BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148P05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,373,060 - 111,512,897
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041559, EG629966
Upstream geneMap2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539
Downstream geneLOC629967, LOC100041589, LOC100043020, EG668396, EG667038, LOC100041610
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148P05.bB6Ng01-148P05.g
ACCDH945421DH945422
length1,1211,149
definitionDH945421|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148P05, 5' end.DH945422|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,373,060 - 111,374,196)(111,511,739 - 111,512,897)
sequence
gaattcattaattattctcatttcttgatacagagactctttctttgtag
tccaggctggcacttaactccttgtggaattaaagctcatctcaaacgaa
tgatcctcctgcctcagcctctcatgtgcagatacaattccctcagtgaa
cacaggttctcactctggttctctatgttttcttcccaataatttgtttt
ctgggtactgctgaggtcgttgctcccgttatcttcagagaacgtccagg
acacaatgaagtctctgtattgtgtttaatgtccttttccccattattca
gtggagtagtacttggaagaagtcagttcaattgcaggccgattctggaa
ctccttagacccttgtgatgtgagccctgtttttttcttttgaagaaact
cattgttcctgtgatcattgctgcagagagagagagagggaaagtgagag
agagagaaagtgagagagagtggggaagctttcagccaggatttatttac
tcttctaagtcttacttgtgataatcaaacccaatgtaaatcaggatgct
ggccataaagtatgggcatgacaccagaacaataacaataaacattgtaa
gtcactaagaagcatccgagagaagggcacatctaccacagatgcagacc
aaagcaagcgcatttagcttgcttgcttaccttctagcagcagtgtgtgc
ctgcatgttcctgtgtgttttctgttatgattccttttataccctgttct
ctctgaccccgtgaaagctcatgatacattttgatagttactcatttgct
agaatagcgtcccagagtcttttctggatcatgaagatgacaacacacca
acaagggagaacaatgctttattgtgctttgtctcctccgtaagaagcca
atagcaggcactttgtttgggaatgaatagatgatgataatgcgcttctc
atagacactgtttcaaatcttttttatctctggaaccagagtttcattgt
tcccaagtcagcttggttgatcagggcaggtgcctggccaaagccaggct
gtcaacaatgaggttagagtggcttgagaactcaggagattcaggctgct
gtagatatcccagacaggtga
gaattcattctctgatggtatgcactgggtcttacctagaagacacctca
gtgatctgttagctttcctgaagctattggatttaataaaatattcctct
tggtccttttgataagaagggaacataacatttaggagggaaagcacaag
aaatgaaaaagacactgagcaagaacagtgagttctcttagctacagaac
tgtatatctaaccccacaaaacactccttatatcacagaaatcttagcat
catgctgtcctgtgaagcatagctcaaatcctaacgctcagtggggcaga
tgcaggcagtcccttgtgaggtttgaggccagccttgtctatttagtgag
ttctaggacagccggagctatgaagtaagaccctatctcaaacacagagc
acatcaaatcaacggcaacagcaacaacaaccataacaaataaaacttca
catgattctgaatcacatttagccactgtacacgcatgcttcatacttag
aacgtctttgtcagcagggtttgttgatttcctgacactttgtcagcatc
cactggggtttactgggtttctgtgtccaggatcctaacatcctagagat
tgtcttcttggacccattgattcagcagcaattctttagtttcctgtctc
tatgacaatttttgtttttcccaaaacttgtattatctgttatgaatttt
taattcaattgaacagcaaactgagtggaagttactgaattattgacttg
ggactagtgatgtggctcagtggttaggcacacttgctgctcttgtagaa
gatctgcgtgcagacctcagcatcccccttgcatgcgtcccaactccaca
gctgtgtgcaacttcagcttatgggttctccaacaccttcttctgatttt
gctgatagctatacacacacactatatacacatacacatatacacacaca
catatacattcatatgtacacatgcactgcacacactcatgtacacacat
atgtacacataccacacagaacaacatggtgtgcacacacaaatacatcc
atggcatacctcataacgcataccaacatactgccaactcatacataatc
caattgcaacacctaatattagaggaggctataagctaggggaacctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111373060_111374196
seq2: B6Ng01-148P05.b_48_1168

seq1  GAATTCATTAATTATTCTCATTTCTTGATACAGAGACTCTTTCTTTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATTATTCTCATTTCTTGATACAGAGACTCTTTCTTTGTAG  50

seq1  TCCAGGCTGGCACTTAACTCCTTGTGGAATTAAAGCTCATCTCAAACGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTGGCACTTAACTCCTTGTGGAATTAAAGCTCATCTCAAACGAA  100

seq1  TGATCCTCCTGCCTCAGCCTCTCATGTGCAGATACAATTCCCTCAGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTCCTGCCTCAGCCTCTCATGTGCAGATACAATTCCCTCAGTGAA  150

seq1  CACAGGTTCTCACTCTGGTTCTCTATGTTTTCTTCCCAATAATTTGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTTCTCACTCTGGTTCTCTATGTTTTCTTCCCAATAATTTGTTTT  200

seq1  CTGGGTACTGCTGAGGTCGTTGCTCCCGTTATCTTCAGAGAACGTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTACTGCTGAGGTCGTTGCTCCCGTTATCTTCAGAGAACGTCCAGG  250

seq1  ACACAATGAAGTCTCTGTATTGTGTTTAATGTCCTTTTCCCCATTATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGAAGTCTCTGTATTGTGTTTAATGTCCTTTTCCCCATTATTCA  300

seq1  GTGGAGTAGTACTTGGAAGAAGTCAGTTCAATTGCAGGCCGATTCTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTAGTACTTGGAAGAAGTCAGTTCAATTGCAGGCCGATTCTGGAA  350

seq1  CTCCTTAGACCCTTGTGATGTGAGCCCTGTTTTTTTCTTTTGAAGAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTAGACCCTTGTGATGTGAGCCCTGTTTTTTTCTTTTGAAGAAACT  400

seq1  CATTGTTCCTGTGATCATTGCTGCAGAGAGAGAGAGAGGGAAAGTGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTCCTGTGATCATTGCTGCAGAGAGAGAGAGAGGGAAAGTGAGAG  450

seq1  AGAGAGAAAGTGAGAGAGAGTGGGGAAGCTTTCAGCCAGGATTTATTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAGTGAGAGAGAGTGGGGAAGCTTTCAGCCAGGATTTATTTAC  500

seq1  TCTTCTAAGTCTTACTTGTGATAATCAAACCCAATGTAAATCAGGATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAAGTCTTACTTGTGATAATCAAACCCAATGTAAATCAGGATGCT  550

seq1  GGCCATAAAGTATGGGCATGACACCAGAACAATAACAATAAACATTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAAAGTATGGGCATGACACCAGAACAATAACAATAAACATTGTAA  600

seq1  GTCACTAAGAAGCATCCGAGAGAAGGGCACATCTACCACAGATGCAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAAGAAGCATCCGAGAGAAGGGCACATCTACCACAGATGCAGACC  650

seq1  AAAGCAAGCGCATTTAGCTTGCTTGCTTACCTTCTAGCAGCAGTGTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGCGCATTTAGCTTGCTTGCTTACCTTCTAGCAGCAGTGTGTGC  700

seq1  CTGCATGTTCCTGTGTGTTTTCTGTTATGATTCCTTTTATACCCTGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGTTCCTGTGTGTTTTCTGTTATGATTCCTTTTATACCCTGTTCT  750

seq1  CTCTGACCCCGTGAAAGCTCATGATACATTTTGATAGTTACTCATTTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCCCGTGAAAGCTCATGATACATTTTGATAGTTACTCATTTGCT  800

seq1  AGAATAGCGTCCCAGAGTCTTTTCTGGATTCATGAAGATGACAACACACC  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGCGTCCCAGAGTCTTTTCTGGA-TCATGAAGATGACAACACACC  849

seq1  AACAAGGGAGAACAATGCTTTATTGTGCTTTGTCTCCTCCGTTAGGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  AACAAGGGAGAACAATGCTTTATTGTGCTTTGTCTCCTCCG-TAAGAAGC  898

seq1  CAATAGCAGGCACTTTGTTTGGGAATGAATAGATGAATGATAATGCGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAATAGCAGGCACTTTGTTTGGGAATGAATAGATG-ATGATAATGCGCTT  947

seq1  CTCAATAGGACACTGTTTCAAAATCTTTTTTATCTCTGGAACCAGAGTTT  1000
      ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTC-ATA-GACACTGTTTC-AAATCTTTTTTATCTCTGGAACCAGAGTTT  994

seq1  CATTTGTTTCCCCAAGTCAGC-TGGTTGATCAAGGGCAAGTGCCAGGGCA  1049
      || |||||  ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  ||| 
seq2  CA-TTGTT--CCCAAGTCAGCTTGGTTGATC-AGGGCAGGTGCC-TGGCC  1039

seq1  AAAGCCAGGCTTGTCCAACAATAGAGTATAGAAGTGCCTTGAGAACTCAG  1099
      |||||||||| ||| ||||||| |||  ||| |||| |||||||||||||
seq2  AAAGCCAGGC-TGT-CAACAAT-GAGGTTAG-AGTGGCTTGAGAACTCAG  1085

seq1  GAGGATTCCAGCTGCTGTAGAATACCACAGACAGGTGA  1137
      || |||||  |||||||||| ||| | |||||||||||
seq2  GA-GATTCAGGCTGCTGTAG-ATATCCCAGACAGGTGA  1121

seq1: chr11_111511739_111512897
seq2: B6Ng01-148P05.g_70_1218 (reverse)

seq1  TTAGGTTCTCCATAACTTATAG-CTTCTCTAAATATTAGTGTGTGCGAAT  49
      |||||||| || || ||||||| || |||| |||||||| ||||   |||
seq2  TTAGGTTC-CCCTAGCTTATAGCCTCCTCT-AATATTAG-GTGTTGCAAT  47

seq1  GTGGA-TATGTATGAGTTGTGCAGTATGTGTGTATGTGTGTATGAGTGTA  98
       |||| ||||||||||||| |||||||||  ||||| || |||||| |||
seq2  -TGGATTATGTATGAGTTG-GCAGTATGTTGGTATGCGT-TATGAG-GTA  93

seq1  TG-CATGTGATGTATTTGTGTGTGCACA-CATGTGTGTCTTGTGTGGTAT  146
      || |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||
seq2  TGCCATG-GATGTATTTGTGTGTGCACACCATGT-TGTTCTGTGTGGTAT  141

seq1  GTGGTACATATGTGTGTACATGAGTGTGTGCAAGTGCATGTGTACATATG  196
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GT-GTACATATGTGTGTACATGAGTGTGTGC-AGTGCATGTGTACATATG  189

seq1  AATGTATATGTGTTGTGTTGTATATGTGTATGTGTATATAGTGTGTGTGT  246
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATGTG-TGTG-TGTATATGTGTATGTGTATATAGTGTGTGTGT  237

seq1  ATAGCTATCAGCAAAAATCAGAAGAAGGTGTTGGAGAACCCATAAGCTGA  296
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTATCAGC-AAAATCAGAAGAAGGTGTTGGAGAACCCATAAGCTGA  286

seq1  AGTTGCACACAGCTGTGGAGTTGGGACGCATGCAAGGGGGATGCTGAGGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCACACAGCTGTGGAGTTGGGACGCATGCAAGGGGGATGCTGAGGT  336

seq1  CTGCACGCAGATCTTCTACAAGAGCAGCAAGTGTGCCTAACCACTGAGCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACGCAGATCTTCTACAAGAGCAGCAAGTGTGCCTAACCACTGAGCC  386

seq1  ACATCACTAGTCCCAAGTCAATAATTCAGTAACTTCCACTCAGTTTGCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTAGTCCCAAGTCAATAATTCAGTAACTTCCACTCAGTTTGCTG  436

seq1  TTCAATTGAATTAAAAATTCATAACAGATAATACAAGTTTTGGGAAAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTGAATTAAAAATTCATAACAGATAATACAAGTTTTGGGAAAAAC  486

seq1  AAAAATTGTCATAGAGACAGGAAACTAAAGAATTGCTGCTGAATCAATGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGTCATAGAGACAGGAAACTAAAGAATTGCTGCTGAATCAATGG  536

seq1  GTCCAAGAAGACAATCTCTAGGATGTTAGGATCCTGGACACAGAAACCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGAAGACAATCTCTAGGATGTTAGGATCCTGGACACAGAAACCCA  586

seq1  GTAAACCCCAGTGGATGCTGACAAAGTGTCAGGAAATCAACAAACCCTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCCCAGTGGATGCTGACAAAGTGTCAGGAAATCAACAAACCCTGC  636

seq1  TGACAAAGACGTTCTAAGTATGAAGCATGCGTGTACAGTGGCTAAATGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGACGTTCTAAGTATGAAGCATGCGTGTACAGTGGCTAAATGTG  686

seq1  ATTCAGAATCATGTGAAGTTTTATTTGTTATGGTTGTTGTTGCTGTTGCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAATCATGTGAAGTTTTATTTGTTATGGTTGTTGTTGCTGTTGCC  736

seq1  GTTGATTTGATGTGCTCTGTGTTTGAGATAGGGTCTTACTTCATAGCTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTTGATGTGCTCTGTGTTTGAGATAGGGTCTTACTTCATAGCTCC  786

seq1  GGCTGTCCTAGAACTCACTAAATAGACAAGGCTGGCCTCAAACCTCACAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTAGAACTCACTAAATAGACAAGGCTGGCCTCAAACCTCACAA  836

seq1  GGGACTGCCTGCATCTGCCCCACTGAGCGTTAGGATTTGAGCTATGCTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGCCTGCATCTGCCCCACTGAGCGTTAGGATTTGAGCTATGCTTC  886

seq1  ACAGGACAGCATGATGCTAAGATTTCTGTGATATAAGGAGTGTTTTGTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACAGCATGATGCTAAGATTTCTGTGATATAAGGAGTGTTTTGTGG  936

seq1  GGTTAGATATACAGTTCTGTAGCTAAGAGAACTCACTGTTCTTGCTCAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGATATACAGTTCTGTAGCTAAGAGAACTCACTGTTCTTGCTCAGT  986

seq1  GTCTTTTTCATTTCTTGTGCTTTCCCTCCTAAATGTTATGTTCCCTTCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTCATTTCTTGTGCTTTCCCTCCTAAATGTTATGTTCCCTTCTT  1036

seq1  ATCAAAAGGACCAAGAGGAATATTTTATTAAATCCAATAGCTTCAGGAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGGACCAAGAGGAATATTTTATTAAATCCAATAGCTTCAGGAAA  1086

seq1  GCTAACAGATCACTGAGGTGTCTTCTAGGTAAGACCCAGTGCATACCATC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAGATCACTGAGGTGTCTTCTAGGTAAGACCCAGTGCATACCATC  1136

seq1  AGAGAATGAATTC  1159
      |||||||||||||
seq2  AGAGAATGAATTC  1149