BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143L04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 51,634,832 - 51,749,512
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhf15
Upstream geneZfp354c, 9630041N07Rik, Grm6, Zfp454, Zfp2, Zfp354b, Prop1, Olfr1379-ps1, Olfr1378, Olfr1377, Olfr226-ps1, Olfr51, Olfr54, Olfr1375-ps1, Zfp354a, LOC100040275, LOC382518, Olfr1374-ps1, 5133400J02Rik, LOC622699, BC049762, Clk4, Col23a1, Agxt2l2, Hnrpab, Nola2, Rmnd5b, C330016O10Rik, D930048N14Rik, 0610009B22Rik, Sec24a, LOC100040402, Sar1b
Downstream geneD11Ertd497e, Ube2b, Cdkl3, LOC100040437, Ppp2ca, Olfr1373, Olfr1372-ps1, Olfr1371, Skp1a, Tcf7, Vdac1, 9530068E07Rik, LOC667659, LOC667667, LOC100040523, Fstl4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143L04.bB6Ng01-143L04.g
ACCDH941566DH941567
length1,0921,125
definitionDH941566|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143L04, 5' end.DH941567|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143L04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,634,832 - 51,635,936)(51,748,358 - 51,749,512)
sequence
gaattcaccccgaaaccctgagcatgcagggagtatctggtctcgagctg
gcaaccctctcttcctgcctaacacccgcctttcccagcaaagcaactct
gcagcagatacaaccatcatggcaaaacgcaggcatgtcccaaggcacag
gtatcactgtactttcaaatgaacacaatctggcaaaatagcttttccaa
gtctacctgctatcccgggacctgagccagggccttgccccctgggccaa
tgctcccatatccacagcaacatgatgcctgactttataaaggacagcag
cccctgactcccttgggccagctggttagagtccctacagtaggctttga
agtcatctggcttagcccagaggacgggcacacattcttcaggttggctg
gcaggatatgaagtggacctgtcactgcctgttcagggttcctctatccc
ctaaggactgctctctcacatacttccaggcttcagccctggagacgctc
cctccatctggtatcacctttgggctcatgtggagttttccagaaacagg
gacagttactgaccatagctgctcagcctggatcctattcccactcaggc
ctccctttacacagttgccaggtggtcttcaggtcttacttagctgcctg
agttacctttaattaagagcttctccttccagccaggtgtggtggcgcac
gcctttaatcccagcacttggcaggcagaggcaggcagatttctgagttg
aacctctgcctctccttcctatgactccggccttcctagctcgaggtagt
atgagcagatctttatcaggtgtgaccttcctttcccttctgagactact
tgagaaggagatcctaggaggtccagtgcggcggacagcatcacaggagg
gattcaatatggactctgccatgacatccgtgtgacatgtactctgctgt
gacattccatgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtactctcacctgcactggcaa
caccaggcgtcaggtcactcatgctgactccagcttatcattccaatgtc
agcctcttcctccagggacgccctggattgaccactgtagca
gaattctagtccttatccataaagttcactcaagtgacctgggtagattc
tcagtcctgactgcacagccacctctaatggggcaggagactaatctaga
aggggtattgggtgacccactgtgacctacttcctgtcatcagatccagt
cccaagatctctgggtcctttaagaagccatgggaaccccctcgtcacct
aaacacccatctggcccttgcagccagttctacagtacaaaaagggacca
ggcttatgctgatatacactctaggcacaggtgctgtgcaagtaggctct
cccttcaagaccccagaaaaagagagatgcagaaaagctgagctgtttgt
ctcaactgaaacgcctctctggagtcgtcctataggatgaaggaagcatg
agctctgtgaggtccagagggcaccaggtcctctcagagtcaaggtgggc
aggcaagactagagccattcttggtcatctagaaagaccctcttctggtc
attgctcatctctctgggatgtgcaaggagtctcctggcagctctgggca
ggttccatccctctgactcagtcgcacttaaggccttacctgcagtcctg
tgaacctctcactcgtactctatattctttttctgtatccaatgtgtgtg
tgtgtgtgtgttgtctgtctgtctgtgtatgtgaggcttctcaggaagta
ctcatatagaggacagaggtcaacctcaagcagcttcctcagtcactttc
tgccctgttccttgtttcttgaggtaaagtctctcatttgtatctgggaa
gtcagctaggctgactggtcaatcagtcctggatagccacctacctccga
ctcccccaacactgggattgtaagtacacacatccacgcctggtttgtta
tgtggctccagagctggattcagtcccatgcttgtgttggctgagctagc
attacattcattcatcatcattcattcattcattcactgtcgtcccctga
aagatctccatgttcatcggactggacttctctacacatatccaagtctc
tctctgtcaactgtcagtaactcagcccgtcttcctgactgtggctaagg
ctgggcttttattgattggcatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_51634832_51635936
seq2: B6Ng01-143L04.b_44_1135

seq1  GAATTCACCCCGAAACCCTGAGCATGCAGGGAGTATCTGGTCTCGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCGAAACCCTGAGCATGCAGGGAGTATCTGGTCTCGAGCTG  50

seq1  GCAACCCTCTCTTCCTGCCTAACACCCGCCTTTCCCAGCAAAGCAACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCTCTCTTCCTGCCTAACACCCGCCTTTCCCAGCAAAGCAACTCT  100

seq1  GCAGCAGATACAACCATCATGGCAAAACGCAGGCATGTCCCAAGGCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGATACAACCATCATGGCAAAACGCAGGCATGTCCCAAGGCACAG  150

seq1  GTATCACTGTACTTTCAAATGAACACAATCTGGCAAAATAGCTTTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCACTGTACTTTCAAATGAACACAATCTGGCAAAATAGCTTTTCCAA  200

seq1  GTCTACCTGCTATCCCGGGACCTGAGCCAGGGCCTTGCCCCCTGGGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCTGCTATCCCGGGACCTGAGCCAGGGCCTTGCCCCCTGGGCCAA  250

seq1  TGCTCCCATATCCACAGCAACATGATGCCTGACTTTATAAAGGACAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCATATCCACAGCAACATGATGCCTGACTTTATAAAGGACAGCAG  300

seq1  CCCCTGACTCCCTTGGGCCAGCTGGTTAGAGTCCCTACAGTAGGCTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGACTCCCTTGGGCCAGCTGGTTAGAGTCCCTACAGTAGGCTTTGA  350

seq1  AGTCATCTGGCTTAGCCCAGAGGACGGGCACACATTCTTCAGGTTGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTGGCTTAGCCCAGAGGACGGGCACACATTCTTCAGGTTGGCTG  400

seq1  GCAGGATATGAAGTGGACCTGTCACTGCCTGTTCAGGGTTCCTCTATCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATATGAAGTGGACCTGTCACTGCCTGTTCAGGGTTCCTCTATCCC  450

seq1  CTAAGGACTGCTCTCTCACATACTTCCAGGCTTCAGCCCTGGAGACGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGACTGCTCTCTCACATACTTCCAGGCTTCAGCCCTGGAGACGCTC  500

seq1  CCTCCATCTGGTATCACCTTTGGGCTCATGTGGAGTTTTCCAGAAACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTGGTATCACCTTTGGGCTCATGTGGAGTTTTCCAGAAACAGG  550

seq1  GACAGTTACTGACCATAGCTGCTCAGCCTGGATCCTATTCCCACTCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTACTGACCATAGCTGCTCAGCCTGGATCCTATTCCCACTCAGGC  600

seq1  CTCCCTTTACACAGTTGCCAGGTGGTCTTCAGGTCTTACTTAGCTGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTACACAGTTGCCAGGTGGTCTTCAGGTCTTACTTAGCTGCCTG  650

seq1  AGTTACCTTTAATTAAGAGCTTCTCCTTCCAGCCAGGTGTGGTGGCGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACCTTTAATTAAGAGCTTCTCCTTCCAGCCAGGTGTGGTGGCGCAC  700

seq1  GCCTTTAATCCCAGCACTTGGCAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAATCCCAGCACTTGGCAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTG  750

seq1  AACCTCTGCCTCTCCTTCCTATGACTCCGGCCTTCCTAGCTCGAGGTAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGCCTCTCCTTCCTATGACTCCGGCCTTCCTAGCTCGAGGTAGT  800

seq1  ATGAGCAGATCTTTATCAGGTGTGACCTTCCTTTCCCTTCTGAGACTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAGATCTTTATCAGGTGTGACCTTCCTTTCCCTTCTGAGACTACT  850

seq1  TGAGAAGGAGATCCTAGGAGGTCCAGTGCGGCGGACAGCATCACAGGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGAGATCCTAGGAGGTCCAGTGCGGCGGACAGCATCACAGGAGG  900

seq1  GATTCAATATGGACTCTGCCATGACATCCCGTGTGACATGTACTCTGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAATATGGACTCTGCCATGACAT-CCGTGTGACATGTACTCTGCTG  949

seq1  TGACATTCCATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTCCTCACCTGCACTGGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGACATTCCATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTACT-CTCACCTGCACTGGC  998

seq1  AACACCAGGCCGTCAGGGTTCACTCATTGCTGACTCCAGCTTTATCAATT  1050
      ||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| |||
seq2  AACACCAGG-CGTCAGG--TCACTCA-TGCTGACTCCAGC-TTATC-ATT  1042

seq1  CCCATGTCCAGCCTCTTCCTCCAGGGACAGCCCTGGGTTTGAACCACTGG  1100
      || |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||   |||||| |
seq2  CCAATGT-CAGCCTCTTCCTCCAGGGAC-GCCCTGGATT--GACCACT-G  1087

seq1  TAGCA  1105
      |||||
seq2  TAGCA  1092

seq1: chr11_51748358_51749512
seq2: B6Ng01-143L04.g_72_1196 (reverse)

seq1  AAGATGCAAATCCAATAAAAAGCCCCAGCCCTTAGGCCACAGGTTCAGAG  50
      ||||||| ||| ||||||||   ||||| ||||| |||||||  ||||  
seq2  AAGATGCCAAT-CAATAAAA--GCCCAG-CCTTA-GCCACAG--TCAGGA  43

seq1  AGACGGGGCTGAGGTTGGGCCTGGACAGGTGGGACAGAGAGAGAACTGGG  100
      |||| |||||||| |     || ||||| |  ||||||||||| ||| ||
seq2  AGAC-GGGCTGAGTT----ACT-GACAGTT--GACAGAGAGAG-ACTTGG  84

seq1  ATATGGTGTAAGAGAAGTCCCAGGTCCCGGATGAACATGGGAGATCTTTT  150
      |||| |||| ||||||||||   ||||  ||||||||| ||||||| |||
seq2  ATAT-GTGT-AGAGAAGTCC--AGTCC--GATGAACAT-GGAGATC-TTT  126

seq1  CAGGGGGACGACAGTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGTT  200
      || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
seq2  CA-GGGGACGACAGTGAATGAATGAATGAATG-ATG-ATGAATGAATG-T  172

seq1  AATGCCTAGCTCAGCCAACACAAGCATGGGGACCTGAATCCAGCTCTGGA  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  AATG-CTAGCTCAGCCAACACAAGCATGGG--ACTGAATCCAGCTCTGGA  219

seq1  GCCCACATAACAAACCAGGCGTGGATGTGTGTACTTACAATCCCAGTGTT  300
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CCACATAACAAACCAGGCGTGGATGTGTGTACTTACAATCCCAGTGTT  268

seq1  -GGGGAGTCGGAGGTAGGTGGCTATCCAGGACTGATTGACCAGTCAGCCT  349
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGTCGGAGGTAGGTGGCTATCCAGGACTGATTGACCAGTCAGCCT  318

seq1  AGCTGACTT-CCAGATACAAATGAGAGACTTTACCTCAAGAAACAAGGAA  398
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTTCCCAGATACAAATGAGAGACTTTACCTCAAGAAACAAGGAA  368

seq1  CAGGGCAGAAAGTGACTGAGGAAGCTGCTTGAGGTTGACCTCTGTCCTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGAAAGTGACTGAGGAAGCTGCTTGAGGTTGACCTCTGTCCTCT  418

seq1  ATATGAGTACTTCCTGAGAAGCCTCACATACACAGACAGACAGACAACAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTACTTCCTGAGAAGCCTCACATACACAGACAGACAGACAACAC  468

seq1  ACACACACACACACATTGGATACAGAAAAAGAATATAGAGTACGAGTGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACATTGGATACAGAAAAAGAATATAGAGTACGAGTGAG  518

seq1  AGGTTCACAGGACTGCAGGTAAGGCCTTAAGTGCGACTGAGTCAGAGGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCACAGGACTGCAGGTAAGGCCTTAAGTGCGACTGAGTCAGAGGGA  568

seq1  TGGAACCTGCCCAGAGCTGCCAGGAGACTCCTTGCACATCCCAGAGAGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCTGCCCAGAGCTGCCAGGAGACTCCTTGCACATCCCAGAGAGAT  618

seq1  GAGCAATGACCAGAAGAGGGTCTTTCTAGATGACCAAGAATGGCTCTAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGACCAGAAGAGGGTCTTTCTAGATGACCAAGAATGGCTCTAGT  668

seq1  CTTGCCTGCCCACCTTGACTCTGAGAGGACCTGGTGCCCTCTGGACCTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGCCCACCTTGACTCTGAGAGGACCTGGTGCCCTCTGGACCTCA  718

seq1  CAGAGCTCATGCTTCCTTCATCCTATAGGACGACTCCAGAGAGGCGTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCATGCTTCCTTCATCCTATAGGACGACTCCAGAGAGGCGTTTC  768

seq1  AGTTGAGACAAACAGCTCAGCTTTTCTGCATCTCTCTTTTTCTGGGGTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGACAAACAGCTCAGCTTTTCTGCATCTCTCTTTTTCTGGGGTCT  818

seq1  TGAAGGGAGAGCCTACTTGCACAGCACCTGTGCCTAGAGTGTATATCAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGAGAGCCTACTTGCACAGCACCTGTGCCTAGAGTGTATATCAGC  868

seq1  ATAAGCCTGGTCCCTTTTTGTACTGTAGAACTGGCTGCAAGGGCCAGATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCTGGTCCCTTTTTGTACTGTAGAACTGGCTGCAAGGGCCAGATG  918

seq1  GGTGTTTAGGTGACGAGGGGGTTCCCATGGCTTCTTAAAGGACCCAGAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTAGGTGACGAGGGGGTTCCCATGGCTTCTTAAAGGACCCAGAGA  968

seq1  TCTTGGGACTGGATCTGATGACAGGAAGTAGGTCACAGTGGGTCACCCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGACTGGATCTGATGACAGGAAGTAGGTCACAGTGGGTCACCCAA  1018

seq1  TACCCCTTCTAGATTAGTCTCCTGCCCCATTAGAGGTGGCTGTGCAGTCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTTCTAGATTAGTCTCCTGCCCCATTAGAGGTGGCTGTGCAGTCA  1068

seq1  GGACTGAGAATCTACCCAGGTCACTTGAGTGAACTTTATGGATAAGGACT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAGAATCTACCCAGGTCACTTGAGTGAACTTTATGGATAAGGACT  1118

seq1  AGAATTC  1155
      |||||||
seq2  AGAATTC  1125