BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197A05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 12,075,652 - 12,223,051
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCobl
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1, Ddc, Grb10
Downstream geneLOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197A05.bB6Ng01-197A05.g
ACCGA018999GA019000
length8651,119
definitionB6Ng01-197A05.b B6Ng01-197A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,075,652 - 12,076,516)(12,221,929 - 12,223,051)
sequence
gaattcatctcttattcaaatacaaacatctaaaccagatgtagtgagac
acatttgtgatctcagtacttggtactagagggtacttggtacttggtag
ctagagggtcagaagttcaagtccagaactgaacacacaatgactctaaa
gccactcgaggctgtatgagacactgtgtaaagacagccaaaagaacaca
aaataaaataagaaagtatggctaaattactgcgacagacctattagttt
tagtaatgatatttcagtgataaatgtttcttgtattcccgaataattct
atattaatttctatgtgttaggttgttttctttctgtatctccttgctgc
catggaaatcagtttctgtctgtgcttctgtatttcctggagggcacatt
gtttcatgttggatcattggtaggaagttttttttccagtgctttttaac
cgttccttatctcttgttttccatagttttactcaaaattcatctctcag
acccttagctcctccctaaaggcaatgagtctatttcctctggatggttg
gatgatttgttctgccaccttaacaatggtttctgtctttgcaagatttt
ctcttaattatgatgcatgtgtgcatgcgtgtatatgactctcagtgttt
atgctgtttggaattttgtaaatttcttttcttcattgtgggaactaaaa
agggggccctggggaagagagggaggatagactcacgtcctgccagagtt
ccacctatgctctggacaggcagatgtgggagggctgccatacgctctcc
actcaaccccaggtgggcatccaagcctctgacccactctttgggggctg
gacaaggggtagccc

gaattcatatgtataatcttttaattaacatctactctcctgaaatgctt
tctgaccttgagtttgatactacatataattgacacaatgagataaagaa
actaagtaaccaaataggcccaaggcagcccagtgctctctaaactgtga
tatcaaatgcacttagactatagacattatttcctcgtaattgtgaaagc
tagaaaacctgagctacaagggctgcggagatagaatctgatgagggacc
ccttctagttttatctgacatctgtcttcttgctatgtccttagctggca
cattatctagggaccattttgggatctggaactttataaagggctctgat
tcagtccaacaccatgacctaatcacccctaaagtccccatctcactcca
gtctaataccatcacattggagcttaggttttcaatatatgagccagtag
gaaagatgcaaagtattcagtgtatagcaaggtgcagttcctggttccag
agaggaaaggagcatgctccacagacaattagagccgcagtttgtgttgt
gcattcttaaagagtaccctaaagagatttttaagtgtctctaagccaga
aaattcaagcacaaactggtttatatagtagccagtcacatggaacatta
agaaatctagtagcttgtagtcacttgccacagcattggatgacagattt
ccattcaagctgcagctacttaccctcacccctgagtcattcagtcctgg
tcaggaggccaacataaagaacagccagagagattctgttttgtgccctt
tagagacagaataacaacagtgtgcccactacttagctgtagaataaaag
tcaaagttatcttctataagcctcagtttccctttctataaattaaggag
ataggctgggtgagatggctcagcaggccaaaatacttgtggcccaagcc
tgattacctgaatttgtgccgcagaactacttaaacgttataaagaaaaa
cactctactatagttgtcctttcatcttcaaggtgttcaaggcacacacg
tgctcttacatgtcttatacccccttataccaaaattcgggtcaatattt
aattagagtactattctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_12075652_12076516
seq2: B6Ng01-197A05.b_45_909

seq1  GAATTCATCTCTTATTCAAATACAAACATCTAAACCAGATGTAGTGAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCTTATTCAAATACAAACATCTAAACCAGATGTAGTGAGAC  50

seq1  ACATTTGTGATCTCAGTACTTGGTACTAGAGGGTACTTGGTACTTGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTGATCTCAGTACTTGGTACTAGAGGGTACTTGGTACTTGGTAG  100

seq1  CTAGAGGGTCAGAAGTTCAAGTCCAGAACTGAACACACAATGACTCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGGTCAGAAGTTCAAGTCCAGAACTGAACACACAATGACTCTAAA  150

seq1  GCCACTCGAGGCTGTATGAGACACTGTGTAAAGACAGCCAAAAGAACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCGAGGCTGTATGAGACACTGTGTAAAGACAGCCAAAAGAACACA  200

seq1  AAATAAAATAAGAAAGTATGGCTAAATTACTGCGACAGACCTATTAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATAAGAAAGTATGGCTAAATTACTGCGACAGACCTATTAGTTT  250

seq1  TAGTAATGATATTTCAGTGATAAATGTTTCTTGTATTCCCGAATAATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATGATATTTCAGTGATAAATGTTTCTTGTATTCCCGAATAATTCT  300

seq1  ATATTAATTTCTATGTGTTAGGTTGTTTTCTTTCTGTATCTCCTTGCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATTTCTATGTGTTAGGTTGTTTTCTTTCTGTATCTCCTTGCTGC  350

seq1  CATGGAAATCAGTTTCTGTCTGTGCTTCTGTATTTCCTGGAGGGCACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAATCAGTTTCTGTCTGTGCTTCTGTATTTCCTGGAGGGCACATT  400

seq1  GTTTCATGTTGGATCATTGGTAGGAAGTTTTTTTTCCAGTGCTTTTTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGTTGGATCATTGGTAGGAAGTTTTTTTTCCAGTGCTTTTTAAC  450

seq1  CGTTCCTTATCTCTTGTTTTCCATAGTTTTACTCAAAATTCATCTCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCTTATCTCTTGTTTTCCATAGTTTTACTCAAAATTCATCTCTCAG  500

seq1  ACCCTTAGCTCCTCCCTAAAGGCAATGAGTCTATTTCCTCTGGATGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAGCTCCTCCCTAAAGGCAATGAGTCTATTTCCTCTGGATGGTTG  550

seq1  GATGATTTGTTCTGCCACCTTAACAATGGTTTCTGTCTTTGCAAGATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTTGTTCTGCCACCTTAACAATGGTTTCTGTCTTTGCAAGATTTT  600

seq1  CTCTTAATTATGATGCATGTGTGCATGCGTGTATATGACTCTCAGTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATTATGATGCATGTGTGCATGCGTGTATATGACTCTCAGTGTTT  650

seq1  ATGCTGTTTGGAATTTTGTAAATTTCTTTTCTTCATTGTGGGAACTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTGGAATTTTGTAAATTTCTTTTCTTCATTGTGGGAACTAAAA  700

seq1  AGGGGGCCCTGGGGAAGAGAGGGAGGATAGACTCACGTCCTGCCAGAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCCCTGGGGAAGAGAGGGAGGATAGACTCACGTCCTGCCAGAGTT  750

seq1  CCACCTATGCTCTGGACAGGCAGATGTGGGAGGGCTGCCATACGCTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTATGCTCTGGACAGGCAGATGTGGGAGGGCTGCCATACGCTCTCC  800

seq1  ACTCAACCCCAGGTGGGCATCCAAGCCTCTGACCCACTCTTTGGGGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACCCCAGGTGGGCATCCAAGCCTCTGACCCACTCTTTGGGGGCTG  850

seq1  GACAAGGGGTAGCCC  865
      |||||||||||||||
seq2  GACAAGGGGTAGCCC  865


seq1: chr11_12221929_12223051
seq2: B6Ng01-197A05.g_68_1186 (reverse)

seq1  AGAG-ATAGTTACTCTAATTTAAAAATATTTAACACGATTTTGTGTATAA  49
      |||| |||| ||||||||||   ||||| || || ||| |||  ||||||
seq2  AGAGAATAG-TACTCTAATT---AAATA-TTGACCCGAATTTTGGTATAA  45

seq1  GGGGGTATAAGACATGTAGAGGCACGTGTGTGCCTTGGAACACCTGTGAA  99
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGGGGTATAAGACATGTAAGAGCACGTGTGTGCCTT-GAACACCT-TGAA  93

seq1  GATGAAAGGACAACTATAGTAGAGTTGTTTTTCTTTAT-ACGTTTAAGTA  148
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GATGAAAGGACAACTATAGTAGAG-TGTTTTTCTTTATAACGTTTAAGT-  141

seq1  AGTTCTGCGGCACAAATTCAGGTAATCAGGCTTGGGCCACAAGTATTTT-  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTCTGCGGCACAAATTCAGGTAATCAGGCTTGGGCCACAAGTATTTTG  191

seq1  GCCTGCTGAGCCATCTCA-CCAGCCTATCTCCTTAATTTATAGAAAGGGA  246
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGAGCCATCTCACCCAGCCTATCTCCTTAATTTATAGAAAGGGA  241

seq1  AACTGAGGCTTATAGAAGATAAC-TTGACTTTTATTCTACAGCTAAGTAG  295
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGGCTTATAGAAGATAACTTTGACTTTTATTCTACAGCTAAGTAG  291

seq1  TGGGCACACTGTTGTTATTCTGTCTCTAAAGGGCACAAAACAGAATCTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACACTGTTGTTATTCTGTCTCTAAAGGGCACAAAACAGAATCTCT  341

seq1  CTGGCTGTTCTTTATGTTGGCCTCCTGACCAGGACTGAATGACTCAGGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTTCTTTATGTTGGCCTCCTGACCAGGACTGAATGACTCAGGGG  391

seq1  TGAGGGTAAGTAGCTGCAGCTTGAATGGAAATCTGTCATCCAATGCTGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTAAGTAGCTGCAGCTTGAATGGAAATCTGTCATCCAATGCTGTG  441

seq1  GCAAGTGACTACAAGCTACTAGATTTCTTAATGTTCCATGTGACTGGCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGACTACAAGCTACTAGATTTCTTAATGTTCCATGTGACTGGCTA  491

seq1  CTATATAAACCAGTTTGTGCTTGAATTTTCTGGCTTAGAGACACTTAAAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAAACCAGTTTGTGCTTGAATTTTCTGGCTTAGAGACACTTAAAA  541

seq1  ATCTCTTTAGGGTACTCTTTAAGAATGCACAACACAAACTGCGGCTCTAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTAGGGTACTCTTTAAGAATGCACAACACAAACTGCGGCTCTAA  591

seq1  TTGTCTGTGGAGCATGCTCCTTTCCTCTCTGGAACCAGGAACTGCACCTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTGGAGCATGCTCCTTTCCTCTCTGGAACCAGGAACTGCACCTT  641

seq1  GCTATACACTGAATACTTTGCATCTTTCCTACTGGCTCATATATTGAAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACACTGAATACTTTGCATCTTTCCTACTGGCTCATATATTGAAAA  691

seq1  CCTAAGCTCCAATGTGATGGTATTAGACTGGAGTGAGATGGGGACTTTAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCTCCAATGTGATGGTATTAGACTGGAGTGAGATGGGGACTTTAG  741

seq1  GGGTGATTAGGTCATGGTGTTGGACTGAATCAGAGCCCTTTATAAAGTTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATTAGGTCATGGTGTTGGACTGAATCAGAGCCCTTTATAAAGTTC  791

seq1  CAGATCCCAAAATGGTCCCTAGATAATGTGCCAGCTAAGGACATAGCAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCAAAATGGTCCCTAGATAATGTGCCAGCTAAGGACATAGCAAG  841

seq1  AAGACAGATGTCAGATAAAACTAGAAGGGGTCCCTCATCAGATTCTATCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGATGTCAGATAAAACTAGAAGGGGTCCCTCATCAGATTCTATCT  891

seq1  CCGCAGCCCTTGTAGCTCAGGTTTTCTAGCTTTCACAATTACGAGGAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGCCCTTGTAGCTCAGGTTTTCTAGCTTTCACAATTACGAGGAAAT  941

seq1  AATGTCTATAGTCTAAGTGCATTTGATATCACAGTTTAGAGAGCACTGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTATAGTCTAAGTGCATTTGATATCACAGTTTAGAGAGCACTGGG  991

seq1  CTGCCTTGGGCCTATTTGGTTACTTAGTTTCTTTATCTCATTGTGTCAAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGGGCCTATTTGGTTACTTAGTTTCTTTATCTCATTGTGTCAAT  1041

seq1  TATATGTAGTATCAAACTCAAGGTCAGAAAGCATTTCAGGAGAGTAGATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTAGTATCAAACTCAAGGTCAGAAAGCATTTCAGGAGAGTAGATG  1091

seq1  TTAATTAAAAGATTATACATATGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAAAGATTATACATATGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |