BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184L23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 107,455,997 - 107,623,042
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHelz, Cacng1, Cacng4
Upstream geneTex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1, Psmd12, A830035A12Rik
Downstream geneCacng5, Prkca, Apoh, LOC100041381, Ccdc46, Olfr1397-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184L23.bB6Ng01-184L23.g
ACCGA010043GA010044
length1,011987
definitionB6Ng01-184L23.b B6Ng01-184L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,455,997 - 107,456,992)(107,622,065 - 107,623,042)
sequence
gaattcagtattttgcatatacagacaatccattaggaccaatggagaag
ggtaatattaggtttgcttttctactgttttattttggcaaccattttat
ggaaatttaaaaaatattttttgagacagggtctcatttatgtaactctg
gctggtctgaactcactgagtagaccaggctggcctcaaactctgagatc
tgcctgcctcagtcttgcaagtgttgagattattttaagctggtacatca
gggagtgcagagtgtgtgcttagcagaagcgacagctgagtctttgttcc
tgttgggcctttccctttcccagctgcatgcagctccttagtgacagagt
ggctgtgtggaggcagggacaggagagctgtggtgagctcagctgagctg
agctgtgagaataaggctgacactgatggtttcctgtcttcacttcaccc
ttgcagaatgggatggtaacgaaagatttgacaagactaaagacacttct
cacagaaacagaggtgagtccatttcgggaatctctttgggcccattaaa
ccccgtgagtcagtgagcattccgtgctgtgtgtcagccagtatgcaagg
tgacaagggggccttctgtgcaactggttggaccccacccttagaacagg
gttttccaggtgtctgtatcccaggtcttttgttttgtctataatttcct
tcttcttcctccttatcctcctcatgtatatatgtgtgtggtttgtgtat
tcatacatgtgtgggcaacccatggttcatgagtgtatacgtgtgcacat
tcatgtgaaaggcctcaggtttttgtgagctatcttcttttgatttattt
ctctatttattgagacagggttctcttgctggacctgggagcatgcccat
tctggctaagtcagctagccaagtgtctctgggatcctttgtttcctgcc
ctcctgagtgcttcggatcgtaggaaggtcactatggcttttccttggag
ctttagttggg
gaattcttcgggggagcatagaggccaggaactatggttctagagaattc
tggggtggttccttgggacactgctaacaaattacctgtcttctctgaac
cttctctgcatataacagggttacaggagtttttcctccctctgtgggga
cggggtatcacgttaggaatcgaacccagggctttcgcaaatgccaggca
aaccctttaccactgagccgcatccccagccacgggagcacccgcttctt
caggcatttttaaggcttaaatgggaaattgggaagagcttagcagaggg
ttttgcaaggtttagcgttcagctgcagcctgctcttgtgagtccattaa
cagtggggctggaggaaaaccagtcattgcgagggaccgcctaagagtca
ggcaaacctcttgttttaaagtcacaatgtcatggccatatgagaacaag
gaggacaccatggtagccctggggaagagacagacaagcttggctctctg
gtagaacagctgccacctggtcgcctggttatggcatcccatggcatgtt
tgatgcacttgctgtatgccaggctcaggaaccttgcaaaacccttgtgt
caccttcaaggtgacacagctctgaggtgtacccctgttgaagattccct
tttcacagatggggaaaatgaggcatgggaaggttagttaggacctacat
cctacagctggctggtgacaacagagccaaagacggcaacccctagaggc
tgccttctgaagcctctatctctatgttgtttcagccatggcagaacagc
tagtgtctctactagtcacccgttggatggagcgctgtgttgagagaaga
ttcagactaagtgaaatagcagttgcagttgggttagccatgtctacgat
gggcgtggtcccttagctccctgactcatcatcacaaaagtcactttttg
gcattgaggaatgattgttggagtttttggaatggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_107455997_107456992
seq2: B6Ng01-184L23.b_45_1055

seq1  GAATTCAGTATTTTGCATATACAGACAATCCATTAGGACCAATGGAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATTTTGCATATACAGACAATCCATTAGGACCAATGGAGAAG  50

seq1  GGTAATATTAGGTTTGCTTTTCTACTGTTTTATTTTGGCAACCATTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATTAGGTTTGCTTTTCTACTGTTTTATTTTGGCAACCATTTTAT  100

seq1  GGAAATTTAAAAAATATTTTTTGAGACAGGGTCTCATTTATGTAACTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTAAAAAATATTTTTTGAGACAGGGTCTCATTTATGTAACTCTG  150

seq1  GCTGGTCTGAACTCACTGAGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCTGAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCTGAACTCACTGAGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCTGAGATC  200

seq1  TGCCTGCCTCAGTCTTGCAAGTGTTGAGATTATTTTAAGCTGGTACATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTCAGTCTTGCAAGTGTTGAGATTATTTTAAGCTGGTACATCA  250

seq1  GGGAGTGCAGAGTGTGTGCTTAGCAGAAGCGACAGCTGAGTCTTTGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGCAGAGTGTGTGCTTAGCAGAAGCGACAGCTGAGTCTTTGTTCC  300

seq1  TGTTGGGCCTTTCCCTTTCCCAGCTGCATGCAGCTCCTTAGTGACAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGCCTTTCCCTTTCCCAGCTGCATGCAGCTCCTTAGTGACAGAGT  350

seq1  GGCTGTGTGGAGGCAGGGACAGGAGAGCTGTGGTGAGCTCAGCTGAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTGGAGGCAGGGACAGGAGAGCTGTGGTGAGCTCAGCTGAGCTG  400

seq1  AGCTGTGAGAATAAGGCTGACACTGATGGTTTCCTGTCTTCACTTCACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGAGAATAAGGCTGACACTGATGGTTTCCTGTCTTCACTTCACCC  450

seq1  TTGCAGAATGGGATGGTAACGAAAGATTTGACAAGACTAAAGACACTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAATGGGATGGTAACGAAAGATTTGACAAGACTAAAGACACTTCT  500

seq1  CACAGAAACAGAGGTGAGTCCATTTCGGGAATCTCTTTGGGCCCATTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACAGAGGTGAGTCCATTTCGGGAATCTCTTTGGGCCCATTAAA  550

seq1  CCCCGTGAGTCAGTGAGCATTCCGTGCTGTGTGTCAGCCAGTATGCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGTGAGTCAGTGAGCATTCCGTGCTGTGTGTCAGCCAGTATGCAAGG  600

seq1  TGACAAGGGGGCCTTCTGTGCAACTGGTTGGACCCCACCCTTAGAACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGGGGCCTTCTGTGCAACTGGTTGGACCCCACCCTTAGAACAGG  650

seq1  GTTTTCCAGGTGTCTGTATCCCAGGTCTTTTGTTTTGTCTATAATTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCAGGTGTCTGTATCCCAGGTCTTTTGTTTTGTCTATAATTTCCT  700

seq1  TCTTCTTCCTCCTTATCCTCCTCATGTATATATGTGTGTGGTTTGTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCTCCTTATCCTCCTCATGTATATATGTGTGTGGTTTGTGTAT  750

seq1  TCATACATGTGTGGGCAACCCATGG-TCATGAGTGTATACGTGTGCACAT  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACATGTGTGGGCAACCCATGGTTCATGAGTGTATACGTGTGCACAT  800

seq1  TCATGTG-AAGGCCTCAGGTTTTTGTGAGCTATCTTC-TTTGATT--ATT  845
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||
seq2  TCATGTGAAAGGCCTCAGGTTTTTGTGAGCTATCTTCTTTTGATTTATTT  850

seq1  CTCTATTTATTGAGACAGGG-TCTCTTGCTGAACCT-GGAGCATGCCAAT  893
      |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||
seq2  CTCTATTTATTGAGACAGGGTTCTCTTGCTGGACCTGGGAGCATGCCCAT  900

seq1  TCTGGCT-AGTCAGCTAGCCAGGTGTCTCTGGGATCCTTTGTTT-CTG-C  940
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  TCTGGCTAAGTCAGCTAGCCAAGTGTCTCTGGGATCCTTTGTTTCCTGCC  950

seq1  CTCCTGAGTGC-TCGGATTGTAGG-AGGTCACAGTG---CTTCCCTGGGC  985
      ||||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||    |||| |||  
seq2  CTCCTGAGTGCTTCGGATCGTAGGAAGGTCACTATGGCTTTTCCTTGGAG  1000

seq1  TTTTAGTTGGG  996
       ||||||||||
seq2  CTTTAGTTGGG  1011

seq1: chr11_107622065_107623042
seq2: B6Ng01-184L23.g_68_1054 (reverse)

seq1  TCCCACTCCAACAAACTCCAAC-ATCA-TCCTCAATGCC-AAAAGTGGCT  47
      ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||
seq2  TCCCATTCCAA-AAACTCCAACAATCATTCCTCAATGCCAAAAAGTGACT  49

seq1  TTGGTGATGATGAGTCAGGGAGCTAAGGGACCACGCCCATCGTAGACATG  97
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGATGATGAGTCAGGGAGCTAAGGGACCACGCCCATCGTAGACATG  99

seq1  GCTAACCC-ACTGC-ACTGCTA-TTCACTTAGTCTGAATC-TCTCTCAAC  143
      |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTAACCCAACTGCAACTGCTATTTCACTTAGTCTGAATCTTCTCTCAAC  149

seq1  ACAGCGCTCCATCC-ACGGGTGACTAGTAGAGACACTAGCTGTTCTGCCA  192
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGCTCCATCCAACGGGTGACTAGTAGAGACACTAGCTGTTCTGCCA  199

seq1  TGGCTG-AACAACATAGAGATAGAGGCTTCAGAAGGCAGCCTCTAGGGGT  241
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAACAACATAGAGATAGAGGCTTCAGAAGGCAGCCTCTAGGGGT  249

seq1  TGCCGTC-TTGGCTCTGTTGTCACCAGCCAGCTGTAGGATGTAGGTCCTA  290
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTCTTTGGCTCTGTTGTCACCAGCCAGCTGTAGGATGTAGGTCCTA  299

seq1  ACTAACCTTCCCATGCCTCATTTTCCCCATCTGTGAAAAGGGAATCTTCA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCTTCCCATGCCTCATTTTCCCCATCTGTGAAAAGGGAATCTTCA  349

seq1  ACAGGGGTACACCTCAGAGCTGTGTCACCTTGAAGGTGACACAAGGGTTT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGTACACCTCAGAGCTGTGTCACCTTGAAGGTGACACAAGGGTTT  399

seq1  TGCAAGGTTCCTGAGCCTGGCATACAGCAAGTGCATCAAACATGCCATGG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGTTCCTGAGCCTGGCATACAGCAAGTGCATCAAACATGCCATGG  449

seq1  GATGCCATAACCAGGCGACCAGGTGGCAGCTGTTCTACCAGAGAGCCAAG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCATAACCAGGCGACCAGGTGGCAGCTGTTCTACCAGAGAGCCAAG  499

seq1  CTTGTCTGTCTCTTCCCCAGGGCTACCATGGTGTCCTCCTTGTTCTCATA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGTCTCTTCCCCAGGGCTACCATGGTGTCCTCCTTGTTCTCATA  549

seq1  TGGCCATGACATTGTGACTTTAAAACAAGAGGTTTGCCTGACTCTTAGGC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATGACATTGTGACTTTAAAACAAGAGGTTTGCCTGACTCTTAGGC  599

seq1  GGTCCCTCGCAATGACTGGTTTTCCTCCAGCCCCACTGTTAATGGACTCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTCGCAATGACTGGTTTTCCTCCAGCCCCACTGTTAATGGACTCA  649

seq1  CAAGAGCAGGCTGCAGCTGAACGCTAAACCTTGCAAAACCCTCTGCTAAG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAGGCTGCAGCTGAACGCTAAACCTTGCAAAACCCTCTGCTAAG  699

seq1  CTCTTCCCAATTTCCCATTTAAGCCTTAAAAATGCCTGAAGAAGCGGGTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCAATTTCCCATTTAAGCCTTAAAAATGCCTGAAGAAGCGGGTG  749

seq1  CTCCCGTGGCTGGGGATGCGGCTCAGTGGTAAAGGGTTTGCCTGGCATTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGTGGCTGGGGATGCGGCTCAGTGGTAAAGGGTTTGCCTGGCATTT  799

seq1  GCGAAAGCCCTGGGTTCGATTCCTAACGTGATACCCCGTCCCCACAGAGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAAGCCCTGGGTTCGATTCCTAACGTGATACCCCGTCCCCACAGAGG  849

seq1  GAGGAAAAACTCCTGTAACCCTGTTATATGCAGAGAAGGTTCAGAGAAGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAAACTCCTGTAACCCTGTTATATGCAGAGAAGGTTCAGAGAAGA  899

seq1  CAGGTAATTTGTTAGCAGTGTCCCAAGGAACCACCCCAGAATTCTCTAGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAATTTGTTAGCAGTGTCCCAAGGAACCACCCCAGAATTCTCTAGA  949

seq1  ACCATAGTTCCTGGCCTCTATGCTCCCCCGAAGAATTC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGTTCCTGGCCTCTATGCTCCCCCGAAGAATTC  987