BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132O22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,556,018 - 65,664,308
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneGm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132O22.bB6Ng01-132O22.g
ACCDH933613DH933614
length1,1271,153
definitionDH933613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O22, 5' end.DH933614|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,663,159 - 65,664,308)(65,556,018 - 65,557,182)
sequence
gaattcatccagagacccatcagactgattatatgtgtggacaccacagc
agggatttgtggattgacagaaggagaccccattctcacctaatataagt
tcccaacccaacttgataagcaaaggagcagagctttcattgatatacac
atctcctcttgtggatgtggttctgccacaggtggagaaaaggccaaatt
catactgtgttgccagcctcctctttgtcagacccatttcagggaaacat
ctgctaaagaacttccacctaaagggctgcttgtactatcaaggatcttt
ttgtctgaaacatcagcaagggcaccacaaggtcagatgccacaagaagt
cctgccaatagccctgagtccaagggagccccacaccatagcttcatcca
tcccctttgtggattggcttgtctcaaatggcttccctccctaactctta
ctccacaatcttctacactatactttatatactctgaacattcagagggg
acaactgatcctgtaattaatgacaaaaaatttaaaagggctcatggccc
tcacatcctccaactgatattcattgcttatgtgaaggacttcagaaaag
cctgatataacccaaacatgtttaatatttccaggttctggggacacaaa
gtttaaaggggtatcacttttaatctcaagaagcatccagcaccaaagcc
tgtggggagatcattcttgctctctcacctctgactcaggtaccctatga
cgacttgcgttacctgttcggtgagatcatgtacggtggccatatcacag
atgactgggacaggagactctgcagaacctatttagaggaattcattcgg
ccagagatgctagaaggagagctctccctggcccggggttcccactccca
ggaaacatggactacagtggctatcaccaggtaaggcactgcattgctta
cagcaatacgacagtcatggagcaccaagaactcctctgtctggcctgca
cagctcagcatgcacatgcccactctggagcagggagatgcccgagagct
aagtctgagatattcacttgctctctgcccagattactgctcatcaagag
gctagaattcagcctcattaagatgaa
gaattcaagaaaatgttagtatttctagaaaactgcttaggctttcacat
acagttcaaccatatgaacaaaggttttggtaaagtgaagaaaaaaatat
tctcggggcctcctacatctcaacttggcatccaatgtgaacatatttat
agactaaagaattcaactagaaaagaaacaagatttcatttggtctttgc
tctctgggaaactctccttggaaatcctggcctgggcttcatgtttcttc
actgcatctctgaatggaatcagaatacaccagtccttagcagaggcatg
acccacaatccaacaacactctcagaaaggatggagtgcttgattagtac
ttccttacttttagtaaatattaatttggatctactgctagtcgtttcgg
cttaattcttatgatcacctctatttatcaggggtttcattctttagtat
tcagatgatgctatgggcattagcccatcaaattaaaatggggttttctc
tttaagacagcatccacactgggacctcttgtttcctgtttgattcttca
ccacacatacatacatcccttttcaaacatggacccaaaggtggtgactg
agatttctagggacttccaggaaagatattaatattatgacaatggctca
caaatgtgcccatacaggacgaatgaaacactgcagtcctcccagcctca
gctggttctttagatactagggacagtaccaacatcccagcaataaacaa
gcctcaggcaactgtactgaagtgtcccttctacgccgccatctactgtt
tgcttacttggtgcttcttctgaatcagtttgtttccagtggcatagcca
tgagtctcttccctcataactcagattcttgctttggttccaatcaattt
cataaaactccaaatgtgtttgttactgtttggagtttgaaagctgagag
ctgagagagacatgagagatgagagaggacgagaaaaagatcctagtgct
tttctccctggtgaattctggtgcttctccctctccagcatcctaattgc
tccgttccattgctcaaaacacatggcatgctctgtgtggcttatatgcc
atacttgagactgagtcagatcttcgaagtcgaatctcagccgaatgtgt
tct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65663159_65664308
seq2: B6Ng01-132O22.b_50_1176 (reverse)

seq1  TTCATCTTTAATTTGAGGCTGGAAATCCTAAGCCTCTTTGGTTGAGCCAA  50
      |||||||| |   ||||||||  ||| || ||||||||  | |||||  |
seq2  TTCATCTTAA---TGAGGCTG--AATTCT-AGCCTCTT--GATGAGC--A  40

seq1  GTAATCTTGGGGCAGAGAGCAAGGTTGAAATATTCTCAGACTTAGCTCTC  100
      |||||||  ||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||
seq2  GTAATCT--GGGCAGAGAGCAAG--TG-AATA-TCTCAGACTTAGCTCTC  84

seq1  GGGCATCCTTCCCTGGCTTCCAGAGTGGGCATGTGCATGCTGAGCTGTGC  150
      |||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATC--TCCCTG--CTCCAGAGTGGGCATGTGCATGCTGAGCTGTGC  130

seq1  AGGCCAGACAGGAGGAGTTCTTGGTGCCTCCATGACTGTCGTATTGCTGT  200
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGACA-GAGGAGTTCTTGGTG-CTCCATGACTGTCGTATTGCTGT  178

seq1  AAGCAATGCAGTGCCTTACCTGGTGATAGCCACTGTAGTCCATGTTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATGCAGTGCCTTACCTGGTGATAGCCACTGTAGTCCATGTTTCCT  228

seq1  GGGAGTGGGAACCCCGGGGCCAGGGAGAGCTCTCCTTCTAGCATCTCTGG  300
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGGAACCCC-GGGCCAGGGAGAGCTCTCCTTCTAGCATCTCTGG  277

seq1  CCGAATGAATTCCTCTAAATAGGTTCTGCAGAGTCTCCTGTCCCAGTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATGAATTCCTCTAAATAGGTTCTGCAGAGTCTCCTGTCCCAGTCAT  327

seq1  CTGTGATATGGCCACCGTACATGATCTCACCGAACAGGTAACGCAAGTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATATGGCCACCGTACATGATCTCACCGAACAGGTAACGCAAGTCG  377

seq1  TCATAGGGTACCTGAGTCAGAGGTGAGAGAGCAAGAATGATCTCCCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGTACCTGAGTCAGAGGTGAGAGAGCAAGAATGATCTCCCCACA  427

seq1  GGCTTTGGTGCTGGATGCTTCTTGAGATTAAAAGTGATACCCCTTTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGGTGCTGGATGCTTCTTGAGATTAAAAGTGATACCCCTTTAAAC  477

seq1  TTTGTGTCCCCAGAACCTGGAAATATTAAACATGTTTGGGTTATATCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCCCCAGAACCTGGAAATATTAAACATGTTTGGGTTATATCAGG  527

seq1  CTTTTCTGAAGTCCTTCACATAAGCAATGAATATCAGTTGGAGGATGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGAAGTCCTTCACATAAGCAATGAATATCAGTTGGAGGATGTGA  577

seq1  GGGCCATGAGCCCTTTTAAATTTTTTGTCATTAATTACAGGATCAGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATGAGCCCTTTTAAATTTTTTGTCATTAATTACAGGATCAGTTGT  627

seq1  CCCCTCTGAATGTTCAGAGTATATAAAGTATAGTGTAGAAGATTGTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTGAATGTTCAGAGTATATAAAGTATAGTGTAGAAGATTGTGGAG  677

seq1  TAAGAGTTAGGGAGGGAAGCCATTTGAGACAAGCCAATCCACAAAGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTAGGGAGGGAAGCCATTTGAGACAAGCCAATCCACAAAGGGGA  727

seq1  TGGATGAAGCTATGGTGTGGGGCTCCCTTGGACTCAGGGCTATTGGCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGCTATGGTGTGGGGCTCCCTTGGACTCAGGGCTATTGGCAGG  777

seq1  ACTTCTTGTGGCATCTGACCTTGTGGTGCCCTTGCTGATGTTTCAGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGTGGCATCTGACCTTGTGGTGCCCTTGCTGATGTTTCAGACAA  827

seq1  AAAGATCCTTGATAGTACAAGCAGCCCTTTAGGTGGAAGTTCTTTAGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCCTTGATAGTACAAGCAGCCCTTTAGGTGGAAGTTCTTTAGCAG  877

seq1  ATGTTTCCCTGAAATGGGTCTGACAAAGAGGAGGCTGGCAACACAGTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCCCTGAAATGGGTCTGACAAAGAGGAGGCTGGCAACACAGTATG  927

seq1  AATTTGGCCTTTTCTCCACCTGTGGCAGAACCACATCCACAAGAGGAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGCCTTTTCTCCACCTGTGGCAGAACCACATCCACAAGAGGAGAT  977

seq1  GTGTATATCAATGAAAGCTCTGCTCCTTTGCTTATCAAGTTGGGTTGGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATCAATGAAAGCTCTGCTCCTTTGCTTATCAAGTTGGGTTGGGA  1027

seq1  ACTTATATTAGGTGAGAATGGGGTCTCCTTCTGTCAATCCACAAATCCCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATATTAGGTGAGAATGGGGTCTCCTTCTGTCAATCCACAAATCCCT  1077

seq1  GCTGTGGTGTCCACACATATAATCAGTCTGATGGGTCTCTGGATGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTGTCCACACATATAATCAGTCTGATGGGTCTCTGGATGAATTC  1127

seq1: chr11_65556018_65557182
seq2: B6Ng01-132O22.g_66_1218

seq1  GAATTCAAGAAAATGTTAGTATTTCTAGAAAACTGCTTAGGCTTTCACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAAATGTTAGTATTTCTAGAAAACTGCTTAGGCTTTCACAT  50

seq1  ACAGTTCAACCATATGAACAAAGGTTTTGGTAAAGTGAAGAAAAAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCAACCATATGAACAAAGGTTTTGGTAAAGTGAAGAAAAAAATAT  100

seq1  TCTCGGGGCCTCCTACATCTCAACTTGGCATCCAATGTGAACATATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGGGCCTCCTACATCTCAACTTGGCATCCAATGTGAACATATTTAT  150

seq1  AGACTAAAGAATTCAACTAGAAAAGAAACAAGATTTCATTTGGTCTTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAAGAATTCAACTAGAAAAGAAACAAGATTTCATTTGGTCTTTGC  200

seq1  TCTCTGGGAAACTCTCCTTGGAAATCCTGGCCTGGGCTTCATGTTTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGAAACTCTCCTTGGAAATCCTGGCCTGGGCTTCATGTTTCTTC  250

seq1  ACTGCATCTCTGAATGGAATCAGAATACACCAGTCCTTAGCAGAGGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATCTCTGAATGGAATCAGAATACACCAGTCCTTAGCAGAGGCATG  300

seq1  ACCCACAATCCAACAACACTCTCAGAAAGGATGGAGTGCTTGATTAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAATCCAACAACACTCTCAGAAAGGATGGAGTGCTTGATTAGTAC  350

seq1  TTCCTTACTTTTAGTAAATATTAATTTGGATCTACTGCTAGTCGTTTCGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTACTTTTAGTAAATATTAATTTGGATCTACTGCTAGTCGTTTCGG  400

seq1  CTTAATTCTTATGATCACCTCTATTTATCAGGGGTTTCATTCTTTAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCTTATGATCACCTCTATTTATCAGGGGTTTCATTCTTTAGTAT  450

seq1  TCAGATGATGCTATGGGCATTAGCCCATCAAATTAAAATGGGGTTTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGATGCTATGGGCATTAGCCCATCAAATTAAAATGGGGTTTTCTC  500

seq1  TTTAAGACAGCATCCACACTGGGACCTCTTGTTTCCTGTTTGATTCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGACAGCATCCACACTGGGACCTCTTGTTTCCTGTTTGATTCTTCA  550

seq1  CCACACATACATACATCCCTTTTCAAACATGGACCCAAAGGTGGTGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATACATACATCCCTTTTCAAACATGGACCCAAAGGTGGTGACTG  600

seq1  AGATTTCTAGGGACTTCCAGGAAAGATATTAATATTATGACAATGGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCTAGGGACTTCCAGGAAAGATATTAATATTATGACAATGGCTCA  650

seq1  CAAATGTGCCCATACAGGACGAATGAAACACTGCAGTCCTCCCAGCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGCCCATACAGGACGAATGAAACACTGCAGTCCTCCCAGCCTCA  700

seq1  GCTGGTTCTTTAGATACTAGGGACAGTACCAACATCCCAGCAATAAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTCTTTAGATACTAGGGACAGTACCAACATCCCAGCAATAAACAA  750

seq1  GCCTCAGGCAACTGTACTGAAGTGTCCCTTCTACGCCGCCATCTACTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGGCAACTGTACTGAAGTGTCCCTTCTACGCCGCCATCTACTGTT  800

seq1  TGCTTACTTGGTGCTTCTTCTGAATCAGTTTGTTTCCAGTGGCATAGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACTTGGTGCTTCTTCTGAATCAGTTTGTTTCCAGTGGCATAGCCA  850

seq1  TGAGTCTCTTCCCTCATAACTCAGATTCTTGCTTTGGTTCCAATCAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTCTTCCCTCATAACTCAGATTCTTGCTTTGGTTCCAATCAATTT  900

seq1  CATAAAACTCCAAATGTGTTTGTTACTGTTTGGAGTTTGAAAGCTGAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACTCCAAATGTGTTTGTTACTGTTTGGAGTTTGAAAGCTGAGAG  950

seq1  CTGAGGAGAGACATGAAGAGATGAGAAGAGGACGAGATAAAGATCCTAGT  1000
      |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGA-GAGAGACATG-AGAGATGAG-AGAGGACGAGAAAAAGATCCTAGT  997

seq1  GCTGTCTTCCCT-GTGAATTCTGGTGC-TCTCCCTCTCCAGCATCCT-AG  1047
      ||| |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | 
seq2  GCTTTTCTCCCTGGTGAATTCTGGTGCTTCTCCCTCTCCAGCATCCTAAT  1047

seq1  TGCT-CGTCCCATTGCCTCAACACCACATGGCCATGCTC--TGTGGCTTA  1094
      |||| ||| |||||| ||||| | ||||||| |||||||  |||||||||
seq2  TGCTCCGTTCCATTG-CTCAA-AACACATGG-CATGCTCTGTGTGGCTTA  1094

seq1  TATGGCCCCATACTTGAAGACTGAGTCCAGTATCTTTCCGAAAAGTCGAA  1144
      ||||   ||||||||| ||||||||| ||| |||||  ||  |||||| |
seq2  TATG---CCATACTTG-AGACTGAGT-CAG-ATCTT--CG--AAGTCG-A  1133

seq1  ATCTCCAGCAGAATGTGTTCT  1165
      |||| |||| |||||||||||
seq2  ATCT-CAGCCGAATGTGTTCT  1153