BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167A01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 38,748,532 - 38,868,286
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC276941
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167A01.bB6Ng01-167A01.g
ACCDH958618DH958619
length1,1901,086
definitionDH958618|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167A01, 5' end.DH958619|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167A01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,867,088 - 38,868,286)(38,748,532 - 38,749,618)
sequence
gaattcagtagacttcaataatcttggatgtttatttctataagatgaac
agttgagcaaatcctataatatactttttattttcatcattgtttaggat
gctatagtaaagaatgtactattacatttcattagtaataggagagagga
aatgcgggaatatcttccatgtgaattcacttccgtattttcaccccaaa
ttcttacttacatttgcaaacctatttagtgacagaatggcaagattaat
tcaatagagtccctattcagtgatttcgaagaaaatactttgtttgcata
tcttttccaaaagcctatttaaagttctaagattctgacttaaattaact
agactttataaaagatataaataaataaataaatcccaatactaaagtta
ttagctacagagtaactacctaccttagccatcagtggaaccagcagaat
tatgggtcaaatatattatagagtgatttccatgataagaattgtgaatt
cattcttatttgacttttctcattgaatataaacataccatgtggaatta
ggctttacgcatatggtatttacatagaaatgcatgtaagggtatataat
ggatataagtacatttattgattcctgcttaaaaagctatctgattgaat
aatttattttcaaaataaacatatttacttaccaagtttcacttcatcag
aagtcatagagtcaaactcagatatccataaaggaaagaagtgatgctgg
atcacttagcaaggtcaaggatggttagatggtaaaggtttgtcgtttat
gtacccatacctcaaggtcatccaaatttctcatttctccactgctcttt
tgtttattatagttgcttcatgttttatttataatttaaaattctacata
tgtgtagtgtatgtagttatgtgcatgggagtacagtttcctatagaatc
ctagtgttggtttcccagggagttatagtaacagagggagctgagataca
caaacttactactgaaacaaaacatgccttctcaaagatcttggaagtcc
ccttatctactgatccatcttctccagagtctcatttgtttctactattt
agctcagttgtaagtgatcactcaactctggttctgaaaatgaaattcac
ttctccttgtaattaatctggctctgataatccaaatcac
gaattctcatggagaacacagagctctaatttgaaagctaagtcagccct
atcaagatgaatatcagtgaactgaagtttaaagtgcatttactcatttt
agcaatgaatgaaataataacagagtgataggtagacaaaggagatttaa
gtgttataggtggatgattattctgagtgaaaaaatccacatttattata
tttattgcaataattgtttcatggtatgtgacatgataggtgacatggta
attaaaataaacaccccattagtcattaaaaatcatagctgataaatttc
cttgcatatatgacacagttcagggaatgactaactgtatacagccctta
agatgctttgtgcaaaacactacagactctggccactgtcaagctaacaa
aagctcattgattttgttttcagacaggaaaagatgacactgtcttgggc
aaggctacattttttagcacacaatcaaaccaaaggtgatagaagggtcc
cgagcttattcttaaggctgcagatgtacaccaagtatctgacatgtcac
atcaatgaatattttgactgaattttaatacagttcctttaggaagatgt
tgtaagccagtccaattcaagcctgtggaaggattttaaatggaattctt
tccccttcctatccacaggtacatatatgaagagtttttcaatttgtatt
tttaaagggtttctgagatttgcctgtagctagctaggtcctagaacact
cgggagaaattgtggagctagaaatccaatgaagctctttactatgattc
ccatttatggctaagagtggaatctaaatcatgagtggggtaactaattt
atgcctgagtgataaaacatccaatctgaaagtcaagtcatttaacttta
ttcttgaaagagagtatttcaaatgcttagagtagtacattgatacgtta
tggtcatacccagtctttcaaatatgctctgtgacagttgcaggcaaaat
ggttgtcacatggaagaatgaagtagaatgaaaggcttttaatgtatgct
tactcgggtcagagtgtagggactcatctctggtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_38867088_38868286
seq2: B6Ng01-167A01.b_43_1232 (reverse)

seq1  GTGATTT--AT--TCAGAAGCCAGATTAGAATTCCAAGGGAAGAAGTGAT  46
      |||||||  ||  |||| |||||||||  |||| |||||  |||||||| 
seq2  GTGATTTGGATTATCAG-AGCCAGATT--AATTACAAGG--AGAAGTGA-  44

seq1  TTTTCATTTTTCAGAACCAGAGTTTGAGTTGATCACTTACAACTGGAAGC  96
       ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||
seq2  ATTTCA-TTTTCAGAACCAGAG-TTGAG-TGATCACTTACAACTG--AGC  89

seq1  TAAAATAGTAAGAAACAAAATGAGACTCTGGAG-AGATGGATCAGTAGAT  145
      | ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  T-AAATAGT-AGAAAC-AAATGAGACTCTGGAGAAGATGGATCAGTAGAT  136

seq1  AAGGGGACTTCC-AGATCTTTGAGAAGGCATGTTTTGTTTTCAGTAGTAA  194
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGGGGACTTCCAAGATCTTTGAGAAGGCATGTTTTG-TTTCAGTAGTAA  185

seq1  GTTTGTGTATCTCAGCTCCCTCTGTTACTATAACT-CCTGGGAACCCAAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GTTTGTGTATCTCAGCTCCCTCTGTTACTATAACTCCCTGGGAAACCAAC  235

seq1  ACTTAGGATTCTATAGGAAACTGTACTCCCATGCACATAACTACATACAC  293
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TAGGATTCTATAGGAAACTGTACTCCCATGCACATAACTACATACAC  284

seq1  TACACATATGTAGAATTTTAAATTATAAATAAAACATGAAGCAACTATAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATATGTAGAATTTTAAATTATAAATAAAACATGAAGCAACTATAA  334

seq1  TAAACAAAAGAGCAGTGGAGAAATGAGAAATTTGGATGACCTTGAGGTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAAGAGCAGTGGAGAAATGAGAAATTTGGATGACCTTGAGGTAT  384

seq1  GGGTACATAAACGACAAACCTTTACCATCTAACCATCCTTGACCTTGCTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACATAAACGACAAACCTTTACCATCTAACCATCCTTGACCTTGCTA  434

seq1  AGTGATCCAGCATCACTTCTTTCCTTTATGGATATCTGAGTTTGACTCTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCCAGCATCACTTCTTTCCTTTATGGATATCTGAGTTTGACTCTA  484

seq1  TGACTTCTGATGAAGTGAAACTTGGTAAGTAAATATGTTTATTTTGAAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTGATGAAGTGAAACTTGGTAAGTAAATATGTTTATTTTGAAAA  534

seq1  TAAATTATTCAATCAGATAGCTTTTTAAGCAGGAATCAATAAATGTACTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATTCAATCAGATAGCTTTTTAAGCAGGAATCAATAAATGTACTT  584

seq1  ATATCCATTATATACCCTTACATGCATTTCTATGTAAATACCATATGCGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATTATATACCCTTACATGCATTTCTATGTAAATACCATATGCGT  634

seq1  AAAGCCTAATTCCACATGGTATGTTTATATTCAATGAGAAAAGTCAAATA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTAATTCCACATGGTATGTTTATATTCAATGAGAAAAGTCAAATA  684

seq1  AGAATGAATTCACAATTCTTATCATGGAAATCACTCTATAATATATTTGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAATTCACAATTCTTATCATGGAAATCACTCTATAATATATTTGA  734

seq1  CCCATAATTCTGCTGGTTCCACTGATGGCTAAGGTAGGTAGTTACTCTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAATTCTGCTGGTTCCACTGATGGCTAAGGTAGGTAGTTACTCTGT  784

seq1  AGCTAATAACTTTAGTATTGGGATTTATTTATTTATTTATATCTTTTATA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATAACTTTAGTATTGGGATTTATTTATTTATTTATATCTTTTATA  834

seq1  AAGTCTAGTTAATTTAAGTCAGAATCTTAGAACTTTAAATAGGCTTTTGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTAGTTAATTTAAGTCAGAATCTTAGAACTTTAAATAGGCTTTTGG  884

seq1  AAAAGATATGCAAACAAAGTATTTTCTTCGAAATCACTGAATAGGGACTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATATGCAAACAAAGTATTTTCTTCGAAATCACTGAATAGGGACTC  934

seq1  TATTGAATTAATCTTGCCATTCTGTCACTAAATAGGTTTGCAAATGTAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATTAATCTTGCCATTCTGTCACTAAATAGGTTTGCAAATGTAAG  984

seq1  TAAGAATTTGGGGTGAAAATACGGAAGTGAATTCACATGGAAGATATTCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATTTGGGGTGAAAATACGGAAGTGAATTCACATGGAAGATATTCC  1034

seq1  CGCATTTCCTCTCTCCTATTACTAATGAAATGTAATAGTACATTCTTTAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTTCCTCTCTCCTATTACTAATGAAATGTAATAGTACATTCTTTAC  1084

seq1  TATAGCATCCTAAACAATGATGAAAATAAAAAGTATATTATAGGATTTGC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATCCTAAACAATGATGAAAATAAAAAGTATATTATAGGATTTGC  1134

seq1  TCAACTGTTCATCTTATAGAAATAAACATCCAAGATTATTGAAGTCTACT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGTTCATCTTATAGAAATAAACATCCAAGATTATTGAAGTCTACT  1184

seq1  GAATTC  1199
      ||||||
seq2  GAATTC  1190

seq1: chr11_38748532_38749618
seq2: B6Ng01-167A01.g_65_1150

seq1  GAATTCTCATGGAGAACACAGAGCTCTAATTTGAAAGCTAAGTCAGCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGGAGAACACAGAGCTCTAATTTGAAAGCTAAGTCAGCCCT  50

seq1  ATCAAGATGAATATCAGTGAACTGAAGTTTAAAGTGCATTTACTCATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATGAATATCAGTGAACTGAAGTTTAAAGTGCATTTACTCATTTT  100

seq1  AGCAATGAATGAAATAATAACAGAGTGATAGGTAGACAAAGGAGATTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAATGAAATAATAACAGAGTGATAGGTAGACAAAGGAGATTTAA  150

seq1  GTGTTATAGGTGGATGATTATTCTGAGTGAAAAAATCCACATTTATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATAGGTGGATGATTATTCTGAGTGAAAAAATCCACATTTATTATA  200

seq1  TTTATTGCAATAATTGTTTCATGGTATGTGACATGATAGGTGACATGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCAATAATTGTTTCATGGTATGTGACATGATAGGTGACATGGTA  250

seq1  ATTAAAATAAACACCCCATTAGTCATTAAAAATCATAGCTGATAAATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATAAACACCCCATTAGTCATTAAAAATCATAGCTGATAAATTTC  300

seq1  CTTGCATATATGACACAGTTCAGGGAATGACTAACTGTATACAGCCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATATATGACACAGTTCAGGGAATGACTAACTGTATACAGCCCTTA  350

seq1  AGATGCTTTGTGCAAAACACTACAGACTCTGGCCACTGTCAAGCTAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTTTGTGCAAAACACTACAGACTCTGGCCACTGTCAAGCTAACAA  400

seq1  AAGCTCATTGATTTTGTTTTCAGACAGGAAAAGATGACACTGTCTTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCATTGATTTTGTTTTCAGACAGGAAAAGATGACACTGTCTTGGGC  450

seq1  AAGGCTACATTTTTTAGCACACAATCAAACCAAAGGTGATAGAAGGGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTACATTTTTTAGCACACAATCAAACCAAAGGTGATAGAAGGGTCC  500

seq1  CGAGCTTATTCTTAAGGCTGCAGATGTACACCAAGTATCTGACATGTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTTATTCTTAAGGCTGCAGATGTACACCAAGTATCTGACATGTCAC  550

seq1  ATCAATGAATATTTTGACTGAATTTTAATACAGTTCCTTTAGGAAGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGAATATTTTGACTGAATTTTAATACAGTTCCTTTAGGAAGATGT  600

seq1  TGTAAGCCAGTCCAATTCAAGCCTGTGGAAGGATTTTAAATGGAATTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCAGTCCAATTCAAGCCTGTGGAAGGATTTTAAATGGAATTCTT  650

seq1  TCCCCTTCCTATCCACAGGTACATATATGAAGAGTTTTTCAATTTGTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTCCTATCCACAGGTACATATATGAAGAGTTTTTCAATTTGTATT  700

seq1  TTTAAAGGGTTTCTGAGATTTGCCTGTAGCTAGCTAGGTCCTAGAACACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGGTTTCTGAGATTTGCCTGTAGCTAGCTAGGTCCTAGAACACT  750

seq1  CGGGAGAAATTGTGGAGCTAGAAATCCAATGAAGCTCTTTACTATGATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGAAATTGTGGAGCTAGAAATCCAATGAAGCTCTTTACTATGATTC  800

seq1  CCATTTATGGCTAAGAGTGGAATCTAAATCATGAGTGGGGTAACTAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATGGCTAAGAGTGGAATCTAAATCATGAGTGGGGTAACTAATTT  850

seq1  ATGCCTGAGTGATAAAACATCCAATCTGAAAGTCAAGTCATTTAACTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGAGTGATAAAACATCCAATCTGAAAGTCAAGTCATTTAACTTTA  900

seq1  TTCTTGAAAGAAGAGTATTTCAAATGCTTAGAGTAGTACATTGATACGTT  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAAG-AGAGTATTTCAAATGCTTAGAGTAGTACATTGATACGTT  949

seq1  ATGGTCATACCCAGTCTTTCAAAATATGCTCTGTGACAGTTGCAGGCAAA  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATACCCAGTCTTTC-AAATATGCTCTGTGACAGTTGCAGGCAAA  998

seq1  ATGGTTGTCACATGAGAGAATGAAGTAGAATAGAAAGCTTTTAAATGTAG  1050
      ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||  ||| |||||| 
seq2  ATGGTTGTCACATGGAAGAATGAAGTAGAAT-GAAAGGCTTTTAATGTA-  1046

seq1  TGCTTACT-GGGTCAGGAGTG-AGGGACTCA--TCTGGTGC  1087
      |||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||||||
seq2  TGCTTACTCGGGTCA-GAGTGTAGGGACTCATCTCTGGTGC  1086