BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180G07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 30,345,650 - 30,432,642
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930505A04Rik, Acyp2
Upstream geneA430106J12Rik, 2010316F05Rik, LOC100042990, Mtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830, LOC666403, Rtn4, C230094A16Rik, 4931440F15Rik, Spnb2, EG666427, LOC666432
Downstream geneLOC654445, LOC666452, LOC666470, LOC631243, Psme4, Gpr75, LOC100042469, 4933407N01Rik, Asb3, Chac2, Stc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180G07.bB6Ng01-180G07.g
ACCGA006836GA006837
length1,1831,181
definitionB6Ng01-180G07.b B6Ng01-180G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,431,451 - 30,432,642)(30,345,650 - 30,346,823)
sequence
gaattcttggcatctttaaaatctccaggaaacaaacaaaaaacatgtta
cagaggtaaagccagtataggaggaaagaaaagaccctgtgaattatagc
catgttcttccttgactcctctaacagtgttactgagttctcacttgtcc
tgaacgagtgccctcacaggtcatttaacactttaaataaccttgtttgt
tcagaactattgttcattggactaggctgcccagttttggaaattgagaa
attgaaaagactggtgttaggccagagaagaaacatattgttaatttcct
gtttcccatagaaagtctattaaaccatttgtagagggaatggttacata
gacattgtaagtggtttcccagtggctttattgctgtggcagaggctcct
gcctcttaaggagatcatacggatcatataaatataggaagcatgggtgt
tgctacaatttaggtagtgatttaccttaggaaagttaataattgtgagt
agctattttctaatgtgctcaaacagcagcacaggtaattgcctcctgaa
aatgtaagatactgaaggtctgtgaagtcctgccttagctgaccagctcc
aaggtggcagaggcaaatggtagggctagcccaagctagccatgggtagg
cagagacacaggcccatgaatagacctgtgcagtgaccattgccaatggt
ctcctcctgtgaatgccatagagtagcaaaatgccacactgttacagtgc
tcttcccacacaatgcccaaacagcagcctttatgccagttgtccctatt
tagagaactcacaaaagtgtaactaaataaactaaacaatgaatgctttt
aaaatgaaacaaaatgtacatttagatggcaagttgtttgaaatgatcta
taattttggttcagagacctataatttccagaggcaggaaagctataaaa
gatactgggtatagtgaggaaatttgagttctggatgaatattagattta
aaaatactatatgtatgtgtgtgcatctgcatgtgaatatgtgcataacg
tgtgtgctggtgctggggaaggtcagaagagcattacagatggtgtgaag
caatcatgtgggtgctggtactgaattccagttcttctgtaaagccatag
tgccttaactgcctggatctggtctctccagcc
gaattcattttggtttacagttccagaagaatggagcccatcatgggagg
gaaatcatgctggcagatgtttgaagctagatagtcatactgtattgaca
ggaggtagtaaaagaaccagaagagagattgggctatcctaagtgtggga
tagtgtgcaatgtaaaggctctacaaagatatgactggctggagatccaa
tggcttccaagggacatttcacaaaccacagcaatcagtgcccctcagag
tatactttgagatactgccagttagagtcggattctattttaatagttac
agtttttagaatttgatgggaaagctgagcagacttctaagtttctgact
ttgaagttggtgtaatcaatggtctgtacagtatctagagctactggact
ggagagactttctctgggaagaaacaacaggcttttagaggaccatatat
gttgtgtatgtattttcaacttctatagagaagtctttttttttttcagg
aggtgcacatgcactgaatgtatcttaattcaatagcaggaaagagagta
ataaagttttcgcatggataaccttacctattccacaagaaggcttttgc
atccggctgtgtttgactggcaaaaccaatgggcatgctggcttctggaa
gtcactccgctggacacttttggtgtcataagatggttgggagacatgtt
ttggtgcttcattatggaaccaccattttctcttcacagaaaaaaaatgg
aaatgcactgtcaaataatgatggaaattttcatttgatgcttaaagtct
atgcatattcagtgatttaatgtaacaagatattagtgtagaattattat
tcactttgtgtatggtttgtcgtatgatgtatatgtgcatgtatactcat
gaagaggacatgccatagggcacttcctcagctgcacttccattttgttt
tattgcgatggggtctaccactgaaccttgaagctatgcaatccaggccc
agttggtgtcttaggtggagctccaggaatctgcttatctcttgttcttt
tctctctcaattatgttccattcttggttcccccagcagtgtgtattaca
gcatttcttatcttggggatcaggctcagatctcatgggtaaacacatac
gttactgagaatgttctgcttgtcctcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_30431451_30432642
seq2: B6Ng01-180G07.b_42_1224 (reverse)

seq1  GGCTGGAGAGA-CAGATC--AGCAGTTAAAAGCACTTTATGCTTTTACAG  47
      ||||||||||| ||||||   |||||| || ||||  ||||  |||||||
seq2  GGCTGGAGAGACCAGATCCAGGCAGTT-AAGGCAC--TATGGCTTTACAG  47

seq1  AAGACCTGG-ATTCAGTACCCAGCACCCACATGATTGC-TCACAACCATC  95
      |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  AAGAACTGGAATTCAGTA-CCAGCACCCACATGATTGCTTCAC-ACCATC  95

seq1  TGTAATGCCTTCTTCTGACCTCCCCAGGCACCAAGCACACCACGTTATGC  145
      ||||||||  ||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||||||
seq2  TGTAATGC--TCTTCTGACCTTCCCCAGCACC-AGCACA-CACGTTATGC  141

seq1  ACATATTCACATGCAGATGCACACACATACATATAAGTATTTTTTTAAAT  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||
seq2  ACATATTCACATGCAGATGCACACACATACATAT-AGTA--TTTTTAAAT  188

seq1  CTAATATTCATCCAGAACTCAAATTTTCCTCACTATACCCAGTATCTTTT  245
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTCATCCAGAACTCAAA-TTTCCTCACTATACCCAGTATCTTTT  237

seq1  ATAGCTTTCCTGCCTCTGGAAATTATAGGTCTCTGAACCAAAATTATAGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTTCCTGCCTCTGGAAATTATAGGTCTCTGAACCAAAATTATAGA  287

seq1  TCATTTCAAAACAACTTGCCATCTAAATGTACATTTTGTTTCATTTTAAA  345
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTC-AAACAACTTGCCATCTAAATGTACATTTTGTTTCATTTTAAA  336

seq1  AGCATTCATTGTTTAGTTTATTTAGTTACACTTTTGTGAGTTCTCTAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCATTGTTTAGTTTATTTAGTTACACTTTTGTGAGTTCTCTAAAT  386

seq1  AGGGACAACTGGCATAAAGGCTGCTGTTTGGGCATTGTGTGGGAAGAGCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAACTGGCATAAAGGCTGCTGTTTGGGCATTGTGTGGGAAGAGCA  436

seq1  CTGTAACAGTGTGGCATTTTGCTACTCTATGGCATTCACAGGAGGAGACC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACAGTGTGGCATTTTGCTACTCTATGGCATTCACAGGAGGAGACC  486

seq1  ATTGGCAATGGTCACTGCACAGGTCTATTCATGGGCCTGTGTCTCTGCCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAATGGTCACTGCACAGGTCTATTCATGGGCCTGTGTCTCTGCCT  536

seq1  ACCCATGGCTAGCTTGGGCTAGCCCTACCATTTGCCTCTGCCACCTTGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGGCTAGCTTGGGCTAGCCCTACCATTTGCCTCTGCCACCTTGGA  586

seq1  GCTGGTCAGCTAAGGCAGGACTTCACAGACCTTCAGTATCTTACATTTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCAGCTAAGGCAGGACTTCACAGACCTTCAGTATCTTACATTTTC  636

seq1  AGGAGGCAATTACCTGTGCTGCTGTTTGAGCACATTAGAAAATAGCTACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCAATTACCTGTGCTGCTGTTTGAGCACATTAGAAAATAGCTACT  686

seq1  CACAATTATTAACTTTCCTAAGGTAAATCACTACCTAAATTGTAGCAACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTATTAACTTTCCTAAGGTAAATCACTACCTAAATTGTAGCAACA  736

seq1  CCCATGCTTCCTATATTTATATGATCCGTATGATCTCCTTAAGAGGCAGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCTTCCTATATTTATATGATCCGTATGATCTCCTTAAGAGGCAGG  786

seq1  AGCCTCTGCCACAGCAATAAAGCCACTGGGAAACCACTTACAATGTCTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGCCACAGCAATAAAGCCACTGGGAAACCACTTACAATGTCTAT  836

seq1  GTAACCATTCCCTCTACAAATGGTTTAATAGACTTTCTATGGGAAACAGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCATTCCCTCTACAAATGGTTTAATAGACTTTCTATGGGAAACAGG  886

seq1  AAATTAACAATATGTTTCTTCTCTGGCCTAACACCAGTCTTTTCAATTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAACAATATGTTTCTTCTCTGGCCTAACACCAGTCTTTTCAATTTC  936

seq1  TCAATTTCCAAAACTGGGCAGCCTAGTCCAATGAACAATAGTTCTGAACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTCCAAAACTGGGCAGCCTAGTCCAATGAACAATAGTTCTGAACA  986

seq1  AACAAGGTTATTTAAAGTGTTAAATGACCTGTGAGGGCACTCGTTCAGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGTTATTTAAAGTGTTAAATGACCTGTGAGGGCACTCGTTCAGGA  1036

seq1  CAAGTGAGAACTCAGTAACACTGTTAGAGGAGTCAAGGAAGAACATGGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAGAACTCAGTAACACTGTTAGAGGAGTCAAGGAAGAACATGGCT  1086

seq1  ATAATTCACAGGGTCTTTTCTTTCCTCCTATACTGGCTTTACCTCTGTAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCACAGGGTCTTTTCTTTCCTCCTATACTGGCTTTACCTCTGTAA  1136

seq1  CATGTTTTTTGTTTGTTTCCTGGAGATTTTAAAGATGCCAAGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTTTGTTTGTTTCCTGGAGATTTTAAAGATGCCAAGAATTC  1183

seq1: chr11_30345650_30346823
seq2: B6Ng01-180G07.g_64_1244

seq1  GAATTCATTTTGGTTTACAGTTCCAGAAGAATGGAGCCCATCATGGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGGTTTACAGTTCCAGAAGAATGGAGCCCATCATGGGAGG  50

seq1  GAAATCATGCTGGCAGATGTTTGAAGCTAGATAGTCATACTGTATTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATGCTGGCAGATGTTTGAAGCTAGATAGTCATACTGTATTGACA  100

seq1  GGAGGTAGTAAAAGAACCAGAAGAGAGATTGGGCTATCCTAAGTGTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAGTAAAAGAACCAGAAGAGAGATTGGGCTATCCTAAGTGTGGGA  150

seq1  TAGTGTGCAATGTAAAGGCTCTACAAAGATATGACTGGCTGGAGATCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGCAATGTAAAGGCTCTACAAAGATATGACTGGCTGGAGATCCAA  200

seq1  TGGCTTCCAAGGGACATTTCACAAACCACAGCAATCAGTGCCCCTCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCAAGGGACATTTCACAAACCACAGCAATCAGTGCCCCTCAGAG  250

seq1  TATACTTTGAGATACTGCCAGTTAGAGTCGGATTCTATTTTAATAGTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTGAGATACTGCCAGTTAGAGTCGGATTCTATTTTAATAGTTAC  300

seq1  AGTTTTTAGAATTTGATGGGAAAGCTGAGCAGACTTCTAAGTTTCTGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTAGAATTTGATGGGAAAGCTGAGCAGACTTCTAAGTTTCTGACT  350

seq1  TTGAAGTTGGTGTAATCAATGGTCTGTACAGTATCTAGAGCTACTGGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTTGGTGTAATCAATGGTCTGTACAGTATCTAGAGCTACTGGACT  400

seq1  GGAGAGACTTTCTCTGGGAAGAAACAACAGGCTTTTAGAGGACCATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGACTTTCTCTGGGAAGAAACAACAGGCTTTTAGAGGACCATATAT  450

seq1  GTTGTGTATGTATTTTCAACTTCTATAGAGAAGTCTTTTTTTTTTTCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTATGTATTTTCAACTTCTATAGAGAAGTCTTTTTTTTTTTCAGG  500

seq1  AGGTGCACATGCACTGAATGTATCTTAATTCAATAGCAGGAAAGAGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCACATGCACTGAATGTATCTTAATTCAATAGCAGGAAAGAGAGTA  550

seq1  ATAAAGTTTTCGCATGGATAACCTTACCTATTCCACAAGAAGGCTTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTTTCGCATGGATAACCTTACCTATTCCACAAGAAGGCTTTTGC  600

seq1  ATCCGGCTGTGTTTGACTGGCAAAACCAATGGGCATGCTGGCTTCTGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGGCTGTGTTTGACTGGCAAAACCAATGGGCATGCTGGCTTCTGGAA  650

seq1  GTCACTCCGCTGGACACTTTTGGTGTCATAAGATGGTTGGGAGACATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCCGCTGGACACTTTTGGTGTCATAAGATGGTTGGGAGACATGTT  700

seq1  TTGGTGCTTCATTATGGAACCACCATTTTCTCTTCACAGAAAAAAAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCTTCATTATGGAACCACCATTTTCTCTTCACAGAAAAAAAATGG  750

seq1  AAATGCACTGTCAAATAATGATGGAAATTTTCATTTGATGCTTAAAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACTGTCAAATAATGATGGAAATTTTCATTTGATGCTTAAAGTCT  800

seq1  ATGAATATTCAGTGATTTAATGTAACAAGATATTAGTGTAGAATTATTAT  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATTCAGTGATTTAATGTAACAAGATATTAGTGTAGAATTATTAT  850

seq1  TCACTTTGTGTATGGTTTGTTCGTATGATGTATATGTGCATGTAATACTC  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCACTTTGTGTATGGTTTG-TCGTATGATGTATATGTGCATGT-ATACTC  898

seq1  ATGAAGAGGACATGCCATAGGGCACCTTCCTCAGCTGCACTTCCATTTTG  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGGACATGCCATAGGGCA-CTTCCTCAGCTGCACTTCCATTTTG  947

seq1  -TTTATTGCGATGGGGTCTACCACTGAACC-TGAAGCTATGCAATCCA-G  997
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TTTTATTGCGATGGGGTCTACCACTGAACCTTGAAGCTATGCAATCCAGG  997

seq1  CCCAGTTGGGTGTC-TAG--TGAGCTCCAGGGATCTGCTTATCTCT--GT  1042
      ||||||| |||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||   |
seq2  CCCAGTT-GGTGTCTTAGGTGGAGCTCCAGGAATCTGCTTATCTCTTGTT  1046

seq1  CTTCTC-CTCTC-ATTATGTTCCCATCCTGG-TCCCCCAGCAGTG-GTAT  1088
      ||| || ||||| ||||||||||  || ||| ||||||||||||| ||||
seq2  CTTTTCTCTCTCAATTATGTTCCATTCTTGGTTCCCCCAGCAGTGTGTAT  1096

seq1  TACAGGCATTTC-TATCTTGGGGATCCAAGCTCAGATTCTCATGG--TAA  1135
      |||| ||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||   ||
seq2  TACA-GCATTTCTTATCTTGGGGAT-CAGGCTCAGA-TCTCATGGGTAAA  1143

seq1  CACACACGTTACTGAGGAAATGTTCTGCCTG-GCTCAGGA  1174
      |||| |||||||||||  |||||||||| ||  |||||||
seq2  CACATACGTTACTGAG--AATGTTCTGCTTGTCCTCAGGA  1181