BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188D12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 18,299,481 - 18,471,933
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665796
Upstream geneEG665748, Etaa1, LOC327871, LOC627696, LOC627716
Downstream geneMeis1, LOC635455
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188D12.bB6Ng01-188D12.g
ACCGA012580GA012581
length1,0591,123
definitionB6Ng01-188D12.b B6Ng01-188D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,470,873 - 18,471,933)(18,299,481 - 18,300,597)
sequence
gaattctgtgcatgctcatacaattatgcctttcctgcccctgccaagga
ctgttattcccttgaaaacataagccaaattcaagcttcctctgcccatt
gctcctgtgagatatctttttaacaacaatgtgaaattcactatactaca
cccaagtctcaagtctgtagagcactgattaatcagctctggtgctggta
tcagggtagtctcagggctcagcctttccaggcagagcatttgtcacctc
cggtgttcaattcagagaaacaaaccgacaccagcagacaacattggaaa
tggttcccgtaggcagtcaccaactcaagttgctgttttcaggagcattc
tggataatttctgtgggatatgaagcctggatactagaggccttcctaag
agtaataaggattactcttcagggttgtatgccaccccctcaccccaact
ggcaactatttgcatgcagtgagaaaacaaaactataacaacctctaagg
agaggaaagcattataagtggagatctcctatacagacttggggagagag
ggagattctagcagtttctgctgtggtatcatttgttggaaatcaggatg
acacgtggtattttcgagcttgacagaactacccgtgtttccctgtggat
ttctttccaccaataagcccaggaaaacactgaggctccgaggaccatgc
tgaacatggacttggtccatgctcatccgtctttgctttcatctggattt
tcttaatatgccttgctctcgagagcctcagctgagagagctgtttcact
ccatgtctcctccctctttctaggtgggcagacccactttcccaggcagg
agtaagtcaaacctcattaccttgaaacaactctgaagatttctagacaa
atggagactttccaaagcgccatgaagaacaggaaggaaggtacgaccag
ctaacagaggctggagcaggtaaagccttgctgagattatctgattatta
aatggtagggctgagattcacactaggcagccaacgctacagacacaggt
agccaagag

gaattcatgtcataaacactcctgctgtttgtttctcagtaaataagcca
agataccaggggcagagaaatttgactccctatctagcatctattgaatt
ctcttgcttctggaatgccttatgctaaagggctgtgtctaagagccagc
cagacaaatctaatgccgcaccaaacaccttgaacagttagcaattgctt
tgagacaggcatgcaaaaactacaactgattgctctggcttgaaggtgct
gccccagccagaagcctgggtgaatatttccatcttgaccagagggggcg
acccttccctcatggaggaaatgttatgacctgtgaccaaggcacaacca
ttagtgactatgattatcgaaaaagaatgcttgctcttcaccaagcaaat
tgtgatggatccatacaccccgtttgagaactatgtaagctgctgttaga
agcagtagaaatgcccctagctcactggcctgccatttcaatagcaggtc
cgatgaagacttctttgcaaaggtatttccttgcctttgttcagtaatat
ggactgagctggaaacagaaatggcaggagtagcaaatgctagaagtaac
ctggtggcctagaaatccctgccccaggcttggcatctatgggggctgtc
gatcccaaatatggcacatcatctgctgatctaatagctgcagacactgt
gggcaccaggggagtggatactgcctgattttcgcagggctccagccaaa
cccaatgctgtccagagtcagatttccatgctggactgatgtgctttctt
tggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctg
gtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctggtcctggtc
ctggtcctggtcctggtcctggtctggtcctggtctgtttagctctaaca
gctatgatccagctgatggagaagtctgatgtttcagcgatctcagcagc
tagtgcagctctggattcgatctgaatacttctctgtgtgctctgctgca
atgctgtctgacgaaggtacacgagtctcctgccatacatgacgatgcaa
cgtgagtgctatgaggcgaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_18470873_18471933
seq2: B6Ng01-188D12.b_48_1106 (reverse)

seq1  CTCTT-GCTCCCTGTGTCTGTAGCGTTGGGCTGCCTTAGTGTGAATCTCA  49
      ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTTGGCTACCTGTGTCTGTAGCGTT-GGCTGCC-TAGTGTGAATCTCA  48

seq1  GCCCTACCATTTAATAATCAGATAATTCTCAGCAAGGCTTTACCTGCTCC  99
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTACCATTTAATAATCAGATAA-TCTCAGCAAGGCTTTACCTGCTCC  97

seq1  AGCCTCTGTTAGCTGGTCGTACCTTCCTTCCTGTTCTTCATGGCGCTTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGTTAGCTGGTCGTACCTTCCTTCCTGTTCTTCATGGCGCTTTG  147

seq1  GAAAGTCTCCATTTGTCTAGAAATCTTCAGAGTTGTTTCAAGGTAATGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTCCATTTGTCTAGAAATCTTCAGAGTTGTTTCAAGGTAATGAG  197

seq1  GTTTGACTTACTCCTGCCTGGGAAAGTGGGTCTGCCCACCTAGAAAGAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTTACTCCTGCCTGGGAAAGTGGGTCTGCCCACCTAGAAAGAGG  247

seq1  GAGGAGACATGGAGTGAAACAGCTCTCTCAGCTGAGGCTCTCGAGAGCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACATGGAGTGAAACAGCTCTCTCAGCTGAGGCTCTCGAGAGCAA  297

seq1  GGCATATTAAGAAAATCCAGATGAAAGCAAAGACGGATGAGCATGGACCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTAAGAAAATCCAGATGAAAGCAAAGACGGATGAGCATGGACCA  347

seq1  AGTCCATGTTCAGCATGGTCCTCGGAGCCTCAGTGTTTTCCTGGGCTTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGTTCAGCATGGTCCTCGGAGCCTCAGTGTTTTCCTGGGCTTAT  397

seq1  TGGTGGAAAGAAATCCACAGGGAAACACGGGTAGTTCTGTCAAGCTCGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAAAGAAATCCACAGGGAAACACGGGTAGTTCTGTCAAGCTCGAA  447

seq1  AATACCACGTGTCATCCTGATTTCCAACAAATGATACCACAGCAGAAACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCACGTGTCATCCTGATTTCCAACAAATGATACCACAGCAGAAACT  497

seq1  GCTAGAATCTCCCTCTCTCCCCAAGTCTGTATAGGAGATCTCCACTTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAATCTCCCTCTCTCCCCAAGTCTGTATAGGAGATCTCCACTTATA  547

seq1  ATGCTTTCCTCTCCTTAGAGGTTGTTATAGTTTTGTTTTCTCACTGCATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCCTCTCCTTAGAGGTTGTTATAGTTTTGTTTTCTCACTGCATG  597

seq1  CAAATAGTTGCCAGTTGGGGTGAGGGGGTGGCATACAACCCTGAAGAGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTTGCCAGTTGGGGTGAGGGGGTGGCATACAACCCTGAAGAGTA  647

seq1  ATCCTTATTACTCTTAGGAAGGCCTCTAGTATCCAGGCTTCATATCCCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTATTACTCTTAGGAAGGCCTCTAGTATCCAGGCTTCATATCCCAC  697

seq1  AGAAATTATCCAGAATGCTCCTGAAAACAGCAACTTGAGTTGGTGACTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATCCAGAATGCTCCTGAAAACAGCAACTTGAGTTGGTGACTGC  747

seq1  CTACGGGAACCATTTCCAATGTTGTCTGCTGGTGTCGGTTTGTTTCTCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGGGAACCATTTCCAATGTTGTCTGCTGGTGTCGGTTTGTTTCTCTG  797

seq1  AATTGAACACCGGAGGTGACAAATGCTCTGCCTGGAAAGGCTGAGCCCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAACACCGGAGGTGACAAATGCTCTGCCTGGAAAGGCTGAGCCCTG  847

seq1  AGACTACCCTGATACCAGCACCAGAGCTGATTAATCAGTGCTCTACAGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTACCCTGATACCAGCACCAGAGCTGATTAATCAGTGCTCTACAGAC  897

seq1  TTGAGACTTGGGTGTAGTATAGTGAATTTCACATTGTTGTTAAAAAGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACTTGGGTGTAGTATAGTGAATTTCACATTGTTGTTAAAAAGATA  947

seq1  TCTCACAGGAGCAATGGGCAGAGGAAGCTTGAATTTGGCTTATGTTTTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGGAGCAATGGGCAGAGGAAGCTTGAATTTGGCTTATGTTTTCA  997

seq1  AGGGAATAACAGTCCTTGGCAGGGGCAGGAAAGGCATAATTGTATGAGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATAACAGTCCTTGGCAGGGGCAGGAAAGGCATAATTGTATGAGCA  1047

seq1  TGCACAGAATTC  1061
      ||||||||||||
seq2  TGCACAGAATTC  1059


seq1: chr11_18299481_18300597
seq2: B6Ng01-188D12.g_65_1187

seq1  GAATTCATGTCATAAACACTCCTGCTGTTTGTTTCTCAGTAAATAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTCATAAACACTCCTGCTGTTTGTTTCTCAGTAAATAAGCCA  50

seq1  AGATACCAGGGGCAGAGAAATTTGACTCCCTATCTAGCATCTATTGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCAGGGGCAGAGAAATTTGACTCCCTATCTAGCATCTATTGAATT  100

seq1  CTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAGCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAGCCAGC  150

seq1  CAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAATTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAATTGCTT  200

seq1  TGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAGGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAGGTGCT  250

seq1  GCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGGGGGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGGGGGCG  300

seq1  ACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCACAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCACAACCA  350

seq1  TTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAGCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAGCAAAT  400

seq1  TGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTGTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTGTTAGA  450

seq1  AGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGCAGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGCAGGTC  500

seq1  CGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGTAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGTAATAT  550

seq1  GGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAAGTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAAGTAAC  600

seq1  CTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGGCTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGGCTGTC  650

seq1  GATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGACACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGACACTGT  700

seq1  GGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAGCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAGCCAAA  750

seq1  CCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCTTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCTTTCTT  800

seq1  TGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCT-  849

seq1  GGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGT------  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
seq2  GGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGTCCTGGT  899

seq1  --------------------------------------TTTAGCTCTAAA  906
                                            ||||||||| ||
seq2  CCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCTGGTCCTGGTCTGTTTAGCTCT-AA  948

seq1  CAGCTATGATCCCAGCTTGATGGAGAAGTTCTGGAATGTTTCAAGGCGAT  956
      |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||  |||||
seq2  CAGCTATGAT-CCAGC-TGATGGAGAAG-TCTG--ATGTTTCA--GCGAT  991

seq1  CTCAGCAGCTAGTGCCAGGCTCTTGATCCAAATTCCTGAATACTTCTCTG  1006
      |||||||||||||||   ||||| ||| | |    |||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGCTAGTGC--AGCTCTGGATTCGA---TCTGAATACTTCTCTG  1036

seq1  TGTGCCTCTGCTGCCAAATGCTGTCCTGACAGGAGAAGGTACCACGAGTC  1056
      |||| |||||||||  |||||||| |||||    ||||||| ||||||||
seq2  TGTG-CTCTGCTGC--AATGCTGT-CTGAC----GAAGGTA-CACGAGTC  1077

seq1  TTCCTGCCACTAACAATTGAACAAGATGCCAAACAGTTGGATTGCTATGA  1106
       ||||||||   |||  ||   | |||||  ||| ||  || ||||||||
seq2  -TCCTGCCA--TACA--TG---ACGATGC--AAC-GT--GAGTGCTATGA  1114

seq1  GGGCAGAAAGA  1117
      ||   ||||||
seq2  GG--CGAAAGA  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |