BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205P19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,617,308 - 65,765,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd, Map2k4
Downstream geneGm879, LOC668323, A530088H08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205P19.bB6Ng01-205P19.g
ACCGA025522GA025523
length1,077774
definitionB6Ng01-205P19.b B6Ng01-205P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,617,308 - 65,618,396)(65,764,337 - 65,765,107)
sequence
gaattctcttaaccactgagccagccaactctccagcccctcaggggtat
ggctttgaatagaagagtagataccaccgtacttgtctttggtttccgtg
acataagtagtgcctttattacctatacacttctgccatgaagtgctaac
ttgcctcaggatctgaagctaaaaggacaaaccatgatggaccaaaatca
acccaaactgcaaaccaactatttcttgggtatttattacatttgctgaa
aactcactaatattgcaaataatcacacctatttgtcttttgaagatcaa
ggtgaggtttgttttttttttttaaatgtgttttatgtatacatatgtgt
acatgtctgtttatgcataccattaagggtggcttcagagtacagagcat
cagatctccaagtgagtcactcaagattggtgcgaggatacaaactctgg
tattctgcaagagcagtatgtgttcttgaccactgagccatctctccggc
tctcatggatgaagctttaaaatcatgaattgtggttttgttccccagat
cagtaacaacagaactgcgttaaaacagttgtttaaaagatccagttgcc
ggcattgcctctgagatactctaatttggggagaggcataaataatatgg
cttttacatgctcccactctgtgctgcgtggccagaatgtagttagaaca
aggttctgtacttcttctgtactttttgttcaagcacgtcagtcagttaa
ctattttaaagctaatctagtaattatccctgtcctctgtgcttatatat
ctatgaaatatgcaagaaagcaaaaggacaaggtaagaatgaaaaacaca
tattttattaaataaagttcttgttaaaatataacagacactggatttga
gcaaatgctgttttgctattctggaatatggacactgttaaggcctcctc
ttagtttagtttatttttggtggtttaaccattgtcaaagtaaacaccaa
aaaaaaaacaataccactttcacaaaactgcaaatggataagtacatatt
agctacatatttatatttaatatcatt
gaattcatctcccactaacccatctctgaagcaactgtcaacagccatcc
tgtcactgaatcctcttctcagatatactgggacttagtgtcactgttcc
ctatgcctggacatctctctagaatctccacgatacatgtcttggttcca
tatcaccttcccaataagtcccactctgatgactacagaagagattgcca
cttctctctactcttgcccctcgttattctaccctaaggcttctttatag
taggctcccttatctgacgtaccctttaagttacttagctgttatataat
caattgtgtctgttgctattagttggctacaaactctgtaaggacaggaa
ttcttgtctgtttgaacgcaatacctcaagaatgactggacagaatgaca
ctaatttaatagctgttgcatgaataaatcagcgaatacacagtgtttga
cactgtgttcctggctatgttctgggatcttgcatattgttctatttatg
attttctccctccattctgtccagcagaactccaaagctggttcctgtct
ctgtgcctcacccatgtctgcactgtccgctgatcctgggtggttttgct
cttccctcccaaaacactttctaagcttagggaattattcatgcccttgt
ctgtagttcccttctgggaaggagcctctctctttggcagtatgtgtttg
gtccttaaacacccaagatttgcccacagcccccatgccctttacctttt
ctttgggcatttccctgaggacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65617308_65618396
seq2: B6Ng01-205P19.b_45_1121

seq1  GAATTCTCTTAACCACTGAGCCAGCCAACTCTCCAGCCCCTCAGGGGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAACCACTGAGCCAGCCAACTCTCCAGCCCCTCAGGGGTAT  50

seq1  GGCTTTGAATAGAAGAGTAGATACCACCGTACTTGTCTTTGGTTTCCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAATAGAAGAGTAGATACCACCGTACTTGTCTTTGGTTTCCGTG  100

seq1  ACATAAGTAGTGCCTTTATTACCTATACACTTCTGCCATGAAGTGCTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTAGTGCCTTTATTACCTATACACTTCTGCCATGAAGTGCTAAC  150

seq1  TTGCCTCAGGATCTGAAGCTAAAAGGACAAACCATGATGGACCAAAATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCAGGATCTGAAGCTAAAAGGACAAACCATGATGGACCAAAATCA  200

seq1  ACCCAAACTGCAAACCAACTATTTCTTGGGTATTTATTACATTTGCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAACTGCAAACCAACTATTTCTTGGGTATTTATTACATTTGCTGAA  250

seq1  AACTCACTAATATTGCAAATAATCACACCTATTTGTCTTTTGAAGATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTAATATTGCAAATAATCACACCTATTTGTCTTTTGAAGATCAA  300

seq1  GGTGAGGTTTGTTTTTTTTTTTTAAATGTGTTTTATGTATACATATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGTTTGTTTTTTTTTTTTAAATGTGTTTTATGTATACATATGTGT  350

seq1  ACATGTCTGTTTATGCATACCATTAAGGGTGGCTTCAGAGTACAGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCTGTTTATGCATACCATTAAGGGTGGCTTCAGAGTACAGAGCAT  400

seq1  CAGATCTCCAAGTGAGTCACTCAAGATTGGTGCGAGGATACAAACTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCCAAGTGAGTCACTCAAGATTGGTGCGAGGATACAAACTCTGG  450

seq1  TATTCTGCAAGAGCAGTATGTGTTCTTGACCACTGAGCCATCTCTCCGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGCAAGAGCAGTATGTGTTCTTGACCACTGAGCCATCTCTCCGGC  500

seq1  TCTCATGGATGAAGCTTTAAAATCATGAATTGTGGTTTTGTTCCCCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGGATGAAGCTTTAAAATCATGAATTGTGGTTTTGTTCCCCAGAT  550

seq1  CAGTAACAACAGAACTGCGTTAAAACAGTTGTTTAAAAGATCCAGTTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACAACAGAACTGCGTTAAAACAGTTGTTTAAAAGATCCAGTTGCC  600

seq1  GGCATTGCCTCTGAGATACTCTAATTTGGGGAGAGGCATAAATAATATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGCCTCTGAGATACTCTAATTTGGGGAGAGGCATAAATAATATGG  650

seq1  CTTTTACATGCTCCCACTCTGTGCTGCGTGGCCAGAATGTAGTTAGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACATGCTCCCACTCTGTGCTGCGTGGCCAGAATGTAGTTAGAACA  700

seq1  AGGTTCTGTACTTCTTCTGTACTTTTTGTTCAAGCACGTCAGTCAGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTGTACTTCTTCTGTACTTTTTGTTCAAGCACGTCAGTCAGTTAA  750

seq1  CTATTTTAAAGCTAATCTAGTAATTAT-CCTGTCCTCTGTGCTTATATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTAAAGCTAATCTAGTAATTATCCCTGTCCTCTGTGCTTATATAT  800

seq1  CTATGAAATATGCAAGAAAGCAAAAGGACAAGGTAAGAATGAAAAACACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAATATGCAAGAAAGCAAAAGGACAAGGTAAGAATGAAAAACACA  850

seq1  TA-TTTATTAAATAAAGTTCTTGTTAAAATATAACAGACACTGGATTTGA  898
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTAAATAAAGTTCTTGTTAAAATATAACAGACACTGGATTTGA  900

seq1  GCAAATGCTGTTTTGCTATTCTGGAATATGGACACTGTTAAGGCCTCCTT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCAAATGCTGTTTTGCTATTCTGGAATATGGACACTGTTAAGGCCTCC-T  949

seq1  CTAAGTTTAGTTTATTTTTGGTGGTTTTAACCATTGTCAAAGTAAAACAC  998
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTAGTTTAGTTTATTTTTGGTGG-TTTAACCATTGTCAAAGT-AAACAC  997

seq1  CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAC-TTCACAAAAACTGCAAATGGA  1047
      |        |||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  C--------AAAAAAAAAACAATACCACTTTCAC-AAAACTGCAAATGGA  1038

seq1  TAAGTTACATTATTAGCTACATATTTATATTTTAATATCATT  1089
      |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAAG-TACA-TATTAGCTACATATTTATA-TTTAATATCATT  1077

seq1: chr11_65764337_65765107
seq2: B6Ng01-205P19.g_70_843 (reverse)

seq1  CTGTCCTCAGGGAAATGCCCAAAGAAAAGGTAAA-GGCATGGGGGCTGTG  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCAGGGAAATGCCCAAAGAAAAGGTAAAGGGCATGGGGGCTGTG  50

seq1  GGCAAATCTTGGGTGTTTAAGGACCAAACACATACTGCCAAAGAGAGAGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATCTTGGGTGTTTAAGGACCAAACACATACTGCCAAAGAGAGAGG  100

seq1  CTCCTTCCCAGAA-GGAACTACAGACAAGGGCATGAATAATTCCCTAAGC  148
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCCAGAAGGGAACTACAGACAAGGGCATGAATAATTCCCTAAGC  150

seq1  TTAGAAAGTGTTTTGGGAGGG-AGAGCAAAACCACCCAGGATCAGCGGAC  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAGTGTTTTGGGAGGGAAGAGCAAAACCACCCAGGATCAGCGGAC  200

seq1  AGTGCAGACATGGGTGAGGCACAGAGACAGGAACCAGCTTTGGAGTTCTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGACATGGGTGAGGCACAGAGACAGGAACCAGCTTTGGAGTTCTG  250

seq1  CTGGACAGAATGGAGGGAGAAAATCATAAATAGAACAATATGCAAGATCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACAGAATGGAGGGAGAAAATCATAAATAGAACAATATGCAAGATCC  300

seq1  CAGAACATAGCCAGGAACACAGTGTCAAACACTGTGTATTCGCTGATTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATAGCCAGGAACACAGTGTCAAACACTGTGTATTCGCTGATTTA  350

seq1  TTCATGCAACAGCTATTAAATTAGTGTCATTCTGTCCAGTCATTCTTGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCAACAGCTATTAAATTAGTGTCATTCTGTCCAGTCATTCTTGAG  400

seq1  GTATTGCGTTCAAACAGACAAGAATTCCTGTCCTTACAGAGTTTGTAGCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCGTTCAAACAGACAAGAATTCCTGTCCTTACAGAGTTTGTAGCC  450

seq1  AACTAATAGCAACAGACACAATTGATTATATAACAGCTAAGTAACTTAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATAGCAACAGACACAATTGATTATATAACAGCTAAGTAACTTAAA  500

seq1  GGGTACGTCAGATAAGGGAGCCTACTATAAAGAAGCCTTAGGGTAGAATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACGTCAGATAAGGGAGCCTACTATAAAGAAGCCTTAGGGTAGAATA  550

seq1  ACGAGGGGCAAGAGTAGAGAGAAGTGGCAATCTCTTCTGTAGTCATCAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGGGCAAGAGTAGAGAGAAGTGGCAATCTCTTCTGTAGTCATCAGA  600

seq1  GTGGGACTTATTGGGAAGGTGATATGGAACCAAGACATGTATCGTGGAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACTTATTGGGAAGGTGATATGGAACCAAGACATGTATCGTGGAGA  650

seq1  TTCTAGAGAGATGTCCAGGCATAGGGAACAGTGACACTAAGTCCCAGTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGAGATGTCCAGGCATAGGGAACAGTGACACTAAGTCCCAGTAT  700

seq1  ATCTGAGAAGAGGATTCAGTGACAGGATGGCTGTTGACAGTTGCTTCAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGAAGAGGATTCAGTGACAGGATGGCTGTTGACAGTTGCTTCAGA  750

seq1  GATGGGTTAGTGGGAGATGAATTC  771
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTTAGTGGGAGATGAATTC  774