BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148O18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 21,929,483 - 22,083,166
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEhbp1
Upstream genePeli1, Vps54, Ugp2, LOC100042081, 4932414J04Rik, Mdh1, AV249152, Pgam1-ps1, LOC382494, LOC666047, Otx1
Downstream geneLOC100042146, Tmem17, LOC100042827, LOC100042846, LOC666078, B3gnt2, 9130230N09Rik, Commd1, Zrsr1, Cct4, 4930430E16Rik, LOC100042875
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148O18.bB6Ng01-148O18.g
ACCDH945401DH945402
length1,0961,088
definitionDH945401|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148O18, 5' end.DH945402|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,929,483 - 21,930,587)(22,082,096 - 22,083,166)
sequence
gaattctggaagcctggaaaacaaatacaaggttaccagacacagaacta
gataatgctttgtgggaaaaggacctaatgagagtctgtgtctatcctgc
tgttgctacaaggtattaaaaatacaatttgtaattttaaacaaaaatgt
tccactctgggaaattaggagagcaatgtcagcagagcagagcatgcatc
cttccatcaaacacctcgaatttttgttttagccaaggaggcaactcaca
cactgggggacttatagatagcgctctctttctctccctccctccccctc
ctctctctctctctctctctctctctctctctctccatatatatatatac
atatatatatgtatatgtatgatagcatatatatatatgttaagacagta
tatatacatacttatagatagcactttctctatatatctgtatctctatc
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatagagagagcgctagcaggctggccctgaacttggagatc
ttcctgctttcccctagcaagtgctgacattaaaggtgtgtgccacatgc
ttggccaaatcatgagtgaagtcttgctcaagcctccactattacacagg
gatcaaacagaagaggggatagcactatgcaaatttgacttctatagaag
gtcctaaagataatttctcaaaatacaatatacaagccagtttgtatgtg
catcctaaaactcatttgctgagtttgaaaaacaaaaaacaaacaaagaa
caacaacaaaaaaccacacacaaattactgggataaatagattagtggta
tttaccagcacacatgaagtcctaggtttaatacccaatagtggcaaata
cataaaactaaataataccaagcttctttgtcctagttatttattttaca
ggaaaaaaaactgtggtatccataacaaatattcatcagctacttttata
tatagctagggttaaaaacaccaacagtttagacagcttttcagtgttat
gcaatccaaacatttcctgcatttctttgggagaatataggcacat
gaattctttgttcagctctgagccccatcttttaagggggctatttgatt
ttctggagtccaccctcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttgttggtct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaagctttgcagtttca
tgaggtcccatttgtcaattctcgatcttaaagcacaagccattgctgtt
ctattcaggaatttttttccctgtgcccatatcttcgagacttttcaggc
tttattcttgattcatatgtacatcactcctgtgatttgacagtagttta
agtgtactagacaattaaaaatagaatattgttaatttcacaatttttat
ttgtattaaaataaatactaatagatacaatccacataggagaatctttt
tagagttcttgaatcatgtgcagtcttgagacaaaatcccttacaaacta
ttgatctaatctccagaaaaagcagtggaaaatagattgggttattttat
ctttatttatttatttatttatttctttatttatttctttatttttggta
gatatgctgtttacaagagacagtcctaaaatcagaggaggtgaaatgtc
aaacagaggggcagaaacccataagaaggtctgtggctcctggtttgaga
gcagtttgttaggtagttcacttccctcctaactgcaaacttccaggtcc
atgttggtagcatctgttttctgcagagtgctctgttgtatttctcgggg
gatgggggtgttgatagcttatcgttgcagttcaacaccacctatgtgag
tcagttgcaggggtccatccctatcttgttctgtttatccttatgtctca
gctgtctaccgttgctgaacttatctgggttggaacaaacttctgcctac
ctctataatctgcttagtaggttaaaaatttgaaagcctactctaccttg
gggtaggccatttatccctctacctctttttaagacgaaggaaaagcctt
tgtggaaggtaccatataggtcgtgtgaaaaaaaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_21929483_21930587
seq2: B6Ng01-148O18.b_48_1143

seq1  GAATTCTGGAAGCCTGGAAAACAAATACAAGGTTACCAGACACAGAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAAGCCTGGAAAACAAATACAAGGTTACCAGACACAGAACTA  50

seq1  GATAATGCTTTGTGGGAAAAGGACCTAATGAGAGTCTGTGTCTATCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGCTTTGTGGGAAAAGGACCTAATGAGAGTCTGTGTCTATCCTGC  100

seq1  TGTTGCTACAAGGTATTAAAAATACAATTTGTAATTTTAAACAAAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTACAAGGTATTAAAAATACAATTTGTAATTTTAAACAAAAATGT  150

seq1  TCCACTCTGGGAAATTAGGAGAGCAATGTCAGCAGAGCAGAGCATGCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCTGGGAAATTAGGAGAGCAATGTCAGCAGAGCAGAGCATGCATC  200

seq1  CTTCCATCAAACACCTCGAATTTTTGTTTTAGCCAAGGAGGCAACTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCAAACACCTCGAATTTTTGTTTTAGCCAAGGAGGCAACTCACA  250

seq1  CACTGGGGGACTTATAGATAGCGCTCTCTTTCTCTCCCTCCCTCCCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGGGACTTATAGATAGCGCTCTCTTTCTCTCCCTCCCTCCCCCTC  300

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCATATATATATATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCATATATATATATAC  350

seq1  ATATATATATGTATATGTATGATAGCATATATATATATGTTAAGACAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATGTATATGTATGATAGCATATATATATATGTTAAGACAGTA  400

seq1  TATATACATACTTATAGATAGCACTTTCTCTATATATCTGTATCTCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATACTTATAGATAGCACTTTCTCTATATATCTGTATCTCTATC  450

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  500

seq1  TATCTATCTATAGAGAGAGCGCTAGCAGGCTGGCCCTGAACTTGGAGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATAGAGAGAGCGCTAGCAGGCTGGCCCTGAACTTGGAGATC  550

seq1  TTCCTGCTTTCCCCTAGCAAGTGCTGACATTAAAGGTGTGTGCCACATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTTTCCCCTAGCAAGTGCTGACATTAAAGGTGTGTGCCACATGC  600

seq1  TTGGCCAAATCATGAGTGAAGTCTTGCTCAAGCCTCCACTATTACACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAAATCATGAGTGAAGTCTTGCTCAAGCCTCCACTATTACACAGG  650

seq1  GATCAAACAGAAGAGGGGATAGCACTATGCAAATTTGACTTCTATAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAACAGAAGAGGGGATAGCACTATGCAAATTTGACTTCTATAGAAG  700

seq1  GTCCTAAAGATAATTTCTCAAAATACAATATACAAGCCAGTTTGTATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAAAGATAATTTCTCAAAATACAATATACAAGCCAGTTTGTATGTG  750

seq1  CATCCTAAAACTCATTTGCTGAGTTTGAAAAAC-AAAAACAAACAAAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATCCTAAAACTCATTTGCTGAGTTTGAAAAACAAAAAACAAACAAAGAA  800

seq1  CAACAACAAAAAACCACACACAAATTACTGGGATAAATAGATTAGTGGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAAAAAACCACACACAAATTACTGGGATAAATAGATTAGTGGTA  850

seq1  TTTACCAGCACACATGAAGTCCTAGGTTTAATACCCAATAGTGGCAAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAGCACACATGAAGTCCTAGGTTTAATACCCAATAGTGGCAAATA  900

seq1  CATAAAACTAAATAATACCAAGGCTTCTTTGTCCTAGTTATTTATTTTAC  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACTAAATAATACCAA-GCTTCTTTGTCCTAGTTATTTATTTTAC  949

seq1  AGGAAAAAAAAACTGTGGTATCCAT-ACAAATATTCATCAGCTACTTTTA  998
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGG-AAAAAAAACTGTGGTATCCATAACAAATATTCATCAGCTACTTTTA  998

seq1  TATATAGCCTAGGGTTTAAAAAACCACCAACAGTTAAGACAGCTTTCCAG  1048
      ||||||| ||||||||   |||| ||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TATATAG-CTAGGGTT---AAAAACACCAACAGTTTAGACAGCTTTTCAG  1044

seq1  TGTTATGCCAAATTCCCAAACATGTTCTGGCATTTCTTGGGAGGAATATG  1098
      ||||||||  |||  |||||||| |||  ||||||||| ||  |||||| 
seq2  TGTTATGC--AAT--CCAAACAT-TTCCTGCATTTCTTTGGGAGAATATA  1089

seq1  GGCACAT  1105
      |||||||
seq2  GGCACAT  1096

seq1: chr11_22082096_22083166
seq2: B6Ng01-148O18.g_70_1157 (reverse)

seq1  AGA-TTTTTTTCACA-TACCTATAAGGTACCTT-CACAAAGGCATT--CC  45
      ||| |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| ||  | 
seq2  AGATTTTTTTTCACACGACCTATATGGTACCTTCCACAAAGGCTTTTCCT  50

seq1  TCGTCTT-AAAAGAGGAAGAGGGATATATGGCTT--CCCATGGTAGAGTA  92
      ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |  |||| |||||||||
seq2  TCGTCTTAAAAAGAGGTAGAGGGATAAATGGCCTACCCCAAGGTAGAGTA  100

seq1  -GCTTTC-AATTTATAACCTACT-AGCAG-TTATAGAGGTAGGCAGAGGT  138
       |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GGCTTTCAAATTTTTAACCTACTAAGCAGATTATAGAGGTAGGCAGAAGT  150

seq1  TTGTTCC-AGCCAGAT-AGGTCAGCAACGGTAGACAGCTGAGACAT-AGG  185
      ||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTTCCAACCCAGATAAGTTCAGCAACGGTAGACAGCTGAGACATAAGG  200

seq1  ATAAACAGAACAAGATAGGGATGGACCCCTGC-ACTGACTCACATAGGTG  234
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGAACAAGATAGGGATGGACCCCTGCAACTGACTCACATAGGTG  250

seq1  GTGTTGAACTGCAACGATAAGCTATCAACA-CCCCATCCCCCGAGAAATA  283
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAACTGCAACGATAAGCTATCAACACCCCCATCCCCCGAGAAATA  300

seq1  CAACAGAGCACTCTGCAGAAAACAGATGCTACCAACATGGACCTGGAAGT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAGCACTCTGCAGAAAACAGATGCTACCAACATGGACCTGGAAGT  350

seq1  TTGCAGTTAGGAGGGAAGTGAACTACCTAACAAACTGCTCTCAAACCAGG  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTAGGAGGGAAGTGAACTACCTAACAAACTGCTCTCAAACCAGG  400

seq1  AGCCACAGACCTTCTTATGGGTTTCTGCCCCTCTGTTTGACATTTCACCT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGACCTTCTTATGGGTTTCTGCCCCTCTGTTTGACATTTCACCT  450

seq1  CCTCTGATTTTAGGACTGTCTCTTGTAAACAGCATATCTACCAAAAATAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATTTTAGGACTGTCTCTTGTAAACAGCATATCTACCAAAAATAA  500

seq1  AGAAATAAATAAAGAAATAAATAAATAAATAAATAAAGATAAAATAACCC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAATAAAGAAATAAATAAATAAATAAATAAAGATAAAATAACCC  550

seq1  AATCTATTTTCCACTGCTTTTTCTGGAGATTAGATCAATAGTTTGTAAGG  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTTTCCACTGCTTTTTCTGGAGATTAGATCAATAGTTTGTAAGG  600

seq1  GATTTTGTCTCAAGACTGCACATGATTCAAGAACTCTAAAAAGATTCTCC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTCTCAAGACTGCACATGATTCAAGAACTCTAAAAAGATTCTCC  650

seq1  TATGTGGATTGTATCTATTAGTATTTATTTTAATACAAATAAAAATTGTG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGATTGTATCTATTAGTATTTATTTTAATACAAATAAAAATTGTG  700

seq1  AAATTAACAATATTCTATTTTTAATTGTCTAGTACACTTAAACTACTGTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAACAATATTCTATTTTTAATTGTCTAGTACACTTAAACTACTGTC  750

seq1  AAATCACAGGAGTGATGTACATATGAATCAAGAATAAAGCCTGAAAAGTC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACAGGAGTGATGTACATATGAATCAAGAATAAAGCCTGAAAAGTC  800

seq1  TCGAAGATATGGGCACAGGGAAAAAAATTCCTGAATAGAACAGCAATGGC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGATATGGGCACAGGGAAAAAAATTCCTGAATAGAACAGCAATGGC  850

seq1  TTGTGCTTTAAGATCGAGAATTGACAAATGGGACCTCATGAAACTGCAAA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTTAAGATCGAGAATTGACAAATGGGACCTCATGAAACTGCAAA  900

seq1  GCTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGACCAACAACA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGACCAACAACA  950

seq1  GATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATC  1000

seq1  CAATATATATAAAGAACTCAAGAGGGTGGACTCCAGAAAATCAAATAGCC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATATAAAGAACTCAAGAGGGTGGACTCCAGAAAATCAAATAGCC  1050

seq1  CCCTTAAAAGATGGGGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAAAGATGGGGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1088