BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138C08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,891,064 - 72,040,206
singlet/doubletdoublet
Overlap genePitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik
Upstream geneNlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik
Downstream geneSlc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1, Ankfy1, Cyb5d2, Zzef1, LOC627119, Atp2a3, P2rx1, LOC100043309, Camkk1, 1200014J11Rik, Itgae, Gsg2, P2rx5, Tmem93, Tax1bp3, Ctns, Carkl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138C08.bB6Ng01-138C08.g
ACCDH937484DH937485
length1,1891,164
definitionDH937484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C08, 5' end.DH937485|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,891,064 - 71,892,268)(72,039,015 - 72,040,206)
sequence
gaattctatctcaatttctcatctcacaatgagaacgctggaattacaga
cacatggtttactgtgtccagttttacttgagttctggagattcgaactc
agatactcacacttgcatggcaagtgctttacttattgagccatcttctc
gaccctggcttcttgctttcactctgtacttttactgaggcaaggtctcc
ctaagtagcaaaggttggcatggagttgtccgttctcctgtccctgcctc
ctgggtgctgagattgaaagttaatgtcaccctttcccctagcccttctg
tctgtctctaactataaaagacttgaccctgagcctggataggggagccc
taggttctgcactcaggacaggatggcaataaacagcaataggaatgagc
ccacctcactgagccttattaagggttggcatgtgtcaagtcagccattt
cctcagctgccttctcagtttagatggctcttgtccttggtcccatttta
cagatgagtaaactctaaagtcttaacacaccccaggacatttgggcctg
ccatataaacaaataaggtcaagaaatccccgctagagggccccaccttc
attgaagatggcactcagccaggtggtgccctgcccttctgatgcaagct
gaaggctagccctccctgcagaagcaaaatgcagagagcatctaaaaatt
gagtccagatctgctgcccaagtcttctctttctacaaacatgaaaccat
tcatccctggggaaagagctggagagaagccagcaccagcgcgaagtaaa
aagtagccttttggtgcctgtagcctcttgagcatgtctgccctctggag
catgtgcaggaggagctggccaaggtcaatagcagcagtggggaggggat
aaatgggacagtcctacctctgagtctgtgatctccaaaccacggctttg
aaacagaggcctgagttcagatatgactcttatcagtggtgagaaataag
ccttgttttctctctgggtgcaggatgcaacagcaataatataactcctt
atgtagcctcagtgatgaccatgagtccctaccggtgagggctttagaac
agcatggaaaatgaaccctgtgattgagtagcctgcattgtatcttatat
ctctggggtgcaagggagggccatgcctgaccaatgaga
gaattcaataaactgggtgaatgagcaggcacagggacaaggccgtgccg
tatgtgaatgagcgagtcggcagacaatggcctctttgttcaatgtcttc
tgaatggacacaattcaagctcaggggatgctgtaccccttgtatcttgt
tttctgccgggagatgtttcaccacacagaagccaggaatagtcagtgag
catgtccaggtccacacaagccaatcttgttcgtttggtccagggctgtc
ctactgaacacaaagaggctctatggtaggccctgcttctgctgcttaca
atgtcatggaagggacaggagctaagaaggaagaaactatggagcgtgca
cagatgagctgtcaacagagctggcagtggttgggagggaaaataccaag
aggtggactttgaggcagaggactcggtcaggctccccagggagacggga
ctggaacagggcctggaggacaggctgtctgtctcacataaggaccacag
gaggcccatggcaagtgtaagtctatctgagccttccttggctttttgcc
cttgaacccaccagtggccttggctcaatgccagtcaatctggctctggt
tggagtagagtccagcatcagtctttgtgtccaaactcctaggactctga
attcatcttggccattcattcattcattcattcattcacacattcatcct
gcagacactcatagcatagtagctgggtgccgggtaccttttggggatac
atagtgaacaagtttaagtcactgccttccagtgggcaatgtaagacagt
caagctctgtgagggctgtagctgcttgctgcagtaactgttgtggatac
aggagtcacagtggtgactggggaaagtacgtacattttaggaaggattt
tggtcgtttttttctgaaaccaaatgcatcttttgtagttgctcaccctt
tgattctggctctacacttgaagtccttcttgagcggaacaaagcacaat
ctgtctcagttagatactgtcgtgctcctgagacctcatgcttctcctga
ggtctgtggagggctagtgtctttctatgtgcagcaacgctgtgtttaag
aagaactagccagtcactggacccatttctgggaatcggactgtctctct
ctggcaggaatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71891064_71892268
seq2: B6Ng01-138C08.b_45_1233

seq1  GAATTCTATCTCAATTTCTCATCTCACAATGAGAACGCTGGAATTACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCTCAATTTCTCATCTCACAATGAGAACGCTGGAATTACAGA  50

seq1  CACATGGTTTACTGTGTCCAGTTTTACTTGAGTTCTGGAGATTCGAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTTTACTGTGTCCAGTTTTACTTGAGTTCTGGAGATTCGAACTC  100

seq1  AGATACTCACACTTGCATGGCAAGTGCTTTACTTATTGAGCCATCTTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTCACACTTGCATGGCAAGTGCTTTACTTATTGAGCCATCTTCTC  150

seq1  GACCCTGGCTTCTTGCTTTCACTCTGTACTTTTACTGAGGCAAGGTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGGCTTCTTGCTTTCACTCTGTACTTTTACTGAGGCAAGGTCTCC  200

seq1  CTAAGTAGCAAAGGTTGGCATGGAGTTGTCCGTTCTCCTGTCCCTGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGCAAAGGTTGGCATGGAGTTGTCCGTTCTCCTGTCCCTGCCTC  250

seq1  CTGGGTGCTGAGATTGAAAGTTAATGTCACCCTTTCCCCTAGCCCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCTGAGATTGAAAGTTAATGTCACCCTTTCCCCTAGCCCTTCTG  300

seq1  TCTGTCTCTAACTATAAAAGACTTGACCCTGAGCCTGGATAGGGGAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTAACTATAAAAGACTTGACCCTGAGCCTGGATAGGGGAGCCC  350

seq1  TAGGTTCTGCACTCAGGACAGGATGGCAATAAACAGCAATAGGAATGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCTGCACTCAGGACAGGATGGCAATAAACAGCAATAGGAATGAGC  400

seq1  CCACCTCACTGAGCCTTATTAAGGGTTGGCATGTGTCAAGTCAGCCATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCACTGAGCCTTATTAAGGGTTGGCATGTGTCAAGTCAGCCATTT  450

seq1  CCTCAGCTGCCTTCTCAGTTTAGATGGCTCTTGTCCTTGGTCCCATTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGCCTTCTCAGTTTAGATGGCTCTTGTCCTTGGTCCCATTTTA  500

seq1  CAGATGAGTAAACTCTAAAGTCTTAACACACCCCAGGACATTTGGGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGTAAACTCTAAAGTCTTAACACACCCCAGGACATTTGGGCCTG  550

seq1  CCATATAAACAAATAAGGTCAAGAAATCCCCGCTAGAGGGCCCCACCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATAAACAAATAAGGTCAAGAAATCCCCGCTAGAGGGCCCCACCTTC  600

seq1  ATTGAAGATGGCACTCAGCCAGGTGGTGCCCTGCCCTTCTGATGCAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGATGGCACTCAGCCAGGTGGTGCCCTGCCCTTCTGATGCAAGCT  650

seq1  GAAGGCTAGCCCTCCCTGCAGAAGCAAAATGCAGAGAGCATCTAAAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTAGCCCTCCCTGCAGAAGCAAAATGCAGAGAGCATCTAAAAATT  700

seq1  GAGTCCAGATCTGCTGCCCAAGTCTTCTCTTTCTACAAACATGAAACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAGATCTGCTGCCCAAGTCTTCTCTTTCTACAAACATGAAACCAT  750

seq1  TCATCCCTGGGGAAAGAGCTGGAGAGAAGCCAGCACCAGCGCGAAGTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCTGGGGAAAGAGCTGGAGAGAAGCCAGCACCAGCGCGAAGTAAA  800

seq1  AAGTAGCCTTTTGGTGCCTGTAGCCTCTTGAGCATGTCTGCCCTCTGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCCTTTTGGTGCCTGTAGCCTCTTGAGCATGTCTGCCCTCTGGAG  850

seq1  CAGGTGCAGGGAGGAGCTGGCCAAGGTCAATAGCAGCAGTGGGGAGGGGA  900
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCA-GGAGGAGCTGGCCAAGGTCAATAGCAGCAGTGGGGAGGGGA  899

seq1  TAAATGGGACAGTCCTACCTCTGAGTCTGTGATCTCCAAAACCAAGGGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||
seq2  TAAATGGGACAGTCCTACCTCTGAGTCTGTGATCTCCAAA--CCACGGCT  947

seq1  TTGAAACCAGAGGCCTGAGTTCAAGATATGACTCTTATCAGTGGTGAGAC  1000
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGAAA-CAGAGGCCTGAGTTC-AGATATGACTCTTATCAGTGGTGAGAA  995

seq1  ATAAGCC-TGTTTTCTCTCCTGGGGTGCAGGGATGCCACAGCAATAATAT  1049
      ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  ATAAGCCTTGTTTTCTCTC--TGGGTGCA-GGATGCAACAGCAATAATAT  1042

seq1  AACTCCCTTATGTAGCCTCAGTGATGACCAATGAGTCCCTACGGGTGAGG  1099
      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
seq2  AACT-CCTTATGTAGCCTCAGTGATGACC-ATGAGTCCCTACCGGTGA-G  1089

seq1  GGCTTTAGAACAAGGCATGGAATATGACACCTGTGATTGAGTTAGCTGCT  1149
      ||||||||||||  |||||||| ||||  |||||||||||||   |||| 
seq2  GGCTTTAGAACA--GCATGGAAAATGAACCCTGTGATTGAGTAGCCTGC-  1136

seq1  ATTGTTATTCATATTATCTGGGGTGCAAGGGGAGGGGCATGGCTGACAAA  1199
      |||||   | ||| | |||||||||||| ||||||| |||| |||||  |
seq2  ATTGTATCTTATA-TCTCTGGGGTGCAA-GGGAGGGCCATGCCTGAC-CA  1183

seq1  ATGAGA  1205
      ||||||
seq2  ATGAGA  1189

seq1: chr11_72039015_72040206
seq2: B6Ng01-138C08.g_66_1229 (reverse)

seq1  AGCATTCCTGGCCAGGAAGAAGCAATGTCAGAAT-CCAGACATGGGTCCA  49
      ||||||||| |||||  |||  ||  ||| || | ||||| |||||||||
seq2  AGCATTCCT-GCCAGAGAGAGACA--GTCCGATTCCCAGAAATGGGTCCA  47

seq1  GGCTGCTCTGGCTTGGTCTTCTTAAACACCAGCTGTTGCTGCACATGGAA  99
      |  ||  |||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||| |||
seq2  G--TG-ACTGGCTAGTTCTTCTTAAACA-CAGC-GTTGCTGCACATAGAA  92

seq1  CAGACACCTAGCCCTCCACAGTACCCTCAGGAGAAGCATTGGAGGTCATC  149
       ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||  |||||| ||
seq2  -AGACA-CTAGCCCTCCACAG--ACCTCAGGAGAAGCAT--GAGGTC-TC  135

seq1  AGAGAGCACCGACAGTTAATCCTACAACTGGAAGACCAGATTGGTGCTTT  199
      || ||||| |||||||  |||    |||||  ||| |||||| |||||||
seq2  AG-GAGCA-CGACAGT--ATC---TAACTG--AGA-CAGATT-GTGCTTT  174

seq1  GTTCCGCTTCAAGAAGGACTTCAAGTGTAGAGCCAGAATCAAAGGGTGAG  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCGC-TCAAGAAGGACTTCAAGTGTAGAGCCAGAATCAAAGGGTGAG  223

seq1  CAACTACAAAAAGATGCATTTGGTTTCAGGAAAAAAACGACCAAAATCCT  299
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAC-AAAAGATGCATTTGGTTTCA-GAAAAAAACGACCAAAATCCT  271

seq1  TCCTAAAATGTACGTACTTTCCCCAGTCACCACTGTGACTCCTGTATCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAATGTACGTACTTTCCCCAGTCACCACTGTGACTCCTGTATCCA  321

seq1  CAACAGTTACTGCAGCAAGCAGCTACAGCCCTCACAGAGCTTGACTGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTTACTGCAGCAAGCAGCTACAGCCCTCACAGAGCTTGACTGTCT  371

seq1  TACATTGCCCACTGGAAGGCAGTGACTTAAACTTGTTCACTATGTATCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGCCCACTGGAAGGCAGTGACTTAAACTTGTTCACTATGTATCCC  421

seq1  CAAAAGGTACCCGGCACCCAGCTACTATGCTATGAGTGTCTGCAGGATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGTACCCGGCACCCAGCTACTATGCTATGAGTGTCTGCAGGATGA  471

seq1  ATGTGTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGGCCAAGATGAATTCAGAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGGCCAAGATGAATTCAGAGT  521

seq1  CCTAGGAGTTTGGACACAAAGACTGATGCTGGACTCTACTCCAACCAGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGAGTTTGGACACAAAGACTGATGCTGGACTCTACTCCAACCAGAG  571

seq1  CCAGATTGACTGGCATTGAGCCAAGGCCACTGGTGGGTTCAAGGGCAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTGACTGGCATTGAGCCAAGGCCACTGGTGGGTTCAAGGGCAAAA  621

seq1  AGCCAAGGAAGGCTCAGATAGACTTACACTTGCCATGGGCCTCCTGTGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGAAGGCTCAGATAGACTTACACTTGCCATGGGCCTCCTGTGGT  671

seq1  CCTTATGTGAGACAGACAGCCTGTCCTCCAGGCCCTGTTCCAGTCCCGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGTGAGACAGACAGCCTGTCCTCCAGGCCCTGTTCCAGTCCCGTC  721

seq1  TCCCTGGGGAGCCTGACCGAGTCCTCTGCCTCAAAGTCCACCTCTTGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGGAGCCTGACCGAGTCCTCTGCCTCAAAGTCCACCTCTTGGTA  771

seq1  TTTTCCCTCCCAACCACTGCCAGCTCTGTTGACAGCTCATCTGTGCACGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTCCCAACCACTGCCAGCTCTGTTGACAGCTCATCTGTGCACGC  821

seq1  TCCATAGTTTCTTCCTTCTTAGCTCCTGTCCCTTCCATGACATTGTAAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTTTCTTCCTTCTTAGCTCCTGTCCCTTCCATGACATTGTAAGC  871

seq1  AGCAGAAGCAGGGCCTACCATAGAGCCTCTTTGTGTTCAGTAGGACAGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGCAGGGCCTACCATAGAGCCTCTTTGTGTTCAGTAGGACAGCC  921

seq1  CTGGACCAAACGAACAAGATTGGCTTGTGTGGACCTGGACATGCTCACTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCAAACGAACAAGATTGGCTTGTGTGGACCTGGACATGCTCACTG  971

seq1  ACTATTCCTGGCTTCTGTGTGGTGAAACATCTCCCGGCAGAAAACAAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCCTGGCTTCTGTGTGGTGAAACATCTCCCGGCAGAAAACAAGAT  1021

seq1  ACAAGGGGTACAGCATCCCCTGAGCTTGAATTGTGTCCATTCAGAAGACA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGGTACAGCATCCCCTGAGCTTGAATTGTGTCCATTCAGAAGACA  1071

seq1  TTGAACAAAGAGGCCATTGTCTGCCGACTCGCTCATTCACATACGGCACG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACAAAGAGGCCATTGTCTGCCGACTCGCTCATTCACATACGGCACG  1121

seq1  GCCTTGTCCCTGTGCCTGCTCATTCACCCAGTTTATTGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCCCTGTGCCTGCTCATTCACCCAGTTTATTGAATTC  1164