BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177N09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 37,596,571 - 37,748,385
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz2, LOC100039148
Downstream geneLOC276941
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177N09.bB6Ng01-177N09.g
ACCGA004997GA004998
length1,0861,101
definitionB6Ng01-177N09.b B6Ng01-177N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,596,571 - 37,597,651)(37,747,284 - 37,748,385)
sequence
gaattcacagtaattttgggatgtgaactaatatgctttgactatggaca
taattctatcattaaaaatgtatttgagaaaaagcaagtgtccaagtgta
ttactacataatacttctgtggccattcctgctagagaaaacttgccagt
gcttcctcaaggaagtttcaggaatcttttgatagtcttataagttggag
caaatttgtttttttgtttgtagccttatttgtaattctgtatgatatgc
atgtatgtacgtatgtatgttgatactgtttattatggatgttgagtggt
agccttttattcttgtattgagatactgtcactcgattacttctgcatgc
ctaactaggaccctcagaatcttctgggagtcttattccatctccaagga
actctgattacagaaatgtgctactccctctgtctctgccatggaatatg
aggatccaaactctggaccgtttgcttgcctggcaagcatacccactgag
ccatccctgcaagccacacaattgttctaaggtactattttgaatggccc
ctcataatttgaacacacaactgtttcaattataactgtttcactgatta
actgtgtgtttaattagttaaaagagattgtttctcattggatgacctat
taacttcagacattgtgactgctattgggaaatacctacaaatgagtaat
atttatgctatagtaatttcaactgtaattggaaccatatttcacgtagg
gtataactaatagctcttaaaaatctctatatgtaatatctggttttgag
gcagagggaccacattttgcatctacaactaacaaagattcaaattgtta
gatgattcaaatgtttagattataaatgctagttctaaaaaaacttcttc
aatgcagatgtagcttatatctgtgtaagagttcctgaagagcataaacc
aaataggaatatgttaatggtttctagaagtttaactaactggtgcctat
tatactaatttccaaaggtgtggtttcattaaacctacaattacagtgat
aaaaatcttccattgtggtctactacgacaatactt

gaattcttttgtctcccccctattccccaagtaatttttcctcctacaaa
aagcactggcagggtttcctactgggaagattatgggctctctgtcatta
gatctcacttgaatacagcaaaattgcaattcctagtaaataactcaaga
aatacacactagtaaccttcccagagcacatttgggatttcaggagtctg
ttatttctatctcataagataagtgtttgtggggagatacctaaaatggt
aaaatattgacttgtttactacagtcaaaatgagagaggcagcaatgact
ataaaaagaaccctgttccacacattctcaaatcaatagcaacacagcct
ctgtggacagacagaggagaagtgtgttccagtcttctgggacgtttttc
ctctaccaacatgagcataaattgtcttgttatcaagggaggagaaaaac
agcaaggtataggagagaaagaaaggcatatcatatcctcccaggaaatt
attaacagaaaagttaacattttttttcatgccccaatataacttttata
aggtgctgtcaactctcaagaataggatggtcactcagttcttagctgtt
gaaagtaataggtgggttctgatcccaatttcaagacacacttggtttgt
gtgttttgctgtatgagataatcaacagccatatacacattggctttgga
gattttcttggaacaacttagcgaactgtagacttgaccactaaagccca
ggcctctaatcgcttgaaaagtattcatgtcaagttattcttcttaacaa
gtttgtcacacacacacacacacacacacacacacacacactgttagctt
ttaaagtttcaaatttgactcaagtgtaggtaggcatctctcatttgtgg
atccatcttttccaggcctggtgtaagtctcatcttgtacataagtgctg
tgccctactggagaaattctgagaacattcactgaagagaatgaatgggt
ctacattcaagtaaagcttgggtcaatggaacactgaattggatctattg
aactagaaaataggattgagccttgggccaccctgcacagaaacttcagc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_37596571_37597651
seq2: B6Ng01-177N09.b_46_1131

seq1  GAATTCACAGTAATTTTGGGATGTGAACTAATATGCTTTGACTATGGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTAATTTTGGGATGTGAACTAATATGCTTTGACTATGGACA  50

seq1  TAATTCTATCATTAAAAATGTATTTGAGAAAAAGCAAGTGTCCAAGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTATCATTAAAAATGTATTTGAGAAAAAGCAAGTGTCCAAGTGTA  100

seq1  TTACTACATAATACTTCTGTGGCCATTCCTGCTAGAGAAAACTTGCCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACATAATACTTCTGTGGCCATTCCTGCTAGAGAAAACTTGCCAGT  150

seq1  GCTTCCTCAAGGAAGTTTCAGGAATCTTTTGATAGTCTTATAAGTTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCAAGGAAGTTTCAGGAATCTTTTGATAGTCTTATAAGTTGGAG  200

seq1  CAAATTTGTTTTTTTGTTTGTAGCCTTATTTGTAATTCTGTATGATATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTGTTTTTTTGTTTGTAGCCTTATTTGTAATTCTGTATGATATGC  250

seq1  ATGTATGTACGTATGTATGTTGATACTGTTTATTATGGATGTTGAGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTACGTATGTATGTTGATACTGTTTATTATGGATGTTGAGTGGT  300

seq1  AGCCTTTTATTCTTGTATTGAGATACTGTCACTCGATTACTTCTGCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTATTCTTGTATTGAGATACTGTCACTCGATTACTTCTGCATGC  350

seq1  CTAACTAGGACCCTCAGAATCTTCTGGGAGTCTTATTCCATCTCCAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGGACCCTCAGAATCTTCTGGGAGTCTTATTCCATCTCCAAGGA  400

seq1  ACTCTGATTACAGAAATGTGCTACTCCCTCTGTCTCTGCCATGGAATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGATTACAGAAATGTGCTACTCCCTCTGTCTCTGCCATGGAATATG  450

seq1  AGGATCCAAACTCTGGACCGTTTGCTTGCCTGGCAAGCATACCCACTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCAAACTCTGGACCGTTTGCTTGCCTGGCAAGCATACCCACTGAG  500

seq1  CCATCCCTGCAAGCCACACAATTGTTCTAAGGTACTATTTTGAATGGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCTGCAAGCCACACAATTGTTCTAAGGTACTATTTTGAATGGCCC  550

seq1  CTCATAATTTGAACACACAACTGTTTCAATTATAACTGTTTCACTGATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAATTTGAACACACAACTGTTTCAATTATAACTGTTTCACTGATTA  600

seq1  ACTGTGTGTTTAATTAGTTAAAAGAGATTGTTTCTCATTGGATGACCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTGTTTAATTAGTTAAAAGAGATTGTTTCTCATTGGATGACCTAT  650

seq1  TAACTTCAGACATTGTGACTGCTATTGGGAAATACCTACAAATGAGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCAGACATTGTGACTGCTATTGGGAAATACCTACAAATGAGTAAT  700

seq1  ATTTATGCTATAGTAATTTCAACTGTAATTGGAACCATATTTCAGGTAGG  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTTATGCTATAGTAATTTCAACTGTAATTGGAACCATATTTCACGTAGG  750

seq1  GTATAACTAATAGCTCTTAAAAATCTCTATATGTAATATCTGGTTTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACTAATAGCTCTTAAAAATCTCTATATGTAATATCTGGTTTTGAG  800

seq1  GCAGAGGGACCACA-TTTGCATCTACAACTAACAAAGATTCAAA-TGTTA  848
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAGAGGGACCACATTTTGCATCTACAACTAACAAAGATTCAAATTGTTA  850

seq1  GATGATTCAAATGTTTAGA-TATAAATGCTAGTTCTAAAAAAAACTCTTC  897
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GATGATTCAAATGTTTAGATTATAAATGCTAGTTCTAAAAAAACTTCTTC  900

seq1  AATGCAAGATGTAGC-TATATCTGTGTAAGAGTTCCTGAAGAGCATAAAC  946
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGC-AGATGTAGCTTATATCTGTGTAAGAGTTCCTGAAGAGCATAAAC  949

seq1  CAAATAGG-ATATGTAAAT-GTTTCTAGAAGTTTAACTAACTGGTG-CTA  993
      |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAAATAGGAATATGTTAATGGTTTCTAGAAGTTTAACTAACTGGTGCCTA  999

seq1  TTATACTAATTTCCAAA-GTGT-GTTTCAATAAACCTACAAATTACAGTT  1041
      ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||| 
seq2  TTATACTAATTTCCAAAGGTGTGGTTTCATTAAACCTAC-AATTACAGT-  1047

seq1  GAATAAAAATCTT-CATTGTGGTCTACCTACGACAATACTT  1081
        ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -GATAAAAATCTTCCATTGTGGTCTA-CTACGACAATACTT  1086


seq1: chr11_37747284_37748385
seq2: B6Ng01-177N09.g_68_1168 (reverse)

seq1  TGCTG-AGTTTCTGTGCAGGGTGTGCACAAAGCTCCAATCTA-TTTCTAG  48
      ||||| ||||||||||||||||| || ||| |||| |  ||| |||||||
seq2  TGCTGAAGTTTCTGTGCAGGGTG-GCCCAAGGCTCAATCCTATTTTCTAG  49

seq1  TTCAATATGATTTCAAATCAGTGTTCAATTGACACAAGCTCTACTTG-AT  97
      ||||||| || | ||| ||||||||| |||||| |||||| |||||| ||
seq2  TTCAATA-GA-TCCAATTCAGTGTTCCATTGACCCAAGCTTTACTTGAAT  97

seq1  GTAGAACCCATTCA-TCTC-TCAGTTGAATG-TCTCAGAAATTCT-CAGT  143
      |||| ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| |||| ||||
seq2  GTAG-ACCCATTCATTCTCTTCAG-TGAATGTTCTCAGAATTTCTCCAGT  145

seq1  AGGGCACAGCACTATGGTAACAAAGATGAGACCTAACACAGGCCTGGAAA  193
      |||||||||||||   |||   |||||||||| ||   ||||||||||||
seq2  AGGGCACAGCACTTATGTA--CAAGATGAGACTTACACCAGGCCTGGAAA  193

seq1  AGATGGATCCCACAAATGAAGAGATGCCTACCTACACTTGAGTCAAATTT  243
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAT-CCACAAATG-AGAGATGCCTACCTACACTTGAGTCAAATTT  241

seq1  GAAACTATAAAAGCTAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  293
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTTAAAAGCTAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  291

seq1  TGTGACAAACTTG-TAAGAAGAATAACTTGACATGAATACTTTTCAAGCG  342
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAAACTTGTTAAGAAGAATAACTTGACATGAATACTTTTCAAGCG  341

seq1  ATTAGAGGCCTGGGCTTTAGTGGTCAAGTCTACAGTTCGCTAAGTTGTTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGGCCTGGGCTTTAGTGGTCAAGTCTACAGTTCGCTAAGTTGTTC  391

seq1  CAAGAAAATCTCCAAAGCCAATGTGTATATGGCTGTTGATTATCTCATAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATCTCCAAAGCCAATGTGTATATGGCTGTTGATTATCTCATAC  441

seq1  AGCAAAACACACAAACCAAGTGTGTCTTGAAATTGGGATCAGAACCCACC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACACACAAACCAAGTGTGTCTTGAAATTGGGATCAGAACCCACC  491

seq1  TATTACTTTCAACAGCTAAGAACTGAGTGACCATCCTATTCTTGAGAGTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTTCAACAGCTAAGAACTGAGTGACCATCCTATTCTTGAGAGTT  541

seq1  GACAGCACCTTATAAAAGTTATATTGGGGCATGAAAAAAAATGTTAACTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCACCTTATAAAAGTTATATTGGGGCATGAAAAAAAATGTTAACTT  591

seq1  TTCTGTTAATAATTTCCTGGGAGGATATGATATGCCTTTCTTTCTCTCCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTAATAATTTCCTGGGAGGATATGATATGCCTTTCTTTCTCTCCT  641

seq1  ATACCTTGCTGTTTTTCTCCTCCCTTGATAACAAGACAATTTATGCTCAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTGCTGTTTTTCTCCTCCCTTGATAACAAGACAATTTATGCTCAT  691

seq1  GTTGGTAGAGGAAAAACGTCCCAGAAGACTGGAACACACTTCTCCTCTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTAGAGGAAAAACGTCCCAGAAGACTGGAACACACTTCTCCTCTGT  741

seq1  CTGTCCACAGAGGCTGTGTTGCTATTGATTTGAGAATGTGTGGAACAGGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCACAGAGGCTGTGTTGCTATTGATTTGAGAATGTGTGGAACAGGG  791

seq1  TTCTTTTTATAGTCATTGCTGCCTCTCTCATTTTGACTGTAGTAAACAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTATAGTCATTGCTGCCTCTCTCATTTTGACTGTAGTAAACAAG  841

seq1  TCAATATTTTACCATTTTAGGTATCTCCCCACAAACACTTATCTTATGAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTTTACCATTTTAGGTATCTCCCCACAAACACTTATCTTATGAG  891

seq1  ATAGAAATAACAGACTCCTGAAATCCCAAATGTGCTCTGGGAAGGTTACT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATAACAGACTCCTGAAATCCCAAATGTGCTCTGGGAAGGTTACT  941

seq1  AGTGTGTATTTCTTGAGTTATTTACTAGGAATTGCAATTTTGCTGTATTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTATTTCTTGAGTTATTTACTAGGAATTGCAATTTTGCTGTATTC  991

seq1  AAGTGAGATCTAATGACAGAGAGCCCATAATCTTCCCAGTAGGAAACCCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGATCTAATGACAGAGAGCCCATAATCTTCCCAGTAGGAAACCCT  1041

seq1  GCCAGTGCTTTTTGTAGGAGGAAAAATTACTTGGGGAATAGGGGGGAGAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGCTTTTTGTAGGAGGAAAAATTACTTGGGGAATAGGGGGGAGAC  1091

seq1  AAAAGAATTC  1102
      ||||||||||
seq2  AAAAGAATTC  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |