BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170P07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 21,723,145 - 21,835,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAV249152
Upstream gene1110067D22Rik, LOC100042035, Peli1, Vps54, Ugp2, LOC100042081, 4932414J04Rik, Mdh1, Pgam1-ps1
Downstream geneLOC382494, LOC666047, Otx1, Ehbp1, LOC100042146, Tmem17, LOC100042827, LOC100042846, LOC666078, B3gnt2, 9130230N09Rik, Commd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170P07.bB6Ng01-170P07.g
ACCDH961541DH961542
length1,1731,103
definitionDH961541|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P07, 5' end.DH961542|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,833,945 - 21,835,124)(21,723,145 - 21,724,260)
sequence
gaattctgccaacttttaagtatatctatcccaattatacatcctgaagc
tggggaaatgaccacaggatgagttcagggactgactggatctgttgtga
gtcagacttaagctaaaactccattaattacttgacctccataagccttt
actaactggagggccacagtgttacttggagattcacagaatcagtgtca
attcagaaccagtatctaatagatccagaaactgatttttcctttcccca
gtatacagttatcctggtaaaaggctgtaggtctgttggaggaacttgct
atcaagatcacagtccaccatgtctggatagctctctgagcttggtgcaa
aatggaggattgcctttctcagtggggtttcctcttctctacctagccat
aattggtgaatgtcactgcctgactttatttggaggatgaccctgcacag
agcttcctgcaagtgctgcatgaatcagcaatgggtttttcctcctgcct
atatggtaattaggtactatgttatgaccaatcaacacttccttcccata
tgataattaggtactgtgttataaacaatcagccctttttcctcctaccc
ctaagaacctttgtataccttactcttagaacaataaaatgaactgtctc
tctgaagctgattcctggaagttcttctcggcatactctgcagccttctg
aaccctgctcacatggaaacaccataattgattagccagtaccataggtc
cacacgagccatgccaccatcaaattcactttgcctgtgctgactattat
gggttaggtcattatggacatagctttctttatgctgctcattataacta
ggatcatcttgcctttggcgatcctgtgctgccaactggcccctgtgacc
tcaggcccaattaatccactgcattcaatccatccaactgagtacagtgc
ttgcaatcctaagtctaacacaagaaaagtatgctggtgcccctctttca
ttttgtgtcttataggactagtgaggatgtcttctggacttcccattatt
ggagaataaggttttacataacatacccactcgagcattgcagatttcct
gtgagcttagatcttcctagggcccttaaatccaaacctaggccaaggaa
actgtgttatctccaacgtgttt
gaattccttcttgttttccttctttcttgtagtggccagtccactacagt
cactgctgcatatcacgttcacattatttttcatttcttgatgttactta
ctacctattaagtcacaacagcatcagacagtaatccagttactgactta
gctacattttccaatctgtgataaaatgtcccgacgaaagcacctcggga
aaaggtttattttgcctcagggcttgagacagtggtctgaggtggtggca
ggaagggaaggcagctagtcttactttccatgcagaaaggaagactgtga
tgaccatttttatttaatctggtagttaaggtgggtctacttaactcatt
tacctaatctaaaaattccatacctgattgcacagaactttgtcttcaga
gtgattcttgatcccttcaacttgacaatcaaatagaaaccagctccctt
gccgaacccaatactcaatacactgttctttagaagaaaatgcttctgaa
tctataagtcacacacaatgtcatccaaggataattataactaatacaaa
atgtcactgacccatatacaacaaatattaaattgttcatttcttaatgg
gttgagataattttatattatatgaattttatctctacaaaaagtccctg
acactattttaaacagttatgcatccctaactcaaatttgaaatgctcta
aaatgttgttatgatcccactagtaggaaatggtataagtcaggctggct
gttgttccatcagtaatgcctcttataggagaaactgggatggccatgaa
ttccagttctcaccatgcaacatagtgagacccccatctttaaaacaata
ttagctaggtgggtgtggtaatgcactaggaagacagagacatgtggctc
acttatgagcttaggtcagccttgtctttatggtaagttccagacagtag
agatatcatagaggtctatttaaacaccaaataatcaaaattcaaaaaaa
aaccacaaacaaactcaaacttgttcatactcaataataaggatatgtaa
aattaagtaacctttgttagatttcatctcatcaaattctggtctaaatt
ctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_21833945_21835124
seq2: B6Ng01-170P07.b_46_1218 (reverse)

seq1  AAACA-GTTGGAGAT-ACACAGTATCCCTTGGCCTAGTGTTGATTTTAAG  48
      ||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||  |||  ||||||
seq2  AAACACGTTGGAGATAACACAGT-TTCCTTGGCCTAGGTTTGGATTTAAG  49

seq1  GG-CCTAGTGGAGGATCTTAAGGCTCAGGGAATCTGCAATGCTCGAGTGG  97
      || ||||  ||| ||||| |   | |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTA--GGAAGATCTAAGCTCACAGGAAATCTGCAATGCTCGAGTGG  97

seq1  GTATGTTATGTAAAAACCTAATTCTCC-ATAATGGGAAGGTCCAGAAGAC  146
      ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GTATGTTATGT-AAAACCTTATTCTCCAATAATGGGAA-GTCCAGAAGAC  145

seq1  ATCCTTCACTAGTCCTATAAGACACAAAATGGAAAGAGGGGCACCAGCAT  196
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCC-TCACTAGTCCTATAAGACACAAAAT-GAAAGAGGGGCACCAGCAT  193

seq1  ACTTTTTCTTGTGTTAGACCTTAGGATTGCAAGCACTGTTACTCAGTTGG  246
      || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AC-TTTTCTTGTGTTAGA-CTTAGGATTGCAAGCACTG-TACTCAGTTGG  240

seq1  ATGGATTGAATGCAGTGGATTTAATTGGGCCTGAGGTCACAGGGGCCAGT  296
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTGAATGCAGTGGA-TTAATTGGGCCTGAGGTCACAGGGGCCAGT  289

seq1  TGGCAGCACAGGATCGCCAAAGGCAAGATGATCCTAGTTATAATGAGCAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCACAGGATCGCCAAAGGCAAGATGATCCTAGTTATAATGAGCAG  339

seq1  CATAAAGAAAGCTATGTCCATAATGACCTAACCCATAATAGTCAGCACAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGAAAGCTATGTCCATAATGACCTAACCCATAATAGTCAGCACAG  389

seq1  GCAAAGTGAATTTGATGGTGGCATGGCTCGTGTGGACCTATGGTACTGGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGAATTTGATGGTGGCATGGCTCGTGTGGACCTATGGTACTGGC  439

seq1  TAATCAATTATGGTGTTTCCATGTGAGCAGGGTTCAGAAGGCTGCAGAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAATTATGGTGTTTCCATGTGAGCAGGGTTCAGAAGGCTGCAGAGT  489

seq1  ATGCCGAGAAGAACTTCCAGGAATCAGCTTCAGAGAGACAGTTCATTTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCGAGAAGAACTTCCAGGAATCAGCTTCAGAGAGACAGTTCATTTTA  539

seq1  TTGTTCTAAGAGTAAGGTATACAAAGGTTCTTAGGGGTAGGAGGAAAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTAAGAGTAAGGTATACAAAGGTTCTTAGGGGTAGGAGGAAAAAG  589

seq1  GGCTGATTGTTTATAACACAGTACCTAATTATCATATGGGAAGGAAGTGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATTGTTTATAACACAGTACCTAATTATCATATGGGAAGGAAGTGT  639

seq1  TGATTGGTCATAACATAGTACCTAATTACCATATAGGCAGGAGGAAAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGTCATAACATAGTACCTAATTACCATATAGGCAGGAGGAAAAAC  689

seq1  CCATTGCTGATTCATGCAGCACTTGCAGGAAGCTCTGTGCAGGGTCATCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTGATTCATGCAGCACTTGCAGGAAGCTCTGTGCAGGGTCATCC  739

seq1  TCCAAATAAAGTCAGGCAGTGACATTCACCAATTATGGCTAGGTAGAGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATAAAGTCAGGCAGTGACATTCACCAATTATGGCTAGGTAGAGAA  789

seq1  GAGGAAACCCCACTGAGAAAGGCAATCCTCCATTTTGCACCAAGCTCAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACCCCACTGAGAAAGGCAATCCTCCATTTTGCACCAAGCTCAGA  839

seq1  GAGCTATCCAGACATGGTGGACTGTGATCTTGATAGCAAGTTCCTCCAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATCCAGACATGGTGGACTGTGATCTTGATAGCAAGTTCCTCCAAC  889

seq1  AGACCTACAGCCTTTTACCAGGATAACTGTATACTGGGGAAAGGAAAAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTACAGCCTTTTACCAGGATAACTGTATACTGGGGAAAGGAAAAAT  939

seq1  CAGTTTCTGGATCTATTAGATACTGGTTCTGAATTGACACTGATTCTGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTGGATCTATTAGATACTGGTTCTGAATTGACACTGATTCTGTG  989

seq1  AATCTCCAAGTAACACTGTGGCCCTCCAGTTAGTAAAGGCTTATGGAGGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAAGTAACACTGTGGCCCTCCAGTTAGTAAAGGCTTATGGAGGT  1039

seq1  CAAGTAATTAATGGAGTTTTAGCTTAAGTCTGACTCACAACAGATCCAGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAATTAATGGAGTTTTAGCTTAAGTCTGACTCACAACAGATCCAGT  1089

seq1  CAGTCCCTGAACTCATCCTGTGGTCATTTCCCCAGCTTCAGGATGTATAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTGAACTCATCCTGTGGTCATTTCCCCAGCTTCAGGATGTATAA  1139

seq1  TTGGGATAGATATACTTAAAAGTTGGCAGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATAGATATACTTAAAAGTTGGCAGAATTC  1173

seq1: chr11_21723145_21724260
seq2: B6Ng01-170P07.g_70_1172

seq1  GAATTCCTTCTTGTTTTCCTTCTTTCTTGTAGTGGCCAGTCCACTACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTGTTTTCCTTCTTTCTTGTAGTGGCCAGTCCACTACAGT  50

seq1  CACTGCTGCATATCACGTTCACATTATTTTTCATTTCTTGATGTTACTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTGCATATCACGTTCACATTATTTTTCATTTCTTGATGTTACTTA  100

seq1  CTACCTATTAAGTCACAACAGCATCAGACAGTAATCCAGTTACTGACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTATTAAGTCACAACAGCATCAGACAGTAATCCAGTTACTGACTTA  150

seq1  GCTACATTTTCCAATCTGTGATAAAATGTCCCGACGAAAGCACCTCGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATTTTCCAATCTGTGATAAAATGTCCCGACGAAAGCACCTCGGGA  200

seq1  AAAGGTTTATTTTGCCTCAGGGCTTGAGACAGTGGTCTGAGGTGGTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTATTTTGCCTCAGGGCTTGAGACAGTGGTCTGAGGTGGTGGCA  250

seq1  GGAAGGGAAGGCAGCTAGTCTTACTTTCCATGCAGAAAGGAAGACTGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAAGGCAGCTAGTCTTACTTTCCATGCAGAAAGGAAGACTGTGA  300

seq1  TGACCATTTTTATTTAATCTGGTAGTTAAGGTGGGTCTACTTAACTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTTTTATTTAATCTGGTAGTTAAGGTGGGTCTACTTAACTCATT  350

seq1  TACCTAATCTAAAAATTCCATACCTGATTGCACAGAACTTTGTCTTCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATCTAAAAATTCCATACCTGATTGCACAGAACTTTGTCTTCAGA  400

seq1  GTGATTCTTGATCCCTTCAACTTGACAATCAAATAGAAACCAGCTCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTCTTGATCCCTTCAACTTGACAATCAAATAGAAACCAGCTCCCTT  450

seq1  GCCGAACCCAATACTCAATACACTGTTCTTTAGAAGAAAATGCTTCTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAACCCAATACTCAATACACTGTTCTTTAGAAGAAAATGCTTCTGAA  500

seq1  TCTATAAGTCACACACAATGTCATCCAAGGATAATTATAACTAATACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGTCACACACAATGTCATCCAAGGATAATTATAACTAATACAAA  550

seq1  ATGTCACTGACCCATATACAACAAATATTAAATTGTTCATTTCTTAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACTGACCCATATACAACAAATATTAAATTGTTCATTTCTTAATGG  600

seq1  GTTGAGATAATTTTATATTATATGAATTTTATCTCTACAAAAAGTCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGATAATTTTATATTATATGAATTTTATCTCTACAAAAAGTCCCTG  650

seq1  ACACTATTTTAAACAGTTATGCATCCCTAACTCAAATTTGAAATGCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATTTTAAACAGTTATGCATCCCTAACTCAAATTTGAAATGCTCTA  700

seq1  AAATGTTGTTATGATCCCACTAGTAGGAAATGGTATAAGTCAGGCTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTGTTATGATCCCACTAGTAGGAAATGGTATAAGTCAGGCTGGCT  750

seq1  GTTGTTCCATCAGTAATGCCTCTTATAGGAGAAACTGGGATGGCCATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCCATCAGTAATGCCTCTTATAGGAGAAACTGGGATGGCCATGAA  800

seq1  TTCCAGTTCTCACCATGCAACATAGTGAGACCCCCATCTTTAAAACAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTCTCACCATGCAACATAGTGAGACCCCCATCTTTAAAACAATA  850

seq1  TTAGCTAGGTGGGTGTGGTAATGCACTAGGAAGACAGAGACATGTGGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAGGTGGGTGTGGTAATGCACTAGGAAGACAGAGACATGTGGCTC  900

seq1  ACTTATGAGCTTAGGGTCAGCCTTGTCTTTATGGTAAGTTCCCAGACAGC  950
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ACTTATGAGCTTA-GGTCAGCCTTGTCTTTATGGTAAGTT-CCAGACAG-  947

seq1  CAGAGATATACATAGAGGCCTATTTAAAACAAACAAATAAACAAAAATAC  1000
       |||||||| |||||||| |||||||||   | ||||||| | ||||| |
seq2  TAGAGATAT-CATAGAGGTCTATTTAAA--CACCAAATAATC-AAAATTC  993

seq1  AAAAAAAAACCACCAAACCAAACCCCAAAACTTGTTCATACCCAAATTAT  1050
      |||||||||||||  || ||||| |  |||||||||||||| | ||| ||
seq2  AAAAAAAAACCAC--AAACAAACTC--AAACTTGTTCATACTC-AATAAT  1038

seq1  AAGGTATATGTAAAATATAAAAGTAAAACTTTTGTTTAGATTTCAGTCTC  1100
      |||| |||||||||||    ||||  ||| |||| |||||||||| ||||
seq2  AAGG-ATATGTAAAAT---TAAGT--AACCTTTG-TTAGATTTCA-TCTC  1080

seq1  AATA--------TCTAAATATCTT  1116
      |  |        ||||||| ||||
seq2  ATCAAATTCTGGTCTAAAT-TCTT  1103