BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179B09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 113,195,508 - 113,349,400
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc39a11
Upstream geneEG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9, 2610035D17Rik
Downstream geneSstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4, Sdk2, LOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179B09.bB6Ng01-179B09.g
ACCGA005903GA005904
length844489
definitionB6Ng01-179B09.b B6Ng01-179B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,195,508 - 113,196,345)(113,348,907 - 113,349,400)
sequence
gaattctaagccccaccgtgaagctatcaagaggtgggtctaaggggtga
tttgattggagcatggggctctcaggaatgagtttagcaccttcctaaaa
gtggcctaagggaacccaacagtccctcccgtcctgtgaagacacagcaa
aaatgtcaggcatgaaccagacattgaatctgctgcctcccgtgtcttgg
tcacctgggcctccggagccgcgaggagtcgtgtctgtttttcctgaggc
gtggaatgtaatggtgtttgctataatatgctaagtggatgaagacagcc
aaggagggagcacagtcagggctgtgtgggaaggccttctactaagccag
cccaggctgcctctccccatgtcactggccaggtccttcctgcggtgtgc
caagttcaagagctgactacttcccccagggaagcattcgggggctctta
gcaacgcgtcccaaccacagacctcttctccactcctttacttcctttat
taagtacttcctgcttcccctgagaccagcgttggtttcctaagctggaa
gaggggaggagtgatttattacccttctctcctgctcctcctgccaatca
acagccaagttctgcctactctctgttgcctctgccctatcagataactc
atgttatggatccaatgccaaatgcctctctcaggctcctgtgctctcac
atatgaacacgcccacccccaccccaccccccatccccagctcagggagc
tgatttgggaggctttgaaattctttaggaggtagaatttcactgggagg
aagtggggtcatctgggtggagggttggggacgggactttgggg
ttgcccaggaaatatctggtggagaggagggaaggagggaaggattgggg
acgagttcttaagggcaggaagatggtggctgcaggcatcaggttttcag
atgggatctgcactccaggaggtcaggggcagcccagagtcagcctgtaa
gtctcctcgtctgcagggtagttagttggtggccccgtagtctctgggag
ggttggcttgaagctggcatttgttatcattgcccaggtgacgctgtgac
tcagcactccttcccgttcctgcggcttcatgggagggagaagcacctgg
gaacacaggcccatgtggtcagctgtttcctggcactgtggctgtctctg
gcagctggcaaccgatggtgttgtctgggaggttttttttattgttttat
tgagtggactttcctcctccctgggagctatttccctgtgactggttgct
ctaatgtgactcctttttcttcaaactcatcactgtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_113195508_113196345
seq2: B6Ng01-179B09.b_37_880

seq1  GAATTCTAAGCCCCACCGTGAAGCTATCAAGAGGTGGGTCTAAGGGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGCCCCACCGTGAAGCTATCAAGAGGTGGGTCTAAGGGGTGA  50

seq1  TTTGATTGGAGCATGGGGCTCTCAGGAATGAGTTTAGCACCTTCCTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTGGAGCATGGGGCTCTCAGGAATGAGTTTAGCACCTTCCTAAAA  100

seq1  GTGGCCTAAGGGAACCCAACAGTCCCTCCCGTCCTGTGAAGACACAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTAAGGGAACCCAACAGTCCCTCCCGTCCTGTGAAGACACAGCAA  150

seq1  AAATGTCAGGCATGAACCAGACATTGAATCTGCTGCCTCCCGTGTCTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAGGCATGAACCAGACATTGAATCTGCTGCCTCCCGTGTCTTGG  200

seq1  TCACCTGGGCCTCCGGAGCCGCGAGGAGTCGTGTCTGTTTTTCCTGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGGCCTCCGGAGCCGCGAGGAGTCGTGTCTGTTTTTCCTGAGGC  250

seq1  GTGGAATGTAATGGTGTTTGCTATAATATGCTAAGTGGATGAAGACAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGTAATGGTGTTTGCTATAATATGCTAAGTGGATGAAGACAGCC  300

seq1  AAGGAGGGAGCACAGTCAGGGCTGTGTGGGAAGGCCTTCTACTAAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGAGCACAGTCAGGGCTGTGTGGGAAGGCCTTCTACTAAGCCAG  350

seq1  CCCAGGCTGCCTCTCCCCATGTCACTGGCCAGGTCCTTCCTGCGGTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTGCCTCTCCCCATGTCACTGGCCAGGTCCTTCCTGCGGTGTGC  400

seq1  CAAGTTCAAGAGCTGACTACTTCCCCCAGGGAAGCATTCGGGGGCTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCAAGAGCTGACTACTTCCCCCAGGGAAGCATTCGGGGGCTCTTA  450

seq1  GCAACGCGTCCCAACCACAGACCTCTTCTCCACTCCTTTACTTCCTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGCGTCCCAACCACAGACCTCTTCTCCACTCCTTTACTTCCTTTAT  500

seq1  TAAGTACTTCCTGCTTCCCCTGAGACCAGCGTTGGTTTCCTAAGCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACTTCCTGCTTCCCCTGAGACCAGCGTTGGTTTCCTAAGCTGGAA  550

seq1  GAGGGGAGGAGTGATTTATTACCCTTCTCTCCTGCTCCTCCTGCCAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAGGAGTGATTTATTACCCTTCTCTCCTGCTCCTCCTGCCAATCA  600

seq1  ACAGCCAAGTTCTGCCTACTCTCTGTTGCCTCTGCCCTATCAGATAACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGTTCTGCCTACTCTCTGTTGCCTCTGCCCTATCAGATAACTC  650

seq1  ATGTTATGGATCCAATGCCAAATGCCTCTCTCAGGCTCCTGTGCTCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGGATCCAATGCCAAATGCCTCTCTCAGGCTCCTGTGCTCTCAC  700

seq1  ATATGAACACGCCCACCCCCACCCCACCCCCCATCCCCAGCTCAGGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACACGCCCACCCCCACCCCACCCCCCATCCCCAGCTCAGGGAGC  750

seq1  TGATTTGGGAGGCTTTGAAA-TCTTTAGGAGGTAGAATTTCACT-GGAGG  798
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGATTTGGGAGGCTTTGAAATTCTTTAGGAGGTAGAATTTCACTGGGAGG  800

seq1  AAGT-GGGTCA-CT-GGTGGAGGG-TGGGGACGGGACTTTGGGG  838
      |||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGTCATCTGGGTGGAGGGTTGGGGACGGGACTTTGGGG  844

seq1: chr11_113348907_113349400
seq2: B6Ng01-179B09.g_67_561 (reverse)

seq1  CCCACAGTGATGAGTCTGAAGAAAAAGGAGTCACATTAGAGCAACCAGTC  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGTGATGAGTTTGAAGAAAAAGGAGTCACATTAGAGCAACCAGTC  50

seq1  ACAGGGAAATAGCTCCCAGGGCGGAGGAAAGTCCACTCAATAAAACAAT-  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAGGGAAATAGCTCCCAGGGAGGAGGAAAGTCCACTCAATAAAACAATA  100

seq1  AAAGAGACCTCCCAGACAACACCATCGGTTGCCAGCTGCCAGAGACAGCC  149
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCTCCCAGACAACACCATCGGTTGCCAGCTGCCAGAGACAGCC  150

seq1  ACAGTGCCAGGAAACAGCTGACCACATGGGCCTGTGTTCCCAGGTGCTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCAGGAAACAGCTGACCACATGGGCCTGTGTTCCCAGGTGCTTC  200

seq1  TCCCTCCCATGAAGCCGCAGGAACGGGAAGGAGTGCTGAGTCACAGCGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCATGAAGCCGCAGGAACGGGAAGGAGTGCTGAGTCACAGCGTC  250

seq1  ACCTGGGCAATGATAACAAATGCCAGCTTCAAGCCAACCCTCCCAGAGAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCAATGATAACAAATGCCAGCTTCAAGCCAACCCTCCCAGAGAC  300

seq1  TACGGGGCCACCAACTAACTACCCTGCAGACGAGGAGACTTACAGGCTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGGGCCACCAACTAACTACCCTGCAGACGAGGAGACTTACAGGCTGA  350

seq1  CTCTGGGCTGCCCCTGACCTCCTGGAGTGCAGATCCCATCTGAAAACCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCTGCCCCTGACCTCCTGGAGTGCAGATCCCATCTGAAAACCTG  400

seq1  ATGCCTGCAGCCACCATCTTCCTGCCCTTAAGAACTCGTCCCCAATCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCAGCCACCATCTTCCTGCCCTTAAGAACTCGTCCCCAATCCTT  450

seq1  CCCTCCTTCCCTCCTCTCCACCAGATATTTCCTGGGCAAGAATTC  494
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTCCCTCCTCTCCACCAGATATTTCCTGGGCAAGAATTC  495