BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207E13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,294,105 - 9,410,863
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbca13
Upstream geneLOC665380, Tns3, LOC638720, Pkd1l1, LOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469
Downstream geneLOC665435, LOC382483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207E13.bB6Ng01-207E13.g
ACCGA026482GA026483
length1,1411,160
definitionB6Ng01-207E13.b B6Ng01-207E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,294,105 - 9,295,265)(9,409,714 - 9,410,863)
sequence
gaattcagatgaggtttggctctacagatagcaaaaaattcccctggtta
ttagtggcatctgattgtagatttctgggtgaaataggtataaatctctt
ccatagaaggttaaaacctgcaaacttaacattgtttctggcttccctag
tgctatctgtgagcatgaaaaatgtgtgccctctaatgtgccatacaata
aattacttattttactctttttcattttatcttatctttccatctgtctg
tcagattatcccccaattcctggaattcaataatctaactttctgttcca
tcttaccttccatttattagtattttatttttgagattccccttctcagg
tgactcaggtgactcatatgtgccaaggtgtcatttaaaactagtatgct
gcgctccttgttattgtggcacacaagcacagtacctttaaagcataatc
ctttattcttgtccccaagatttcatgttcatatccttatacaaaacaca
gtccaacttttaaaagtctgaggtctcctaattgtgggctcctgtaatta
gagcaaaactttactattccaaacaggaagactgaaaaacataattggat
ccaaacaacccccaaatttacagtttaagcccaaattcggtagctgaatg
ttcaacatctgcccattgataaagtgtttttatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatttatttttgtggact
cctaaaaaaaatctttctagtctgtttccttgaaatagatcctagatgct
cctttgtgaatgttatccccttaatgttcagcttgatgcccacttaccat
gcaatgttgtacttattttcccctgagagtatgttcttgaagatgtatat
acgatcttcaaaggacaggcattgctattgaaatctttcttactacttaa
tatggatgagtcctatgtgaatgtcactgtttagcctgtttttctaatac
ttaatgttcctttcaagcctttaacaaaactcaaatgtacatttttcccc
ctctgtgttctgataattccagaacagataaaaagctatgtctacatctc
cactaaaatcgatcattctctctcacacaggcctgtcagcc

gaattcttacctgatatcagaaaaataaataaattgatgtcgttgctgta
tgacgtcatcaacttgggcttctacaacaacacagccataaagtagcttc
taatcaatagaaaaaaagatgtttcttacctgaagaagtaagtttctgca
gtctcgtaatggccaggtgtaagtttgagtggagggtacgtgatggccaa
aggctgcaccatgaacaagcccatggccaaggccacaaagagcacaggca
gtaacaaatctgaggtggtgcttttccaggctcgaagtgtatgcagtagc
cgcttcctcaggagtgccactgcttgtcccagaagtagctggcagccacc
tatcggctcaggcagggccccttctggtggagtgctcaggggagagacat
ctgtaggggatgaaagatagacaaagtgagcagcatgcagatggatggag
ttcctcactcctactcggttctgatgaatatctccaattattctgtaggg
accctggaccatacttctaaaggataacttctctatccagacaacaactt
ctgggcttcccggatccctcttctggacacggtactatgactacagacac
taaacataggaacaaagtagtactgtgttctctctgacattgcttctgat
gaggccagtgagaatagacctcctctggtgtgtttattagttgaaatgaa
gcttgacgcctaagtgaattctgaaacacccaagacagaagtcaggggtt
ctgtgatttcccacccctctgcctgagctggctgaggagaggaatactga
agagatgctctctcttcagcacccgttttcctcctcatccctcctgttct
ttctcttctgccattaagttgagtctttcctgggaaagctgtggattgtg
agaatgtgtgggatatcagaaaggaccatgtccaccttgtttttccttca
tgccacctgccacagcttcctccttgtttcctttccacctttcacctaca
gagaagagagctttcttcttcaattccagggacagattgcaaagtttcca
ttgcccttcatttaaatccctttccttcacctctttgtggacagccttca
gacatgttaggatggcacatgaatttgaagtagatgtgactgtgaaccag
gttattgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_9294105_9295265
seq2: B6Ng01-207E13.b_35_1175

seq1  GAATTCAGATGAGGTTTGGCTCTACAGATAGCAAAAAATTCCCCTGGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGAGGTTTGGCTCTACAGATAGCAAAAAATTCCCCTGGTTA  50

seq1  TTAGTGGCATCTGATTGTAGATTTCTGGGTGAAATAGGTATAAATCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGCATCTGATTGTAGATTTCTGGGTGAAATAGGTATAAATCTCTT  100

seq1  CCATAGAAGGTTAAAACCTGCAAACTTAACATTGTTTCTGGCTTCCCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAAGGTTAAAACCTGCAAACTTAACATTGTTTCTGGCTTCCCTAG  150

seq1  TGCTATCTGTGAGCATGAAAAATGTGTGCCCTCTAATGTGCCATACAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCTGTGAGCATGAAAAATGTGTGCCCTCTAATGTGCCATACAATA  200

seq1  AATTACTTATTTTACTCTTTTTCATTTTATCTTATCTTTCCATCTGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTATTTTACTCTTTTTCATTTTATCTTATCTTTCCATCTGTCTG  250

seq1  TCAGATTATCCCCCAATTCCTGGAATTCAATAATCTAACTTTCTGTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTATCCCCCAATTCCTGGAATTCAATAATCTAACTTTCTGTTCCA  300

seq1  TCTTACCTTCCATTTATTAGTATTTTATTTTTGAGATTCCCCTTCTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTTCCATTTATTAGTATTTTATTTTTGAGATTCCCCTTCTCAGG  350

seq1  TGACTCAGGTGACTCATATGTGCCAAGGTGTCATTTAAAACTAGTATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGGTGACTCATATGTGCCAAGGTGTCATTTAAAACTAGTATGCT  400

seq1  GCGCTCCTTGTTATTGTGGCACACAAGCACAGTACCTTTAAAGCATAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTCCTTGTTATTGTGGCACACAAGCACAGTACCTTTAAAGCATAATC  450

seq1  CTTTATTCTTGTCCCCAAGATTTCATGTTCATATCCTTATACAAAACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCTTGTCCCCAAGATTTCATGTTCATATCCTTATACAAAACACA  500

seq1  GTCCAACTTTTAAAAGTCTGAGGTCTCCTAATTGTGGGCTCCTGTAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAACTTTTAAAAGTCTGAGGTCTCCTAATTGTGGGCTCCTGTAATTA  550

seq1  GAGCAAAACTTTACTATTCCAAACAGGAAGACTGAAAAACATAATTGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAACTTTACTATTCCAAACAGGAAGACTGAAAAACATAATTGGAT  600

seq1  CCAAACAACCCCCAAATTTACAGTTTAAGCCCAAATTCGGTAGCTGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAACCCCCAAATTTACAGTTTAAGCCCAAATTCGGTAGCTGAATG  650

seq1  TTCAACATCTGCCCATTGATAAAGTGTTTTTATCTATCTATCTATCTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCTGCCCATTGATAAAGTGTTTTTATCTATCTATCTATCTATC  700

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTTATTTTTGTGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTTATTTTTGTGGACT  750

seq1  CCTAAAAAAAATCTTTCTAGTCTGTTTCCTTGAAATAGATCCTAGATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAAAAAATCTTTCTAGTCTGTTTCCTTGAAATAGATCCTAGATGCT  800

seq1  CCTTTGTGAATGTTATCCCCTTAATGTTCAGCTTGATGCCCACTTACCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGAATGTTATCCCCTTAATGTTCAGCTTGATGCCCACTTACCAT  850

seq1  GCAATGTTGTACTTATTTTCCCCTGAGAGTATGTTCTTGAAGATGTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTTGTACTTATTTTCCCCTGAGAGTATGTTCTTGAAGATGTATAT  900

seq1  ACGATCTTCAAAGGACAGGCATTGCTATTGAAATCTTTCTTAACTACTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACGATCTTCAAAGGACAGGCATTGCTATTGAAATCTTTCTT-ACTACTTA  949

seq1  ATATGGATGAGTCCTATGTGAATGTCACTGTTTTAGCCTGTTTTTCTAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATATGGATGAGTCCTATGTGAATGTCACTG-TTTAGCCTGTTTTTCTAAT  998

seq1  ACTTAAATGTTCCTTTCAAGCCTTTAACAAAACTCAAATGTACATTTTTT  1050
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTT-AATGTTCCTTTCAAGCCTTTAACAAAACTCAAATGTACA-TTTTT  1046

seq1  CCCCCTTCTTGTTGGTTCTTGGATTAATTCCCAGGAACAGATAAAAAGCT  1100
      ||||||   |||  |||||  || |||||||   ||||||||||||||||
seq2  CCCCCT--CTGT--GTTCT--GA-TAATTCC--AGAACAGATAAAAAGCT  1087

seq1  ATGTCTTACAATCTCCACTTAAAAAATCCTATCCTTTTCTCTCACACAGC  1150
      ||||| ||| |||||||||   ||||| | ||| || |||||||||||| 
seq2  ATGTC-TAC-ATCTCCACT---AAAAT-CGATCATTCTCTCTCACACAGG  1131

seq1  CTTGGTCAGCC  1161
      | | |||||||
seq2  CCT-GTCAGCC  1141


seq1: chr11_9409714_9410863
seq2: B6Ng01-207E13.g_67_1226 (reverse)

seq1  CCACACATAA-CTGGTCCACAGCTCACATCTTCCTTTCAAATTCTATGTG  49
      ||||| |||| ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||| |||||
seq2  CCACA-ATAACCTGGTTCACAG-TCACATCTAC--TTCAAATTC-ATGTG  45

seq1  CCATCTTACATTGTCCTGGAAGCTGTCCACAAAGGAAGGTGGGAAGGGAA  99
      ||||| ||   ||| ||| | |||||||||||||  ||||  ||||| ||
seq2  CCATCCTAACATGT-CTGAAGGCTGTCCACAAAG--AGGT--GAAGGAAA  90

seq1  -GGATT--AATG-AGGGC-ATGGAACTTTTGGCATCTGTCCCTGGA--TG  142
       |||||  |||| ||||| ||||||  ||||  |||||||||||||  ||
seq2  GGGATTTAAATGAAGGGCAATGGAAACTTTGCAATCTGTCCCTGGAATTG  140

seq1  GAGA--GAAGCTCTCTTCTCTGTAGGTG-AAGGTGG-AAGGAA--CAGGA  186
       |||   ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||
seq2  AAGAAGAAAGCTCTCTTCTCTGTAGGTGAAAGGTGGAAAGGAAACAAGGA  190

seq1  GG-AGCTGTGGCAGGTGGCATGAAGGAAAA--CAGGT-GACATGGTCCTT  232
      || |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||
seq2  GGAAGCTGTGGCAGGTGGCATGAAGGAAAAACAAGGTGGACATGGTCCTT  240

seq1  TCTGATATCCCACACATTCTCACAATCCACAGCTTTCCCAGGAAAGACTC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATATCCCACACATTCTCACAATCCACAGCTTTCCCAGGAAAGACTC  290

seq1  AACTTAATGGCAGAAGAG-AAGAACAGGAGGGATGAGGAGGAAAACGGGT  331
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATGGCAGAAGAGAAAGAACAGGAGGGATGAGGAGGAAAACGGGT  340

seq1  GCTGAAGAGAGAGCATCTCTTCAGTATTCCTCTCCTCAGCCAGCTCAGGC  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGAGAGAGCATCTCTTCAGTATTCCTCTCCTCAGCCAGCTCAGGC  390

seq1  AGAGGGGTGGG-AATCACAGAACCCCTGACTTCTGTCTTGGGTGTTTCAG  430
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTGGGAAATCACAGAACCCCTGACTTCTGTCTTGGGTGTTTCAG  440

seq1  AATTCACTTAGGCGTCAAGCTTCATTTCAACTAATAAACACACCAGAGGA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACTTAGGCGTCAAGCTTCATTTCAACTAATAAACACACCAGAGGA  490

seq1  GGTCTATTCTCACTGGCCTCATCAGAAGCAATGTCAGAGAGAACACAGTA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTATTCTCACTGGCCTCATCAGAAGCAATGTCAGAGAGAACACAGTA  540

seq1  CTACTTTGTTCCTATGTTTAGTGTCTGTAGTCATAGTACCGTGTCCAGAA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTGTTCCTATGTTTAGTGTCTGTAGTCATAGTACCGTGTCCAGAA  590

seq1  GAGGGATCCGGGAAGCCCAGAAGTTGTTGTCTGGATAGAGAAGTTATCCT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATCCGGGAAGCCCAGAAGTTGTTGTCTGGATAGAGAAGTTATCCT  640

seq1  TTAGAAGTATGGTCCAGGGTCCCTACAGAATAATTGGAGATATTCATCAG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGTATGGTCCAGGGTCCCTACAGAATAATTGGAGATATTCATCAG  690

seq1  AACCGAGTAGGAGTGAGGAACTCCATCCATCTGCATGCTGCTCACTTTGT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGAGTAGGAGTGAGGAACTCCATCCATCTGCATGCTGCTCACTTTGT  740

seq1  CTATCTTTCATCCCCTACAGATGTCTCTCCCCTGAGCACTCCACCAGAAG  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTCATCCCCTACAGATGTCTCTCCCCTGAGCACTCCACCAGAAG  790

seq1  GGGCCCTGCCTGAGCCGATAGGTGGCTGCCAGCTACTTCTGGGACAAGCA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGCCTGAGCCGATAGGTGGCTGCCAGCTACTTCTGGGACAAGCA  840

seq1  GTGGCACTCCTGAGGAAGCGGCTACTGCATACACTTCGAGCCTGGAAAAG  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACTCCTGAGGAAGCGGCTACTGCATACACTTCGAGCCTGGAAAAG  890

seq1  CACCACCTCAGATTTGTTACTGCCTGTGCTCTTTGTGGCCTTGGCCATGG  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTCAGATTTGTTACTGCCTGTGCTCTTTGTGGCCTTGGCCATGG  940

seq1  GCTTGTTCATGGTGCAGCCTTTGGCCATCACGTACCCTCCACTCAAACTT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTCATGGTGCAGCCTTTGGCCATCACGTACCCTCCACTCAAACTT  990

seq1  ACACCTGGCCATTACGAGACTGCAGAAACTTACTTCTTCAGGTAAGAAAC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGCCATTACGAGACTGCAGAAACTTACTTCTTCAGGTAAGAAAC  1040

seq1  ATCTTTTTTTCTATTGATTAGAAGCTACTTTATGGCTGTGTTGTTGTAGA  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTTTCTATTGATTAGAAGCTACTTTATGGCTGTGTTGTTGTAGA  1090

seq1  AGCCCAAGTTGATGACGTCATACAGCAACGACATCAATTTATTTATTTTT  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGTTGATGACGTCATACAGCAACGACATCAATTTATTTATTTTT  1140

seq1  CTGATATCAGGTAAGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATCAGGTAAGAATTC  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |