BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200H20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 87,558,425 - 87,738,265
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBzrap1, Mpo, Lpo, Mks1, Epx, Olfr462, Olfr463, Olfr464
Upstream geneCltc, Dhx40, Ypel2, Gdpd1, 1200011M11Rik, LOC668816, Prr11, 1110001A07Rik, Trim37, Ppm1e, Rad51c, Tex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1
Downstream geneDynll2, Sfrs1, Vezf1, Cuedc1, Mrps23, 1700106J16Rik, LOC668793, Msi2, LOC100038945, Akap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200H20.bB6Ng01-200H20.g
ACCGA021534GA021535
length810965
definitionB6Ng01-200H20.b B6Ng01-200H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,737,458 - 87,738,265)(87,558,425 - 87,559,386)
sequence
gaattcactccccaaacttaagtccctcctctgagttattgaccatttca
tgaatgtgggaagtttctcgtccaggtcctgaatcgtttccttgcttcat
tcatctggttatttgagttgtttctatggtcaccaatacttttaaaacct
ggcagttaagttgcttcatgatctttttcttgtgaacttgtggaggcatc
agaatgggatgaaaaaactaaagctcttggacgaaataatagaccacact
ttcatgacctcacatgtggcactgcagtgttaaacttgagaccaagatca
taacacaacagcacaaataaacaagcaggtcttataactactaagatgtt
ctttatagcacatatttttaagaatgtaagccatgtggtgtgtgctggtg
tatgctgcactcaggaagcagatacagaaggatcatgaattaaagccagc
ctgagctacatattgaggttctgtatcaaaaatgtgaaagaataatcttc
agaatggacaaaatattagtaatatctttaaatttttctgtttaaagggc
tgtagagatggctcagcaggtaagagcattgactgctcttccagaggtcc
tgagttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtgatgg
gatcagatgccctcttctggtgtgtctgaaggcagctacagagtatttca
tatacataaaataaataaagttttttaaaaaacctgtgaaccaataagcc
attgttttaaaatttttcccatttatttagtgtgtgtgtatatgtgtatg
tgtgtgtgta
gaattctccagtgagttccatttggaaggggccttggtggcttgtcagag
tggaacttacctcctggagggaacgagaaagtttccccaagagggtctag
gctgtggagccaacacctcagctttcactggctttttcagaagtcccctg
gaaagccccagttgctgttctgtgtacatgacccggatgtgactgtgtgg
tgagaatggaaacagttgtggggaggggaggcaagaagagcctgcacaaa
taaccacagtggggctgcttgagtcccatacctcttgggccccaactgtc
aatctcacaggaagtgaaagacgtcgactgtcagccatggggagcatggg
tcttgtcaaagtgtcctccacctgggagctgcttttccatgcctctcatc
ctgtggtactagaaccttctatattagctgctgcccagacaggcaagaaa
gtgctagcgtcctacccttggagctgaaagacgcttgagacaggagtttg
gttccggactctcagggtgggctgttctgtggcacaggggcctttcaaat
tccaggactgctgtctgcattctacctccttaagggtgcagtgctttgct
aaagttagacctaccctagcttagctttaagtagaccctggtcttaggca
ctccctctgactccttcagtgctgggggttcaacctgaaacctcatcgtg
catgctaggcaagctgcctaccactgagctatctccagcccttgcacttt
tgggggccatacctcactaattttctgtactggtgagaaagtcaactgta
attgcaggctggctttgaacttgggattccccctgcctcccaagtaactg
ggatggtaagcttgcatcacgaggctggatcctcttggtgtctgttcagt
ggtttgacccctgtcccttgaagggggacaatgctcctctcctgttcaac
gggtagattcagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_87737458_87738265
seq2: B6Ng01-200H20.b_44_853 (reverse)

seq1  TACACACACACATACACATATACACACACACTAAATAAATGGGAAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACATACACATATACACACACACTAAATAAATGGGAAAAATT  50

seq1  TTAAAACAATGGCTTATTGGTTCACAGGTTTTTT-AAAAACTTTATTTAT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAAACAATGGCTTATTGGTTCACAGGTTTTTTAAAAAACTTTATTTAT  100

seq1  TTTATGTATATG-AATACTCTGTAGCTGCCTTCAGACACACCAGAAGAGG  148
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTATATGAAATACTCTGTAGCTGCCTTCAGACACACCAGAAGAGG  150

seq1  GCATCTGATCCCATCACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGATCCCATCACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGA  200

seq1  ATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTACCTGCTGAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTACCTGCTGAGC  250

seq1  CATCTCTACAGCCCTTTAAACAGAAAAATTTAAAGATATTACTAATATTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTACAGCCCTTTAAACAGAAAAATTTAAAGATATTACTAATATTT  300

seq1  TGTCCATTCTGAAGATTATTCTTTCACATTTTTGATACAGAACCTCAATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTCTGAAGATTATTCTTTCACATTTTTGATACAGAACCTCAATA  350

seq1  TGTAGCTCAGGCTGGCTTTAATTCATGATCCTTCTGTATCTGCTTCCTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTCAGGCTGGCTTTAATTCATGATCCTTCTGTATCTGCTTCCTGA  400

seq1  GTGCAGCATACACCAGCACACACCACATGGCTTACATTCTTAAAAATATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCATACACCAGCACACACCACATGGCTTACATTCTTAAAAATATG  450

seq1  TGCTATAAAGAACATCTTAGTAGTTATAAGACCTGCTTGTTTATTTGTGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAAAGAACATCTTAGTAGTTATAAGACCTGCTTGTTTATTTGTGC  500

seq1  TGTTGTGTTATGATCTTGGTCTCAAGTTTAACACTGCAGTGCCACATGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGTTATGATCTTGGTCTCAAGTTTAACACTGCAGTGCCACATGTG  550

seq1  AGGTCATGAAAGTGTGGTCTATTATTTCGTCCAAGAGCTTTAGTTTTTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATGAAAGTGTGGTCTATTATTTCGTCCAAGAGCTTTAGTTTTTTC  600

seq1  ATCCCATTCTGATGCCTCCACAAGTTCACAAGAAAAAGATCATGAAGCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTCTGATGCCTCCACAAGTTCACAAGAAAAAGATCATGAAGCAA  650

seq1  CTTAACTGCCAGGTTTTAAAAGTATTGGTGACCATAGAAACAACTCAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTGCCAGGTTTTAAAAGTATTGGTGACCATAGAAACAACTCAAAT  700

seq1  AACCAGATGAATGAAGCAAGGAAACGATTCAGGACCTGGACGAGAAACTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGATGAATGAAGCAAGGAAACGATTCAGGACCTGGACGAGAAACTT  750

seq1  CCCACATTCATGAAATGGTCAATAACTCAGAGGAGGGACTTAAGTTTGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTCATGAAATGGTCAATAACTCAGAGGAGGGACTTAAGTTTGGG  800

seq1  GAGTGAATTC  808
      ||||||||||
seq2  GAGTGAATTC  810

seq1: chr11_87558425_87559386
seq2: B6Ng01-200H20.g_66_1029

seq1  GAATTCTCCAGTGAGTTCCATTTGGAAGGGGCCTTGGTGGCTTGTCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGTGAGTTCCATTTGGAAGGGGCCTTGGTGGCTTGTCAGAG  50

seq1  TGGAACTTACCTCCTGGAGGGAACGAGAAAGTTTCCCCAAGAGGGTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTTACCTCCTGGAGGGAACGAGAAAGTTTCCCCAAGAGGGTCTAG  100

seq1  GCTGTGGAGCCAACACCTCAGCTTTCACTGGCTTTTTCAGAAGTCCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGAGCCAACACCTCAGCTTTCACTGGCTTTTTCAGAAGTCCCCTG  150

seq1  GAAAGCCCCAGTTGCTGTTCTGTGTACATGACCCGGATGTGACTGTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCCCAGTTGCTGTTCTGTGTACATGACCCGGATGTGACTGTGTGG  200

seq1  TGAGAATGGAAACAGTTGTGGGGAGGGGAGGCAAGAAGAGCCTGCACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATGGAAACAGTTGTGGGGAGGGGAGGCAAGAAGAGCCTGCACAAA  250

seq1  TAACCACAGTGGGGCTGCTTGAGTCCCATACCTCTTGGGCCCCAACTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACAGTGGGGCTGCTTGAGTCCCATACCTCTTGGGCCCCAACTGTC  300

seq1  AATCTCACAGGAAGTGAAAGACGTCGACTGTCAGCCATGGGGAGCATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCACAGGAAGTGAAAGACGTCGACTGTCAGCCATGGGGAGCATGGG  350

seq1  TCTTGTCAAAGTGTCCTCCACCTGGGAGCTGCTTTTCCATGCCTCTCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCAAAGTGTCCTCCACCTGGGAGCTGCTTTTCCATGCCTCTCATC  400

seq1  CTGTGGTACTAGAACCTTCTATATTAGCTGCTGCCCAGACAGGCAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTACTAGAACCTTCTATATTAGCTGCTGCCCAGACAGGCAAGAAA  450

seq1  GTGCTAGCGTCCTACCCTTGGAGCTGAAAGACGCTTGAGACAGGAGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGCGTCCTACCCTTGGAGCTGAAAGACGCTTGAGACAGGAGTTTG  500

seq1  GTTCCGGACTCTCAGGGTGGGCTGTTCTGTGGCACAGGGGCCTTTCAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCGGACTCTCAGGGTGGGCTGTTCTGTGGCACAGGGGCCTTTCAAAT  550

seq1  TCCAGGACTGCTGTCTGCATTCTACCTCCTTAAGGGTGCAGTGC-TTGCT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCAGGACTGCTGTCTGCATTCTACCTCCTTAAGGGTGCAGTGCTTTGCT  600

seq1  AAAGTTAGACCTACCCTAGCTTAGCTTTAAGTAGACCCTGGTCTTAGGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAGACCTACCCTAGCTTAGCTTTAAGTAGACCCTGGTCTTAGGCA  650

seq1  CTCCCTCTGACTCCTTCAGTGCTGGGGGTTCAACCTGAAACCTCATCGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTGACTCCTTCAGTGCTGGGGGTTCAACCTGAAACCTCATCGTG  700

seq1  CATGCTAGGCAAGCTGCCTACCACTGAGCTATCTCCAGCCCTTGCACTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAGGCAAGCTGCCTACCACTGAGCTATCTCCAGCCCTTGCACTTT  750

seq1  T-GGGGCCATACCTCACTAATTTTCTGTACTGGTGAGAAAGTCAACTGTA  798
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCCATACCTCACTAATTTTCTGTACTGGTGAGAAAGTCAACTGTA  800

seq1  A-TGCAGGCTGGCTTTGAACTTGGGATTCCCCCTGCCTCCCAAGTAACTG  847
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGCTGGCTTTGAACTTGGGATTCCCCCTGCCTCCCAAGTAACTG  850

seq1  GGATGGTAGGCTTGCATCACGAGGCCTGGATCCTCTTGGTGTCTTGTTCA  897
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGATGGTAAGCTTGCATCACGAGG-CTGGATCCTCTTGGTGTC-TGTTCA  898

seq1  GTGGTTTGACCCCTGTCCCTTG-AGGGGGACAAGGCTCCTCTCCTGTTCA  946
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTGACCCCTGTCCCTTGAAGGGGGACAATGCTCCTCTCCTGTTCA  948

seq1  ACGGGTAGATTCAGCT  962
      ||||||||||||||||
seq2  ACGGGTAGATTCAGCT  964