BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180B19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 42,277,607 - 42,426,971
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabrb2
Upstream geneHspd1, LOC100039292, Gabrg2, Gabra1, Gabra6
Downstream geneAtp10b, EG544767, Pttg1, Slu7, LOC100039392, C1qtnf2, Ccnjl, Fabp6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180B19.bB6Ng01-180B19.g
ACCGA006638GA006639
length6701,177
definitionB6Ng01-180B19.b B6Ng01-180B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,426,305 - 42,426,971)(42,277,607 - 42,278,766)
sequence
gaattcataagaacttttgattcttacaggtctctgtggtgtaggtaatt
gagtgtacttttacaatgaactttcctagttcaaaacccttttctctgag
aatatctatgttggtcctggctgacctgtggactctttccttttggataa
aagctagaaatgagtgacaatttcctgtgacttagaatagaggcagtggg
tggacttttgcacccaaatcctaggctcaagagctcttcctgactgccaa
gtagctgagactacagactcacaccattgtatcacttaaagactggattt
gggcaagtttctggaaattgatgtgagaatttacacatccaatcataaca
actcagcacaagaatgagacaaatgtttctcaattcagttttcatttgct
gtactgacacaagccccaagctagaatcagtgaactgatctaatcttttc
attaactggttcatctaccctaaagctctatgggtggcaaattcctgaag
attttttagcaatactatatagcttgcaattcacaatttcccagtttaag
ttacccaaaataagaccacagagaacactttgctttggtttttccttccc
aaggctagaaacatgctactctgtggttttagcatgcagcagtaaggata
acaaatggcaagctgcactt
gaattcttgaaacaaacagtgctcttgaggtaatacttgctctgttcaat
gatgttcaaaatttatatgaggtagtttatcacagtgaccttctagcact
ttggaagacagtagagtgctggtgtcaaactgatggctttctgaaatgaa
tatttatgatctcacatatggaggaggaggcttggaaagataggactgaa
tgggagggaaagaatctctctctattttagggttgcataatgaaagccac
caagttaatgtataaattcatgcattacacagctgacttcacatgctgcg
aatgggtgctcttcacctgatatgctgtccttcaaaacaacctgctgtat
gctttggcaaaggcattgtgttgtagccacataaaccaggtggtagagta
tatcatagatggtatcaaactctctttcagttatgtgtgtagggagttaa
aatgcaatccatccctatttacaagatgcgtttgagtgtgccttttccag
gggtatggagttgctgggaaatatatttgtttctgtatactgttcaattg
tgatagataaaaggaacacacccaactctgagaactctgatcacaggaat
gatgggttttgtctaggatgcctctttccagcaaaactctggctttatat
tcatctttcttatctaatagtcatacatattcttcaaagtttagtgtaga
tctgtctgtgactaccttaaagtgatccaaatatcagttacttgtcatgt
aagtgggaaataacaaaaacagactttaagcaggcttctacaaaagggga
aaggcattgtctcactaaccaaaattaccaggcattgctttaccctcaga
catggctaatagcacacccagtcgtgctcaaatggcattgtctgcagtca
gtgcaatgagtcttcgtctcttgactgtattcaccctttctctttatttt
aagcagctttgtttttcaaagggttgccttctcttttaaaaggataaaaa
gaactccagtctacaagggaattatgtattccagtgcccttagatcaaaa
attggagaagttagaagtctttattgacttaccttgaggtgaatattaaa
cattctcttgaccttggaaggatgggatatgagcctgtgcttcttatggc
taatacttagttggctagttcattttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_42426305_42426971
seq2: B6Ng01-180B19.b_43_712 (reverse)

seq1  AAGTGCAGCTTGCCATTTGTTCTCCTTACTGCTGCATGCTAAAACCACAG  50
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAGCTTGCCATTTGTTATCCTTACTGCTGCATGCTAAAACCACAG  50

seq1  AGTAGCATGTTTCTAGCCTTGGGAAGG-AAAACCAAAGC-AAGTGTTCTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTAGCATGTTTCTAGCCTTGGGAAGGAAAAACCAAAGCAAAGTGTTCTC  100

seq1  TGTGGTCTTA-TTTGGGTAACTTAAACTGGGAAATTGTGAATTGCAAGCT  147
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCTTATTTTGGGTAACTTAAACTGGGAAATTGTGAATTGCAAGCT  150

seq1  ATATAGTATTGCTAAAAAATCTTCAGGAATTTGCCACCCATAGAGCTTTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTATTGCTAAAAAATCTTCAGGAATTTGCCACCCATAGAGCTTTA  200

seq1  GGGTAGATGAACCAGTTAATGAAAAGATTAGATCAGTTCACTGATTCTAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATGAACCAGTTAATGAAAAGATTAGATCAGTTCACTGATTCTAG  250

seq1  CTTGGGGCTTGTGTCAGTACAGCAAATGAAAACTGAATTGAGAAACATTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCTTGTGTCAGTACAGCAAATGAAAACTGAATTGAGAAACATTT  300

seq1  GTCTCATTCTTGTGCTGAGTTGTTATGATTGGATGTGTAAATTCTCACAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATTCTTGTGCTGAGTTGTTATGATTGGATGTGTAAATTCTCACAT  350

seq1  CAATTTCCAGAAACTTGCCCAAATCCAGTCTTTAAGTGATACAATGGTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCCAGAAACTTGCCCAAATCCAGTCTTTAAGTGATACAATGGTGT  400

seq1  GAGTCTGTAGTCTCAGCTACTTGGCAGTCAGGAAGAGCTCTTGAGCCTAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTAGTCTCAGCTACTTGGCAGTCAGGAAGAGCTCTTGAGCCTAG  450

seq1  GATTTGGGTGCAAAAGTCCACCCACTGCCTCTATTCTAAGTCACAGGAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGTGCAAAAGTCCACCCACTGCCTCTATTCTAAGTCACAGGAAA  500

seq1  TTGTCACTCATTTCTAGCTTTTATCCAAAAGGAAAGAGTCCACAGGTCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTCATTTCTAGCTTTTATCCAAAAGGAAAGAGTCCACAGGTCAG  550

seq1  CCAGGACCAACATAGATATTCTCAGAGAAAAGGGTTTTGAACTAGGAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACCAACATAGATATTCTCAGAGAAAAGGGTTTTGAACTAGGAAAG  600

seq1  TTCATTGTAAAAGTACACTCAATTACCTACACCACAGAGACCTGTAAGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGTAAAAGTACACTCAATTACCTACACCACAGAGACCTGTAAGAA  650

seq1  TCAAAAGTTCTTATGAATTC  667
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGTTCTTATGAATTC  670

seq1: chr11_42277607_42278766
seq2: B6Ng01-180B19.g_68_1244

seq1  GAATTCTTGAAACAAACAGTGCTCTTGAGGTAATACTTGCTCTGTTCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAACAAACAGTGCTCTTGAGGTAATACTTGCTCTGTTCAAT  50

seq1  GATGTTCAAAATTTATATGAGGTAGTTTATCACAGTGACCTTCTAGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCAAAATTTATATGAGGTAGTTTATCACAGTGACCTTCTAGCACT  100

seq1  TTGGAAGACAGTAGAGTGCTGGTGTCAAACTGATGGCTTTCTGAAATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGACAGTAGAGTGCTGGTGTCAAACTGATGGCTTTCTGAAATGAA  150

seq1  TATTTATGATCTCACATATGGAGGAGGAGGCTTGGAAAGATAGGACTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATGATCTCACATATGGAGGAGGAGGCTTGGAAAGATAGGACTGAA  200

seq1  TGGGAGGGAAAGAATCTCTCTCTATTTTAGGGTTGCATAATGAAAGCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGAAAGAATCTCTCTCTATTTTAGGGTTGCATAATGAAAGCCAC  250

seq1  CAAGTTAATGTATAAATTCATGCATTACACAGCTGACTTCACATGCTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAATGTATAAATTCATGCATTACACAGCTGACTTCACATGCTGCG  300

seq1  AATGGGTGCTCTTCACCTGATATGCTGTCCTTCAAAACAACCTGCTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTGCTCTTCACCTGATATGCTGTCCTTCAAAACAACCTGCTGTAT  350

seq1  GCTTTGGCAAAGGCATTGTGTTGTAGCCACATAAACCAGGTGGTAGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGCAAAGGCATTGTGTTGTAGCCACATAAACCAGGTGGTAGAGTA  400

seq1  TATCATAGATGGTATCAAACTCTCTTTCAGTTATGTGTGTAGGGAGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATAGATGGTATCAAACTCTCTTTCAGTTATGTGTGTAGGGAGTTAA  450

seq1  AATGCAATCCATCCCTATTTACAAGATGCGTTTGAGTGTGCCTTTTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAATCCATCCCTATTTACAAGATGCGTTTGAGTGTGCCTTTTCCAG  500

seq1  GGGTATGGAGTTGCTGGGAAATATATTTGTTTCTGTATACTGTTCAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGGAGTTGCTGGGAAATATATTTGTTTCTGTATACTGTTCAATTG  550

seq1  TGATAGATAAAAGGAACACACCCAACTCTGAGAACTCTGATCACAGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGATAAAAGGAACACACCCAACTCTGAGAACTCTGATCACAGGAAT  600

seq1  GATGGGTTTTGTCTAGGATGCCTCTTTCCAGCAAAACTCTGGCTTTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTTTTGTCTAGGATGCCTCTTTCCAGCAAAACTCTGGCTTTATAT  650

seq1  TCATCTTTCTTATCTAATAGTCATACATATTCTTCAAAGTTTAGTGTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTCTTATCTAATAGTCATACATATTCTTCAAAGTTTAGTGTAGA  700

seq1  TCTGTCTGTGACTACCTTAAAGTGATCCAAATATCAGTTACTTGTCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTGACTACCTTAAAGTGATCCAAATATCAGTTACTTGTCATGT  750

seq1  AAGTGGGAAATAACAAAAACAGACTTTAAGCAGGCTTCTACAAAAGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGAAATAACAAAAACAGACTTTAAGCAGGCTTCTACAAAAGGGGA  800

seq1  AAGGCATTGTCTCACTAACCAAAATTACCAGGCATTGCTTTAACCTCAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGGCATTGTCTCACTAACCAAAATTACCAGGCATTGCTTTACCCTCAGA  850

seq1  CATGGCTAATAGCACACCCAGTCGTGCTCAAATGGCATTGTCTGCAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTAATAGCACACCCAGTCGTGCTCAAATGGCATTGTCTGCAGTCA  900

seq1  GTGCAATGAGTCTTCGTCTCTTGACTGTATTCACCCTTTCTCTTTATTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGCAATGAGTCTTCGTCTCTTGACTGTATTCACCCTTTCTCTTTA-TTT  949

seq1  TAAGCAGC-TTGTTTT--CAAGGGTTGCCCTTCTCTTT--AAAAGATAAA  995
      |||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||  ||| ||||||
seq2  TAAGCAGCTTTGTTTTTCAAAGGGTTG-CCTTCTCTTTTAAAAGGATAAA  998

seq1  A--GACTCCAGTCTACAAAGGAAAATATGTATTCCAGTGCCC-TAGACCA  1042
      |   |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||| ||
seq2  AAGAACTCCAGTCTAC-AAGGGAATTATGTATTCCAGTGCCCTTAGATCA  1047

seq1  AAAATT-GAGAAG-TAG-AGTC-TTATTGACTTACCTTGA-GTG-ATA-T  1085
      |||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| |
seq2  AAAATTGGAGAAGTTAGAAGTCTTTATTGACTTACCTTGAGGTGAATATT  1097

seq1  AAACA-TCTCTGAACCT--GGAGGAT-GGATAT-AG-CTGTGTCTCTATT  1129
      ||||| |||||  ||||  | ||||| |||||| || |||||  |||  |
seq2  AAACATTCTCTTGACCTTGGAAGGATGGGATATGAGCCTGTGCTTCTTAT  1147

seq1  GCCTAAATACTTAGTTGGGTTTGTCATTTTC  1160
      | || ||||||||||||| |   ||||||||
seq2  GGCT-AATACTTAGTTGGCTAGTTCATTTTC  1177