BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183D17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 19,182,071 - 19,250,383
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627716, LOC665796, Meis1
Downstream geneLOC635455, LOC100042708, Glns-ps1, LOC665868, LOC100041937, Spred2, Actr2, Rab1, Cep68, LOC216544, Slc1a4, LOC100042746
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183D17.bB6Ng01-183D17.g
ACCGA008916GA008917
length1,192940
definitionB6Ng01-183D17.b B6Ng01-183D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,182,071 - 19,183,268)(19,249,446 - 19,250,383)
sequence
gaattcctaatgttggatacatttctaaaaactgtctatttgggaagaac
agggatgaagacgaaaaagatgagggtatagaaaaaggattgcatgttgt
ctaaagtaaaacaccctttgtggccaaagtttcatttattcaataaataa
aaatggaagtgagctccaacttcaacaaggtcaaatttcccttatagctg
cgaaaccacagcaccctaacggctgctaaatatgtcaacacatgaccttc
tcctcgccagtgtggagagatgacttatgagctggtctgacaatctttaa
aggtttaaataccctgctcttataacaagtgtcgccccttcatttgatgg
caaatgattgtgggttcttagagaaagggtagaatttctgcaagaaggaa
aaactacacttggaagctacctgcagtcagctctgtccttccttctggtg
ggtgagcttattgctggccctaagctgcctagtgaacagactttgcttgg
ggaggctaagtttcttctccattccaaatacccagaaaggaaaaggtgac
gctatctgcggtgcggctggctgggctgccagcagctgcttattcggaaa
ggttttagaagatgtgttatgaggcatggtaatgtgtgtcatttttcatg
actgagtcaaaggatttagcaggtcgggtgtatgaagttggacttgacag
tggaaaataccaaataatgtgtgaggtttgcctcataccagtgcctgggc
tctcctaacatcagagcctggggaagagggcatggtttcttggaatgctg
aatgaagctgagttaagagatgggaaatttgggctgaaccaactcaaaag
tcatttttatatgaagacaaaagaaattttcattgttgaaaatatccctc
cacttagaagttcttagtagtgaccgtgaatggtctttgaaaagtataaa
ataaggaacttggcattcttattgtaagaaataggagatggctttaaaga
aagtacaattcaggcttctattgaggctttcttttctcttgttgttgttt
ggttttgatgttgtgttcagtagaactgagggaattctttgcttaggaat
cctcattccactcttcatgtaactccaaatggagggtagctcaagcagca
atttctgaagagaacagataggttactgttgactaagacagg

gaattcactaacccataatgggttactaaagaattttttgtggggggtgg
gagatggacataaaagcagccaaacttaaaacaaactcaaaacaagacag
agcaagaaaacaaacaaagacaaactaaaactctcccagcactcccaagt
gatacagagtccaggtctcacagttgccttctgtaacatggtttttgttt
ctgaacctggtgcagtgcttgactgaaggtataatgtctgtaacgcagag
aatagaatcaaaggagtcctggaagggaggcggcagactgggcgtggtct
ctcaggagttgaccatcacctagcaggtgcctggcttgccctttgtgttg
tacctcagcttctttgggggacactgtgaatgaaataccagcatggtggg
ggatcgagggcttcagctaaccagttttcttcaggagagtaaaccatgga
aacactacatcagagggagcctctgtgaatgtaaagatttggatgcagta
gtctggaggcctgactggaagggctgtgaaaggaaggcgatatgactgtg
taaagctatgaacacatagtctaagtgctcaggtcaatggctcaaaacct
cgaggttattgagcaggccatagagtgactctttctttccttcatttggt
tcttccatagcctaggttcccttagaaaattaaagtgaagcgtttcctgc
tattaccctatttggagatgtgatcttatggagtgagagggaagaaaggg
agggaaaatcagggaaagcaagaggctgttatggagagatccttatatca
taggctgccattgaatctgaatgcaggcttgcctttccaagaatgtcctc
aggaagtcaagtcctgtgtaagtggaccagaaaggagactgtatgtatgt
atatatatgtatatatgtatgttgtatatattatatatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_19182071_19183268
seq2: B6Ng01-183D17.b_47_1238

seq1  GAATTCCTAATGTTGGATACATTTCTAAAAACTGTCTATTTGGGAAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATGTTGGATACATTTCTAAAAACTGTCTATTTGGGAAGAAC  50

seq1  AGGGATGAAGACGAAAAAGATGAGGGTATAGAAAAAGGATTGCATGTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGAAGACGAAAAAGATGAGGGTATAGAAAAAGGATTGCATGTTGT  100

seq1  CTAAAGTAAAACACCCTTTGTGGCCAAAGTTTCATTTATTCAATAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTAAAACACCCTTTGTGGCCAAAGTTTCATTTATTCAATAAATAA  150

seq1  AAATGGAAGTGAGCTCCAACTTCAACAAGGTCAAATTTCCCTTATAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAGTGAGCTCCAACTTCAACAAGGTCAAATTTCCCTTATAGCTG  200

seq1  CGAAACCACAGCACCCTAACGGCTGCTAAATATGTCAACACATGACCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAACCACAGCACCCTAACGGCTGCTAAATATGTCAACACATGACCTTC  250

seq1  TCCTCGCCAGTGTGGAGAGATGACTTATGAGCTGGTCTGACAATCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGCCAGTGTGGAGAGATGACTTATGAGCTGGTCTGACAATCTTTAA  300

seq1  AGGTTTAAATACCCTGCTCTTATAACAAGTGTCGCCCCTTCATTTGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAAATACCCTGCTCTTATAACAAGTGTCGCCCCTTCATTTGATGG  350

seq1  CAAATGATTGTGGGTTCTTAGAGAAAGGGTAGAATTTCTGCAAGAAGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATTGTGGGTTCTTAGAGAAAGGGTAGAATTTCTGCAAGAAGGAA  400

seq1  AAACTACACTTGGAAGCTACCTGCAGTCAGCTCTGTCCTTCCTTCTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACACTTGGAAGCTACCTGCAGTCAGCTCTGTCCTTCCTTCTGGTG  450

seq1  GGTGAGCTTATTGCTGGCCCTAAGCTGCCTAGTGAACAGACTTTGCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCTTATTGCTGGCCCTAAGCTGCCTAGTGAACAGACTTTGCTTGG  500

seq1  GGAGGCTAAGTTTCTTCTCCATTCCAAATACCCAGAAAGGAAAAGGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTAAGTTTCTTCTCCATTCCAAATACCCAGAAAGGAAAAGGTGAC  550

seq1  GCTATCTGCGGTGCGGCTGGCTGGGCTGCCAGCAGCTGCTTATTCGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTGCGGTGCGGCTGGCTGGGCTGCCAGCAGCTGCTTATTCGGAAA  600

seq1  GGTTTTAGAAGATGTGTTATGAGGCATGGTAATGTGTGTCATTTTTCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAGAAGATGTGTTATGAGGCATGGTAATGTGTGTCATTTTTCATG  650

seq1  ACTGAGTCAAAGGATTTAGCAGGTCGGGTGTATGAAGTTGGACTTGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCAAAGGATTTAGCAGGTCGGGTGTATGAAGTTGGACTTGACAG  700

seq1  TGGAAAATACCAAATAATGTGTGAGGTTTGCCTCATACCAGTGCCTGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATACCAAATAATGTGTGAGGTTTGCCTCATACCAGTGCCTGGGC  750

seq1  TCTCCTAACATCAGAGCCTGGGGAAGAGGGCATGGTTTCTTGGAATGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTAACATCAGAGCCTGGGGAAGAGGGCATGGTTTCTTGGAATGCTG  800

seq1  AATGAAGCTGAGTTAAGAGATGGGAAATTT-GGCTGAACCAACTCAAAAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCTGAGTTAAGAGATGGGAAATTTGGGCTGAACCAACTCAAAAG  850

seq1  TCATTTTTATATGAAGACAAAAGAAATTTTCATTGTTGAAAATATCCCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTATATGAAGACAAAAGAAATTTTCATTGTTGAAAATATCCCTC  900

seq1  CACTTAGAAGTTCTTAGTAGTGACCGTGAATGGTCTTTGAAAAGTATAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGAAGTTCTTAGTAGTGACCGTGAATGGTCTTTGAAAAGTATAAA  950

seq1  ATAAAGAACTTGGCATTTCTTATTGTAAGAAATAGGAGATGGCTTTAAAG  999
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAACTTGGCA-TTCTTATTGTAAGAAATAGGAGATGGCTTTAAAG  999

seq1  AAAGTACAATTCA-GCTTCTATTGAGGCTTTCTTTTTCTCTTTGTTTGTT  1048
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   |||||
seq2  AAAGTACAATTCAGGCTTCTATTGAGGCTTTC-TTTTCTCTT--GTTGTT  1046

seq1  TGTTTTGTTTTTGATGTTTGTGTTCAGTAGAAACTGAGGG-ATTCTTTGC  1097
         |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  --GTTTGGTTTTGATG-TTGTGTTCAGTAG-AACTGAGGGAATTCTTTGC  1092

seq1  TAAGG-ATTCTCATTCCACTC-TCATGGAAACTCC-AATGAAGGGAAGCT  1144
      | ||| || |||||||||||| |||| | |||||| |||| |||| ||||
seq2  TTAGGAATCCTCATTCCACTCTTCAT-GTAACTCCAAATGGAGGGTAGCT  1141

seq1  CAGGCAGC-ATTTCTCATAGAGAACAGGATAAAGTAAACTG-TGACTTAA  1192
      || ||||| |||||| | |||||||||   | ||   |||| |||| |||
seq2  CAAGCAGCAATTTCTGA-AGAGAACAG---ATAGGTTACTGTTGAC-TAA  1186

seq1  GACAGG  1198
      ||||||
seq2  GACAGG  1192


seq1: chr11_19249446_19250383
seq2: B6Ng01-183D17.g_66_1004 (reverse)

seq1  CATATATAATATATAC-ACATACATATATACATATATATACATACATACA  49
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATAATATATACAACATACATATATACATATATATACATACATACA  50

seq1  GTCTCCTTTCTGGTCCACTTACACAGGACTTGACTTCCTGAGGACATTCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTTTCTGGTCCACTTACACAGGACTTGACTTCCTGAGGACATTCT  100

seq1  TGGAAAGGCAAGCCTGCATTCAGATTCAATGGCAGCCTATGATATAAGGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGCAAGCCTGCATTCAGATTCAATGGCAGCCTATGATATAAGGA  150

seq1  TCTCTCCATAACAGCCTCTTGCTTTCCCTGATTTTCCCTCCCTTTCTTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCATAACAGCCTCTTGCTTTCCCTGATTTTCCCTCCCTTTCTTCC  200

seq1  CTCTCACTCCATAAGATCACATCTCCAAATAGGGTAATAGCAGGAAACGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACTCCATAAGATCACATCTCCAAATAGGGTAATAGCAGGAAACGC  250

seq1  TTCACTTTAATTTTCTAAGGGAACCTAGGCTATGGAAGAACCAAATGAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTTAATTTTCTAAGGGAACCTAGGCTATGGAAGAACCAAATGAAG  300

seq1  GAAAGAAAGAGTCACTCTATGGCCTGCTCAATAACCTCGAGGTTTTGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGAGTCACTCTATGGCCTGCTCAATAACCTCGAGGTTTTGAGC  350

seq1  CATTGACCTGAGCACTTAGACTATGTGTTCATAGCTTTACACAGTCATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACCTGAGCACTTAGACTATGTGTTCATAGCTTTACACAGTCATAT  400

seq1  CGCCTTCCTTTCACAGCCCTTCCAGTCAGGCCTCCAGACTACTGCATCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTTCCTTTCACAGCCCTTCCAGTCAGGCCTCCAGACTACTGCATCCA  450

seq1  AATCTTTACATTCACAGAGGCTCCCTCTGATGTAGTGTTTCCATGGTTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTACATTCACAGAGGCTCCCTCTGATGTAGTGTTTCCATGGTTTA  500

seq1  CTCTCCTGAAGAAAACTGGTTAGCTGAAGCCCTCGATCCCCCACCATGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGAAGAAAACTGGTTAGCTGAAGCCCTCGATCCCCCACCATGCT  550

seq1  GGTATTTCATTCACAGTGTCCCCCAAAGAAGCTGAGGTACAACACAAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTCATTCACAGTGTCCCCCAAAGAAGCTGAGGTACAACACAAAGG  600

seq1  GCAAGCCAGGCACCTGCTAGGTGATGGTCAACTCCTGAGAGACCACGCCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCAGGCACCTGCTAGGTGATGGTCAACTCCTGAGAGACCACGCCC  650

seq1  AGTCTGCCGCCTCCCTTCCAGGACTCCTTTGATTCTATTCTCTGCGTTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCCGCCTCCCTTCCAGGACTCCTTTGATTCTATTCTCTGCGTTAC  700

seq1  AGACATTATACCTTCAGTCAAGCACTGCACCAGGTTCAGAAACAAAAACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTATACCTTCAGTCAAGCACTGCACCAGGTTCAGAAACAAAAACC  750

seq1  ATGTTACAGAAGGCAACTGTGAGACCTGGACTCTGTATCACTTGGGAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAGAAGGCAACTGTGAGACCTGGACTCTGTATCACTTGGGAGTG  800

seq1  CTGGGAGAGTTTTAGTTTGTCTTTGTTTGTTTTCTTGCTCTGTCTTGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGAGTTTTAGTTTGTCTTTGTTTGTTTTCTTGCTCTGTCTTGTTT  850

seq1  TGAGTTTGTTTTAAGTTTGGCTGCTTTTATGTCCATCTCCCACCCCCCAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTGTTTTAAGTTTGGCTGCTTTTATGTCCATCTCCCACCCCCCAC  900

seq1  AAAAAATTCTTTAGTAACCCATTATGGGTTAGTGAATTC  938
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTCTTTAGTAACCCATTATGGGTTAGTGAATTC  939


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |