BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185D04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 85,733,804 - 85,825,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668751
Upstream geneCar4, Usp32, LOC668794, LOC234848, 1700125H20Rik, Appbp2, D630032N06Rik, Ppm1d, Bcas3, Tbx2, Tbx4
Downstream geneBrip1, LOC668803, Ints2, Thrap1, 0610013E23Rik, Rps6kb1, Tubd1, LOC100043687, Tmem49, Ptrh2, Cltc, Dhx40, Ypel2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185D04.bB6Ng01-185D04.g
ACCGA010374GA010375
length1,1141,166
definitionB6Ng01-185D04.b B6Ng01-185D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,733,804 - 85,734,921)(85,823,962 - 85,825,130)
sequence
gaattccttgcagaactaaaacaaactgcccaaatgctgggagcaatagt
cgcaggaaaaggcccctgctggagactcaactggacaggctgccttgggg
gactgccccacgtcctttcttctaactcactcaggccttcagtgctgctg
ttgggtgatgcctagggctacaaccttctagctcattgagtatttggtcc
aacaccatctatgtgtatagctcctcccaccaaacatgcccatgaacctt
aaagtcccacctcattctcctctcctgatatcaactcctgggttgtttct
actaagcactcaaagggcattccaccccaccctgttctgacccaagccag
cacagtgcaccttcctatccatgttttgggcatggtacccagtccttgtg
ctcccttcaagcccatgctaaatgatgcagaatctgcctcccaaagctct
cttccatgtgagcctttctctccgtccatcaggcctaacagtgtctccat
ccactggcaaatacctccatctgggctatcgtctcccttcagttagagct
ttgggattattgttgagtgacctgtacgtgtcatccatgtgtaatggcca
ccgagacctgtgaagccagggaacttgctgtcagagatgggagtgctacc
ttcatggctgtccctgccttcagccagggttagcatcccataggaagcaa
gagagcccaggtttctgatcacaggctacccataggattattatgggcta
tttgagcactttcctgcctaacaggcctccaactagagtatggtgtgcat
aatgacagctgtcagtctattcttccttgtttcctagaggcaagtaggcc
caggaagactcaatcagggatgtttccgtatctatcctctatgcctggac
acctctcatccctcggacgtgtcaagtagtctgctctcttagaggaggca
attctgcaggaaccacactcaatccatgcttaccaaagacaagacaacat
tcaaaacatgggctcccaatgtaatggatcatgctcagaaaatgccatca
ttttccctcatcatcttcacagactggtgtctttctgtcttgttgcagac
ggagtggggatggg
gaattctaccaagcaaaggacaggggaattgtcttaggtagagtgttact
gtgaacagacaccatgaccaaggcaactcttataaggatgacatttaatt
gggactggcttacagttcagaggttcagtccattatcatcaagatgggaa
catggcagcatccaggcaaatgtgggactggagaagctgagagttctacc
tcttgttccaaaggcagctaggagaagactggcttccaagcagctaggag
gagggtattagaacccatgcctacagtgacacacctaatctaacaaggcc
acacctactaatagtgccactccctgggccaagcatgtataaaccatcat
aggaatcagctgttaaaacttggaaaaccgctgggcggtggtgatgcacg
cctttgatcccagcacttgggaggtagaagcaggcggatttctgagtttg
aggccagcctggtctacaaagtaagttccaggatagccaagactatacag
agaaaccctgtcttggaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaagaaaaac
ccaaaacaaaacaaaaaaacaacttggaaaaacatggaatattatacaaa
agaattgcactccataaacaaaaatagctaaattgccagcaaatataata
tttttgatagtaaaagagttgagttgtagaggaagcattctagctgccca
acatcgactcacatagttggacagcaatggtcgagtttatggaagggatg
tcaagccacaaccagaatcactgtcttttgtaaatgtaacttttattctc
ctgttgtatatctcatgctgctatcctaggcgtagacctggaagcattta
gcttctgtaaaatcttatctaggcctagaatgtcttcagcctctgagact
ttactgctgaatgagctcaccctttccgagttctgagctctggctggctg
agtcagttcagcttttctggctcaactcctctcaatctgactgactgaat
ctggcttctctagcttctctgaatttctctgcctggctttatatactaac
tctggcatttgttctactcttgctcccgcctcatcgctggctcttttctg
gtctttccctgagtcctagccttggtttctctcctcacatgtctctctat
acctgtcctagataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_85733804_85734921
seq2: B6Ng01-185D04.b_40_1153

seq1  GAATTCCTTGCAGAACTAAAACAAACTGCCCAAATGCTGGGAGCAATAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCAGAACTAAAACAAACTGCCCAAATGCTGGGAGCAATAGT  50

seq1  CGCAGGAAAAGGCCCCTGCTGGAGACTCAACTGGACAGGCTGCCTTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGAAAAGGCCCCTGCTGGAGACTCAACTGGACAGGCTGCCTTGGGG  100

seq1  GACTGCCCCACGTCCTTTCTTCTAACTCACTCAGGCCTTCAGTGCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCCCACGTCCTTTCTTCTAACTCACTCAGGCCTTCAGTGCTGCTG  150

seq1  TTGGGTGATGCCTAGGGCTACAACCTTCTAGCTCATTGAGTATTTGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGATGCCTAGGGCTACAACCTTCTAGCTCATTGAGTATTTGGTCC  200

seq1  AACACCATCTATGTGTATAGCTCCTCCCACCAAACATGCCCATGAACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATCTATGTGTATAGCTCCTCCCACCAAACATGCCCATGAACCTT  250

seq1  AAAGTCCCACCTCATTCTCCTCTCCTGATATCAACTCCTGGGTTGTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCCACCTCATTCTCCTCTCCTGATATCAACTCCTGGGTTGTTTCT  300

seq1  ACTAAGCACTCAAAGGGCATTCCACCCCACCCTGTTCTGACCCAAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCACTCAAAGGGCATTCCACCCCACCCTGTTCTGACCCAAGCCAG  350

seq1  CACAGTGCACCTTCCTATCCATGTTTTGGGCATGGTACCCAGTCCTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCACCTTCCTATCCATGTTTTGGGCATGGTACCCAGTCCTTGTG  400

seq1  CTCCCTTCAAGCCCATGCTAAATGATGCAGAATCTGCCTCCCAAAGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCAAGCCCATGCTAAATGATGCAGAATCTGCCTCCCAAAGCTCT  450

seq1  CTTCCATGTGAGCCTTTCTCTCCGTCCATCAGGCCTAACAGTGTCTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGTGAGCCTTTCTCTCCGTCCATCAGGCCTAACAGTGTCTCCAT  500

seq1  CCACTGGCAAATACCTCCATCTGGGCTATCGTCTCCCTTCAGTTAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGCAAATACCTCCATCTGGGCTATCGTCTCCCTTCAGTTAGAGCT  550

seq1  TTGGGATTATTGTTGAGTGACCTGTACGTGTCATCCATGTGTAATGGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATTATTGTTGAGTGACCTGTACGTGTCATCCATGTGTAATGGCCA  600

seq1  CCGAGACCTGTGAAGCCAGGGAACTTGCTGTCAGAGATGGGAGTGCTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGACCTGTGAAGCCAGGGAACTTGCTGTCAGAGATGGGAGTGCTACC  650

seq1  TTCATGGCTGTCCCTGCCTTCAGCCAGGGTTAGCATCCCATAGGAAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCTGTCCCTGCCTTCAGCCAGGGTTAGCATCCCATAGGAAGCAA  700

seq1  GAGAGCCCAGGTTTCTGATCACAGGCTACCCATAGGATTATTATGGGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCCAGGTTTCTGATCACAGGCTACCCATAGGATTATTATGGGCTA  750

seq1  TTTGAGCACTTTCCTGCCTAACAGGCCTCCAACTAGAGTATGGTGTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCACTTTCCTGCCTAACAGGCCTCCAACTAGAGTATGGTGTGCAT  800

seq1  AATGACAGCTGTCAGTCTATTCTTCCTTGTTTCCTAGAGGCAAGTAGGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGCTGTCAGTCTATTCTTCCTTGTTTCCTAGAGGCAAGTAGGCC  850

seq1  CAGGAAGACTCAATCAGGGATGTTTCCCGTATCTATCCTCTATGCCTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGACTCAATCAGGGATGTTT-CCGTATCTATCCTCTATGCCTGGA  899

seq1  CACCTCTCATCCCTCGGACGTGTCAAGTAGTCTGCTCTCTTAGAGGAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTCATCCCTCGGACGTGTCAAGTAGTCTGCTCTCTTAGAGGAGGC  949

seq1  AATTCTGCAGGAACCACACTCAATCCATGCTTACCAAAGACAAGAC-ACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTCTGCAGGAACCACACTCAATCCATGCTTACCAAAGACAAGACAACA  999

seq1  TTC-AAACAT-GGCTCCCCATGTAAGGGATCATGCTCAGAAAATGCCATC  1047
      ||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACATGGGCTCCCAATGTAATGGATCATGCTCAGAAAATGCCATC  1049

seq1  ATTTTCCCTCCATCATTCCTTCACAGACTGGTGTCTTTCCTGTTCTTG-T  1096
      ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||| |
seq2  ATTTTCCCT-CATCAT--CTTCACAGACTGGTGTCTTT-CTG-TCTTGTT  1094

seq1  GCAGGACGGGGGTGGGGGTGGG  1118
      ||| ||| || |||||| ||||
seq2  GCA-GAC-GGAGTGGGGATGGG  1114

seq1: chr11_85823962_85825130
seq2: B6Ng01-185D04.g_67_1232 (reverse)

seq1  TTTA-CTAGGACAGTTATAGAGAGACATGTTGGAGAGAGAGAACAA-GCT  48
      |||| ||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| | ||| |||
seq2  TTTATCTAGGACAGGTATAGAGAGACATG-TGAGGAGAGAAACCAAGGCT  49

seq1  A-GACACAGGGAAAGA-CAG-AAAGAGCCAGCGAATGA-GCGGGAGCCAG  94
      | ||| |||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||| || 
seq2  AGGACTCAGGGAAAGACCAGAAAAGAGCCAGCG-ATGAGGCGGGAG-CAA  97

seq1  GAGGTTAGAACAAATTGCCAGAGTTAGTATATAAAGCCAGGCAGAGAAAT  144
      |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAG--TAGAACAAA-TGCCAGAGTTAGTATATAAAGCCAGGCAGAGAAAT  144

seq1  TCAAGAGAAGCTAAGAGAAGCCAGATTCAGTCAGTCAGATTGGAGAGGAG  194
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TC-AGAGAAGCT-AGAGAAGCCAGATTCAGTCAGTCAGATT-GAGAGGAG  191

seq1  TTTGAGCCAGAAAAGCTGAACTGACTCAGCCAGCCAGAGCTCAGAACTCG  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGAGCCAGAAAAGCTGAACTGACTCAGCCAGCCAGAGCTCAGAACTCG  240

seq1  GAAAGGGTGAGCTCATTCAGCAGT-AAGTCTCAGAGGCTGAAGACATTCT  293
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTGAGCTCATTCAGCAGTAAAGTCTCAGAGGCTGAAGACATTCT  290

seq1  AGGCCTAGATAAGATTTTACAGAAGCTAAATGCTTCCAGGTCTACGCCTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTAGATAAGATTTTACAGAAGCTAAATGCTTCCAGGTCTACGCCTA  340

seq1  GGATAGCAGCATGAGATATACAACAGGAGAATAAAAGTTACATTTACAAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCAGCATGAGATATACAACAGGAGAATAAAAGTTACATTTACAAA  390

seq1  AGACAGTGATTCTGGTTGTGGCTTGACATCCCTTCCATAAACTCGACCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGATTCTGGTTGTGGCTTGACATCCCTTCCATAAACTCGACCAT  440

seq1  TGCTGTCCAACTATGTGAGTCGATGTTGGGCAGCTAGAATGCTTCCTCTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCCAACTATGTGAGTCGATGTTGGGCAGCTAGAATGCTTCCTCTA  490

seq1  CAACTCAACTCTTTTACTATCAAAAATATTATATTTGCTGGCAATTTAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAACTCTTTTACTATCAAAAATATTATATTTGCTGGCAATTTAGC  540

seq1  TATTTTTGTTTATGGAGTGCAATTCTTTTGTATAATATTCCATGTTTTTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGTTTATGGAGTGCAATTCTTTTGTATAATATTCCATGTTTTTC  590

seq1  CAAGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGGGTTTTTCTTTGTTTTTGTTTTTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGGGTTTTTCTTTGTTTTTGTTTTTGT  640

seq1  TTTTGTTTTTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCTTGGCTATCCTGGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCTTGGCTATCCTGGA  690

seq1  ACTTACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCTTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCTTC  740

seq1  TACCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGCGTGCATCACCACCGCCCAGCGGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGCGTGCATCACCACCGCCCAGCGGT  790

seq1  TTTCCAAGTTTTAACAGCTGATTCCTATGATGGTTTATACATGCTTGGCC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGTTTTAACAGCTGATTCCTATGATGGTTTATACATGCTTGGCC  840

seq1  CAGGGAGTGGCACTATTAGTAGGTGTGGCCTTGTTAGATTAGGTGTGTCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGTGGCACTATTAGTAGGTGTGGCCTTGTTAGATTAGGTGTGTCA  890

seq1  CTGTAGGCATGGGTTCTAATACCCTCCTCCTAGCTGCTTGGAAGCCAGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGCATGGGTTCTAATACCCTCCTCCTAGCTGCTTGGAAGCCAGTC  940

seq1  TTCTCCTAGCTGCCTTTGGAACAAGAGGTAGAACTCTCAGCTTCTCCAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAGCTGCCTTTGGAACAAGAGGTAGAACTCTCAGCTTCTCCAGT  990

seq1  CCCACATTTGCCTGGATGCTGCCATGTTCCCATCTTGATGATAATGGACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTTGCCTGGATGCTGCCATGTTCCCATCTTGATGATAATGGACT  1040

seq1  GAACCTCTGAACTGTAAGCCAGTCCCAATTAAATGTCATCCTTATAAGAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCTGAACTGTAAGCCAGTCCCAATTAAATGTCATCCTTATAAGAG  1090

seq1  TTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGTAACACTCTACCTAAGACAATT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGTAACACTCTACCTAAGACAATT  1140

seq1  CCCCTGTCCTTTGCTTGGTAGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTCCTTTGCTTGGTAGAATTC  1166