BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136A18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 84,487,902 - 84,629,098
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrm1
Upstream geneOTTMUSG00000000971, Expi, 1100001G20Rik, 2700008B19Rik, LOC676191, Tcf2, Ddx52, Ap1gbp1, Dusp14, Tada2l, OTTMUSG00000000997, Acaca, LOC100043671, Aatf, Lhx1
Downstream geneBC022224, Ggnbp2, Pigw, Znhit3, Car4, Usp32, LOC668794, LOC234848, 1700125H20Rik, Appbp2, D630032N06Rik, Ppm1d, Bcas3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136A18.bB6Ng01-136A18.g
ACCDH935932DH935933
length1,187933
definitionDH935932|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136A18, 5' end.DH935933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,487,902 - 84,489,101)(84,628,164 - 84,629,098)
sequence
gaattcagtcctcaacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacatacatacaaacacactctttcaactaaagagtgaaaata
gcctggcacatagtaggttctcaaaaacacattagaattctaatggtttt
ttttataagattctaaattagttttttttttaaagatttatttatttatt
atatgtaagtacactgtagctgtcttcagacactccagaagagggagtca
gatctcaatacggatggttgtgagctaccatgtggttgctgggatttgaa
ctcccgacctttggaagagcagtcaggtgctcttacccactgagccatct
caccagcccctgctgatgtttttctatccctcaatcttcccgatcaaatt
caaacggaggggtgtggagcaggaaacatcccctgatcccaggctcactg
ctcaggcccgaggggcagggaaaccaggctcctgaagaactgcaggtgag
ttgcagcaggttcccacccacctcaatgagctcatgttagcaagaggaca
gagctccccaagaagccagaggttgaggctagagctctgcccagcaggca
gccagccacaaaagtgtaacagagcagtccacacacctgcctacagtgaa
tgcagccccaactgccctctgccaggcagagctagacagagtgctggagg
gtgtctgggaacctggggcagagagtgtaagagtagggcaggacaggaac
ctagaggtactgggttgaatggagccagctggaatgccaccccacatcac
ggagcatggggcctccgtttacctatctgtgaaatgggtcaaaggagatc
tattagagaatgaacaagatgtccatcataaatccttggaaagtagatca
aaattgcaaggaggtctcctttcttccttttgagacggctataaagaaag
cacatgtacaagtctggccaggttgacaaagcagagccctggatatgcct
gctgaagtacaaatgtgtatctatggtagagaaagtgtagaaatccctca
gaagtgaggcacttatgacacaaactgtagtcttagcactcagaagcaga
agaatttcagttgagcaattgtgccttacaacaacaacaacaatcaaagc
ccaggtgtgtgtggtgtctactaatgctagcaattgg
gaattcaggacctctgaaagagcagttagtgctctaaaccactgagccat
ctctccagctcatgagctcatatcttaaaaactaagacaactgttcaaag
ctttttttattagtataaaagccctatgtttccagtgacccttgagacct
aaccctatgtgatcattgtcctgccactggccaacttaatagtctttagg
tatgacaggtgggtggggtcttcgtgcctccatacttgcagatcttcctg
gaagtctgtaaccttctcccactgtctatgagaacttactcgttagttat
cttcagacccgtctttttgccatcgcttcaaaggggacttctaccatcac
tgtgtcccacagctgggattttagtctgtatgttcttgaccttagtgccc
agagcaaatccagaccaggtagaggtcctggctgacttcctaagttgaag
acatttctcagtgaatgtgcgtgtgcaaggctggacctgtccttgaccgt
gtagctctgatgaagattcggtgcaccagcacatggcattttctttcctc
ttctaggccaaggcccagcaggggtggctcgtggtgggcacagtgggctg
cccaggtcctgagatctcccagtcctccaaggtccccatcactagctgct
tagagttcgtctgggaccggcctaccctcctggtgctgggtaggtagggt
atacctgcttttatatttgctgatgtcatctgcatgtggacatcatttgc
atgtggacatctggctaatactgtctcgtgttctgcaggcagtgagggct
ctggtctgtcccaggaggtttttgcctcctgccagctgctccttactatt
ctgcccagacgccacctgcctcctggtcttgagtccttgaatgtatctgt
ggcacaggtgagtctacccctcccctcccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_84487902_84489101
seq2: B6Ng01-136A18.b_47_1233

seq1  GAATTCAGTCCTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  50

seq1  ACACACACACATACATACAAACACACTCTTTCAACTAAAGAGTGAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATACATACAAACACACTCTTTCAACTAAAGAGTGAAAATA  100

seq1  GCCTGGCACATAGTAGGTTCTCAAAAACACATTAGAATTCTAATGGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCACATAGTAGGTTCTCAAAAACACATTAGAATTCTAATGGTTTT  150

seq1  TTTTATAAGATTCTAAATTAGTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAGATTCTAAATTAGTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATT  200

seq1  ATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCA  250

seq1  GATCTCAATACGGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAATACGGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAA  300

seq1  CTCCCGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCT  350

seq1  CACCAGCCCCTGCTGATGTTTTTCTATCCCTCAATCTTCCCGATCAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCCCCTGCTGATGTTTTTCTATCCCTCAATCTTCCCGATCAAATT  400

seq1  CAAACGGAGGGGTGTGGAGCAGGAAACATCCCCTGATCCCAGGCTCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGGAGGGGTGTGGAGCAGGAAACATCCCCTGATCCCAGGCTCACTG  450

seq1  CTCAGGCCCGAGGGGCAGGGAAACCAGGCTCCTGAAGAACTGCAGGTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCCCGAGGGGCAGGGAAACCAGGCTCCTGAAGAACTGCAGGTGAG  500

seq1  TTGCAGCAGGTTCCCACCCACCTCAATGAGCTCATGTTAGCAAGAGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCAGGTTCCCACCCACCTCAATGAGCTCATGTTAGCAAGAGGACA  550

seq1  GAGCTCCCCAAGAAGCCAGAGGTTGAGGCTAGAGCTCTGCCCAGCAGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCCCAAGAAGCCAGAGGTTGAGGCTAGAGCTCTGCCCAGCAGGCA  600

seq1  GCCAGCCACAAAAGTGTAACAGAGCAGTCCACACACCTGCCTACAGTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCACAAAAGTGTAACAGAGCAGTCCACACACCTGCCTACAGTGAA  650

seq1  TGCAGCCCCAACTGCCCTCTGCCAGGCAGAGCTAGACAGAGTGCTGGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCCAACTGCCCTCTGCCAGGCAGAGCTAGACAGAGTGCTGGAGG  700

seq1  GTGTCTGGGAACCTGGGGCAGAGAGTGTAAGAGTAGGGCAGGACAGGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGGAACCTGGGGCAGAGAGTGTAAGAGTAGGGCAGGACAGGAAC  750

seq1  CTAGAGGTACTGGGTTGAATGGAGCCAGCTGGAATGCCACCCCACATCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGTACTGGGTTGAATGGAGCCAGCTGGAATGCCACCCCACATCAC  800

seq1  GGAGCATGGGGCCTCCGTTTACCTATCTGTGAAATGGGTCAAAGGAGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATGGGGCCTCCGTTTACCTATCTGTGAAATGGGTCAAAGGAGATC  850

seq1  TATTAGAGAATGAACAAGATGTCCATCATAAATCCTTGGGAAAGTAGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATTAGAGAATGAACAAGATGTCCATCATAAATCCTT-GGAAAGTAGATC  899

seq1  AAAATTGCAAGGAGGTCTCCTTTCTTCCTTTTGAGACGGCTATAAAGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAATTGCAAGGAGGTCTCCTTTCTTCCTTTTGAGACGGCTATAAAGAAA  949

seq1  GCACATGTACAAGTCTGGCCAGGTTGACAAAGCCAGAGCCCTGGATATGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCACATGTACAAGTCTGGCCAGGTTGACAAAG-CAGAGCCCTGGATATGC  998

seq1  CTGCTGAAGTACAAAATGTGTATCTATGGTAGAGAACAGTGTAGAAATCC  1050
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGCTGAAGTAC-AAATGTGTATCTATGGTAGAGAA-AGTGTAGAAATCC  1046

seq1  CTCAGAAAGTGAGGCAC-TATGACACAAACCTGTAGTCTTAGCACTCCAG  1099
      ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  CTCAG-AAGTGAGGCACTTATGACACAAA-CTGTAGTCTTAGCACT-CAG  1093

seq1  AGGCAGGAGGATTTTCAGTTTGAGCAA-TGTGCACTAACAAACAAACAAA  1148
      | ||| || || |||||| |||||||| ||||| || ||||   ||||| 
seq2  AAGCA-GAAGAATTTCAG-TTGAGCAATTGTGC-CTTACAA--CAACAA-  1137

seq1  CAAACAAACAAAG-CCAGGTGTG-GTGGTGCATACTTAAAATGCTAGCAT  1196
        ||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||   |||||||||| 
seq2  -CAACAATCAAAGCCCAGGTGTGTGTGGTGTCTACT---AATGCTAGCAA  1183

seq1  TTGG  1200
      ||||
seq2  TTGG  1187

seq1: chr11_84628164_84629098
seq2: B6Ng01-136A18.g_68_1000 (reverse)

seq1  GGAAGGGGAGGGGAGGGGTAGACTCACCTGTGGCCACAGATACATTCAAG  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAA-GGGAGGGGAGGGGTAGACTCACCTGT-GCCACAGATACATTCAAG  48

seq1  GACTCAAGACCAGGAGGCAGGTGGCGTCTGGGCAGAATAGTAAGGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAGACCAGGAGGCAGGTGGCGTCTGGGCAGAATAGTAAGGAGCAG  98

seq1  CTGGCAGGAGGCAAAAACCTCCTGGGACAGACCAGAGCCCTCACTGCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGGAGGCAAAAACCTCCTGGGACAGACCAGAGCCCTCACTGCCTG  148

seq1  CAGAACACGAGACAGTATTAGCCAGATGTCCACATGCAAATGATGTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACGAGACAGTATTAGCCAGATGTCCACATGCAAATGATGTCCAC  198

seq1  ATGCAGATGACATCAGCAAATATAAAAGCAGGTATACCCTACCTACCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGATGACATCAGCAAATATAAAAGCAGGTATACCCTACCTACCCAG  248

seq1  CACCAGGAGGGTAGGCCGGTCCCAGACGAACTCTAAGCAGCTAGTGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGAGGGTAGGCCGGTCCCAGACGAACTCTAAGCAGCTAGTGATGG  298

seq1  GGACCTTGGAGGACTGGGAGATCTCAGGACCTGGGCAGCCCACTGTGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGGAGGACTGGGAGATCTCAGGACCTGGGCAGCCCACTGTGCCC  348

seq1  ACCACGAGCCACCCCTGCTGGGCCTTGGCCTAGAAGAGGAAAGAAAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGAGCCACCCCTGCTGGGCCTTGGCCTAGAAGAGGAAAGAAAATGC  398

seq1  CATGTGCTGGTGCACCGAATCTTCATCAGAGCTACACGGTCAAGGACAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTGGTGCACCGAATCTTCATCAGAGCTACACGGTCAAGGACAGG  448

seq1  TCCAGCCTTGCACACGCACATTCACTGAGAAATGTCTTCAACTTAGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTTGCACACGCACATTCACTGAGAAATGTCTTCAACTTAGGAAG  498

seq1  TCAGCCAGGACCTCTACCTGGTCTGGATTTGCTCTGGGCACTAAGGTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGGACCTCTACCTGGTCTGGATTTGCTCTGGGCACTAAGGTCAA  548

seq1  GAACATACAGACTAAAATCCCAGCTGTGGGACACAGTGATGGTAGAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATACAGACTAAAATCCCAGCTGTGGGACACAGTGATGGTAGAAGTC  598

seq1  CCCTTTGAAGCGATGGCAAAAAGACGGGTCTGAAGATAACTAACGAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGAAGCGATGGCAAAAAGACGGGTCTGAAGATAACTAACGAGTAA  648

seq1  GTTCTCATAGACAGTGGGAGAAGGTTACAGACTTCCAGGAAGATCTGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCATAGACAGTGGGAGAAGGTTACAGACTTCCAGGAAGATCTGCAA  698

seq1  GTATGGAGGCACGAAGACCCCACCCACCTGTCATACCTAAAGACTATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGAGGCACGAAGACCCCACCCACCTGTCATACCTAAAGACTATTAA  748

seq1  GTTGGCCAGTGGCAGGACAATGATCACATAGGGTTAGGTCTCAAGGGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCAGTGGCAGGACAATGATCACATAGGGTTAGGTCTCAAGGGTCA  798

seq1  CTGGAAACATAGGGCTTTTATACTAATAAAAAAAGCTTTGAACAGTTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAACATAGGGCTTTTATACTAATAAAAAAAGCTTTGAACAGTTGTC  848

seq1  TTAGTTTTTAAGATATGAGCTCATGAGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTTAAGATATGAGCTCATGAGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTT  898

seq1  AGAGCACTAACTGCTCTTTCAGAGGTCCTGAATTC  935
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTAACTGCTCTTTCAGAGGTCCTGAATTC  933