BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196D05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 63,842,667 - 63,996,918
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCox10, 2810001G20Rik
Upstream geneTekt3, Pmp22, LOC433423, LOC100042799, LOC100041690, LOC654442, LOC668297, Hs3st3b1
Downstream geneEG544785, Hs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196D05.bB6Ng01-196D05.g
ACCGA018401GA018402
length1,1831,189
definitionB6Ng01-196D05.b B6Ng01-196D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,842,667 - 63,843,854)(63,995,738 - 63,996,918)
sequence
gaattcagataagacacaaagtgcagtttagaagactagtagttagttta
ctacagggcaaagtagaacaccctcaggggtgagactggacaatggccaa
gggaccactgtcaacaacatgcttgaggggaaagagtagacagcagccaa
atagatcaatgtgtcaacctacaactttagtactttatactttctccaaa
gtccctagaaaggacagcttctcttctatctttctaatcaggtgagtgac
aaacccatttggactaaatcttaatagactgaataatgatatgcctttct
tcattaccagaaagtctttaactagactgtaatcttacggcaggggcagt
tcagatggcacatctgtatcctgaacctgagaggcaacttatatcccact
cttggccaatgctctgagccctgcagattatggagggaggagcccatgcg
caatgagcttcaagccttctgatatctacctagtcccctaacagtaacac
tcatttttatccttggtgaacattgtttgttaattctgcctccatgtcag
tctgttgattccttaccctcaaatcccaagaaaacagctcttagaagggc
tgtgcttcaaagatctcttcatattcaaccctaaaaaaattctctagtct
tcagctaacaacctaatctttttgtctctggctggctagagcttgctatg
tagactgggctggcctcaaactcacagagatctacctgccttcactaaat
gctaggattaaaggtgtgcacctccacacccacctcagcattctacaatg
agatatttcctgtccttgaaatgtgctgcagtctccaggacattgtttct
tctcctcttcagggtcaacctctaccttctgttgaacagtgcagttctcc
ggtcacatgacattccatcccacgaatgttcccagttaaaattactgtct
ccaggtagatgagcaagtaagtgtgtacctagaccaccactggggtaaga
aaattttctttttggccctgagatgacatcagctatcacagagcaaagtt
cctgtggtccacagtcatgacagtgttgcatgcacactgcagtcagtggt
ctacacatgtactgacctgcatgaaccatcagtcatcatgaagccgatgt
agtgtggtcaagtcatcccaggtgaaggtatgc
gaattcaccgtgcacaggcttctgcaacactgtgcatgcagtagttcagc
ctttcctttaattactttctcttgaaaatggaagcagctcccagtgtctt
gaccctggaaatgatgctgagggtgacagccctgccctttttcccaggaa
caagtctcctcccacccatatatccacagcaagaacataaggtttccaaa
tgagcttcggtcaacacacagtaaatacatacgtataaaacatgtttgaa
ggctttcccccagaactttgggttctattttaattttcttcccccacagt
tactaagcttcctattgcagggatgggtaagctacaagcacctccatgct
tctgcttggggtggctttgggtggcagtaaagttgaatgttcttcttatg
gctattggtgacttccactgaacttccagtgagctgtgatgtatgtcctt
tgaacatttttttctaccaggatattaaccttttcttattgatttcctaa
ttggttttctgattgacttattatcattttatcctggccatctctgcaag
ttggtaggtatgagactaacatcttttgtatcttttataaattgtactaa
atatcttagggtacccatgcgataattatatatgccttcatatttgtagg
taagtttttgtattttatgtagacttatttctctttttgtgtggaatgga
cactaacaggaatcaagtccccattgtgtataataaattcagcatgcagg
cttttctttgcccctccccaccccttcaccattcccatgcttcactacat
atttgcaataagttatgctaatgaactggcatacgtatcttttattttta
tccatttttatactagtatttcaagatacacacaaatatgggaaaaaaat
atatacaaagccagattttgtcgaattatcattttataaaaatgagatta
cataagtacttttctggtgtcttcgctttttcttctctcatatcttatat
tttatgaagaatattgcccctttccagagtaattgattataactctattc
atcccttttaatagttgtataggttccctccggtagtggacacattttat
ttcgctgtttccctgtactagcactcaattttatcctttttgcatcacat
gaggctggcaatataatgcctctcggaaggggccactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_63842667_63843854
seq2: B6Ng01-196D05.b_49_1231

seq1  GAATTCAGATAAGACACAAAGTGCAGTTTAGAAGACTAGTAGTTAGTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATAAGACACAAAGTGCAGTTTAGAAGACTAGTAGTTAGTTTA  50

seq1  CTACAGGGCAAAGTAGAACACCCTCAGGGGTGAGACTGGACAATGGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGGCAAAGTAGAACACCCTCAGGGGTGAGACTGGACAATGGCCAA  100

seq1  GGGACCACTGTCAACAACATGCTTGAGGGGAAAGAGTAGACAGCAGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCACTGTCAACAACATGCTTGAGGGGAAAGAGTAGACAGCAGCCAA  150

seq1  ATAGATCAATGTGTCAACCTACAACTTTAGTACTTTATACTTTCTCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCAATGTGTCAACCTACAACTTTAGTACTTTATACTTTCTCCAAA  200

seq1  GTCCCTAGAAAGGACAGCTTCTCTTCTATCTTTCTAATCAGGTGAGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTAGAAAGGACAGCTTCTCTTCTATCTTTCTAATCAGGTGAGTGAC  250

seq1  AAACCCATTTGGACTAAATCTTAATAGACTGAATAATGATATGCCTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATTTGGACTAAATCTTAATAGACTGAATAATGATATGCCTTTCT  300

seq1  TCATTACCAGAAAGTCTTTAACTAGACTGTAATCTTACGGCAGGGGCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACCAGAAAGTCTTTAACTAGACTGTAATCTTACGGCAGGGGCAGT  350

seq1  TCAGATGGCACATCTGTATCCTGAACCTGAGAGGCAACTTATATCCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGCACATCTGTATCCTGAACCTGAGAGGCAACTTATATCCCACT  400

seq1  CTTGGCCAATGCTCTGAGCCCTGCAGATTATGGAGGGAGGAGCCCATGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCAATGCTCTGAGCCCTGCAGATTATGGAGGGAGGAGCCCATGCG  450

seq1  CAATGAGCTTCAAGCCTTCTGATATCTACCTAGTCCCCTAACAGTAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGCTTCAAGCCTTCTGATATCTACCTAGTCCCCTAACAGTAACAC  500

seq1  TCATTTTTATCCTTGGTGAACATTGTTTGTTAATTCTGCCTCCATGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTATCCTTGGTGAACATTGTTTGTTAATTCTGCCTCCATGTCAG  550

seq1  TCTGTTGATTCCTTACCCTCAAATCCCAAGAAAACAGCTCTTAGAAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGATTCCTTACCCTCAAATCCCAAGAAAACAGCTCTTAGAAGGGC  600

seq1  TGTGCTTCAAAGATCTCTTCATATTCAACCCTAAAAAAATTCTCTAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCAAAGATCTCTTCATATTCAACCCTAAAAAAATTCTCTAGTCT  650

seq1  TCAGCTAACAACCTAATCTTTTTGTCTCTGGCTGGCTAGAGCTTGCTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTAACAACCTAATCTTTTTGTCTCTGGCTGGCTAGAGCTTGCTATG  700

seq1  TAGACTGGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCTACCTGCCTTCACTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCTACCTGCCTTCACTAAAT  750

seq1  GCTAGGATTAAAGGTGTGCACCTCCACACCCACCTCAGCATTCTACAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGATTAAAGGTGTGCACCTCCACACCCACCTCAGCATTCTACAATG  800

seq1  AGATATTTCCTGTCCTTGAAATGTGCTGCAGTCTCCAGGACATTGTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTCCTGTCCTTGAAATGTGCTGCAGTCTCCAGGACATTGTTTCT  850

seq1  TCTCCTCTTCAGGGTCAACCTCTACCTTCTGTTGAACAGTGCAGTTCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTCAGGGTCAACCTCTACCTTCTGTTGAACAGTGCAGTTCTCC  900

seq1  GGTCACATGACATTCCATCCCACGAATGTTCCCAGTTAAAATTACTGTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATGACATTCCATCCCACGAATGTTCCCAGTTAAAATTACTGTCT  950

seq1  CCAGGTAGATGAGCAAGTAAGTGTGTACCTAGACCACCACTGGGGTAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTAGATGAGCAAGTAAGTGTGTACCTAGACCACCACTGGGGTAAGA  1000

seq1  AAA-TTTCTTTTTGG-CCTGAGATGACCATCAGCTATCACAGAGCAAAGT  1048
      ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCTTTTTGGCCCTGAGATGA-CATCAGCTATCACAGAGCAAAGT  1049

seq1  TCCTGTGGCCCACAGTCATGACAGTGTTGCATGCACACTGCAGTCAAGTG  1098
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCTGTGGTCCACAGTCATGACAGTGTTGCATGCACACTGCAGTC-AGTG  1098

seq1  GTCTACAACAATGGTAACTGACCTGCCATG-ACCATCAGTCATCATGGAG  1147
      |||||||   |||   ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||
seq2  GTCTACA--CATG--TACTGACCTG-CATGAACCATCAGTCATCATGAAG  1143

seq1  CAGATGTTAGTGTGGTCCAAAGTCATCACA-GTG-AGGTATGC  1188
      | |||| ||||||||||  |||||||| || ||| ||||||||
seq2  CCGATG-TAGTGTGGTC--AAGTCATCCCAGGTGAAGGTATGC  1183

seq1: chr11_63995738_63996918
seq2: B6Ng01-196D05.g_70_1258 (reverse)

seq1  GCAGTGGCCCCT---CAGAGGCCTT-TATTGCAGCCCTCATTGTGATTGC  46
      ||||||||||||    |||||| || ||||||   ||||| ||||| |||
seq2  GCAGTGGCCCCTTCCGAGAGGCATTATATTGCCAGCCTCA-TGTGA-TGC  48

seq1  AAAAGGAATAAAA-TGAGTGCTAGTACAGGGGAAACAGCCGAATAAATTG  95
      |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||
seq2  AAAAAGGATAAAATTGAGTGCTAGTACA-GGGAAACAGCGAAATAAAATG  97

seq1  TGGTCCACTTACCCGAGGGAACCTTATACAACTATTAAAAAGGATGAATT  145
      | |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |
seq2  T-GTCCAC-TACCGGAGGGAACC-TATACAACTATTAAAAGGGATGAA-T  143

seq1  AGAGTTAT-ATCAATTACTCTGGAA--GGGCAATAT--CTCATAAAATAT  190
      |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||
seq2  AGAGTTATAATCAATTACTCTGGAAAGGGGCAATATTCTTCATAAAATAT  193

seq1  AAGATATTGAGAGA--GAAAAGCG-AGACA-CAG-AAAGTACTTATTGTA  235
      |||||| |||||||   ||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  AAGATA-TGAGAGAAGAAAAAGCGAAGACACCAGAAAAGTACTTA-TGTA  241

seq1  ATCTCATTTTTATAAAATGATAA-TCGACAAAATTCTGGCTTTGTATATA  284
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTTTTATAAAATGATAATTCGACAAAA-TCTGGCTTTGTATATA  290

seq1  TTTTTTT-CCATATTTGTGTGTATCTTGAAATACTAGTATAAAAATGGAT  333
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCCATATTTGTGTGTATCTTGAAATACTAGTATAAAAATGGAT  340

seq1  AAAAATAAAAGATACGTATGCCAGTTCATTAGCATAACTTATTGCAAATA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAAGATACGTATGCCAGTTCATTAGCATAACTTATTGCAAATA  390

seq1  TGTAGTGAAGCATGGGAATGGTGAAGGGGTGGGGAGGGGCAAAGAAAAGC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGAAGCATGGGAATGGTGAAGGGGTGGGGAGGGGCAAAGAAAAGC  440

seq1  CTGCATGCTGAATTTATTATACACAAT-GGGACTTGATTCCTGTTAGTGT  482
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCTGAATTTATTATACACAATGGGGACTTGATTCCTGTTAGTGT  490

seq1  CCATTCCACACAAAAAGAGAAATAAGTCTACATAAAATACAAAAACTTAC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCACACAAAAAGAGAAATAAGTCTACATAAAATACAAAAACTTAC  540

seq1  CTACAAATATGAAGGCATATATAATTATCGCATGGGTACCCTAAGATATT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAATATGAAGGCATATATAATTATCGCATGGGTACCCTAAGATATT  590

seq1  TAGTACAATTTATAAAAGATACAAAAGATGTTAGTCTCATACCTACCAAC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACAATTTATAAAAGATACAAAAGATGTTAGTCTCATACCTACCAAC  640

seq1  TTGCAGAGATGGCCAGGATAAAATGATAATAAGTCAATCAGAAAACCAAT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGATGGCCAGGATAAAATGATAATAAGTCAATCAGAAAACCAAT  690

seq1  TAGGAAATCAATAAGAAAAGGTTAATATCCTGGTAGAAAAAAATGTTCAA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATCAATAAGAAAAGGTTAATATCCTGGTAGAAAAAAATGTTCAA  740

seq1  AGGACATACATCACAGCTCACTGGAAGTTCAGTGGAAGTCACCAATAGCC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATACATCACAGCTCACTGGAAGTTCAGTGGAAGTCACCAATAGCC  790

seq1  ATAAGAAGAACATTCAACTTTACTGCCACCCAAAGCCACCCCAAGCAGAA  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGAACATTCAACTTTACTGCCACCCAAAGCCACCCCAAGCAGAA  840

seq1  GCATGGAGGTGCTTGTAGCTTACCCATCCCTGCAATAGGAAGCTTAGTAA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAGGTGCTTGTAGCTTACCCATCCCTGCAATAGGAAGCTTAGTAA  890

seq1  CTGTGGGGGAAGAAAATTAAAATAGAACCCAAAGTTCTGGGGGAAAGCCT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGGGAAGAAAATTAAAATAGAACCCAAAGTTCTGGGGGAAAGCCT  940

seq1  TCAAACATGTTTTATACGTATGTATTTACTGTGTGTTGACCGAAGCTCAT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACATGTTTTATACGTATGTATTTACTGTGTGTTGACCGAAGCTCAT  990

seq1  TTGGAAACCTTATGTTCTTGCTGTGGATATATGGGTGGGAGGAGACTTGT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAACCTTATGTTCTTGCTGTGGATATATGGGTGGGAGGAGACTTGT  1040

seq1  TCCTGGGAAAAAGGGCAGGGCTGTCACCCTCAGCATCATTTCCAGGGTCA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAAAAAGGGCAGGGCTGTCACCCTCAGCATCATTTCCAGGGTCA  1090

seq1  AGACACTGGGAGCTGCTTCCATTTTCAAGAGAAAGTAATTAAAGGAAAGG  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGGGAGCTGCTTCCATTTTCAAGAGAAAGTAATTAAAGGAAAGG  1140

seq1  CTGAACTACTGCATGCACAGTGTTGCAGAAGCCTGTGCACGGTGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTACTGCATGCACAGTGTTGCAGAAGCCTGTGCACGGTGAATTC  1189