BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199A15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 12,566,072 - 12,746,173
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIkzf1, Fignl1, Ddc, Grb10, Cobl
Downstream geneLOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199A15.bB6Ng01-199A15.g
ACCGA020477GA020478
length1,210816
definitionB6Ng01-199A15.b B6Ng01-199A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,744,975 - 12,746,173)(12,566,072 - 12,566,882)
sequence
gaattcaagtttacatgtaaacagtatgataatgaactttaaagcgttgt
cttccttcttttgtacattcttacacagataaagatctacagaaaaatga
aataaacacagaacaagttatatataatgagatgcaaggtaggtactatc
ttaaattgattaaaattgctatgattcactgtcagttcatatctagaaaa
caaaattattcatacctttgaataattcatttcaccttccagaagagcct
tgtattatagagaacaattacaccacaatatcctcatttaagcattgtat
atattagtcaaaacccacaaatataaaaaatgaataaataaaggactggt
gaaacaaatcaatgatatttgctcaatgggactaaaaacaactattctaa
atactgtgccatataaaggaaaatgtttttaataaacattatcaaagatt
ggataaactaaaaatgtatcggcctgattattaccactacataaaaatac
aggggcagggggctaagtaagaagctggtgtttagtgaaatggcaggaca
ccactgaggtgaagtgcaaggccaactcaagctcaaagttccttttccaa
attacacagctgagacaatctgtgattttcaaaaactaaaatacagtttg
tttagaaattgtcatacttaagctctcagtgaatatgaggagtaacaaaa
tgagacttggtcatacctgattacatagcagtgcagtggtcaatgaactc
aagaagaatctacacttctgtaagtctaaagcattgattcttaacctgta
actcaagattcctttgggggtcacctaagaccatcctatatatcatatat
ttttattacaattcataacaacagtaaaattatacttaagagatagcaat
ggaaatacttctagagttgggaggcagggtggcaccacaacatgaggagc
tgtgttaaaaggttacagtgttaaggaggattgaagccactgtctacagg
ctctatccagctttgtaattccataaaatcaagaatgtgcccacagagct
gaagcctcaaccacaataagtgttgcaccatgtatatacctgccttttga
agccaagctgcttgcaacctgctcagagacttacacagaagtaaatgacc
attttagtaccttaatgcctcttcaagcctttaccatctacaaaattgaa
tctttattga

gaattctacatcttgatcctaaggcatccaggaagagactctcctctgca
aacagccagaaggagggtctcatccacgctgggcatagcctgaacataaa
aggagacctcaaagcctgcctacacagtgacacactacctcccacaaggc
cacacttcctaatagtgccacttccatgggcttagcatatttaattcacc
acagaaacccagagtgttagagaaattatgctggagccagagatagaaaa
aaagagtaaaaaaaaggaaaagttatgctttcccaagtaatccagaaaaa
gtagagtggctcattaaagagtaaattattccccctaactttttatccac
ctaactttttagcaaggcttaagctgattttattttcctagaagttgctt
cttgtcaaatctctacctaatcctgaaattgtattctcttgaccagaaga
agatttttcttgattgtccttcagtgttaaaattacatagctgtagggat
ggtcctgctctccaattggttcttgatctgtcagtaaagaagccatgggc
caattgctgggcagaagggataggtgggactttcaggtctctggggacaa
gagagcaatgttagggaggagaggagagttcgacatgcttctgatgtaga
aaaggtgagcagcactgttagatcttgggtggagtggtggcctatggcta
ctcttacaggtgagaggttggaagtgttaagctggaatttagatgttaac
tgaacaactaaagttgaaggcaggttaaggaggtgcagagtttaagaatt
attaaagtacatgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_12744975_12746173
seq2: B6Ng01-199A15.b_32_1241 (reverse)

seq1  TCAATAAAGATTC-ATTTTGTAGATTGTAAAAGCTTTGAGA-GCATT-AG  47
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||| ||
seq2  TCAATAAAGATTCAATTTTGTAGATGGTAAAGGCTTGAAGAGGCATTAAG  50

seq1  GTACTAAATTGGTTCCTTTTC-TCTGTGTATGTCTCTGAGCA-GTTGC-A  94
      |||||||| ||| || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  GTACTAAAATGG-TCATTTACTTCTGTGTAAGTCTCTGAGCAGGTTGCAA  99

seq1  GCAGCCTGGCT--CAAAGGCAGG--TATACATGGTGC-ACAC-TATTGT-  137
      ||||| |||||   |||||||||  |||||||||||| |||| |||||| 
seq2  GCAGCTTGGCTTCAAAAGGCAGGTATATACATGGTGCAACACTTATTGTG  149

seq1  GTTGAGGCTTCAGCTCTGTGGGCACATTCTTGATTTTATGGAATTACAAA  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGCTTCAGCTCTGTGGGCACATTCTTGATTTTATGGAATTACAAA  199

seq1  GCTGGAATAGAGCCTGTAGACAGTGGCTTTCATCCTCCTTAACACTGTAA  237
      ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GCTGG-ATAGAGCCTGTAGACAGTGGCTTCAATCCTCCTTAACACTGTAA  248

seq1  CCTTTTAACACAGCTCCTCATGTTGTGGTGCCACCCTGCCTCCCAACTCT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAACACAGCTCCTCATGTTGTGGTGCCACCCTGCCTCCCAACTCT  298

seq1  AGAAGTATTTCCATTGCTATCTCTTAAGTATAATTTTACTGTTGTTATGA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTATTTCCATTGCTATCTCTTAAGTATAATTTTACTGTTGTTATGA  348

seq1  ATTGTAATAAAAATATATGATATATAGGATGGTCTTAGGTGACCCCCAAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAATAAAAATATATGATATATAGGATGGTCTTAGGTGACCCCCAAA  398

seq1  GGAATCTTGAGTTACAGGTTAAGAATCAATGCTTTAGACTTACAGAAGTG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTTGAGTTACAGGTTAAGAATCAATGCTTTAGACTTACAGAAGTG  448

seq1  TAGATTCTTCTTGAGTTCATTGACCACTGCACTGCTATGTAATCAGGTAT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTTCTTGAGTTCATTGACCACTGCACTGCTATGTAATCAGGTAT  498

seq1  GACCAAGTCTCATTTTGTTACTCCTCATATTCACTGAGAGCTTAAGTATG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGTCTCATTTTGTTACTCCTCATATTCACTGAGAGCTTAAGTATG  548

seq1  ACAATTTCTAAACAAACTGTATTTTAGTTTTTGAAAATCACAGATTGTCT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTCTAAACAAACTGTATTTTAGTTTTTGAAAATCACAGATTGTCT  598

seq1  CAGCTGTGTAATTTGGAAAAGGAACTTTGAGCTTGAGTTGGCCTTGCACT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGTAATTTGGAAAAGGAACTTTGAGCTTGAGTTGGCCTTGCACT  648

seq1  TCACCTCAGTGGTGTCCTGCCATTTCACTAAACACCAGCTTCTTACTTAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCAGTGGTGTCCTGCCATTTCACTAAACACCAGCTTCTTACTTAG  698

seq1  CCCCCTGCCCCTGTATTTTTATGTAGTGGTAATAATCAGGCCGATACATT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGCCCCTGTATTTTTATGTAGTGGTAATAATCAGGCCGATACATT  748

seq1  TTTAGTTTATCCAATCTTTGATAATGTTTATTAAAAACATTTTCCTTTAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTATCCAATCTTTGATAATGTTTATTAAAAACATTTTCCTTTAT  798

seq1  ATGGCACAGTATTTAGAATAGTTGTTTTTAGTCCCATTGAGCAAATATCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACAGTATTTAGAATAGTTGTTTTTAGTCCCATTGAGCAAATATCA  848

seq1  TTGATTTGTTTCACCAGTCCTTTATTTATTCATTTTTTATATTTGTGGGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTGTTTCACCAGTCCTTTATTTATTCATTTTTTATATTTGTGGGT  898

seq1  TTTGACTAATATATACAATGCTTAAATGAGGATATTGTGGTGTAATTGTT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTAATATATACAATGCTTAAATGAGGATATTGTGGTGTAATTGTT  948

seq1  CTCTATAATACAAGGCTCTTCTGGAAGGTGAAATGAATTATTCAAAGGTA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAATACAAGGCTCTTCTGGAAGGTGAAATGAATTATTCAAAGGTA  998

seq1  TGAATAATTTTGTTTTCTAGATATGAACTGACAGTGAATCATAGCAATTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATTTTGTTTTCTAGATATGAACTGACAGTGAATCATAGCAATTT  1048

seq1  TAATCAATTTAAGATAGTACCTACCTTGCATCTCATTATATATAACTTGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAATTTAAGATAGTACCTACCTTGCATCTCATTATATATAACTTGT  1098

seq1  TCTGTGTTTATTTCATTTTTCTGTAGATCTTTATCTGTGTAAGAATGTAC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTTATTTCATTTTTCTGTAGATCTTTATCTGTGTAAGAATGTAC  1148

seq1  AAAAGAAGGAAGACAACGCTTTAAAGTTCATTATCATACTGTTTACATGT  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGGAAGACAACGCTTTAAAGTTCATTATCATACTGTTTACATGT  1198

seq1  AAACTTGAATTC  1199
      ||||||||||||
seq2  AAACTTGAATTC  1210


seq1: chr11_12566072_12566882
seq2: B6Ng01-199A15.g_65_880

seq1  GAATTCTACATCTTGATCCTAAGGCATCCAGGAAGAGACTCTCCTCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATCTTGATCCTAAGGCATCCAGGAAGAGACTCTCCTCTGCA  50

seq1  AACAGCCAGAAGGAGGGTCTCATCCACGCTGGGCATAGCCTGAACATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCAGAAGGAGGGTCTCATCCACGCTGGGCATAGCCTGAACATAAA  100

seq1  AGGAGACCTCAAAGCCTGCCTACACAGTGACACACTACCTCCCACAAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCTCAAAGCCTGCCTACACAGTGACACACTACCTCCCACAAGGC  150

seq1  CACACTTCCTAATAGTGCCACTTCCATGGGCTTAGCATATTTAATTCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTCCTAATAGTGCCACTTCCATGGGCTTAGCATATTTAATTCACC  200

seq1  ACAGAAACCCAGAGTGTTAGAGAAATTATGCTGGAGCCAGAGATAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACCCAGAGTGTTAGAGAAATTATGCTGGAGCCAGAGATAGAAAA  250

seq1  AAAGAGTAAAAAAAAGGAAAAGTTATGCTTTCCCAAGTAATCCAGAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAAAAAAAAGGAAAAGTTATGCTTTCCCAAGTAATCCAGAAAAA  300

seq1  GTAGAGTGGCTCATTAAAGAGTAAATTATTCCCCCTAACTTTTTATCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTGGCTCATTAAAGAGTAAATTATTCCCCCTAACTTTTTATCCAC  350

seq1  CTAACTTTTTAGCAAGGCTTAAGCTGATTTTATTTTCCTAGAAGTTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTTTAGCAAGGCTTAAGCTGATTTTATTTTCCTAGAAGTTGCTT  400

seq1  CTTGTCAAATCTCTACCTAATCCTGAAATTGTATTCTCTTGACCAGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAAATCTCTACCTAATCCTGAAATTGTATTCTCTTGACCAGAAGA  450

seq1  AGATTTTTCTTGATTGTCCTTCAGTGTTAAAATTACATAGCTGTAGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTCTTGATTGTCCTTCAGTGTTAAAATTACATAGCTGTAGGGAT  500

seq1  GGTCCTGCTCTCCAATTGGTTCTTGATCTGTCAGTAAAGAAGCCATGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCTCTCCAATTGGTTCTTGATCTGTCAGTAAAGAAGCCATGGGC  550

seq1  CAATTGCTGGGCAGAAGGGATAGGTGGGACTTTCAGGTCTCTGGGGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCTGGGCAGAAGGGATAGGTGGGACTTTCAGGTCTCTGGGGACAA  600

seq1  GAGAGCAATGTTAGGGAGGAGAGGAGAGTTCGACATGCTTCTGATGTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAATGTTAGGGAGGAGAGGAGAGTTCGACATGCTTCTGATGTAGA  650

seq1  AAAGGTGAGCAGCACTGTTAGATCTTGGGTGGAGTGGTGGCCTATGGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGAGCAGCACTGTTAGATCTTGGGTGGAGTGGTGGCCTATGGCTA  700

seq1  CTCTTACAGGTGAGAGGTTGGAAGTGTTAAGCTGGAA-TTAGATGTTAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCTTACAGGTGAGAGGTTGGAAGTGTTAAGCTGGAATTTAGATGTTAAC  750

seq1  TGAACAACTAAAGTTGAAGGCAGG-TAAGGAGGTGCAGAG-TTAAGAA-T  796
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TGAACAACTAAAGTTGAAGGCAGGTTAAGGAGGTGCAGAGTTTAAGAATT  800

seq1  ATT-AAGTACATGCTT  811
      ||| ||||||||||||
seq2  ATTAAAGTACATGCTT  816


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |