BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162H12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,879,023 - 10,005,176
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePkd1l1, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469, Abca13, LOC665435
Downstream geneLOC382483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162H12.bB6Ng01-162H12.g
ACCDH955300DH955301
length8011,169
definitionDH955300|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H12, 5' end.DH955301|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,879,023 - 9,879,822)(10,004,001 - 10,005,176)
sequence
gaattctgcttctctatggatgttctgtactccgctgggttttcccagtg
cttagcagagaacatgagatacttgcaatgtttcctataacaaaagtatc
tgcacttgtattttctcacataataaatagatcagcatgaagactaatga
ccaagtcacattcaaagttcaggtcacctgcttctccacttgtgggttct
ttactgaggcactcaaagcctgcctcctctgaattaactttctggaatta
tctacaagctacatgtgacttattattctgagtgtctttatgtactctaa
ctgttgtgcccttgctcttctctactctggaatgtttttttgttcctctc
agggcccccagaagatgctcagttccaggtatagtgtagaaactaaaaag
gggcaggggaaagagagggaatagaggatagcccacatctggccaaagtt
cctcctatgctctgagcaggcagacagatgcaggagggctgccagatgct
ttccacttggctccgggtgggcatctaagccactaaccccactcaatggc
gggtggacaaggggaagtccctaactgtagccccagggttatgggagaga
gggcttaagggagagaggttcccatgcaggtgagagtccttagtctgggc
ctgactggagcacaggaggccttccattgggatattagaaatggctcctt
aggagaaagcctatcccatcatggggggggggcttgatgaacagagacag
tctatgggttttagagctttatgagagagagagagagagagagagagaga
g
gaattccctatcataaacctgggcagtatagcttatgacccatgcaggcc
atgtggcatagttagcagtagactataaacatacatagcatacaactgta
ctgaatactgtgtttcactttaaacgcaaagataattgcatatataagtg
tttctaaacacagacaaggcatactacagcagaaaactagcttttaatgc
tatacctgtaaagggagctagtgatgaatggaggtcaaaatgaagctgtt
gtgtgtggtgaatatgaaggcccagcatgttactgtgaataacactagac
ttggagacttccttatattgcattaagtttttaaatttttatttttcttt
agcaataaattaaacttagcttacttaaattttattttataaatttaatt
tttaaaacttcttaactaacctgtaagatataaaattcttcattttttta
taatttattctaaacctttttctcttgttcaatctcttaatttttttttc
ctttgtttcaaacttttggtcaagacatcgatattgtcttctgactctct
atctcctccttctggaaggagttctccagtagcagtgtgcatgaagctac
ctcctgagattacaggacctcccactgggaactctgaggatctaccacaa
cctatagttaactgtttctgatgttcataagcagaggtgtactctgtagc
agtacttaagagtttattatcgtgtattgactacttttcttgttgttgtg
acacaagtacctgagacaagtaccttaaagaagtaaggacttattttgtc
tctcagtttgaggatgcagtgcatcatgaagaggaatgtggggagaacaa
gaagcagcaagcctcaatgcatccatggtgaggaagcacagacagaggaa
taatgacatcttgtcaaattattctttgttattctgtcaaggagcccaac
ctagtatgatgtctcccttagggtgatcttcatttcaatcaatctaatct
agatactcccaaaggcataacagagcttagtagaacatcattaataccat
tacatatagttaattacgagaaagtagcattgtttgtcactcctatttgg
aataacataactctcgtatcttatattgctgacaggcgatgagccttgta
caagaaccatctcgaggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_9879023_9879822
seq2: B6Ng01-162H12.b_46_846

seq1  GAATTCTGCTTCTCTATGGATGTTCTGTACTCCGCTGGGTTTTCCCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTCTCTATGGATGTTCTGTACTCCGCTGGGTTTTCCCAGTG  50

seq1  CTTAGCAGAGAACATGAGATACTTGCAATGTTTCCTATAACAAAAGTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCAGAGAACATGAGATACTTGCAATGTTTCCTATAACAAAAGTATC  100

seq1  TGCACTTGTATTTTCTCACATAATAAATAGATCAGCATGAAGACTAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTGTATTTTCTCACATAATAAATAGATCAGCATGAAGACTAATGA  150

seq1  CCAAGTCACATTCAAAGTTCAGGTCACCTGCTTCTCCACTTGTGGGTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCACATTCAAAGTTCAGGTCACCTGCTTCTCCACTTGTGGGTTCT  200

seq1  TTACTGAGGCACTCAAAGCCTGCCTCCTCTGAATTAACTTTCTGGAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGGCACTCAAAGCCTGCCTCCTCTGAATTAACTTTCTGGAATTA  250

seq1  TCTACAAGCTACATGTGACTTATTATTCTGAGTGTCTTTATGTACTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAGCTACATGTGACTTATTATTCTGAGTGTCTTTATGTACTCTAA  300

seq1  CTGTTGTGCCCTTGCTCTTCTCTACTCTGGAATGTTTTTTTGTTCCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTGCCCTTGCTCTTCTCTACTCTGGAATGTTTTTTTGTTCCTCTC  350

seq1  AGGGCCCCCAGAAGATGCTCAGTTCCAGGTATAGTGTAGAAACTAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCCCCAGAAGATGCTCAGTTCCAGGTATAGTGTAGAAACTAAAAAG  400

seq1  GGGCAGGGGAAAGAGAGGGAATAGAGGATAGCCCACATCTGGCCAAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGGAAAGAGAGGGAATAGAGGATAGCCCACATCTGGCCAAAGTT  450

seq1  CCTCCTATGCTCTGAGCAGGCAGACAGATGCAGGAGGGCTGCCAGATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTATGCTCTGAGCAGGCAGACAGATGCAGGAGGGCTGCCAGATGCT  500

seq1  TTCCACTTGGCTCCGGGTGGGCATCTAAGCCACTAACCCCACTCAATGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTGGCTCCGGGTGGGCATCTAAGCCACTAACCCCACTCAATGGC  550

seq1  GGGTGGACAAGGGGAAGTCCCTAACTGTAGCCCCAGGGTTATGGGAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGACAAGGGGAAGTCCCTAACTGTAGCCCCAGGGTTATGGGAGAGA  600

seq1  GGGCTTAAGGGAGAGAGGTTCCCATGCAGGTGAGAGTCCTTAGTCTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTAAGGGAGAGAGGTTCCCATGCAGGTGAGAGTCCTTAGTCTGGGC  650

seq1  CTGACTGGAGCACAGGAGGCCTTCCATTGGGATATTAGAAATGGCTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGGAGCACAGGAGGCCTTCCATTGGGATATTAGAAATGGCTCCTT  700

seq1  AGGAGAAAGCCTATCCCATCATGGGGGGGGGGCTTGATGAACAGAGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAGCCTATCCCATCATGGGGGGGGGGCTTGATGAACAGAGACAG  750

seq1  TCTAT-GGTTTTAGAGCTTTATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  799
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGGTTTTAGAGCTTTATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  800

seq1  G  800
      |
seq2  G  801

seq1: chr11_10004001_10005176
seq2: B6Ng01-162H12.g_66_1234 (reverse)

seq1  AGCCTC-TGATGGTTCTTGTACAAGCACTACTGCACTGTCAGCCATATAA  49
      ||||||  |||||||||||||||||  ||  |   |||||||| ||||||
seq2  AGCCTCGAGATGGTTCTTGTACAAG-GCTCATCGCCTGTCAGCAATATAA  49

seq1  GATAC-AGAGTATGGTTATTTCAAAATAGGAGTGAACAACCAATGCTACT  98
      ||||| |||||   |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  GATACGAGAGTTATGTTA-TTCCAAATAGGAGTG-ACAAACAATGCTACT  97

seq1  GTCTTCTGTATTTACTATATGTAATGGTTATTAATGATTGTCTACTAAGC  148
       || ||   ||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  TTC-TCGTAATTAACTATATGTAATGG-TATTAATGATGTTCTACTAAGC  145

seq1  TCTGTTAATGCCTTTGGGGAGTATCTAGATTAGATTGATTGAGATGGAAG  198
      |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  TCTGTT-ATGCCTTT-GGGAGTATCTAGATTAGATTGATTGAAAT-GAAG  192

seq1  ATCACCCTAAGGGAGACATCATAACTAGGTTGGGCTCCTTGACAGAATAA  248
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTAAGGGAGACATCAT-ACTAGGTTGGGCTCCTTGACAGAATAA  241

seq1  CAAAGAATAATTTGACAAGATGTCATTATTCCTCTGTCTGTGCTTCCTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAATAATTTGACAAGATGTCATTATTCCTCTGTCTGTGCTTCCTCA  291

seq1  CCATGGATGCATTGAGGCTTGCTGCTTCTTGTTCTCCCCACATTCCTCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGATGCATTGAGGCTTGCTGCTTCTTGTTCTCCCCACATTCCTCTT  341

seq1  CATGATGCACTGCATCCTCAAACTGAGAGACAAAATAAGTCCTTACTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCACTGCATCCTCAAACTGAGAGACAAAATAAGTCCTTACTTCT  391

seq1  TTAAGGTACTTGTCTCAGGTACTTGTGTCACAACAACAAGAAAAGTAGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTACTTGTCTCAGGTACTTGTGTCACAACAACAAGAAAAGTAGTC  441

seq1  AATACACGATAATAAACTCTTAAGTACTGCTACAGAGTACACCTCTGCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACGATAATAAACTCTTAAGTACTGCTACAGAGTACACCTCTGCTT  491

seq1  ATGAACATCAGAAACAGTTAACTATAGGTTGTGGTAGATCCTCAGAGTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATCAGAAACAGTTAACTATAGGTTGTGGTAGATCCTCAGAGTTC  541

seq1  CCAGTGGGAGGTCCTGTAATCTCAGGAGGTAGCTTCATGCACACTGCTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGGAGGTCCTGTAATCTCAGGAGGTAGCTTCATGCACACTGCTAC  591

seq1  TGGAGAACTCCTTCCAGAAGGAGGAGATAGAGAGTCAGAAGACAATATCG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAACTCCTTCCAGAAGGAGGAGATAGAGAGTCAGAAGACAATATCG  641

seq1  ATGTCTTGACCAAAAGTTTGAAACAAAGGAAAAAAAAATTAAGAGATTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGACCAAAAGTTTGAAACAAAGGAAAAAAAAATTAAGAGATTGA  691

seq1  ACAAGAGAAAAAGGTTTAGAATAAATTATAAAAAAATGAAGAATTTTATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAAAAAGGTTTAGAATAAATTATAAAAAAATGAAGAATTTTATA  741

seq1  TCTTACAGGTTAGTTAAGAAGTTTTAAAAATTAAATTTATAAAATAAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAGGTTAGTTAAGAAGTTTTAAAAATTAAATTTATAAAATAAAAT  791

seq1  TTAAGTAAGCTAAGTTTAATTTATTGCTAAAGAAAAATAAAAATTTAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAAGCTAAGTTTAATTTATTGCTAAAGAAAAATAAAAATTTAAAA  841

seq1  ACTTAATGCAATATAAGGAAGTCTCCAAGTCTAGTGTTATTCACAGTAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATGCAATATAAGGAAGTCTCCAAGTCTAGTGTTATTCACAGTAAC  891

seq1  ATGCTGGGCCTTCATATTCACCACACACAACAGCTTCATTTTGACCTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGGCCTTCATATTCACCACACACAACAGCTTCATTTTGACCTCCA  941

seq1  TTCATCACTAGCTCCCTTTACAGGTATAGCATTAAAAGCTAGTTTTCTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCACTAGCTCCCTTTACAGGTATAGCATTAAAAGCTAGTTTTCTGC  991

seq1  TGTAGTATGCCTTGTCTGTGTTTAGAAACACTTATATATGCAATTATCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATGCCTTGTCTGTGTTTAGAAACACTTATATATGCAATTATCTT  1041

seq1  TGCGTTTAAAGTGAAACACAGTATTCAGTACAGTTGTATGCTATGTATGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTTAAAGTGAAACACAGTATTCAGTACAGTTGTATGCTATGTATGT  1091

seq1  TTATAGTCTACTGCTAACTATGCCACATGGCCTGCATGGGTCATAAGCTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTCTACTGCTAACTATGCCACATGGCCTGCATGGGTCATAAGCTA  1141

seq1  TACTGCCCAGGTTTATGATAGGGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCCAGGTTTATGATAGGGAATTC  1169