BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155N17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 41,890,986 - 42,026,797
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabra1
Upstream geneLOC100039256, LOC100039285, Hspd1, LOC100039292, Gabrg2
Downstream geneGabra6, Gabrb2, Atp10b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155N17.bB6Ng01-155N17.g
ACCDH950519DH950520
length1,114616
definitionDH950519|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155N17, 5' end.DH950520|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,025,682 - 42,026,797)(41,890,986 - 41,891,601)
sequence
gaattcagtggccattttaagtgaagtaggaagtacctgaggaatttaaa
tggaaaaaatagcattatttgatctgggtttttgaaaggtatgaagtaga
aatggcaaatatatgcactatgattatacacatgcatatgtaacccttag
gtcctatacattgactttgaaaagatatgtagaatggaaatgggaaatga
acactttgcacatgtctgggacatgcagtaacatgttaaatgtctgttaa
tattctcttctgttactatccagttgcaggctttatgaagtagcaagaat
gaccccagagaataaagaaccttgcctagaggtagcaattgtgatgtgag
tgaaattctaaactagatatattttcatgttgaaagcagtcagtgcatga
tgccaatcataattccctttaagatacagcttatcctgtataccctatag
ctattaattatgcttttaatttttctatgacctcgtgaattccccatggg
taattcttgagctttctgtttcattttattttatagtatagaattcaggt
ccttgaaggagctttatcagcaagcctcacttttacattaccctctggtt
gtcctttcttacttgttcatacataaatatacacacatacaaacaaatgc
tcacatggcacatggggctgatgcaattgctaagtattcattacatagtc
atcatattatattaatttcctcatagtcttagaacttttgagatattact
attttttaattagtatgaagaacttcagttttagtagtctttatcttcct
gccaaagacatttttatacttttgtaaatgggttttgtctttaattcata
aatatatatatacatatattcatatatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtg
tgtaattcatacatacgcatttatttattgaactgtatgtgttagtttct
tattttgtccagattgtatttcatagattgttttcttttttttatagata
gaagctttgtatcagatacattatctctctacaaattaattctagaataa
attggcttttcaactagcggtcatcatgtagagagaggcctttgtcctat
agaagcttctatgt
gaattcagatactttcaaacttaagatgagatacccgtgcagttacagat
ctaagaagctgaagtcctggcctcagtaactttaaacttttaattgagtt
cctgaggttcaatatagagatactaatatgtggtttatgacttaatgctg
tgtttgggtccttgaaaacaagggtgatggccctcatttgtgttccctta
acccccatgtgttgaccctgtcatagcccttaccagcagtctgcatttca
attgattttctgtttgcctgtctgtccttttgcctcagccaggaatattt
tatgtgctatttcagccccctggcatctaccacagctcctgacacagctt
tttctgtatacgttttgggtaaatgcaacgtcaatttttaaagtgaaaaa
gaaaaacctagatcctaggtttacataaaaaaatgtctatggaaaaattt
tcttagattagtgtgtagataagtgatgatagatggatggatggacggat
gaatggatagatgacagatagaaagatggataaaataaataagtgaataa
ataaatgagtatggtttgtcctcctgaacacaaattcctataattttatg
tcaaatttcaaaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_42025682_42026797
seq2: B6Ng01-155N17.b_48_1160 (reverse)

seq1  CATAGAGCCTTC-ATAGGACCAAGGGCCTCTC-CTACCATTGATGACCGA  48
      ||||||  |||| |||||| ||| |||||||| ||||   ||||||||| 
seq2  CATAGAAGCTTCTATAGGA-CAAAGGCCTCTCTCTAC--ATGATGACCG-  46

seq1  CTAGTTGAAAGGCAAAATTTAATCTAGAATATATTTGTAGAGAGGATAAT  98
      |||||||||| ||  |||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||
seq2  CTAGTTGAAAAGC-CAATTTATTCTAGAATTAATTTGTAGAGA-GATAAT  94

seq1  GTATCTTGATACAAAGCTTCTATCTATAAAAAAAAGAAAAC-ATCTATGA  147
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTATC-TGATACAAAGCTTCTATCTATAAAAAAAAGAAAACAATCTATGA  143

seq1  AATACACTCTGGAC-AAATAAGAAACTAACACATACAGTTCAATAAATAA  196
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAATCTGGACAAAATAAGAAACTAACACATACAGTTCAATAAATAA  193

seq1  ATGCGTATGTATGAATTACACACACACACATACACACACACACATATATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTATGTATGAATTACACACACACACATACACACACACACATATATG  243

seq1  AATATATGTATATATATATTTATGAATTAAAGACAAAACCCATTTACAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGTATATATATATTTATGAATTAAAGACAAAACCCATTTACAAA  293

seq1  AGTATAAAAATGTCTTTGGCAGGAAGATAAAGACTACTAAAACTGAAGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAAAATGTCTTTGGCAGGAAGATAAAGACTACTAAAACTGAAGTT  343

seq1  CTTCATACTAATTAAAAAATAGTAATATCTCAAAAGTTCTAAGACTATGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATACTAATTAAAAAATAGTAATATCTCAAAAGTTCTAAGACTATGA  393

seq1  GGAAATTAATATAATATGATGACTATGTAATGAATACTTAGCAATTGCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTAATATAATATGATGACTATGTAATGAATACTTAGCAATTGCAT  443

seq1  CAGCCCCATGTGCCATGTGAGCATTTGTTTGTATGTGTGTATATTTATGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCATGTGCCATGTGAGCATTTGTTTGTATGTGTGTATATTTATGT  493

seq1  ATGAACAAGTAAGAAAGGACAACCAGAGGGTAATGTAAAAGTGAGGCTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGTAAGAAAGGACAACCAGAGGGTAATGTAAAAGTGAGGCTTG  543

seq1  CTGATAAAGCTCCTTCAAGGACCTGAATTCTATACTATAAAATAAAATGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAGCTCCTTCAAGGACCTGAATTCTATACTATAAAATAAAATGA  593

seq1  AACAGAAAGCTCAAGAATTACCCATGGGGAATTCACGAGGTCATAGAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGCTCAAGAATTACCCATGGGGAATTCACGAGGTCATAGAAAA  643

seq1  ATTAAAAGCATAATTAATAGCTATAGGGTATACAGGATAAGCTGTATCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGCATAATTAATAGCTATAGGGTATACAGGATAAGCTGTATCTT  693

seq1  AAAGGGAATTATGATTGGCATCATGCACTGACTGCTTTCAACATGAAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAATTATGATTGGCATCATGCACTGACTGCTTTCAACATGAAAAT  743

seq1  ATATCTAGTTTAGAATTTCACTCACATCACAATTGCTACCTCTAGGCAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAGTTTAGAATTTCACTCACATCACAATTGCTACCTCTAGGCAAG  793

seq1  GTTCTTTATTCTCTGGGGTCATTCTTGCTACTTCATAAAGCCTGCAACTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTATTCTCTGGGGTCATTCTTGCTACTTCATAAAGCCTGCAACTG  843

seq1  GATAGTAACAGAAGAGAATATTAACAGACATTTAACATGTTACTGCATGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTAACAGAAGAGAATATTAACAGACATTTAACATGTTACTGCATGT  893

seq1  CCCAGACATGTGCAAAGTGTTCATTTCCCATTTCCATTCTACATATCTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACATGTGCAAAGTGTTCATTTCCCATTTCCATTCTACATATCTTT  943

seq1  TCAAAGTCAATGTATAGGACCTAAGGGTTACATATGCATGTGTATAATCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTCAATGTATAGGACCTAAGGGTTACATATGCATGTGTATAATCA  993

seq1  TAGTGCATATATTTGCCATTTCTACTTCATACCTTTCAAAAACCCAGATC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCATATATTTGCCATTTCTACTTCATACCTTTCAAAAACCCAGATC  1043

seq1  AAATAATGCTATTTTTTCCATTTAAATTCCTCAGGTACTTCCTACTTCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGCTATTTTTTCCATTTAAATTCCTCAGGTACTTCCTACTTCAC  1093

seq1  TTAAAATGGCCACTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGCCACTGAATTC  1113

seq1: chr11_41890986_41891601
seq2: B6Ng01-155N17.g_68_683

seq1  GAATTCAGATACTTTCAAACTTAAGATGAGATACCCGTGCAGTTACAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATACTTTCAAACTTAAGATGAGATACCCGTGCAGTTACAGAT  50

seq1  CTAAGAAGCTGAAGTCCTGGCCTCAGTAACTTTAAACTTTTAATTGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGCTGAAGTCCTGGCCTCAGTAACTTTAAACTTTTAATTGAGTT  100

seq1  CCTGAGGTTCAATATAGAGATACTAATATGTGGTTTATGACTTAATGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGTTCAATATAGAGATACTAATATGTGGTTTATGACTTAATGCTG  150

seq1  TGTTTGGGTCCTTGAAAACAAGGGTGATGGCCCTCATTTGTGTTCCCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGTCCTTGAAAACAAGGGTGATGGCCCTCATTTGTGTTCCCTTA  200

seq1  ACCCCCATGTGTTGACCCTGTCATAGCCCTTACCAGCAGTCTGCATTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCATGTGTTGACCCTGTCATAGCCCTTACCAGCAGTCTGCATTTCA  250

seq1  ATTGATTTTCTGTTTGCCTGTCTGTCCTTTTGCCTCAGCCAGGAATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTTCTGTTTGCCTGTCTGTCCTTTTGCCTCAGCCAGGAATATTT  300

seq1  TATGTGCTATTTCAGCCCCCTGGCATCTACCACAGCTCCTGACACAGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTATTTCAGCCCCCTGGCATCTACCACAGCTCCTGACACAGCTT  350

seq1  TTTCTGTATACGTTTTGGGTAAATGCAACGTCAATTTTTAAAGTGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTATACGTTTTGGGTAAATGCAACGTCAATTTTTAAAGTGAAAAA  400

seq1  GAAAAACCTAGATCCTAGGTTTACATAAAAAAATGTCTATGGAAAAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACCTAGATCCTAGGTTTACATAAAAAAATGTCTATGGAAAAATTT  450

seq1  TCTTAGATTAGTGTGTAGATAAGTGATGATAGATGGATGGATGGACGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATTAGTGTGTAGATAAGTGATGATAGATGGATGGATGGACGGAT  500

seq1  GAATGGATAGATGACAGATAGAAAGATGGATAAAATAAATAAGTGAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATAGATGACAGATAGAAAGATGGATAAAATAAATAAGTGAATAA  550

seq1  ATAAATGAGTATGGTTTGTCCTCCTGAACACAAATTCCTATAATTTTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAGTATGGTTTGTCCTCCTGAACACAAATTCCTATAATTTTATG  600

seq1  TCAAATTTCAAAATAA  616
      ||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTCAAAATAA  616