BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207C10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 42,086,913 - 42,235,852
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabra6, Gabrb2
Upstream geneLOC100039285, Hspd1, LOC100039292, Gabrg2, Gabra1
Downstream geneAtp10b, EG544767, Pttg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207C10.bB6Ng01-207C10.g
ACCGA026381GA026382
length1,1771,096
definitionB6Ng01-207C10.b B6Ng01-207C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,086,913 - 42,088,087)(42,234,737 - 42,235,852)
sequence
gaattcctctgtcaagataataagtacactagttgaataagtgagctctg
ggtttaagttagaagacttctacagtcaacctttgacctcctcacataca
tacacacgtgcagttgaatactcacacacacaaggactcaaaaacttggg
aacatgttcacatgtacacacacacatacacatacatacatacatacaca
cacacacacacacacagagtctcaaaaccatttaacaactgttcaggtat
aatgcagataaaaacaagcatccccatgaactactctctatgacctgtat
ggaatagttggtgaaatgaatgcaggctaacacttgtctaagcatgtgag
tctcttattgactcattcttttaatatcatttatatggatttactagtta
cttgttatatatgaaatagactccatcagagtactatttttcaatggcca
gcaaagatgcactttcaaagtttatagtgtggtaattatctggggaaatc
accagtatgtgctgtggtctgagaagcaaagaatactagtgaaatgtata
caaaaagcagaagagtgagtctggaaactaacagcaaatcttctcaatca
aagtggaccctcaattgagagccaaagaacagtgggtgacagctcttcgc
tgaaattccatgagcaggactgctatttagaggtctgtgcatgggaatga
gctagatccacagaagaaacccctccagaccattgctctgcaaaataccc
agtgttccaagctagcctaaacatcacagctttccactttcattgaaatt
tcctacattcattgttaaatgagtcagtaacaggtcccatccaaaaagag
taacattatacttttagtctttgagaaaaaatcaagacttctgccagctt
tcctcctatttaatcatgtgctgactctcaagagttcctttgacactgtc
tttaaatgaatccctttagcaagtctggttgtaaaaatcacagatcttca
cctgaatatgcttcaaggtcttgtgttgtgcacgagtcctcattaggaaa
ggtgacagagccttgaattctattcggttggcaaagaaatgatacctcat
gtctgggcatgcctagcttttgtataaaaaataaattgtgagatctgaga
gtcaagtggacttagaatagcctcaga

gaattcctacaactcacagagccctagggattcgtgtagattgcattgaa
accccctctttttttccccacccacttctgtgtgtaggttttaactcttt
aattccattaagagtctgagcaaaattaaatggccacactagcatatctg
gggctccagggagagatgcccctttttcctctgctatctttattctcaat
tccccagaaccccttctcccctatgccattcgcatatagggctgggtgga
atcccgacatgagccactttaaaccatggccagaactcttctaaagtaga
tgggcacagagagttgaagccacctctcagccaaccgcctgcacactgtg
tcctcaaaaatactcacattataagacatccccggctgggcacactgtta
actaaacttaagaggtttgtatctcaagaaacctcagactgggaacaaag
atgtatcacggtgaaggagaacgagagcggttacaaagtctggtcacact
ctaagggggtcttcttgaaagacctctcaagtgctggacagaaactggct
taagtttggatctgtttctcagcaaggtaaaataggaaaacattctatac
atcacatgcgcccacaactaaggagaggaaagagagtgcacacaaagccc
aaaagacagcttgggctggagctgggctgtttcttatttgcaaggcaatc
ccattacctccaaaatctggtctcagacgaatgtcatagcctttcaacag
tctgtccaccgtctctttaaccagcgacatattactagggtcattgacac
taaagaaaaaaatgacaataaccaggaatgaataaagaagacagcacggc
atcttcaacagccctgctcacagagaggtatgcagacagagccctgacaa
gtgagaaaggaaagggacacttacctctgagcacagacagcggcgattat
taagggaaatgaccaaatcccaaagtagccccttttccgactctcacatc
ctttagtctggtggatgagggatcactgagagagagatcactagtctgcc
cagtgcagtatctatgtggagcgcatgcccacgcgtacaacatcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_42086913_42088087
seq2: B6Ng01-207C10.b_48_1224

seq1  GAATTCCTCTGTCAAGATAATAAGTACACTAGTTGAATAAGTGAGCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTGTCAAGATAATAAGTACACTAGTTGAATAAGTGAGCTCTG  50

seq1  GGTTTAAGTTAGAAGACTTCTACAGTCAACCTTTGACCTCCTCACATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAGTTAGAAGACTTCTACAGTCAACCTTTGACCTCCTCACATACA  100

seq1  TACACACGTGCAGTTGAATACTCACACACACAAGGACTCAAAAACTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACGTGCAGTTGAATACTCACACACACAAGGACTCAAAAACTTGGG  150

seq1  AACATGTTCACATGTACACACACACATACACATACATACATACATACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTTCACATGTACACACACACATACACATACATACATACATACACA  200

seq1  CACACACACACACACAGAGTCTCAAAACCATTTAACAACTGTTCAGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACAGAGTCTCAAAACCATTTAACAACTGTTCAGGTAT  250

seq1  AATGCAGATAAAAACAAGCATCCCCATGAACTACTCTCTATGACCTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGATAAAAACAAGCATCCCCATGAACTACTCTCTATGACCTGTAT  300

seq1  GGAATAGTTGGTGAAATGAATGCAGGCTAACACTTGTCTAAGCATGTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGTTGGTGAAATGAATGCAGGCTAACACTTGTCTAAGCATGTGAG  350

seq1  TCTCTTATTGACTCATTCTTTTAATATCATTTATATGGATTTACTAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATTGACTCATTCTTTTAATATCATTTATATGGATTTACTAGTTA  400

seq1  CTTGTTATATATGAAATAGACTCCATCAGAGTACTATTTTTCAATGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTATATATGAAATAGACTCCATCAGAGTACTATTTTTCAATGGCCA  450

seq1  GCAAAGATGCACTTTCAAAGTTTATAGTGTGGTAATTATCTGGGGAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGATGCACTTTCAAAGTTTATAGTGTGGTAATTATCTGGGGAAATC  500

seq1  ACCAGTATGTGCTGTGGTCTGAGAAGCAAAGAATACTAGTGAAATGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTATGTGCTGTGGTCTGAGAAGCAAAGAATACTAGTGAAATGTATA  550

seq1  CAAAAAGCAGAAGAGTGAGTCTGGAAACTAACAGCAAATCTTCTCAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGCAGAAGAGTGAGTCTGGAAACTAACAGCAAATCTTCTCAATCA  600

seq1  AAGTGGACCCTCAATTGAGAGCCAAAGAACAGTGGGTGACAGCTCTTCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGACCCTCAATTGAGAGCCAAAGAACAGTGGGTGACAGCTCTTCGC  650

seq1  TGAAATTCCATGAGCAGGACTGCTATTTAGAGGTCTGTGCATGGGAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCCATGAGCAGGACTGCTATTTAGAGGTCTGTGCATGGGAATGA  700

seq1  GCTAGATCCACAGAAGAAACCCCTCCAGACCATTGCTCTGCAAAATACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATCCACAGAAGAAACCCCTCCAGACCATTGCTCTGCAAAATACCC  750

seq1  AGTGTTCCAAGCTAGCCTAAACATCACAGCTTTCCACTTTCATTGAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCCAAGCTAGCCTAAACATCACAGCTTTCCACTTTCATTGAAATT  800

seq1  TCCTACATTCATTGTTAAATGAGTCAGTAACAGGTCCCATCCAAAAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATTCATTGTTAAATGAGTCAGTAACAGGTCCCATCCAAAAAGAG  850

seq1  TAACATTATACTTTTAGTCTTTGAGAAAAAATCAAGACTTCTGCCAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTATACTTTTAGTCTTTGAGAAAAAATCAAGACTTCTGCCAGCTT  900

seq1  TCCTCCTATTTAATCATGTGCTGACTCTCAAGAGTTCCTTTGACACTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTATTTAATCATGTGCTGACTCTCAAGAGTTCCTTTGACACTGTC  950

seq1  TTTAAATGAATCCC-TTAGCAAGTCTGGTTGTTAAAAATCACAGATCTTC  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGAATCCCTTTAGCAAGTCTGGTTG-TAAAAATCACAGATCTTC  999

seq1  ACCTGAATATGCTTCAAGGTCTTGGTGTTGTGCACGAGTCCTCATTAGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAATATGCTTCAAGGTCTT-GTGTTGTGCACGAGTCCTCATTAGGA  1048

seq1  AA-GTGACAGAGCCTTGATTCTTATTCGGTTTGGAAAAGAAAATGATACC  1098
      || ||||||||||||||| |  ||||||| |||| |||| ||||||||||
seq2  AAGGTGACAGAGCCTTGAATTCTATTCGG-TTGGCAAAG-AAATGATACC  1096

seq1  TCATGTCTGGGCATG-CTAGTTTTTGTTATAAAAATAAA-TGTGAGATCT  1146
      ||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||| ||||||||||
seq2  TCATGTCTGGGCATGCCTAGCTTTTGTATAAAAAATAAATTGTGAGATCT  1146

seq1  GAGAGTCAGGTGGACCTAG-ATAG-CTCAGA  1175
      |||||||| |||||| ||| |||| ||||||
seq2  GAGAGTCAAGTGGACTTAGAATAGCCTCAGA  1177


seq1: chr11_42234737_42235852
seq2: B6Ng01-207C10.g_64_1159 (reverse)

seq1  TTGATGTTTTGGTACGCCGTGCGCATGCGCTCCACATTAGAATTACTGCA  50
      ||||||||   ||||| |||| |||||||||||||| ||||  |||||||
seq2  TTGATGTT---GTACG-CGTGGGCATGCGCTCCACA-TAGA--TACTGCA  43

seq1  CTGGGCAGACTAAGTTGGATCTCCTCTCTTCAGTGAATCCCTCAATCCCA  100
      ||||||||||| |||  ||||| ||||| |||||| ||||||||   |||
seq2  CTGGGCAGACT-AGT--GATCT-CTCTC-TCAGTG-ATCCCTCA--TCCA  85

seq1  CCAGAACCTAAAGGGATGTGGAGAGTCCGGAAAAGGGGCTACTTTGGGAT  150
      |||||  ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGA--CTAAA-GGATGT-GAGAGT-CGGAAAAGGGGCTACTTTGGGAT  130

seq1  TTGGTCATTTCCCTTAATAATCGCCGCTGTCTGTGCTCAGAGGTAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATTTCCCTTAATAATCGCCGCTGTCTGTGCTCAGAGGTAAGTGT  180

seq1  CCCTTTCCTTTCTCACTTGTCAGGGCTCTGTCTGCATACCTCTCTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCTTTCTCACTTGTCAGGGCTCTGTCTGCATACCTCTCTGTGAG  230

seq1  CAGGGCTGTTGAAGATGCCGTGCTGTCTTCTTTATTCATTCCTGGTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTGTTGAAGATGCCGTGCTGTCTTCTTTATTCATTCCTGGTTATT  280

seq1  GTCATTTTTTTCTTTAGTGTCAATGACCCTAGTAATATGTCGCTGGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTTTTCTTTAGTGTCAATGACCCTAGTAATATGTCGCTGGTTAA  330

seq1  AGAGACGGTGGACAGACTGTTGAAAGGCTATGACATTCGTCTGAGACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACGGTGGACAGACTGTTGAAAGGCTATGACATTCGTCTGAGACCAG  380

seq1  ATTTTGGAGGTAATGGGATTGCCTTGCAAATAAGAAACAGCCCAGCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAGGTAATGGGATTGCCTTGCAAATAAGAAACAGCCCAGCTCCA  430

seq1  GCCCAAGCTGTCTTTTGGGCTTTGTGTGCACTCTCTTTCCTCTCCTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGCTGTCTTTTGGGCTTTGTGTGCACTCTCTTTCCTCTCCTTAGT  480

seq1  TGTGGGCGCATGTGATGTATAGAATGTTTTCCTATTTTACCTTGCTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCGCATGTGATGTATAGAATGTTTTCCTATTTTACCTTGCTGAGA  530

seq1  AACAGATCCAAACTTAAGCCAGTTTCTGTCCAGCACTTGAGAGGTCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATCCAAACTTAAGCCAGTTTCTGTCCAGCACTTGAGAGGTCTTTC  580

seq1  AAGAAGACCCCCTTAGAGTGTGACCAGACTTTGTAACCGCTCTCGTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACCCCCTTAGAGTGTGACCAGACTTTGTAACCGCTCTCGTTCTC  630

seq1  CTTCACCGTGATACATCTTTGTTCCCAGTCTGAGGTTTCTTGAGATACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCGTGATACATCTTTGTTCCCAGTCTGAGGTTTCTTGAGATACAA  680

seq1  ACCTCTTAAGTTTAGTTAACAGTGTGCCCAGCCGGGGATGTCTTATAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTAAGTTTAGTTAACAGTGTGCCCAGCCGGGGATGTCTTATAATG  730

seq1  TGAGTATTTTTGAGGACACAGTGTGCAGGCGGTTGGCTGAGAGGTGGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTTTTGAGGACACAGTGTGCAGGCGGTTGGCTGAGAGGTGGCTT  780

seq1  CAACTCTCTGTGCCCATCTACTTTAGAAGAGTTCTGGCCATGGTTTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCTGTGCCCATCTACTTTAGAAGAGTTCTGGCCATGGTTTAAAG  830

seq1  TGGCTCATGTCGGGATTCCACCCAGCCCTATATGCGAATGGCATAGGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCATGTCGGGATTCCACCCAGCCCTATATGCGAATGGCATAGGGGA  880

seq1  GAAGGGGTTCTGGGGAATTGAGAATAAAGATAGCAGAGGAAAAAGGGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGTTCTGGGGAATTGAGAATAAAGATAGCAGAGGAAAAAGGGGCA  930

seq1  TCTCTCCCTGGAGCCCCAGATATGCTAGTGTGGCCATTTAATTTTGCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCTGGAGCCCCAGATATGCTAGTGTGGCCATTTAATTTTGCTCA  980

seq1  GACTCTTAATGGAATTAAAGAGTTAAAACCTACACACAGAAGTGGGTGGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTAATGGAATTAAAGAGTTAAAACCTACACACAGAAGTGGGTGGG  1030

seq1  GAAAAAAAGAGGGGGTTTCAATGCAATCTACACGAATCCCTAGGGCTCTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAGAGGGGGTTTCAATGCAATCTACACGAATCCCTAGGGCTCTG  1080

seq1  TGAGTTGTAGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGTAGGAATTC  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |