAGGGTGTGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTTATATCTCACATTACAAGGAATTCAGGTGGAGGGTGTGTCTA  500

seq1  GTAGCAGCGTGTAATTGGATAAGGATTCAATTTCACTCCTCTGTGGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGCGTGTAATTGGATAAGGATTCAATTTCACTCCTCTGTGGTTCT  550

seq1  TTCCACTTTGCCTTTCTTTGTGGGTTGTTCTCATCTTTGTATTGGTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTTGCCTTTCTTTGTGGGTTGTTCTCATCTTTGTATTGGTAAAT  600

seq1  TGCTATGGCTGGTTGAGGAGTTGCATCCAAAGGCTTATTAGAGGCCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGCTGGTTGAGGAGTTGCATCCAAAGGCTTATTAGAGGCCTTAA  650

seq1  GAGCCAGAGAAAGCTTTAATGAAGCCAGAGTGGGATACTCCATCTTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGAGAAAGCTTTAATGAAGCCAGAGTGGGATACTCCATCTTGTGT  700

seq1  CTATTGGTAAATACAAGCCACATAAGATCCCTAAGCTAGTTCTATGGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGTAAATACAAGCCACATAAGATCCCTAAGCTAGTTCTATGGGAG  750

seq1  AGAGTCCAGGTAACATATACAGAATAGCTGAGTCTTGCTTTTTAAGGTA-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAGTCCAGGTAACATATACAGAATAGCTGAGTCTTGCTTTTTAAGGTAG  800

seq1  GGGATTGGGTTCTTC-TGAATTCCCATATGCAATGTTCAGACACCAGAAC  848
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGGGTTCTTCTTGATTTCCCATATGCAATGTTCAGACACCAGAAC  850

seq1  AGAATAGCCCTGATACTCAGCCAGCAAGTCTTATATTTGTGAGTTTTATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAATAGCCCTGATACTCAGCCAGCAAGTCTTATA-TTGTGAGTTTTATA  899

seq1  TGGTGCAATTCATAGTTTTGATGTACATGCACATGTTCTTTCTGGATTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCAATTCATAGTTTTGATGTACATGCACATGTTCTTTCTGGATTTA  949

seq1  TTTCTTTTTAAGTAAATACACACACACACACACACACACACACACGAAGT  998
      ||||||||  ||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| |||
seq2  TTTCTTTT--AGT-AATAC-CACAC-CACTCACACACACAC-CACG-AGT  992

seq1  TGCAAGGAGCAATTCCTATGAAATCTCCATGTAGGGTTTCTAGGTAGCCA  1048
      |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGAGC-ATTCCTATGAATCCTCCATGTAGGGTTTCTAGGTAGCCA  1041

seq1  TTCCCAATGCAAACATCACCACAATATTCACGCTGAG-CCCTTCACCATG  1097
      || ||||||| |||||  || ||| | |||||||||| |||||| |||||
seq2  TT-CCAATGC-AACATTCCCCCAA-AATCACGCTGAGTCCCTTC-CCATG  1087

seq1  TGTGCAGTTAGATGCTTGTCCT  1119
         |||||| ||||||||||||
seq2  GTGGCAGTT-GATGCTTGTCCT  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |