BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198O16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 105,934,205 - 106,076,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc44, Map3k3, Limd2, 2610019A05Rik, 2610204L23Rik
Upstream gene4921510J17Rik, Mettl2, LOC666771, Tlk2, 1700052K11Rik, Mrc2, Rnf190, EG666807, Tanc2, LOC667737, Cyb561, Ace, EG217246, Kcnh6, Wdr68
Downstream geneDdx42, Ftsj3, Psmc5, Smarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a, 2310007L24Rik, Icam2, Ern1, LOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198O16.bB6Ng01-198O16.g
ACCGA020388GA020389
length1,1151,163
definitionB6Ng01-198O16.b B6Ng01-198O16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,075,581 - 106,076,685)(105,934,205 - 105,935,377)
sequence
gaattccattagaaacacttctgtgttgtgaacactcctggtatagactg
aaatggccagactgtcaaattgacagggatatgtagttacttctgcttgg
acagggagccactaaagcagacgctctttgttctttgaggcagtgcctct
tactcttgcaggctggcctaatatcactatgtaggacaaggcagggcagg
ccactggaactactatacctgccaccacccccacccccttaagtataggg
tctcgctatgtagtcctggctagccttgaatttggacatgtgcctgcatt
tgactcctgagtactgggatacctcacccaccctaccggccccttggagc
ttttgagacaggggtctcctgaagcctggactcactatgtagaagaagat
ggccttggactctcggcctcagtctcccaagtgctgggattacaggagta
aaccgccacacccaatcttatatggtcctgctatcaatttagacagtctc
aacagcttgagttacatccccagcctccctttgtaacattttaaaaatta
cattaatttatttatttgggtcaggcatatataaagggggaggtattata
tcgctgtgcatggagaggtcagaagacaacttctagtttaatcatcagtc
gtaatacacataccctatcagtaataaaactcttacacgcatctatcctt
taggctgaatttcaatgcttaaaaacagatgtttattgtttttgttttgt
tttttagataattaaagatataggactggtgtttagattagggagcagaa
ttgaaaatgtagcataaatgcttttgttggttggaaatatttttgcattg
tactctgtgatttcatacaaaatcagtaccttcagtctgagcccgtggag
taacgtggttagtttggactgatgcatcttcttttctgtacttaagtgtt
cacactttgccggtgatctgagcaagtgtgtgttcaagagaacgtgtctg
caggccaaacacagatctacagttgggtctgtaggtaaatgggctgtctc
ttttagtactgatggtgaagcccaacttatgttatgtcacaagaattgac
aagaaggtacactgg
gaattcacaaactgcacagtgttactaagtgaacaccagaggatagggcc
tattgtgagttggtaagaagaattctgcgcattggaaactatgaacttaa
aggccaatgatgatatagtacaggttgctccactcaggattttgcaaact
tctgtctgggttgtggcattacttcctggcttctcacctcctcacttctt
ttatctctagttcatttgtgatgcttcttcactacatcaagtgaggaaaa
aactggactcgctgggcctgtgtcctgtgtcctgttcaatggagttcatc
cctcactccaaggtgcagctggctgagccggagctggagcaggctgctca
cctcatccaggcgcttaacaactatgaggatgtgattcacgtttatgaca
atattgaataagcggcctcgactagacttggctccggctctttcctaggc
cgcacaagcttctgcagcaatctcagagactgaaacagctgagagcctat
tagagacctgctgcaatggctgtcagccttgggaaagggggactcttagc
tctgttggtatcaccgggccatctggaatgcaaggtgagactggccagcc
ggtctgactctgatcccaggtgactggctcttgtgaagagtcttaagtgt
cctgtggtaccgtagagtggaaatgatcttcaataataacagtagtgact
tttggatgctttgttgctggtatgactcttgaggtgtcctgatttgtgtc
cagtttttgaacctctggactaactgacattcaagcccacatgcttactt
ctctactttcatactaagattgtctttttcttttctttctgttgtggaat
agagacgtggctgttcttgtggttgggtgctggtataacgacctagcctt
ctcacttgttcatgcagctagtgtctcttgaacaccttacttacagggat
tgtgcttttctaggagaaggcagttcagtggtgcttatgtcctgctctag
atgtgagacctcaaggaagaacacagggatgtaccaatggcactgctcca
aggtaatcatggaataacgtcatatcttgtcccttttggtgattctgtcc
cggtttgaagcttaagttacgtccaatagaaaatcaagggtccaaggaaa
gcggtcctcccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_106075581_106076685
seq2: B6Ng01-198O16.b_47_1161 (reverse)

seq1  CCAGTGTAAC-TCTTGTC-ATTCTTGTGACAT-ACATAAGGTTGGCTTCA  47
      |||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||
seq2  CCAGTGTACCTTCTTGTCAATTCTTGTGACATAACATAAGTTGGGCTTCA  50

seq1  CCATCAGTACTAAAAGAGACAG-CCATTTACCTACAGA-CCAACTGTAGA  95
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCATCAGTACTAAAAGAGACAGCCCATTTACCTACAGACCCAACTGTAGA  100

seq1  TCTGTGTTTGGCCTGCAGACACGTTCTCCTGAACACACACTTGCTCAGAT  145
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTTGGCCTGCAGACACGTTCTCTTGAACACACACTTGCTCAGAT  150

seq1  CACCG--CAAGTGTGAACACTTAAGTACAG-AAAGAAGATGCATCAGTCC  192
      |||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACCGGCAAAGTGTGAACACTTAAGTACAGAAAAGAAGATGCATCAGTCC  200

seq1  -AACT-ACCACGTTACTCCACGGGCTCAGACTGAAGGTACTGATTTTGTA  240
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAACCACGTTACTCCACGGGCTCAGACTGAAGGTACTGATTTTGTA  250

seq1  TGAAATCACAGAGTACAATGCAAAAATATTTCCAACCAACAAAAGCATTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCACAGAGTACAATGCAAAAATATTTCCAACCAACAAAAGCATTT  300

seq1  ATGCTACATTTTCAATTCTGCTCCCTAATCTAAACACCAGTCCTATATCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACATTTTCAATTCTGCTCCCTAATCTAAACACCAGTCCTATATCT  350

seq1  TTAATTATCTAAAAAACAAAACAAAAACAATAAACATCTGTTTTTAAGCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATCTAAAAAACAAAACAAAAACAATAAACATCTGTTTTTAAGCA  400

seq1  TTGAAATTCAGCCTAAAGGATAGATGCGTGTAAGAGTTTTATTACTGATA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTCAGCCTAAAGGATAGATGCGTGTAAGAGTTTTATTACTGATA  450

seq1  GGGTATGTGTATTACGACTGATGATTAAACTAGAAGTTGTCTTCTGACCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGTGTATTACGACTGATGATTAAACTAGAAGTTGTCTTCTGACCT  500

seq1  CTCCATGCACAGCGATATAATACCTCCCCCTTTATATATGCCTGACCCAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCACAGCGATATAATACCTCCCCCTTTATATATGCCTGACCCAA  550

seq1  ATAAATAAATTAATGTAATTTTTAAAATGTTACAAAGGGAGGCTGGGGAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATTAATGTAATTTTTAAAATGTTACAAAGGGAGGCTGGGGAT  600

seq1  GTAACTCAAGCTGTTGAGACTGTCTAAATTGATAGCAGGACCATATAAGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCAAGCTGTTGAGACTGTCTAAATTGATAGCAGGACCATATAAGA  650

seq1  TTGGGTGTGGCGGTTTACTCCTGTAATCCCAGCACTTGGGAGACTGAGGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTGGCGGTTTACTCCTGTAATCCCAGCACTTGGGAGACTGAGGC  700

seq1  CGAGAGTCCAAGGCCATCTTCTTCTACATAGTGAGTCCAGGCTTCAGGAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGTCCAAGGCCATCTTCTTCTACATAGTGAGTCCAGGCTTCAGGAG  750

seq1  ACCCCTGTCTCAAAAGCTCCAAGGGGCCGGTAGGGTGGGTGAGGTATCCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGTCTCAAAAGCTCCAAGGGGCCGGTAGGGTGGGTGAGGTATCCC  800

seq1  AGTACTCAGGAGTCAAATGCAGGCACATGTCCAAATTCAAGGCTAGCCAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCAGGAGTCAAATGCAGGCACATGTCCAAATTCAAGGCTAGCCAG  850

seq1  GACTACATAGCGAGACCCTATACTTAAGGGGGTGGGGGTGGTGGCAGGTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATAGCGAGACCCTATACTTAAGGGGGTGGGGGTGGTGGCAGGTA  900

seq1  TAGTAGTTCCAGTGGCCTGCCCTGCCTTGTCCTACATAGTGATATTAGGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTTCCAGTGGCCTGCCCTGCCTTGTCCTACATAGTGATATTAGGC  950

seq1  CAGCCTGCAAGAGTAAGAGGCACTGCCTCAAAGAACAAAGAGCGTCTGCT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCAAGAGTAAGAGGCACTGCCTCAAAGAACAAAGAGCGTCTGCT  1000

seq1  TTAGTGGCTCCCTGTCCAAGCAGAAGTAACTACATATCCCTGTCAATTTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGCTCCCTGTCCAAGCAGAAGTAACTACATATCCCTGTCAATTTG  1050

seq1  ACAGTCTGGCCATTTCAGTCTATACCAGGAGTGTTCACAACACAGAAGTG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGGCCATTTCAGTCTATACCAGGAGTGTTCACAACACAGAAGTG  1100

seq1  TTTCTAATGGAATTC  1105
      |||||||||||||||
seq2  TTTCTAATGGAATTC  1115

seq1: chr11_105934205_105935377
seq2: B6Ng01-198O16.g_66_1228

seq1  GAATTCACAAACTGCACAGTGTTACTAAGTGAACACCAGAGGATAGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAACTGCACAGTGTTACTAAGTGAACACCAGAGGATAGGGCC  50

seq1  TATTGTGAGTTGGTAAGAAGAATTCTGCGCATTGGAAACTATGAACTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTGAGTTGGTAAGAAGAATTCTGCGCATTGGAAACTATGAACTTAA  100

seq1  AGGCCAATGATGATATAGTACAGGTTGCTCCACTCAGGATTTTGCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATGATGATATAGTACAGGTTGCTCCACTCAGGATTTTGCAAACT  150

seq1  TCTGTCTGGGTTGTGGCATTACTTCCTGGCTTCTCACCTCCTCACTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGGGTTGTGGCATTACTTCCTGGCTTCTCACCTCCTCACTTCTT  200

seq1  TTATCTCTAGTTCATTTGTGATGCTTCTTCACTACATCAAGTGAGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTAGTTCATTTGTGATGCTTCTTCACTACATCAAGTGAGGAAAA  250

seq1  AACTGGACTCGCTGGGCCTGTGTCCTGTGTCCTGTTCAATGGAGTTCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACTCGCTGGGCCTGTGTCCTGTGTCCTGTTCAATGGAGTTCATC  300

seq1  CCTCACTCCAAGGTGCAGCTGGCTGAGCCGGAGCTGGAGCAGGCTGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTCCAAGGTGCAGCTGGCTGAGCCGGAGCTGGAGCAGGCTGCTCA  350

seq1  CCTCATCCAGGCGCTTAACAACTATGAGGATGTGATTCACGTTTATGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCAGGCGCTTAACAACTATGAGGATGTGATTCACGTTTATGACA  400

seq1  ATATTGAATAAGCGGCCTCGACTAGACTTGGCTCCGGCTCTTTCCTAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGAATAAGCGGCCTCGACTAGACTTGGCTCCGGCTCTTTCCTAGGC  450

seq1  CGCACAAGCTTCTGCAGCAATCTCAGAGACTGAAACAGCTGAGAGCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAAGCTTCTGCAGCAATCTCAGAGACTGAAACAGCTGAGAGCCTAT  500

seq1  TAGAGACCTGCTGCAATGGCTGTCAGCCTTGGGAAAGGGGGACTCTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACCTGCTGCAATGGCTGTCAGCCTTGGGAAAGGGGGACTCTTAGC  550

seq1  TCTGTTGGTATCACCGGGCCATCTGGAATGCAAGGTGAGACTGGCCAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGGTATCACCGGGCCATCTGGAATGCAAGGTGAGACTGGCCAGCC  600

seq1  GGTCTGACTCTGATCCCAGGTGACTGGCTCTTGTGAAGAGTCTTAAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGACTCTGATCCCAGGTGACTGGCTCTTGTGAAGAGTCTTAAGTGT  650

seq1  CCTGTGGTACCGTAGAGTGGAAATGATCTTCAATAATAACAGTAGTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGTACCGTAGAGTGGAAATGATCTTCAATAATAACAGTAGTGACT  700

seq1  TTTGGATGCTTTGTTGCTGGTATGACTCTTGAGGTGTCCTGATTTGTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGCTTTGTTGCTGGTATGACTCTTGAGGTGTCCTGATTTGTGTC  750

seq1  CAGTTTTTGAACCTCTGGACTAACTGACATTCAAGCCCACATGCTTACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTGAACCTCTGGACTAACTGACATTCAAGCCCACATGCTTACTT  800

seq1  CTCTACTTTCATACTAAGATTGTCTTTTTCCTTTTCTTTCTGTTGTGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTTCATACTAAGATTGTCTTTTT-CTTTTCTTTCTGTTGTGGAA  849

seq1  TAGAGACGTGGCTGTTCTTGTGGTTGGGTGCTGGTATAACGACCTAGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACGTGGCTGTTCTTGTGGTTGGGTGCTGGTATAACGACCTAGCCT  899

seq1  TCTCACTTGTTCATGCAGCTAGTGTCTCTTGAACACCTTACTTACAGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTGTTCATGCAGCTAGTGTCTCTTGAACACCTTACTTACAGGGA  949

seq1  TTGTGCTTTTCTAGGGAGAAGGCAGTTCAGTTGGTGCTTATGTCCTGCTC  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTTTCTA-GGAGAAGGCAGTTCAG-TGGTGCTTATGTCCTGCTC  997

seq1  TAAGATGTGAGACCTCAAAGGGAAG-ACACAGGGATGTACCCATGGCACT  1049
      | ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  T-AGATGTGAGACCTCAA--GGAAGAACACAGGGATGTACCAATGGCACT  1044

seq1  GCTCCAGGGT-ATCATGGATTACGTTCATTATCTTTGTTCTCTTTTTGTG  1098
      |||||| ||| |||||||| ||   ||| ||||||   || ||||| || 
seq2  GCTCCAAGGTAATCATGGAATAACGTCA-TATCTT--GTCCCTTTTGGT-  1090

seq1  GTTTCTGTTCCCCGTTTGAGAGCTTAAGTTTTAGTGCCAATAGAAAATCA  1148
      | ||||| |||| |||||| ||||||||  |||   ||||||||||||||
seq2  GATTCTG-TCCCGGTTTGA-AGCTTAAG--TTACGTCCAATAGAAAATCA  1136

seq1  GGTGT-CAAGGAAAAAGG-CCTCCCCA  1173
       | || ||||||||  || ||||||||
seq2  AGGGTCCAAGGAAAGCGGTCCTCCCCA  1163