BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167E08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 103,051,048 - 103,198,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFmnl1, 4933400C05Rik, Map3k14, Arhgap27
Upstream geneG6pc3, Hdac5, BC030867, Asb16, 2010008E23Rik, Ubtf, Slc4a1, Rap2ip, Slc25a39, Grn, BC025575, Itga2b, Mdk-ps1, LOC100040792, Fzd2, 2810433D01Rik, Psmb5-ps, Gm1564, LOC100042456, Ccdc43, Adam11, Gja7, Higd1b, Eftud2, Ccdc103, LOC100042500, Gfap, 3000004C01Rik, C1ql1, Dcakd, Nmt1, Plcd3, Acbd4, Hexim1, Hexim2
Downstream gene5730442P18Rik, Plekhm1, Lrrc37a, Gm884, Lyzl6, Rprml, Gosr2, Wnt9b, Wnt3, Nsf, EG667631, Arf2, LOC100042645, Crhr1, 4933407P14Rik, Mapt, 1700081L11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167E08.bB6Ng01-167E08.g
ACCDH958813DH958814
length9961,072
definitionDH958813|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167E08, 5' end.DH958814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167E08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,051,048 - 103,052,048)(103,197,316 - 103,198,361)
sequence
gaattcacccaaatgctagtgcagccagagtagggtatgtgagatttaga
gtggtgttggaggtagaagagtgacacggccagatttggattcaattgga
gaggaacctgtaggggcacaagggcggcagcgggaagatggcacaggaag
tgtgtgacctatttttcagtgtccgccattctccctctccaggtttgcgg
ggagcagcaccgatttgaaaagctaatggagtatttccggcacgaagaca
gcaacattgacttcatggtgagcttggagccctgggggctgaggatcagc
tgggccctactgcatgctgggagcagagtgggactctgggttgcttggct
cagcaaaatgacagccgactgattgtcagtgggaaagggtggatgtcagg
ggagaggggactggtccaaggggatctggatgttacaagactgagttagt
ggaatgcaaactggagaaagggagggagggatgcttggagacaaatggga
agggcagatatcagcaccctgacctagaagtccagagagttgcttgtgcc
cctgccccctaggtggcttgcatgcaattcatcaacattgtggtgcactc
tgtggagaatatgaacttccgtgtcttcctgcaatatgagttcactcacc
tgggtctggacctgtacttggaggtgagccttgtaccccatccctgactg
aacagcctactcactgtggggtatttagtgtgtagatagcaggtcttgag
ttcgagcatctgctctgaaagctgggcttggtgacacatccggcactcat
gtcacttgcgaggctaaggcagaggagctcatgttcaagtttagtctggg
gttcactgtcccccctcacatccccaatgataacaacctctcaaataaac
ggaatccacctctgacacttggtagccgcacagacttggaagcacatgtc
catccatctgaactgtctgcttgcaaacacagaggtgacattgact
gaattccaagtcagtatgagaccctgtcaaaaacaaacaagaccaaaagt
agacagcatctgaggctggactctggcctccacctggccacatgtacatg
tgagtacacacacacacacacacactcacacacactctcgtgcacaaaca
cataggcatacacacacacatacatgtatgcacatacacaggaacacaca
cgcaggtgtgcacacacacacacacacacacgtgtgagcacacaggcata
cacacatactttcaggcacatacacaggaacacacacatacacacatgca
cagacacattcacacacatgcatacacacacgtattcctacacaggcaca
ggcacacataggtatacatactcagacacacagagaaatacacacttaca
cacatgtacatatacatacaggcacaaacatgcacacatacactcacaca
cacacaccataggcaatgaactggtcaataaataaatacctaacaaaaac
cagtagccagcagctggccaaacaagttagggatggtccagcatggggag
gaactaggggcagacagtgagtagcagatgctctggtactcactgagaga
aagttaggttctccaggcagcaaaagagaaaagggacagccatcagttac
acagacagatctttaccgtgggggagaggatcctctctcagttccgggga
atctaagctgtttcctgatccttggttcttaaagagctttctaatgtgtt
tctatgaacctggggtctagtgggacaagtgtccttctaaagagccccac
ggaaactgagctgggaccttaggactgcttcagatagcgtattagggaga
agtgcagaagcctggctgccggaagccctggtgtcctgtttttaccggtc
tccaagctttagttggttctagatttatttattctatatatgtgaatctt
ttgccttcatgtatacatatgtgtgtgtgcacgcacacgcaaacgctcgc
acatcacatgtggtcctgtacccacagagtcaaaaggagggatatttggg
ttccttgactgaatgtgtcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_103051048_103052048
seq2: B6Ng01-167E08.b_45_1040

seq1  GAATTCACCCAAATGCTAGTGCAGCCAGAGTAGGGTATGTGAGATTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCAAATGCTAGTGCAGCCAGAGTAGGGTATGTGAGATTTAGA  50

seq1  GTGGTGTTGGAGGTAGAAGAGTGACACGGCCAGATTTGGATTCAATTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTTGGAGGTAGAAGAGTGACACGGCCAGATTTGGATTCAATTGGA  100

seq1  GAGGAACCTGTAGGGGCACAAGGGCGGCAGCGGGAAGATGGCACAGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTGTAGGGGCACAAGGGCGGCAGCGGGAAGATGGCACAGGAAG  150

seq1  TGTGTGACCTATTTTTCAGTGTCCGCCATTCTCCCTCTCCAGGTTTGCGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACCTATTTTTCAGTGTCCGCCATTCTCCCTCTCCAGGTTTGCGG  200

seq1  GGAGCAGCACCGATTTGAAAAGCTAATGGAGTATTTCCGGCACGAAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCACCGATTTGAAAAGCTAATGGAGTATTTCCGGCACGAAGACA  250

seq1  GCAACATTGACTTCATGGTGAGCTTGGAGCCCTGGGGGCTGAGGATCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATTGACTTCATGGTGAGCTTGGAGCCCTGGGGGCTGAGGATCAGC  300

seq1  TGGGCCCTACTGCATGCTGGGAGCAGAGTGGGACTCTGGGTTGCTTGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCTACTGCATGCTGGGAGCAGAGTGGGACTCTGGGTTGCTTGGCT  350

seq1  CAGCAAAATGACAGCCGACTGATTGTCAGTGGGAAAGGGTGGATGTCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAATGACAGCCGACTGATTGTCAGTGGGAAAGGGTGGATGTCAGG  400

seq1  GGAGAGGGGACTGGTCCAAGGGGATCTGGATGTTACAAGACTGAGTTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGGACTGGTCCAAGGGGATCTGGATGTTACAAGACTGAGTTAGT  450

seq1  GGAATGCAAACTGGAGAAAGGGAGGGAGGGATGCTTGGAGACAAATGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCAAACTGGAGAAAGGGAGGGAGGGATGCTTGGAGACAAATGGGA  500

seq1  AGGGCAGATATCAGCACCCTGACCTAGAAGTCCAGAGAGTTGCTTGTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGATATCAGCACCCTGACCTAGAAGTCCAGAGAGTTGCTTGTGCC  550

seq1  CCTGCCCCCTAGGTGGCTTGCATGCAATTCATCAACATTGTGGTGCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCTAGGTGGCTTGCATGCAATTCATCAACATTGTGGTGCACTC  600

seq1  TGTGGAGAATATGAACTTCCGTGTCTTCCTGCAATATGAGTTCACTCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGAATATGAACTTCCGTGTCTTCCTGCAATATGAGTTCACTCACC  650

seq1  TGGGTCTGGACCTGTACTTGGAGGTGAGCCTTGTACCCCATCCCTGACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTGGACCTGTACTTGGAGGTGAGCCTTGTACCCCATCCCTGACTG  700

seq1  AACAGCCTACTCACTGTGGGGTATTTAGTATGTAGTTAGCAGGTCTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  AACAGCCTACTCACTGTGGGGTATTTAGTGTGTAGATAGCAGGTCTTGAG  750

seq1  TTCGAGCATCGGCTCTGAAAGCTGGGCTTGGTGACACATACCGGCAGTCA  800
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TTCGAGCATCTGCTCTGAAAGCTGGGCTTGGTGACACAT-CCGGCACTCA  799

seq1  TGTCACTTGCGAGGCTAAGGCAGGAGGAGCTCATGTTCAAGTTTAGTCTG  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTTGCGAGGCTAAGGCA-GAGGAGCTCATGTTCAAGTTTAGTCTG  848

seq1  GGGTTCACTGTCCCCCCTCCCCGCCCAAATGATAAAAACCCCTCAAATAA  900
      ||||||||||||||||||| |  ||| |||||||| |||| |||||||||
seq2  GGGTTCACTGTCCCCCCTCACATCCCCAATGATAACAACCTCTCAAATAA  898

seq1  ACGGAATCCCACCTCTGTCACTTGGTAGCTGCGCAGCCTTGTATGCATCT  950
      ||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||| |||| | |||  |
seq2  ACGGAAT-CCACCTCTGACACTTGGTAGCCGCACAGACTTGGAAGCACAT  947

seq1  GTTCATCCTTCTGAGTCTGTCTGCCTGTCAATCACAGAGGTGACAATGAC  1000
      || ||||| |||||  |||||||| || ||| ||||||||||||| ||||
seq2  GTCCATCCATCTGA-ACTGTCTGCTTG-CAAACACAGAGGTGACATTGAC  995

seq1  T  1001
      |
seq2  T  996

seq1: chr11_103197316_103198361
seq2: B6Ng01-167E08.g_100_1137 (reverse)

seq1  GCTGACAACCATTCAGTTCCAGGGAACCC-AATATCCCTCCCTTTCTGAC  49
      |||||||  ||||||||  || ||||||| |||||||||||  || ||||
seq2  GCTGACA--CATTCAGT--CAAGGAACCCAAATATCCCTCC--TTTTGAC  44

seq1  TTCTGTGGGGTACCAGGCACACATGTGATGTGCGAGCGTGTGCGTGTGCG  99
       ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -TCTGT-GGGTA-CAGGACCACATGTGATGTGCGAGCGTTTGCGTGTGCG  91

seq1  TGCACACACACATATGTATACATGAAGGCAAAAGATTCACATATATAGAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACACATATGTATACATGAAGGCAAAAGATTCACATATATAGAA  141

seq1  TAAATAAATCTAGAACCAACTAAAGCTTGGAGAACGGTAAAAACAGGACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATCTAGAACCAACTAAAGCTTGGAGACCGGTAAAAACAGGACA  191

seq1  CCAGGGCTTCCGGCAGCCAGGCTTCTGCACTTCTCCCTAATACGCTATCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTTCCGGCAGCCAGGCTTCTGCACTTCTCCCTAATACGCTATCT  241

seq1  GAAGCAGTCCTAAGGTCCCAGCTCAGTTTCCGTGGGGCTCTTTAGAAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTCCTAAGGTCCCAGCTCAGTTTCCGTGGGGCTCTTTAGAAGGA  291

seq1  CACTTGTCCCACTAGACCCCAGGTTCATAGAAACACATTAGAAAGCTCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTCCCACTAGACCCCAGGTTCATAGAAACACATTAGAAAGCTCTT  341

seq1  TAAGAACCAAGGATCAGGAAACAGCTTAGATTCCCCGGAACTGAGAGAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACCAAGGATCAGGAAACAGCTTAGATTCCCCGGAACTGAGAGAGG  391

seq1  ATCCTCTCCCCCACGGTAAAGATCTGTCTGTGTAACTGATGGCTGTCCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCCCCCACGGTAAAGATCTGTCTGTGTAACTGATGGCTGTCCCT  441

seq1  TTTCTCTTTTGCTGCCTGGAGAACCTAACTTTCTCTCAGTGAGTACCAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTTGCTGCCTGGAGAACCTAACTTTCTCTCAGTGAGTACCAGA  491

seq1  GCATCTGCTACTCACTGTCTGCCCCTAGTTCCTCCCCATGCTGGACCATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGCTACTCACTGTCTGCCCCTAGTTCCTCCCCATGCTGGACCATC  541

seq1  CCTAACTTGTTTGGCCAGCTGCTGGCTACTGGTTTTTGTTAGGTATTTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTTGTTTGGCCAGCTGCTGGCTACTGGTTTTTGTTAGGTATTTAT  591

seq1  TTATTGACCAGTTCATTGCCTATGGTGTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGACCAGTTCATTGCCTATGGTGTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTGC  641

seq1  ATGTTTGTGCCTGTATGTATATGTACATGTGTGTAAGTGTGTATTTCTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTGCCTGTATGTATATGTACATGTGTGTAAGTGTGTATTTCTCT  691

seq1  GTGTGTCTGAGTATGTATACCTATGTGTGCCTGTGCCTGTGTAGGAATAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTGAGTATGTATACCTATGTGTGCCTGTGCCTGTGTAGGAATAC  741

seq1  GTGTGTGTATGCATGTGTGTGAATGTGTCTGTGCATGTGTGTATGTGTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATGCATGTGTGTGAATGTGTCTGTGCATGTGTGTATGTGTGT  791

seq1  GTTCCTGTGTATGTGCCTGAAAGTATGTGTGTATGCCTGTGTGCTCACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTGTATGTGCCTGAAAGTATGTGTGTATGCCTGTGTGCTCACAC  841

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACCTGCGTGTGTGTTCCTGTGTATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACCTGCGTGTGTGTTCCTGTGTATGT  891

seq1  GCATACATGTATGTGTGTGTGTATGCCTATGTGTTTGTGCACGAGAGTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACATGTATGTGTGTGTGTATGCCTATGTGTTTGTGCACGAGAGTGT  941

seq1  GTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTCACATGTACATGTGGCCAGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTCACATGTACATGTGGCCAGGT  991

seq1  GGAGGCCAGAGTCCAGCCTCAGATGCTGTCTACTTTTGGTCTTGTTT  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGAGTCCAGCCTCAGATGCTGTCTACTTTTGGTCTTGTTT  1038