BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165H06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 39,583,793 - 39,689,458
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039241, LOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165H06.bB6Ng01-165H06.g
ACCDH957507DH957508
length1,127871
definitionDH957507|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165H06, 5' end.DH957508|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,583,793 - 39,584,921)(39,688,591 - 39,689,458)
sequence
gaattcttacaaacagtcattccattttctctctttcagaagtgaaagta
ataataaaatggaaagttaatattgaaaagtgttttgagaagttgaagat
gaagtgaatagatgtgacataggaactcacctttgatactaaaaccctgt
taattcattgattgtatttacttaatttttcacactgcattgatattatt
tattcatgttattctatattcagaaactaatattaactagcttggtaagt
tctcagctacacccatagcatatcctctgcctcacctctcttctctctct
ttctctctctctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtttcctgtgcacagttacttgaaatgtgatggttacaggttctcatgat
tacatttcttaaaaaaaaaaaaaaaaagactaaaaaggcagcccagacaa
atatccaacttagctttacctgatttattttcaacaaatcctaaatcttt
tcctggaagtaaatatgcaaaccatatgctgaccaatggaaatgtgcaca
ctgtagcttgataaggagatgtggttgacaggaatcatgaatcttatttt
agtgattaggtgtctgagagagatgcacacaagagatgaagtggattgcc
taaggtcaaaagctactgctgtctctgagtaaagtttcataactcttcct
tttgttcctacaatcacttaatccattttgaggttagaagctgtggtgta
agattctttatgtcctctcatacatcccgaggcagtataaaattctgaca
agtaaagggactgttcgaagtgatagctttcttttttggacaggaaacta
gaagaagtactgtttagtccatttcacaatcatacaggcaggaactacaa
caaatgcagtccaatgtctagggttttttttttatgtaactatgtaaaaa
tctcatgccctcagtaattcatatgacagggcatcatcatagtttgtatg
ctctattagggattccccgcacaaggtaaaatttcattcagaatctacta
cttaagagcaactttctatgtagctttgctggggcgtatatcttttgagg
gggaactggcagctgaatagatgtttt
gaattcacttttattaaacaaataagtatccagaacaacttaacttcatt
aacataaacctatgattgaaaagttaaaaaacccaaacagaccttaaaaa
tataaactaagagactggatcaccctttccctccttgatcatgttgggaa
acattccacatactgaaaacaatagagttagtttgccactcttagacata
caaatagttatccaagaagacaatagtacaaagataccttagttggttca
tttcatgtggagcagagagggacactaatgcttgactttctttttgacaa
actattcaaactattctctttgacagcaatcatcaaattattgtcatttt
ttggactagtctgccaatgcagttcttcactttagaaatgaaagtccaca
ctcacttctgtacacggattagaagaaatcaatatggtagtggaactatt
actgattctagggcaacaaaacatcaaaaatatacctaaacttaagggaa
tccttgtcatgacacctgaactctaaaagtaataaattacttggaacatt
ctgagaacattttaaggagatgatgctaatgcaagctcatgaaataatgt
ataaaccaaccatgaatatttacctgtcattattttcaaattcaaatgta
accccagagctcccaggaactaaccaccaaccaaagaatatacatggagg
gacccatggctccagctacatatgtagcagagggtggcctttgttggaca
tcaatggaaggagagggcctttggtcctgtgaaggctcgatgccccagca
taggagaactccagaacaaggaaagcaggagtgggtgggttggtgagcag
ggggagcagggatgggattgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_39583793_39584921
seq2: B6Ng01-165H06.b_45_1171

seq1  GAATTCTTACAAACAGTCATTCCATTTTCTCTCTTTCAGAAGTGAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAAACAGTCATTCCATTTTCTCTCTTTCAGAAGTGAAAGTA  50

seq1  ATAATAAAATGGAAAGTTAATATTGAAAAGTGTTTTGAGAAGTTGAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAATGGAAAGTTAATATTGAAAAGTGTTTTGAGAAGTTGAAGAT  100

seq1  GAAGTGAATAGATGTGACATAGGAACTCACCTTTGATACTAAAACCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAATAGATGTGACATAGGAACTCACCTTTGATACTAAAACCCTGT  150

seq1  TAATTCATTGATTGTATTTACTTAATTTTTCACACTGCATTGATATTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATTGATTGTATTTACTTAATTTTTCACACTGCATTGATATTATT  200

seq1  TATTCATGTTATTCTATATTCAGAAACTAATATTAACTAGCTTGGTAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGTTATTCTATATTCAGAAACTAATATTAACTAGCTTGGTAAGT  250

seq1  TCTCAGCTACACCCATAGCATATCCTCTGCCTCACCTCTCTTCTCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTACACCCATAGCATATCCTCTGCCTCACCTCTCTTCTCTCTCT  300

seq1  TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  350

seq1  GTTTCCTGTGCACAGTTACTTGAAATGTGATGGTTACAGGTTCTCATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTGTGCACAGTTACTTGAAATGTGATGGTTACAGGTTCTCATGAT  400

seq1  TACATTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGACTAAAAAGGCAGCCCAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGACTAAAAAGGCAGCCCAGACAA  450

seq1  ATATCCAACTTAGCTTTACCTGATTTATTTTCAACAAATCCTAAATCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAACTTAGCTTTACCTGATTTATTTTCAACAAATCCTAAATCTTT  500

seq1  TCCTGGAAGTAAATATGCAAACCATATGCTGACCAATGGAAATGTGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAAGTAAATATGCAAACCATATGCTGACCAATGGAAATGTGCACA  550

seq1  CTGTAGCTTGATAAGGAGATGTGGTTGACAGGAATCATGAATCTTATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCTTGATAAGGAGATGTGGTTGACAGGAATCATGAATCTTATTTT  600

seq1  AGTGATTAGGTGTCTGAGAGAGATGCACACAAGAGATGAAGTGGATTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTAGGTGTCTGAGAGAGATGCACACAAGAGATGAAGTGGATTGCC  650

seq1  TAAGGTCAAAAGCTACTGCTGTCTCTGAGTAAAGTTTCATAACTCTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCAAAAGCTACTGCTGTCTCTGAGTAAAGTTTCATAACTCTTCCT  700

seq1  TTTGTTCCTACAATCACTTAATCCATTTTGAGGTTAGAAGCTGTGGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCTACAATCACTTAATCCATTTTGAGGTTAGAAGCTGTGGTGTA  750

seq1  AGATTCTTTATGTCCTCTCATACATCCCGAGGCAGTATAAAATTCTGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTTTATGTCCTCTCATACATCCCGAGGCAGTATAAAATTCTGACA  800

seq1  AGTAAAGGGACTGTTCGAAGTGATAGCTTTCTTTTTTGGACAGGAAACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGGGACTGTTCGAAGTGATAGCTTTCTTTTTTGGACAGGAAACTA  850

seq1  GAAGAAGTACTGTTTAGTCCATTTCACAATCATACAGGCAGGAACTACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTACTGTTTAGTCCATTTCACAATCATACAGGCAGGAACTACAA  900

seq1  CAAATGCAGTCCAATGTCTAGGGTTTTTTTTTTTATGTAACTATGTAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAGTCCAATGTCTAGGG-TTTTTTTTTTATGTAACTATGTAAAA  949

seq1  ATCTCATGCCCTCAGGTAATTCATATGACAGGGCATCATCATAGTTTGTA  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGCCCTCA-GTAATTCATATGACAGGGCATCATCATAGTTTGTA  998

seq1  TGCTCTATTAGGGGATTCCCCGCACAAGTTAATATCTCAATCAGAATCTA  1050
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| 
seq2  TGCTCTATTA-GGGATTCCCCGCACAAGGTAAAATTTCATTCAGAATCT-  1046

seq1  ACTACTT-AGAGCAAACCTTCTATGTAGCTTTGCTGTGCCGTTATTCCTT  1099
      ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| | || |||  |||
seq2  ACTACTTAAGAGC-AACTTTCTATGTAGCTTTGCTGGGGCG-TATATCTT  1094

seq1  TTGA-GGTGAACT-GCAGCTG-ATAGATGTTTT  1129
      |||| || ||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TTGAGGGGGAACTGGCAGCTGAATAGATGTTTT  1127

seq1: chr11_39688591_39689458
seq2: B6Ng01-165H06.g_68_938 (reverse)

seq1  CCAATCCCATCCCTGCTCCCCCTGCTCACCAACCCACCCACTCCTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCCCATCCCTGCTCCCCCTGCTCACCAACCCACCCACTCCTGCTTT  50

seq1  CC-TGTTCTGGAGTTCTCCTATGCTGGGGCATCGAGCCTTCACAGGACC-  98
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTTGTTCTGGAGTTCTCCTATGCTGGGGCATCGAGCCTTCACAGGACCA  100

seq1  AAGGCCCTCTCCTTCCATTGATGTCCAAC-AAGGCCACCCTCTGCTACAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCTCTCCTTCCATTGATGTCCAACAAAGGCCACCCTCTGCTACAT  150

seq1  ATGTAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTATATTCTTTGGTTGGTGGTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTATATTCTTTGGTTGGTGGTT  200

seq1  AGTTCCTGGGAGCTCTGGGGTTACATTTGAATTTGAAAATAATGACAGGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGGGAGCTCTGGGGTTACATTTGAATTTGAAAATAATGACAGGT  250

seq1  AAATATTCATGGTTGGTTTATACATTATTTCATGAGCTTGCATTAGCATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCATGGTTGGTTTATACATTATTTCATGAGCTTGCATTAGCATC  300

seq1  ATCTCCTTAAAATGTTCTCAGAATGTTCCAAGTAATTTATTACTTTTAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTAAAATGTTCTCAGAATGTTCCAAGTAATTTATTACTTTTAGA  350

seq1  GTTCAGGTGTCATGACAAGGATTCCCTTAAGTTTAGGTATATTTTTGATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTGTCATGACAAGGATTCCCTTAAGTTTAGGTATATTTTTGATG  400

seq1  TTTTGTTGCCCTAGAATCAGTAATAGTTCCACTACCATATTGATTTCTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGCCCTAGAATCAGTAATAGTTCCACTACCATATTGATTTCTTC  450

seq1  TAATCCGTGTACAGAAGTGAGTGTGGACTTTCATTTCTAAAGTGAAGAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCGTGTACAGAAGTGAGTGTGGACTTTCATTTCTAAAGTGAAGAAC  500

seq1  TGCATTGGCAGACTAGTCCAAAAAATGACAATAATTTGATGATTGCTGTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGGCAGACTAGTCCAAAAAATGACAATAATTTGATGATTGCTGTC  550

seq1  AAAGAGAATAGTTTGAATAGTTTGTCAAAAAGAAAGTCAAGCATTAGTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAATAGTTTGAATAGTTTGTCAAAAAGAAAGTCAAGCATTAGTGT  600

seq1  CCCTCTCTGCTCCACATGAAATGAACCAACTAAGGTATCTTTGTACTATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTGCTCCACATGAAATGAACCAACTAAGGTATCTTTGTACTATT  650

seq1  GTCTTCTTGGATAACTATTTGTATGTCTAAGAGTGGCAAACTAACTCTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTGGATAACTATTTGTATGTCTAAGAGTGGCAAACTAACTCTAT  700

seq1  TGTTTTCAGTATGTGGAATGTTTCCCAACATGATCAAGGAGGGAAAGGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCAGTATGTGGAATGTTTCCCAACATGATCAAGGAGGGAAAGGGT  750

seq1  GATCCAGTCTCTTAGTTTATATTTTTAAGGTCTGTTTGGGTTTTTTAACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGTCTCTTAGTTTATATTTTTAAGGTCTGTTTGGGTTTTTTAACT  800

seq1  TTTCAATCATAGGTTTATGTTAATGAAGTTAAGTTGTTCTGGATACTTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATCATAGGTTTATGTTAATGAAGTTAAGTTGTTCTGGATACTTAT  850

seq1  TTGTTTAATAAAAGTGAATTC  868
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAATAAAAGTGAATTC  871