BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194I08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 27,784,355 - 27,919,983
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666270, LOC100042367, LOC100042377
Downstream geneEG626571, Ccdc85a, Efemp1, LOC382504
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194I08.bB6Ng01-194I08.g
ACCGA017194GA017195
length1,1581,194
definitionB6Ng01-194I08.b B6Ng01-194I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,918,818 - 27,919,983)(27,784,355 - 27,785,540)
sequence
gaattctgattataccaaaggtaccagtttaaatagatgaactatagagt
gaacaaagtatgtttaaatattctactaaattttttagttctgccacatt
ttaatagtgatttatactggttgtaatatagtttttgttagttataaaac
tatacttagtttttgtgaatcttgtaccaaaaaataaggatgttcaagta
tcttattttatactgttagggttcatctaggtatgtagtcaaatgtgata
tagcttgattatggttgcagttttaggggtttattttttaggaacttcca
tttttctttctattatgagcatgccagagctataaaaatgttttgttcct
ccacatctttcctagcatttgttgacatttgtctctttaattactgctgc
tgttactagtgtgagatagaatgcacatgcacttttaatttgcaaccctt
tgatgcttaaggaaattggacatttatttcattttttcggtcatttgtat
gtcttaaaaaggccaaatagacttgcttatttgttgattaagtagtatga
caagtgtgctatttaattttggaatacttaaaattctagaaaataaagct
attcagggatataaccggcaatgattttcctccaatttaagctgtctcca
cactgtagactcatactattgatcatattaatcattgtacttcagcttcc
tcatcacttcctccattatgaatatggggatcataaaacagaatagtcaa
gtaatgatataagataaaaatctctctttacttaaaatctaggctcagtc
tgacaacatctgcagagagttagtgagctacagagtaccatgatacattc
cagactttctatagactctgcctaagacatacatttaagataaccacaca
gttaaagtttgaaaaccctgcctaaaataacatttgtcactaactaccca
taaacatacctggacgaaaatgcctgcctggtaccttgtttaaaagaagt
atgtgatagtgtatcattaaagtttttttctctcttagaatctttcagat
cattgtatatttagcattcaataaagtgacaaatatgtgtacaagcaaat
gcaagtagtcccaaaatttaagcaggatgtagaatatcctctcattcagg
aatcgttt

gaattccatgatcgtgagcccactgtcgtacttctctggctgtgaaatga
gttccttggtcagaagcaatactgtgtggaataccatgacgatagatgag
gcattctgtcagtccgtgaatggtggttttagcagaggcattacgtgcag
gaaaggcaaatccataaccagaataagtatctactccagtaagaacaaaa
cgctgtcctttccacgaaggaagtggtccaatgtagtcaacctgccacca
ggttgctggctggtcacctcgaggaatagtgccatatctggggctcagtg
ttggtttctgctgttggcagatctggcaatcagcagcagctgtagccagg
tcagctttggtgagtggaagcccgtgttgctgagcccaagcataacctcc
atctcgaccaccatgaccactttgttcatgtgtctatttctctgagttag
cactaatgttacctcttatatttattcttaccctcaattcaagtagtata
aattagttaatgtttcactagtcatattaagtagttttatttaattgtga
actgatgctgttgactgctttaaaaataaaatattgcataactgtttaag
acaattctagtgatgcacaagtctttgattatatttcccggtaaatggaa
gaaagttgtaccatggctattgccatctctttgatgacaattgcagctgt
aggtggaaggagactataatgtatatgttgcatctaaatcatgtgtcagc
ccaagagtaagtaaggaaacctctagtaaagaacaatgcaggcagtcaaa
cgtgtcatcaatctgagacagcaaaggagggcagagagtgctcaacatat
atgctagtacctagcagtagttagaagatgcatggactgtattcaataaa
ataaaggaaacagttaagttccaactaatatatagtcattattaattgca
tgacatgtgtagtcagaagaaaatgctacttgagaaactggtgctaagta
ttaatacttccatgtaagaggaggaggacaggtgatttccagggtctgat
gttttgtaacacaatcaattaaagctgattctctgactacataaaaaaga
aaaaggagactccaacctaatgatatttatttggcctttgacacaattgt
gagggttacgccctaatcactctttaactgactggccctggcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_27918818_27919983
seq2: B6Ng01-194I08.b_43_1200 (reverse)

seq1  AAACGATTTCCTGAATGAGAGTA-ATTCTACATTCTTGCTTAAATTTTTT  49
      |||||| |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||| 
seq2  AAACGA-TTCCTGAATGAGAGGATATTCTACA-TCCTGCTTAAA-TTTTG  47

seq1  GGACTACTTGCATTTTGCTTGTACACATATTTGTCAACTGTATTGATTGC  99
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||
seq2  GGACTACTTGCA-TTTGCTTGTACACATATTTGTC-ACTTTATTGAATGC  95

seq1  TAAATATACAATTGAATCTGAAAGA-TCTAAGAGAGAAAAAAACTTTAAT  148
      ||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATACAAT--GATCTGAAAGATTCTAAGAGAGAAAAAAACTTTAAT  143

seq1  GATTACACTAATCACATACTTCTTTTAAAACAAGGTACCAGGCAGGCATT  198
      || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GA-TACACT-ATCACATACTTCTTTT-AAACAAGGTACCAGGCAGGCATT  190

seq1  TTCGTCCAGGTATGTTTATGGGTAGTTAGTGACAAATGTTATTTTAGGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTCCAGGTATGTTTATGGGTAGTTAGTGACAAATGTTATTTTAGGCA  240

seq1  GGGTTTTCAAACTTTAACTGTGTGGTTATCTTAAATGTATGTCTTAGGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTCAAACTTTAACTGTGTGGTTATCTTAAATGTATGTCTTAGGCA  290

seq1  GAGTCTATAGAAAGTCTGGAATGTATCATGGTACTCTGTAGCTCACTAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATAGAAAGTCTGGAATGTATCATGGTACTCTGTAGCTCACTAAC  340

seq1  TCTCTGCAGATGTTGTCAGACTGAGCCTAGATTTTAAGTAAAGAGAGATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCAGATGTTGTCAGACTGAGCCTAGATTTTAAGTAAAGAGAGATT  390

seq1  TTTATCTTATATCATTACTTGACTATTCTGTTTTATGATCCCCATATTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTATATCATTACTTGACTATTCTGTTTTATGATCCCCATATTCA  440

seq1  TAATGGAGGAAGTGATGAGGAAGCTGAAGTACAATGATTAATATGATCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGAGGAAGTGATGAGGAAGCTGAAGTACAATGATTAATATGATCAA  490

seq1  TAGTATGAGTCTACAGTGTGGAGACAGCTTAAATTGGAGGAAAATCATTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAGTCTACAGTGTGGAGACAGCTTAAATTGGAGGAAAATCATTG  540

seq1  CCGGTTATATCCCTGAATAGCTTTATTTTCTAGAATTTTAAGTATTCCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTTATATCCCTGAATAGCTTTATTTTCTAGAATTTTAAGTATTCCAA  590

seq1  AATTAAATAGCACACTTGTCATACTACTTAATCAACAAATAAGCAAGTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATAGCACACTTGTCATACTACTTAATCAACAAATAAGCAAGTCT  640

seq1  ATTTGGCCTTTTTAAGACATACAAATGACCGAAAAAATGAAATAAATGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCCTTTTTAAGACATACAAATGACCGAAAAAATGAAATAAATGTC  690

seq1  CAATTTCCTTAAGCATCAAAGGGTTGCAAATTAAAAGTGCATGTGCATTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCCTTAAGCATCAAAGGGTTGCAAATTAAAAGTGCATGTGCATTC  740

seq1  TATCTCACACTAGTAACAGCAGCAGTAATTAAAGAGACAAATGTCAACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACACTAGTAACAGCAGCAGTAATTAAAGAGACAAATGTCAACAA  790

seq1  ATGCTAGGAAAGATGTGGAGGAACAAAACATTTTTATAGCTCTGGCATGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGGAAAGATGTGGAGGAACAAAACATTTTTATAGCTCTGGCATGC  840

seq1  TCATAATAGAAAGAAAAATGGAAGTTCCTAAAAAATAAACCCCTAAAACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATAGAAAGAAAAATGGAAGTTCCTAAAAAATAAACCCCTAAAACT  890

seq1  GCAACCATAATCAAGCTATATCACATTTGACTACATACCTAGATGAACCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCATAATCAAGCTATATCACATTTGACTACATACCTAGATGAACCC  940

seq1  TAACAGTATAAAATAAGATACTTGAACATCCTTATTTTTTGGTACAAGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTATAAAATAAGATACTTGAACATCCTTATTTTTTGGTACAAGAT  990

seq1  TCACAAAAACTAAGTATAGTTTTATAACTAACAAAAACTATATTACAACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAAACTAAGTATAGTTTTATAACTAACAAAAACTATATTACAACC  1040

seq1  AGTATAAATCACTATTAAAATGTGGCAGAACTAAAAAATTTAGTAGAATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAATCACTATTAAAATGTGGCAGAACTAAAAAATTTAGTAGAATA  1090

seq1  TTTAAACATACTTTGTTCACTCTATAGTTCATCTATTTAAACTGGTACCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATACTTTGTTCACTCTATAGTTCATCTATTTAAACTGGTACCT  1140

seq1  TTGGTATAATCAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATAATCAGAATTC  1158


seq1: chr11_27784355_27785540
seq2: B6Ng01-194I08.g_64_1257

seq1  GAATTCCATGATCGTGAGCCCACTGTCGTACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATCGTGAGCCCACTGTCGTACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50

seq1  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACCATGACGATAGATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACCATGACGATAGATGAG  100

seq1  GCATTCTGTCAGTCCGTGAATGGTGGTTTTAGCAGAGGCATTACGTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTCAGTCCGTGAATGGTGGTTTTAGCAGAGGCATTACGTGCAG  150

seq1  GAAAGGCAAATCCATAACCAGAATAAGTATCTACTCCAGTAAGAACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAAATCCATAACCAGAATAAGTATCTACTCCAGTAAGAACAAAA  200

seq1  CGCTGTCCTTTCCACGAAGGAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTCCTTTCCACGAAGGAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACCA  250

seq1  GGTTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATAGTGCCATATCTGGGGCTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATAGTGCCATATCTGGGGCTCAGTG  300

seq1  TTGGTTTCTGCTGTTGGCAGATCTGGCAATCAGCAGCAGCTGTAGCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCTGCTGTTGGCAGATCTGGCAATCAGCAGCAGCTGTAGCCAGG  350

seq1  TCAGCTTTGGTGAGTGGAAGCCCGTGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTGGTGAGTGGAAGCCCGTGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCC  400

seq1  ATCTCGACCACCATGACCACTTTGTTCATGTGTCTATTTCTCTGAGTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGACCACCATGACCACTTTGTTCATGTGTCTATTTCTCTGAGTTAG  450

seq1  CACTAATGTTACCTCTTATATTTATTCTTACCCTCAATTCAAGTAGTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATGTTACCTCTTATATTTATTCTTACCCTCAATTCAAGTAGTATA  500

seq1  AATTAGTTAATGTTTCACTAGTCATATTAAGTAGTTTTATTTAATTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTTAATGTTTCACTAGTCATATTAAGTAGTTTTATTTAATTGTGA  550

seq1  ACTGATGCTGTTGACTGCTTTAAAAATAAAATATTGCATAACTGTTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGCTGTTGACTGCTTTAAAAATAAAATATTGCATAACTGTTTAAG  600

seq1  ACAATTCTAGTGATGCACAAGTCTTTGATTATATTTCCCGGTAAATGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCTAGTGATGCACAAGTCTTTGATTATATTTCCCGGTAAATGGAA  650

seq1  GAAAGTTGTACCATGGCTATTGCCATCTCTTTGATGACAATTGCAGCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTGTACCATGGCTATTGCCATCTCTTTGATGACAATTGCAGCTGT  700

seq1  AGGTGGAAGGAGACTATAATGTATATGTTGCATCTAAATCAGGTGTCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGTGGAAGGAGACTATAATGTATATGTTGCATCTAAATCATGTGTCAGC  750

seq1  CCAAGAGTAAGTAAGGAAACCTCTAGTAAAGAACAATGCAGGCAGTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGTAAGTAAGGAAACCTCTAGTAAAGAACAATGCAGGCAGTCAAA  800

seq1  CGTGTCATCAATCTGAGACAGCAAAGGAGGGCAGAGAGTGCTCAACATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCATCAATCTGAGACAGCAAAGGAGGGCAGAGAGTGCTCAACATAT  850

seq1  ATGCTAGTACCTAGCAGTAGTTAGAAGATGCATGGACTGTATTCAATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTACCTAGCAGTAGTTAGAAGATGCATGGACTGTATTCAATAAA  900

seq1  AT-AAGGAAACAGTTAAGTTCCAACTAATATATAGTCATTATTAATTGCA  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGAAACAGTTAAGTTCCAACTAATATATAGTCATTATTAATTGCA  950

seq1  TGACATGTGTAGTCAGAAGAAAATGCTACTTGAGAAACT-GTGCTAAGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGACATGTGTAGTCAGAAGAAAATGCTACTTGAGAAACTGGTGCTAAGTA  1000

seq1  TTAATACTTCCATGTAAGAAGGAGGAGGACA-GTGATTTCCAGGTCTTGA  1047
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   |||
seq2  TTAATACTTCCATGTAAG-AGGAGGAGGACAGGTGATTTCCAGGGTCTGA  1049

seq1  TG-TTTGTAACACAATCAATTTAAGCTGA-TCTCTGACTACATTACAAAG  1095
      || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||
seq2  TGTTTTGTAACACAATCAATTAAAGCTGATTCTCTGACTACATAAAAAAG  1099

seq1  AAAA--GAGACT-CAACCT-ATGATTAATTTATTTGG-CTTTG--ACAAT  1138
      ||||  |||||| |||||| |||||  |||||||||| |||||  |||||
seq2  AAAAAGGAGACTCCAACCTAATGAT--ATTTATTTGGCCTTTGACACAAT  1147

seq1  TGTTGGAGGGTAACG-CCTAATCTACTCTTTTAACTG-CTGG-CCTGGCT  1185
      |||  |||||| ||| ||||||| |||| |||||||| |||| |||||||
seq2  TGT--GAGGGTTACGCCCTAATC-ACTC-TTTAACTGACTGGCCCTGGCT  1193

seq1  A  1186
      |
seq2  A  1194


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |