BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203M07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 92,831,041 - 92,923,009
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382545
Downstream geneLOC100039286, Car10, LOC629636, Utp18, Mbtd1, Nme2, Nme1, Spag9, LOC100039431
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203M07.bB6Ng01-203M07.g
ACCGA023892GA023893
length1,1691,039
definitionB6Ng01-203M07.b B6Ng01-203M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,921,834 - 92,923,009)(92,831,041 - 92,832,076)
sequence
gaattcattcaagtaatttttataaagcataaatccacaagacaaagaaa
ctaaaatttagccactgttatttcctacagacagatacatgctgtataga
actatgtagagatgagcatctcatttcctactctgcctttatagtggaac
tcacctcattgactatatcaaattatcaaggacctactgaacatgtaaga
ggttaatccctatgaataaagaaggcaagcaggtaggtttgccaaaggga
aatcatggtcttgtttagaaaggggcagctgtggacgttgggctagtgtc
ctagttagggttactattgctatgatgaaacaccatgaccaaaacaactt
gaagaagaaaggatttatttagcttatatttccatatcattgttcaccat
taaagtaagtcaggacaggaactcaaatagggcaggaacctggaggcagg
agctggtggcagaggccaaggaggactgatgtttactctcttgcttctca
gggcatgctcagcccttgggaccaccagtctagggttgacaccacccaca
gagatctggacccttccacatcaatcacagattaagaaaatgctctaaag
gcttctctacagcccaatgtatggaaacttttttttttaacttgaggtta
cctcctctcagatgactctggcttgtatgaagttgacataacacaatcca
ggacagctgaaaacaataagatatttctggctgtacattattttccctct
aaaacaatctctatgttattttcctattcacaaaacccaaacagtggaag
catgttcaagtcgaggattacttcttacatggtgtgtaattcttttgatc
acttatgataaactattttcttatctttatagacacctgaattatgagtg
catccacatataactcagaaaagtcactgtgtgtatagagagttcaagat
tcctctttggggaagtttctattggcaaacagtagtggccatataacctt
ggcatgatcataggttatatcattgtaccctgtagggtaggttagaaaat
aggactttgatatctgttacaggagagatttctgtcactcactttctctc
ttaagccattcttaacacgcagtgtctaggctttcttcttccctctgtag
aatacatggtctttaggca

gaattctttatcattttgttttccgttttgttttacttgcaaaggatcct
cagtgctgagagcattaagtaccaggctctgaaaaattagctaatgaata
aacttgttaatatttcagctatgcccttatcacccaaatgcttaataagt
acaaagcacaattctgctactacagggaattcaaagttaagtcatagtcc
acacccgaggagcatagtgtctgaactgaaatgacaatggctgttctaac
ctgttctacttgttccaacccagtggcaaagctgagtgcccattgcctta
agaaagacttaagcgatatataagacatcaaaagtctaatgcagaatttg
gtgatgagagagagctcacatggaatgaaggacattttaattggacttga
gggaaaaatgcatagactttaatattcaataacattttagttgtcacctc
acagaatcactgaaaaaaaaaatagtcatgatctttgcaccagagtttcc
attccagagagagacagagtggcaaatacataattaacaggtaaactgct
gagcacatataaagtaagcatgagctggtaactgctataaaggaaagtaa
aatagataaagaggaatgaaaagaaaacgtggtttttctagtctaacagg
gaagaaaatatatggacttggtatagcaaccacactcctgagtagttccc
aagcctaagggtagtaggccaacacagcacaaagtgcattccatgtttgt
ttttgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagagagagagagagaga
gagatagatacttagagtctgagagactgagagagacagagacagtgact
gacagacgagacatagagacagatagagactgagactgatggacagaata
agagaaagagactaacccggacctatacaagacttagtcaaagaacaaac
acataggagaaagaaagagatgaagaatatgaagttgggtctgcaataca
tgtagggaaccaaggcatagttggtggagggtaataaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_92921834_92923009
seq2: B6Ng01-203M07.b_48_1216 (reverse)

seq1  TGCCT-AAGA-CATGTATTCCTACAGAGAG-AGAAGAAAGCCTAGACAAC  47
      ||||| |||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||
seq2  TGCCTAAAGACCATGTATT-CTACAGAGGGAAGAAGAAAGCCTAGAC-AC  48

seq1  TGCCGTGTTAAAGAGTGCTTGAGAGAGAAAGGTTGAGTGACCAGGAAATC  97
      || ||||||||  |  |||| ||||||||||  ||||||||   ||||||
seq2  TG-CGTGTTAAGAATGGCTTAAGAGAGAAAG--TGAGTGAC--AGAAATC  93

seq1  TCTTCCTGTAACAGATATCAAAGTTCCTATTTTCTAACCTACCCTACAAG  147
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  TC-TCCTGTAACAGATATCAAAG-TCCTATTTTCTAACCTACCCTACAGG  141

seq1  GTACAATGATATAACCTATGATCATTGCCAAGGTTATATGGCCACTACTG  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATGATATAACCTATGATCA-TGCCAAGGTTATATGGCCACTACTG  190

seq1  TTTGCCAATAGAAACTTCCCCAAAGAGGAATCTTGAACTCTCTATACACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAATAGAAACTTCCCCAAAGAGGAATCTTGAACTCTCTATACACA  240

seq1  CAGTGACTTTTCTGAGTTATATGTGGATGCACTCATAATTCAGGTGTCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTTTTCTGAGTTATATGTGGATGCACTCATAATTCAGGTGTCTA  290

seq1  TAAAGATAAGAAAATAGTTTATCATAAGTGATCAAAAGAATTACACACCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAAGAAAATAGTTTATCATAAGTGATCAAAAGAATTACACACCA  340

seq1  TGTAAGAAGTAATCCTCGACTTGAACATGCTTCCACTGTTTGGGTTTTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAAGTAATCCTCGACTTGAACATGCTTCCACTGTTTGGGTTTTGT  390

seq1  GAATAGGAAAATAACATAGAGATTGTTTTAGAGGGAAAATAATGTACAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGAAAATAACATAGAGATTGTTTTAGAGGGAAAATAATGTACAGC  440

seq1  CAGAAATATCTTATTGTTTTCAGCTGTCCTGGATTGTGTTATGTCAACTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATATCTTATTGTTTTCAGCTGTCCTGGATTGTGTTATGTCAACTT  490

seq1  CATACAAGCCAGAGTCATCTGAGAGGAGGTAACCTCAAGTTAAAAAAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAGCCAGAGTCATCTGAGAGGAGGTAACCTCAAGTTAAAAAAAAA  540

seq1  AGTTTCCATACATTGGGCTGTAGAGAAGCCTTTAGAGCATTTTCTTAATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCATACATTGGGCTGTAGAGAAGCCTTTAGAGCATTTTCTTAATC  590

seq1  TGTGATTGATGTGGAAGGGTCCAGATCTCTGTGGGTGGTGTCAACCCTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTGATGTGGAAGGGTCCAGATCTCTGTGGGTGGTGTCAACCCTAG  640

seq1  ACTGGTGGTCCCAAGGGCTGAGCATGCCCTGAGAAGCAAGAGAGTAAACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGGTCCCAAGGGCTGAGCATGCCCTGAGAAGCAAGAGAGTAAACA  690

seq1  TCAGTCCTCCTTGGCCTCTGCCACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTCCTTGGCCTCTGCCACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCC  740

seq1  TATTTGAGTTCCTGTCCTGACTTACTTTAATGGTGAACAATGATATGGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGTTCCTGTCCTGACTTACTTTAATGGTGAACAATGATATGGAA  790

seq1  ATATAAGCTAAATAAATCCTTTCTTCTTCAAGTTGTTTTGGTCATGGTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGCTAAATAAATCCTTTCTTCTTCAAGTTGTTTTGGTCATGGTGT  840

seq1  TTCATCATAGCAATAGTAACCCTAACTAGGACACTAGCCCAACGTCCACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATAGCAATAGTAACCCTAACTAGGACACTAGCCCAACGTCCACA  890

seq1  GCTGCCCCTTTCTAAACAAGACCATGATTTCCCTTTGGCAAACCTACCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCCTTTCTAAACAAGACCATGATTTCCCTTTGGCAAACCTACCTG  940

seq1  CTTGCCTTCTTTATTCATAGGGATTAACCTCTTACATGTTCAGTAGGTCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTCTTTATTCATAGGGATTAACCTCTTACATGTTCAGTAGGTCC  990

seq1  TTGATAATTTGATATAGTCAATGAGGTGAGTTCCACTATAAAGGCAGAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAATTTGATATAGTCAATGAGGTGAGTTCCACTATAAAGGCAGAGT  1040

seq1  AGGAAATGAGATGCTCATCTCTACATAGTTCTATACAGCATGTATCTGTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGAGATGCTCATCTCTACATAGTTCTATACAGCATGTATCTGTC  1090

seq1  TGTAGGAAATAACAGTGGCTAAATTTTAGTTTCTTTGTCTTGTGGATTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAATAACAGTGGCTAAATTTTAGTTTCTTTGTCTTGTGGATTTA  1140

seq1  TGCTTTATAAAAATTACTTGAATGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATAAAAATTACTTGAATGAATTC  1169


seq1: chr11_92831041_92832076
seq2: B6Ng01-203M07.g_64_1102

seq1  GAATTCTTTATCATTTTGTTTTCCGTTTTGTTTTACTTGCAAAGGATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATCATTTTGTTTTCCGTTTTGTTTTACTTGCAAAGGATCCT  50

seq1  CAGTGCTGAGAGCATTAAGTACCAGGCTCTGAAAAATTAGCTAATGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGAGAGCATTAAGTACCAGGCTCTGAAAAATTAGCTAATGAATA  100

seq1  AACTTGTTAATATTTCAGCTATGCCCTTATCACCCAAATGCTTAATAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTAATATTTCAGCTATGCCCTTATCACCCAAATGCTTAATAAGT  150

seq1  ACAAAGCACAATTCTGCTACTACAGGGAATTCAAAGTTAAGTCATAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCACAATTCTGCTACTACAGGGAATTCAAAGTTAAGTCATAGTCC  200

seq1  ACACCCGAGGAGCATAGTGTCTGAACTGAAATGACAATGGCTGTTCTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCGAGGAGCATAGTGTCTGAACTGAAATGACAATGGCTGTTCTAAC  250

seq1  CTGTTCTACTTGTTCCAACCCAGTGGCAAAGCTGAGTGCCCATTGCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTACTTGTTCCAACCCAGTGGCAAAGCTGAGTGCCCATTGCCTTA  300

seq1  AGAAAGACTTAAGCGATATATAAGACATCAAAAGTCTAATGCAGAATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACTTAAGCGATATATAAGACATCAAAAGTCTAATGCAGAATTTG  350

seq1  GTGATGAGAGAGAGCTCACATGGAATGAAGGACATTTTAATTGGACTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAGAGAGAGCTCACATGGAATGAAGGACATTTTAATTGGACTTGA  400

seq1  GGGAAAAATGCATAGACTTTAATATTCAATAACATTTTAGTTGTCACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAATGCATAGACTTTAATATTCAATAACATTTTAGTTGTCACCTC  450

seq1  ACAGAATCACTGAAAAAAAAAATAGTCATGATCTTTGCACCAGAGTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATCACTGAAAAAAAAAATAGTCATGATCTTTGCACCAGAGTTTCC  500

seq1  ATTCCAGAGAGAGACAGAGTGGCAAATACATAATTAACAGGTAAACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGAGAGAGACAGAGTGGCAAATACATAATTAACAGGTAAACTGCT  550

seq1  GAGCACATATAAAGTAAGCATGAGCTGGTAACTGCTATAAAGGAAAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATATAAAGTAAGCATGAGCTGGTAACTGCTATAAAGGAAAGTAA  600

seq1  AATAGATAAAGAGGAATGAAAAGAAAACGTGGTTTTTCTAGTCTAACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATAAAGAGGAATGAAAAGAAAACGTGGTTTTTCTAGTCTAACAGG  650

seq1  GAAGAAAATATATGGACTTGGTATAGCAACCACACTCCTGGGTAGTTCCC  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGAAAATATATGGACTTGGTATAGCAACCACACTCCTGAGTAGTTCCC  700

seq1  AAGCCTAAGGGTAGTAGGCCAACACAGCACAAAGTGCATTCCATGTTTG-  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGCCTAAGGGTAGTAGGCCAACACAGCACAAAGTGCATTCCATGTTTGT  750

seq1  TTTTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  800

seq1  GAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGTGACA  849
      |||| ||| ||  |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGATAGATACTTAGAGTCTGAGAGACTGAGAGAGACAGAGACAGTGACT  850

seq1  GACAGACAGAGACATAGAGACAGATAGAGACAGAGACAGATGGACAGAGA  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  
seq2  GACAGAC-GAGACATAGAGACAGATAGAGACTGAGACTGATGGACAGAAT  899

seq1  AAGAGAAAGAGACAAACACAGACATATACAAAGACTAAGTCAAAG-ACAA  948
      ||||||||||||| ||| | ||| ||||| |||||| |||||||| ||||
seq2  AAGAGAAAGAGACTAACCCGGACCTATAC-AAGACTTAGTCAAAGAACAA  948

seq1  ACACATAGGAGAAAGAAAGAGA-GAAGAATATGAAGTTGGGTCTGC-AGA  996
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
seq2  ACACATAGGAGAAAGAAAGAGATGAAGAATATGAAGTTGGGTCTGCAATA  998

seq1  GATGTAGGG-ACCCAGGCAAAGTTGGTGGAGGGGAATAAAA  1036
       |||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CATGTAGGGAACCAAGGCATAGTTGGTGGAGGGTAATAAAA  1039


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |